BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944970
Length=2177
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G30210.1 | Symbols: ATR2, AR2 | P450 reductase 2 | chr4:1479... 3653 0.0
> AT4G30210.1 | Symbols: ATR2, AR2 | P450 reductase 2 | chr4:14796764-14800922
FORWARD LENGTH=2619
Length=2619
Score = 3653 bits (1978), Expect = 0.0
Identities = 2116/2183 (97%), Gaps = 7/2183 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGCCACACCATCTACAACGCCATGTCCtcttcttcttcttcttcAACCTCCATGATCGAT 60
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 116 AGCTACAACATCTACAACGCCATGTCCTCTTCTTCTTCTTCGTCAACCTCCATGATCGAT 175
Query 61 CTCATGGCTGCAATCATCAAAGGAGAGCCTGTAATCGTCTCCGACCCCGCTAATGCCTCC 120
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 176 CTCATGGCAGCAATCATCAAAGGAGAGCCTGTAATTGTCTCCGACCCAGCTAATGCCTCC 235
Query 121 GCTTACGAGTCCGTCGCAGCTGAATTATCCTCTATGCTCATAGAGAATCGTCAATTCGCT 180
|||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 236 GCTTACGAGTCCGTAGCTGCTGAATTATCCTCTATGCTTATAGAGAATCGTCAATTCGCC 295
Query 181 ATGATTGTTACCACTTCCATTGCTGTTCTTATTGGTTGCATCGTTATGCTGGTTTGGAGG 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 296 ATGATTGTTACCACTTCCATTGCTGTTCTTATTGGTTGCATCGTTATGCTCGTTTGGAGG 355
Query 241 AGATCCGGTTCTGGGAATTCAAAACGCGTCGAGCCTCTTAAGCCTTTGGTGATTAAGCCT 300
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 356 AGATCCGGTTCTGGGAATTCAAAACGTGTCGAGCCTCTTAAGCCTTTGGTTATTAAGCCT 415
Query 301 CGTGAGGAAGAGATTGATGATGGGAAG-AAGAAAGTTACAATCTTTTTCGGTACTCAAAC 359
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 416 CGTGAGGAAGAGATTGATGATGGG-CGTAAGAAAGTTACCATCTTTTTCGGTACACAAAC 474
Query 360 TGGTACTGCTGAAGGTTTTGCAAAGGCTTTAGGAGAAGAAGCTAAAGCAAGATATGAAAA 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 TGGTACTGCTGAAGGTTTTGCAAAGGCTTTAGGAGAAGAAGCTAAAGCAAGATATGAAAA 534
Query 420 AACCAGATTCAAAATCGTTGATTTGGATGATTACGCGGCTGATGATGATGAGTATGAGGA 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 GACCAGATTCAAAATCGTTGATTTGGATGATTACGCGGCTGATGATGATGAGTATGAGGA 594
Query 480 GAAATTGAAGAAAGAGGATGTTGCTCTCTTCTTCTTAGCCACATATGGAGATGGTGAGCC 539
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 595 GAAATTGAAGAAAGAGGATGTGGCTTTCTTCTTCTTAGCCACATATGGAGATGGTGAGCC 654
Query 540 TACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAGGGGAATGACAGAGGAGAATG 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 TACCGACAATGCAGCGAGATTCTACAAATGGTTCACCGAGGGGAATGACAGAGGAGAATG 714
Query 600 GCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGATTAGGAAACAGACAATATGAACATTTTAA 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 715 GCTTAAGAACTTGAAGTATGGAGTGTTTGGATTAGGAAACAGACAATATGAGCATTTTAA 774
Query 660 TAAGGTTGCCAAAGTTGTAGATGACATTCTTGTCGAACAAGGTGCACAGCGTCTTGTACA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 TAAGGTTGCCAAAGTTGTAGATGACATTCTTGTCGAACAAGGTGCACAGCGTCTTGTACA 834
Query 720 AGTTGGTCTTGGAGATGATGACCAGTGTATTGAAGATGACTTCACAGCTTGGCGAGAAGC 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 835 AGTTGGTCTTGGAGATGATGACCAGTGTATTGAAGATGACTTTACCGCTTGGCGAGAAGC 894
Query 780 ATTGTGGCCCGAGCTTGATACAATACTGAGGGAAGAAGGTGATACAGCTGTTGCCACACC 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 895 ATTGTGGCCCGAGCTTGATACAATACTGAGGGAAGAAGGGGATACAGCTGTTGCCACACC 954
Query 840 ATACACTGCAGCTGTGTTAGAATACAGAGTTTCTATTCACGACTCTGAAGATGCCGAATT 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 955 ATACACTGCAGCTGTGTTAGAATACAGAGTTTCTATTCACGACTCTGAAGATGCCAAATT 1014
Query 900 CAATGATAAAAACATGGCCAATGGGAATGGTTACACTGTGTTTGATGCCCAACATCCTTA 959
|||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1015 CAATGATATAAACATGGCAAATGGGAATGGTTACACTGTGTTTGATGCTCAACATCCTTA 1074
Query 960 CAGGGCAAATGTCGCCGTGAAAAGGGAGCTTCATACTCCTGAGTCTGATCGTTCTTGTAT 1019
|| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 CAAAGCAAATGTCGCTGTTAAAAGGGAGCTTCATACTCCCGAGTCTGATCGTTCTTGTAT 1134
