BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg945493 Length=2617 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT4G25880.1 | Symbols: APUM6, PUM6 | pumilio 6 | chr4:13154708-... 4152 0.0 > AT4G25880.1 | Symbols: APUM6, PUM6 | pumilio 6 | chr4:13154708-13159382 FORWARD LENGTH=3211 Length=3211 Score = 4152 bits (2248), Expect = 0.0 Identities = 2490/2608 (95%), Gaps = 11/2608 (0%) Strand=Plus/Plus Query 17 AGAAATGGCAACTGAGAATCCTATTAGGATGTCTGGAAGCAATGAAAGATGGTCTAATTC 76 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 318 AGAAATGGCAACTGAGAATCCTATTAGGATATCTGGAAGCAATGAAAGATGGTCTAATTC 377 Query 77 TAGGAAAGTTTCTGTTCCTAATCGAAGTGGCAGTGCGCCACCGAGCATGGAGGGGTCTTT 136 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 378 TAGGAAGGTTTCTGTTCCTAATCGAAGTGGCAGTGCGCCACCGAACATGGAGGGGTCTTT 437 Query 137 TCTAGCTGTGGATAATCTATTGTCACGACAGGGCGGCTCAGGTTACAATAACTTGAAGCT 196 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 438 TCTAGCTGTGGATAATCTATTGTCACGACAGGGCGGCTCAGTTTACAATAACTTGATGCT 497 Query 197 ACCGAGTTACGGGTTTGAGGAGCCTGTGGCCACTCATCCTTCTTCTAAACACAACCTTAA 256 |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 498 ACCGCGTTACGGGTTTGAGGAGCCCGTGACCACTCATCCTTCTTCTAAACATAGCCTTAA 557 Query 257 TCGCATACCTTCCCCACCTATTTATTACCCTACTGATTATCAGTTCATAGACAATCGTGT 316 ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 558 CCGCATACCTTCTCCACCGATTTATTACCCTACTGAGTATCAGTTCATAGACAATCGTGT 617 Query 317 AGGTAGATTTAGAAGTAATCAGGGATTGAATAAAGTTAGTTCTCCTATTCATTTGTCCCA 376 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| Sbjct 618 AGGTAGATTTAGAAGTAACCAGGGATTGAATAAAGTTAATTCTCCCATTCATTTGTCCCA 677 Query 377 AGGTAAACTTCCTACTCATAAGGAAGTGTCTGAGGATGAAAGCTCCCAACAGTTATCTGT 436 ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 678 AGGCAAACTTTCTACTCATAAGGAAGTTTCTGAGGATGAAAGCTCCCAACAGTTATCTGT 737 Query 437 TACTAGTGTTTCAGATAGGACTA-ATGGGTTGGACA------TTTCGCCTGGTTCTCAAA 489 || |||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||| ||||||||||||| Sbjct 738 TAATAGTGTTTCAGATAGGAC-AGATGGATTGGACATTCGTCTTTCACCTGGTTCTCAAA 796 Query 490 GTTTGGCTGATTTCAGGCAGGATGATAATTCTTCTGGGCCGACCCTTCAACATAGTCGGT 549 ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 797 GTTTGGCCGATTTCAGGCAGGATGATACTTCTTCTGGGCAGACCCCTCAACATAGTCGGT 856 Query 550 CTAACTCTTCAAATGGTGAAGTGAACACAGCGGATGAGAGTGGTAACTTCTCAGAGATGT 609 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 857 CTAACTCTTCAAATGGTGAAGTGAACACAGCAGATGAGAGTGGTAACTTCTCAGAGTTGT 916 Query 610 CAGATGATGTCATGGTTAAAGATAATGCTGCTTCAACAGCAAGAGCTTCCATTGGCAATG 669 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 917 CAGATGATGTCGTGGTTAAAGATAATGCTGCTTCAACGGCAAGAGCTTCCATTGGCAATG 976 Query 670 AGAAGAATCCAGATGAATCGACTATCATCTCTAAAATGAAGAATACTAACATATCCGGAC 729 |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 977 AGAAGAGTCCTGATGAATCGACTATCATCTCCAAAATGAAGAGTACTAACATATCCGGAC 1036 Query 730 CTGGAACGGCTAAATACCCTCGAGAACCAAGGTATGCACAGCCAGAAAGGCAGCTGCATC 789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1037 CTGGAACGGCTAAATACCCTCGAGAACCAAGGTATGGACAGCCAGAAAGGCAGCCGCATC 1096 Query 790 AACAGCAAAATAATGCAACCTGGATTCAAAATGGCAGCAAAATGGGTTCTCATGGTGTAA 849 ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1097 AACAGCAAAATAATGCAACTTGGATTCAAGGTGGCAGCAATATGGGTTCTCATGGTGTAA 1156 Query 850 ACGATGCAGTTATCGGGACCGGACAGTTTCATTATGGACAACCTTACAAGTTCTCGGGTG 909 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1157 ACGATGCAGTTATCGGGGCCGGACAGTTTCATTATGGACAACCTTACAAGTTCTCGGGTG 1216 Query 910 ATGGTCAGCCTGTACTTCAGTCTTCCGGTTTTACGCCGCCTCTACTTTACACTGCTACCC 969 |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1217 ATGGTCAGCCCGTACTTCAGTCTTCCGGTTTTACACCGCCTCTGCTTTACACTGCTACCC 1276 Query 970 AAACGGCCTATATGACTTCACCGGCTCATGTCTATAATATGCAGTCTCCTGCTGTTTATT 1029 ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1277 AAACGGCTTATATGACTTCACCAGCTCATGTCTATAACATGCAGTCTCCTGCTGTTTATT 1336 Query 1030 CTCCTCAATATGGTTATGGACCATACACCAACATGATCCCACAGTTTATGCCTGGATACC 1089 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1337 CTCCTCAGTATGGTTATGGACCATACACCAACATGATCCCTCAGTTTATGCCTGGATACC 1396 Query 1090 CTTCCCATGGTTCTGTTCCAGTTATTGTCAGTCCAGATTTCGTTCCTCAATTATCTGGGC 1149 ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 1397 CTTCCCATGGTTCTGTTCCTGTTGTTGTCAGTCCAGATTTCATTCCTCAGTTATCTGGGC 1456 Query 1150 CAAGTGCAGGAAATGTAGTCCACGGAGGTGAAATGCAGTATGCGGAGAAGCTCTATGTTC 1209 |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1457 CAAGTGCAGGAAGTGTGGTCCATGGAGGTGAAATGCAGTATGCGGAGAAGCTCTATGTTC 1516 Query 1210 CACCAGGACAACCTTCTTTTCCAGATCCTATGTATATGCAGTACTGTCAACAGTCATTTG 1269 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1517 CACCAGGACAACCTTCTTTTCCAGATCCTATGTATATGCAGTACTGTCAACAGTCATTTG 1576 Query 1270 GGCAGATGGAACCGCTGGCTCCTAGGAATCACACGAATGCTCCTGAGTCTCAGAAAGATG 1329 ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1577 GGCAGATGGAACCACTGGCTCCTAGGAACCACACCAATGCTCCCGAGTCTCAGAAAGATG 1636 Query 1330 ATCCAAAGTTCCTTCGACAAATAAGAGGGCCAAGTAACTCTAATATGGGTAGAACGGGAA 1389 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| Sbjct 1637 ATCCAAAGTTCCTTCGACAAATTAGAGGGCCAAGTAACTCTAATATGGCAAGACCGGGAA 1696 Query 1390 TGGGTGTTAATTATTATGGAATCCAGCCAAATATGGGCATTATGGTGCAGTATCTGCCTA 1449 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1697 TGGGTGTTAATTACTATGGAATCCAGCCAAATATGGGCATTATGGTGCAGTATCTGCCTA 1756 Query 1450 CACAGCTCGGCCCTCCTCTTTCACCAGGTCCTGTTCCCTATGTCGAGGCATATCCTGGAT 1509 |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1757 CACATCTCGGCCCTCCTCTTTCACCAGGTCATGTTCCTTATGTCGAGGCATATCCTGGAT 1816 Query 1510 GGCAGTCACAAGGGAGCTTAGAAGGTGCCAATGGCCCTCGATTGTGCAATTTTCTTGAAG 1569 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1817 GGCAGCCACAAGGGAGCTTAGAAGGTGCCAATGGCCCTCGATTGTGCAATTTTCTTGAAG 1876 Query 1570 AGCTGAAATCTGGGAAAGGTAGGAGGTTTGATCTATCTGACATCACAGGACACATTGTTG 1629 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1877 AGCTGAAATCTGGGAAAGGTAGGAGGTTTGATCTATCTGACATCACAGGACACATTGTTG 1936 Query 1630 AATTCAGTGCGGATCAACATGGGAGCAGATTTATTCAGCAAAAGCTTGAGAATTGTAAAC 1689 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1937 AATTCAGTGCGGATCAACATGGGAGCCGATTTATTCAGCAAAAGCTTGAGAATTGTAAAC 1996 Query 1690 CAGAAGAAAAAGCAGCTGTCTTTAGGGAAATTCTTCCTCATGCTTGCAAACTCATGACAG 1749 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1997 CAGAAGAAAAAGCAGCTGTCTTTAGGGAAATTCTTCCTCATGCTTGCAAACTCATGACAG 