BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944515
Length=2520
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G33990.1 | Symbols: EMB2758 | Tetratricopeptide repeat (TPR)... 3842 0.0
> AT4G33990.1 | Symbols: EMB2758 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr4:16290141-16292612 REVERSE
LENGTH=2472
Length=2472
Score = 3842 bits (2080), Expect = 0.0
Identities = 2351/2482 (95%), Gaps = 17/2482 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 26 ATGAAATTTGGAACTTTTTCACTGT-TCAGACAAGTTCCGACCTGCAAAGGTGGACGCTT 84
|||||||||||||| |||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1 ATGAAATTTGGAACCTTTTCACT-TCCCAGACAAATTCCAACCTGCAAAGGTGGGCGCTT 59
Query 85 TACACGAGTTTTGCAATCTGTCGGAGCAGTTGTTAGAGAATTCTCAGCATCTGCAAATGC 144
||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 60 TACACGAGTTTTGCAATCTATCGGATCAGTTATTAGAGAATTTTCAGCATCTGCAAATGC 119
Query 145 TTTGCAAGATTGTTGGAAAAATGGGAATGAAAGTAAAGAGATTGATGATGTTCACACACT 204
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TTTGCAAGACTGTTGGAAAAATGGGAATGAAAGTAAAGAGATTGATGATGTTCACACACT 179
Query 205 TTTCAGATACTGCACTAATTTGCAATCAGCCAAATGTCTTCACGCACGTCTCGTTGTCTC 264
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TTTCAGATATTGCACTAATTTGCAATCAGCCAAATGTCTCCACGCACGTCTCGTTGTCTC 239
Query 265 C-AACGCAATCCAAAATGTTTGTATCTCTGCTAAACTTGTTAATCTCTATTGTTATCTTG 323
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 240 CAAAC-AAATCCAAAATGTTTGTATCTCTGCTAAACTTGTTAATCTCTATTGTTACCTTG 298
Query 324 GTAACGTCGCATTGGCTAGATATACGTTTGATCATATCCATAACAGAGATGTTTATGCTT 383
| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||
Sbjct 299 GCAATGTCGCATTGGCTAGGCACACGTTTGATCATATCCAGAACAGAGATGTATACGCTT 358
Query 384 GGAATTTGATGATTTCTGGTTATGGCCGTGCGGGATATTCTTCAGAAGTTATTAGGTGTT 443
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 359 GGAATTTGATGATTTCTGGTTATGGCCGTGCGGGAAATTCTTCAGAAGTGATTAGGTGTT 418
Query 444 TTAGTCTATTCATGTTGAGTTCTGGACTTCA-ACCGGATTACCGGACTTTTCCTTCGGTT 502
||||||| || |||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 419 TTAGTCTCTTTATGTTGAGTTCTGGACTT-ACACCTGATTACAGGACTTTTCCTTCGGTT 477
Query 503 TTGAAAGCTTGTAGGAATGTGACTGATGGGAATAAGATTCATTGCTTGGCTTTGAAGTTT 562
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TTGAAAGCTTGTAGGACTGTGATTGATGGGAATAAGATTCATTGCTTGGCTTTGAAGTTT 537
Query 563 GGATTTATGTGGGATGTCTATGTTGCTGCTTCGTTGATCCATTTGTATTGTCGGTATGGA 622
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||| ||| |
Sbjct 538 GGGTTTATGTGGGATGTCTATGTTGCTGCCTCGTTGATTCATTTGTACTCTCGATATAAA 597
Query 623 GCGGTGGTGAATGCACGTATACTGTTTGATGAAATGCCTACT-CGAGATATGGGTTCTTG 681
|| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 598 GCTGTGGGGAATGCACGTATACTGTTTGATGAAATGCCT-GTAAGAGATATGGGTTCTTG 656
Query 682 GAATGCGATGATTTCTGGGTATTGTCAAAGCGGAAATGCTAAAGAGGCGTTAACTCTGTC 741
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 GAATGCAATGATTTCTGGGTATTGTCAAAGCGGAAATGCTAAAGAGGCGTTAACTCTGTC 716
Query 742 TGATGGATTGAGAGCTATGGATTCAGTTACTGTTGTGAGTCTCCTTTCGGCTTGCACGGA 801
| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 717 TAATGGGTTGAGAGCTATGGATTCAGTTACCGTTGTGAGTCTCCTTTCGGCTTGCACTGA 776
Query 802 AGCCGGTGATTTCAATAGAGGAGTTACGATTCATTCATACTCGATAAAACATGGACTGGA 861
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 777 AGCCGGTGATTTCAATAGAGGAGTTACTATTCATTCATACTCGATAAAACATGGTCTGGA 836
Query 862 GTCCGAATTGTTTGTTTCCAACAAGCTGATTGATTTGTATGCTGAATTTGGTAGCCTTAA 921
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 837 GTCCGAATTGTTTGTTTCCAACAAGCTGATTGATTTGTATGCTGAATTTGGTAGGCTTAG 896
Query 922 GGATTGCCAGAAGGTTTTTGACAGGATGTATGTGAGGGATTTGATTTCTTGGAATTCTAT 981
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 897 GGATTGCCAGAAGGTTTTTGATAGGATGTATGTGAGGGATTTGATTTCTTGGAATTCGAT 956
Query 982 AATTAAGGCTTACGAGCTGAATGAGCAACCGCTTAGAGCGATTTTGTTGTTTCAGGAGAT 1041
||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 957 AATTAAGGCGTACGAGCTGAATGAGCAGCCGCTTAGAGCGATTTCGTTGTTTCAGGAGAT 1016
Query 1042 GCGTTTGAGTAGAATTCAACCAGATTGCCTTACTTTGATTAGTTTGGCTTCTATACTATC 1101
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 GCGGTTGAGTAGAATTCAACCAGATTGCCTTACTTTGATTAGTTTGGCTTCTATACTATC 1076
Query 1102 ACAGTTAGGGGAAATTCGTGCTTGTAGATCTGTGCAGGGTTTCACTTTGAGGAAAGGCTG 1161
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 ACAGTTAGGGGACATTCGTGCTTGTAGATCTGTGCAGGGTTTCACTTTGAGGAAAGGCTG 1136
Query 1162 GTTCTTGGAAGATATTACCATTGGGAATGCTGTTGTTGTTATGTATGCAAAACTAGGCCT 1221
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 GTTCTTGGAAGATATTACCATCGGGAATGCTGTTGTGGTTATGTATGCAAAACTAGGCCT 1196
Query 1222 TGTAGATTCAGCAAGAGCAGTGTTTAATTGGCTACCGAATAAAGATGTGATTTCGTGGAA 1281
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |||||
Sbjct 1197 TGTAGATTCAGCAAGAGCAGTGTTTAATTGGCTTCCGAATACAGATGTTATTTCATGGAA 1256
Query 1282 TACCATAATATCTGGTTATGCTCAAAACGGCTTTGCTAGTGAAGCAATTGAAATGTATAA 1341
||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TACCATAATCTCGGGTTATGCTCAAAACGGTTTTGCTAGTGAAGCAATTGAAATGTATAA 1316
Query 1342 CATAATGGAGGAAGAAGGTGGAGAGATTAGT-GCTAACCAAGGGACTTGGGTGAGTGTTT 1400
|||||||||||||||||||| | | || || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CATAATGGAGGAAGAAGGTG-A-A-AT-AGCCGCTAACCAAGGGACTTGGGTGAGTGTTT 1372
Query 1401 TGCCCGCTTGTTCGCAGGCCGGAGCATTGCGTCAAGGTATGAAACTCCATGGCCGTCTCT 1460
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 TGCCCGCTTGTTCGCAGGCTGGAGCGTTGCGTCAAGGTATGAAACTCCATGGCCGTCTCT 1432
Query 1461 TGAAGAACGGTCTTTATTTGGATGTTTTTGTTGGAACCAGCCTTGCTGATATGTATGGAA 1520
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1433 TGAAGAACGGTCTTTATTTGGATGTTTTTGTTGTTACAAGCCTTGCTGATATGTATGGAA 1492
Query 1521 AGTGTGGACGACTAGACGATGCACTCTCTTTGTTTTATCAAATCCCAAGAGTCAACTCGG 1580
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1493 AGTGTGGACGACTAGAGGATGCCCTCTCTTTGTTTTATCAAATCCCAAGAGTCAACTCTG 1552
Query 1581 TGCGATGGAACACCCTGATAGCGTGTCACGGGTTTCACGGGCATGGCGAGAAAGCAGTGA 1640
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 TGCCATGGAACACCCTAATAGCGTGTCACGGGTTTCACGGGCATGGCGAGAAAGCAGTGA 1612
Query 1641 TGCTGTTTAAAGAAATGCTGGATGAAGGAGTGAAACCAGATCACATTACATTTGTGACTC 1700