Query 1020 CCATTTGGAATTTGACATTGCTGGAAGTGGACTTACGTATGAAACTGGAGATCATGTTGG 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 CCATTTGGAATTTGACATTGCTGGAAGTGGACTTACGTATGAAACTGGAGATCATGTTGG 1194
Query 1080 TGTACTTTGTGATAACTTAAGTGAAACTGTAGATGAAGCGCTTAGATTGCTGGATATTTC 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1195 TGTACTTTGTGATAACTTAAGTGAAACTGTAGATGAAGCTCTTAGATTGCTGGATATGTC 1254
Query 1140 ACCTGATACTTATTTCTCACTTCACGCTGAAAAAGAAGACGGCACACCAATCAGCAGCTC 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 ACCTGATACTTATTTCTCACTTCACGCTGAAAAAGAAGACGGCACACCAATCAGCAGCTC 1314
Query 1200 GCTTCCTCCTCCATTCCCACCTTGCAACTTGAGAACAGCGCTTACACGATATGCATGTCT 1259
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 ACTGCCTCCTCCCTTCCCACCTTGCAACTTGAGAACAGCGCTTACACGATATGCATGTCT 1374
Query 1260 TTTGAGTTCTCCGAAGAAGTCTGCTTTAGTTGCTTTGGCTGCTCATGCATCTGATCCTAC 1319
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 TTTGAGTTCTCCAAAGAAGTCTGCTTTAGTTGCGTTGGCTGCTCATGCATCTGATCCTAC 1434
Query 1320 CGAAGCAGAACGATTAAAACACCTTGCTTCACCTGCTGGAAAGG---ATGAATATTCAAA 1376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1435 CGAAGCAGAACGATTAAAACACCTTGCTTCACCTGCTGGAAAGGTTGATGAATATTCAAA 1494
Query 1377 GTGGGTAGTAGAGAGTCAAAGAAGTCTACTTGAGGTGATGGCCGAGTTTCCTTCAGCCAA 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 GTGGGTAGTAGAGAGTCAAAGAAGTCTACTTGAGGTGATGGCCGAGTTTCCTTCAGCCAA 1554
Query 1437 GCCACCACTTGGTGTCTTCTTCGCTGGAGTTGCTCCAAGGTTGCAGCCTAGGTTCTATTC 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GCCACCACTTGGTGTCTTCTTCGCTGGAGTTGCTCCAAGGTTGCAGCCTAGGTTCTATTC 1614
Query 1497 GATATCATCATCTCCCAAGATTGCTGAAACTAGAATTCACGTCACATGTGCACTGGTTTA 1556
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 GATATCATCATCGCCCAAGATTGCTGAAACTAGAATTCACGTCACATGTGCACTGGTTTA 1674
Query 1557 TGAGAAGATGCCAACTGGCAGGATTCATAAGGGAGTGTGTTCTACTTGGATGAAGAATGC 1616
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1675 TGAGAAAATGCCAACTGGCAGGATTCATAAGGGAGTGTGTTCCACTTGGATGAAGAATGC 1734
Query 1617 TGTGCCATATGAGAAGAGTGAAAACTGTTCCTCGGCGCCGATTTTTGTTAGGCAATCCAA 1676
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1735 TGTGCCTTACGAGAAGAGTGAAAACTGTTCCTCGGCGCCGATATTTGTTAGGCAATCCAA 1794
Query 1677 CTTCAAGCTTCCTTCTGATTCTAAGGTACCGATCATCATGATCGGTCCAGGGACTGGATT 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 CTTCAAGCTTCCTTCTGATTCTAAGGTACCGATCATCATGATCGGTCCAGGGACTGGATT 1854
Query 1737 GGCTCCATTCAGAGGATTCCTTCAGGAAAGACTCGCGTTGGTAGAATCTGGTGTTGAACT 1796
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 AGCTCCATTCAGAGGATTCCTTCAGGAAAGACTAGCGTTGGTAGAATCTGGTGTTGAACT 1914
Query 1797 TGGACCATCAGTTTTGTTCTTTGGATGCAGAAACCGTAGAATGGATTTCATCTACGAGGA 1856
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 TGGGCCATCAGTTTTGTTCTTTGGATGCAGAAACCGTAGAATGGATTTCATCTACGAGGA 1974
Query 1857 AGAGCTTCAGCGATTTGTTGAGAGTGGTGCTCTCGCAGAGCTAAGTGTGGCCTTCTCTCG 1916
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1975 AGAGCTCCAGCGATTTGTTGAGAGTGGTGCTCTCGCAGAGCTAAGTGTCGCCTTCTCTCG 2034
Query 1917 TGAAGGACCCACTAAAGAATATGTACAGCACAAGATGATGGACAAGGCTTCTGATATCTG 1976
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 TGAAGGACCCACCAAAGAATACGTACAGCACAAGATGATGGACAAGGCTTCTGATATCTG 2094
Query 1977 GAACATGATCTCTCAAGGAGCTTATGTATATGTTTGTGGTGACGCCAAAGGCATGGCAAG 2036
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 GAATATGATCTCTCAAGGAGCTTATTTATATGTTTGTGGTGACGCCAAAGGCATGGCAAG 2154
Query 2037 AGATGTTCACAGATCTCTCCACACAATAGCTCAAGAACAGGGGTCAATGGACTCAACCAA 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2155 AGATGTTCACAGATCTCTCCACACAATAGCTCAAGAACAGGGGTCAATGGATTCAACTAA 2214
Query 2097 AGCAGAGGGCTTTGTGAAGAATCTCCAAACGACTGGAAGATATCTGAGAGATGTATGGTA 2156
|||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2215 AGCAGAGGGCTTCGTGAAGAATCTGCAAACGAGTGGAAGATATCTTAGAGATGTATGGTA 2274
Query 2157 ACGAAA-TATTGAAGCCAC-CAC 2177
|||||| |||||||||||| |||
Sbjct 2275 ACGAAACTATTGAAGCCACACAC 2297
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107981372295
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5