2056 Query 1750 ATGTGTTTGGCAATTATGTCATTCAGAAGTTTTTCGAATATGGAAACTCAGCACAGAGAA 1809 |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2057 ATGTGTTTGGAAATTATGTCATTCAGAAGTTTTTTGAATATGGAAACTCAACACAGAGAA 2116 Query 1810 AGGAACTCGCCGATCAACTCATGGGACAGATAGTACCACTTAGTCTGCAGATGTATGGTT 1869 |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2117 AGGAACTCGCTGATCAACTCATGGGACAAATAGTACCACTTAGTCTGCAGATGTATGGTT 2176 Query 1870 GTCGCGTGATACAAAAGGCTCTTGATGTCATAGAACCTGATCAGAGAGTTCGTTTAGCAC 1929 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2177 GTCGCGTGATACAAAAGGCTCTTGATGTCATAGAACCTGATCAGAGAGTTCGTTTAGCAC 2236 Query 1930 GTGAACTTGATGGGCAGGTCATGAGATGTGTTCGGGACCAGAATGGAAACCATGTGATCC 1989 ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2237 GTGAACTAGACGGGCAGGTCATGAGATGTGTTCGGGACCAAAATGGAAACCATGTGATCC 2296 Query 1990 AGAAATGCATCGAGAACATCCCAGCAGACAGAGTTGGGTTCATGTTACATGCATTCCGTG 2049 |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| Sbjct 2297 AGAAATGCATCGAGAACATCCCGGCAGACAAAGTTGGTTTCATGTTATATGCATTCCGTG 2356 Query 2050 GTCAAGTTTCCTCGCTCTCTATGCATCCTTATGGCTGCCGTGTCATACAGAGGCTTTTGG 2109 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2357 GTCAAGTTTCCTCGCTCTCTATGCATCCTTATGGCTGCCGTGTCATACAGAGGCTTTTGG 2416 Query 2110 AGCGTTGCTCGCATGACCATCAATGTAGGTTCATTACTGAGGAGATACTGGAATCAGTAT 2169 ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | Sbjct 2417 AGCGTTGTTCACATGACCATCAATGTAGGTTCATTACCGAGGAGATACTGGAATCAGTCT 2476 Query 2170 GCGTCCTTTCCAAGGACCAATATGGTAATTATGTCACACAGCATGTCTTGGAGAAAGGGA 2229 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2477 GCGTCCTTTCCAAGGACCAATATGGTAATTATGTCACACAGCATGTCTTGGAGAAAGGGA 2536 Query 2230 CATCTGAAGAAAGGGAGAGAATCGTGAGAAAACTCTCAGGGCACATCGTGCAGCTTAGCC 2289 ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2537 CATCTGAAGAAAGGGAGAGGATTGGGAGAAAACTCTCAGGGCACATCGTGCAACTTAGCC 2596 Query 2290 TACATAAATTTGCATCAAATGTTATAGAAAAGTGTCTGGAGTATGGTGGTCGAATTGAGC 2349 | || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2597 TCCACAAATTTGCGTCAAATGTAATAGAGAAGTGTCTGGAGTATGGTGGTCGAGTTGAGC 2656 Query 2350 GGGACCTCATCATCAAAGAGATTGCAGGGCCTGATGAGAGCTATAATAGTCTATTGATGA 2409 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2657 GGGATCTCATCATCAAAGAGATTGCAGGGCCTGACGAGAGCTATAATAGTCTATTGATGA 2716 Query 2410 TGATGAAAGACCAGTATGGAAACTATGTGGTGCAGAAGATATTCGAGACATGTACGGCTG 2469 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2717 TGATGAAGGACCAGTATGGAAACTATGTGGTGCAGAAGATATTCGAGACATGTACGGCTG 2776 Query 2470 ATCAGCGTGCAACATTGTTCAGCAGAGTCAGAATGCATGCATCTGCATTGAAGAAATACA 2529 |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2777 ATCAGCGTTTAACATTGTTCAGCCGAGTGAGAATGCATGCATCTGCATTGAAGAAATACA 2836 Query 2530 CATATGGGAAACATATTGTTACTCGTTTGGAGCAGCCCTTTATTGAAGAAAACCAAGAAT 2589 ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2837 CATATGGGAAACATATTGTTAGTCGTTTGGAACAGCCCTCTATTGAAGAAAACCAAGAAT 2896 Query 2590 TGAG-ATGATGAGTGGCT-TTCTGATTT 2615 |||| | ||||||||||| ||||||||| Sbjct 2897 TGAGGA-GATGAGTGGCTCTTCTGATTT 2923 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 129932382370 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5