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 TGCTGTTCAAAGAAATGCTGGATGAAGGAGTGAAGCCAGATCACATTACATTTGTGACTC 1672
Query 1701 TGTTATCGGCTTTTAGCCATTCTGGGCTAGTAGACGAGGGTGAATGGTGTTTTGAGATGA 1760
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1673 TGTTATCGGCTTGTAGCCATTCTGGGTTAGTAGACGAGGGTCAATGGTGCTTTGAGATGA 1732
Query 1761 TGCAAACGGATTATGGCATAACACCAAGCTTGAAACATTACGGTTGTATGGTAGATTTGT 1820
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1733 TGCAAACGGATTATGGGATAACACCGAGCTTGAAACATTACGGTTGTATGGTAGATATGT 1792
Query 1821 ATGGTCGAGCTGGTCAGTTAGAAATCGCGTTGAACTTTATAAAAAGTATGCCGCTTCAGC 1880
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1793 ATGGTCGAGCTGGTCAGTTAGAAACCGCGTTGAAGTTTATAAAAAGTATGTCGCTTCAGC 1852
Query 1881 CTGATGCATCCATTTGGGGAGCTCTTCTCAGTGCTTGTAGAGTCCATGGAAACGTCGATC 1940
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||
Sbjct 1853 CTGATGCATCCATTTGGGGAGCTCTTCTCAGCGCTTGTAGAGTCCATGGGAATGTTGATC 1912
Query 1941 TTGGCAAGATCGCATCTGAACATTTGTTCGAGGTTGAACCCGAGCATGTCGGGTATCACG 2000
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1913 TTGGCAAGATCGCATCTGAACATTTGTTCGAGGTTGAACCTGAGCATGTCGGGTATCATG 1972
Query 2001 TTCTATTGTCAAACATGTATGCTAGTGCTGGAAAATGGGAAGGAGTTGATGAAATACGGT 2060
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1973 TTCTATTGTCAAACATGTATGCTAGTGCTGGAAAATGGGAAGGAGTTGATGAAATACGTT 2032
Query 2061 CAATCA-CCCGTGG-AAAGGGTTTGAGGAAAACACCGGGTTGGAGCTCGATGGAAGTAGA 2118
|||| | ||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2033 CAAT-AGCCCATGGCAAAGG-TTTGAGGAAGACACCGGGTTGGAGCTCAATGGAAGTAGA 2090
Query 2119 CAACAAAGTGGAAGTCTTTTACACGGGAAACCAAACGCATCCAATGTATGAAGAGATGTA 2178
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 CAACAAAGTCGAAGTCTTTTACACGGGAAACCAAACGCATCCAATGTATGAAGAGATGTA 2150
Query 2179 CAGAGAATTAACTGCATTACACGAGAAACTGAAGATGGTTGGGTATGTACCGGACCATAG 2238
|||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 CAGAGAATTAACGGCATTACAAGCGAAACTGAAGATGATTGGGTATGTACCGGACCATAG 2210
Query 2239 ATTTGTGTTACAGGATGTTGAAGACGACGAGAAAGAGCATATCCTCATGAGTCATAGTGA 2298
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211 ATTTGTGTTGCAGGATGTTGAAGACGACGAGAAAGAGCATATCCTCATGAGTCATAGTGA 2270
Query 2299 AAGATTGGCTATGGCATTTGCACTTATCACCACTCCTGCAAAGACAACGATTCGGATATT 2358
|||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2271 AAGATTAGCTATTGCATTTGCACTTATCGCCACTCCTGCAAAGACAACGATTCGGATTTT 2330
Query 2359 TAAGAATCTAAGGGTATGCGGTGATTGCCATAGCGTAACCAAGTTCATATCGAAAATCAC 2418
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 TAAGAATCTAAGGGTATGCGGCGATTGCCATAGCGTAACCAAGTTCATATCGAAAATCAC 2390
Query 2419 AGAGAGAGAGATCATTGTGAGGGATTCAAACCGGTTTCATCATTTCAAGGATGGAGTCTG 2478
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2391 TGAGAGAGAGATCATTGTGAGGGATTCAAACCGGTTTCATCATTTCAAGAATGGAGTCTG 2450
Query 2479 CTCTTGTGGTGATTACTGGTGA 2500
|||||| |||||||||||||||
Sbjct 2451 CTCTTGCGGTGATTACTGGTGA 2472
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125066188899
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5