BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg946523
Length=1687
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G17090.1 | Symbols: CT-BMY, BAM3, BMY8 | chloroplast beta-am... 2876 0.0
> AT4G17090.1 | Symbols: CT-BMY, BAM3, BMY8 | chloroplast beta-amylase
| chr4:9604962-9607334 REVERSE LENGTH=2035
Length=2035
Score = 2876 bits (1557), Expect = 0.0
Identities = 1640/1681 (98%), Gaps = 1/1681 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 AGAGAG-AAAAAACTATGGAATTGACACTAAATTCCTCCAGTTCTCTTATCAAACGTAAA 65
|||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 70 AGAGAGAAAAAAACTATGGAATTGACACTGAATTCCTCGAGTTCTCTTATCAAACGTAAA 129
Query 66 GATGCCAAGAGTTCTAGAAACCAAGAGAGTTCCTCTAACAACATGACCTTTGCGAAGATG 125
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 130 GATGCCAAGAGTTCTAGAAACCAAGAAAGTTCCTCCAACAACATGACCTTTGCGAAGATG 189
Query 126 AAGCCGCCAACATATCAATTCCAAGCAAAGAACTCGGTTAAGGAAATGAAGTTCACTCAC 185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 190 AAGCCGCCAACATATCAATTCCAAGCAAAGAACTCGGTTAAGGAAATGAAGTTCACTCAC 249
Query 186 GAGAAGACCTTCACGCCAGAAGGTGAAACCCTTGAGAGATGGGAGAAGCTCCACGTTCTC 245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 250 GAGAAGACCTTCACGCCAGAAGGTGAAACCCTTGAGAAATGGGAGAAGCTCCACGTTCTC 309
Query 246 TCATACCCACACTCCAAGAACGAATCTAGCGTTCCTGTGTTCGTCATGTTACCGCTCGAC 305
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 TCATACCCACACTCCAAGAACGACGCTAGCGTTCCGGTGTTCGTCATGTTACCGCTCGAC 369
Query 306 ACGGTAACAATGTCAGGGCATTTGAACAAACCACGAGCCATGAACGCTAGTTTGATGGCT 365
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 370 ACAGTAACAATGTCAGGGCATTTGAACAAACCACGAGCCATGAACGCTAGTTTGATGGCC 429
Query 366 CTGAAAGGAGCTGGTGTGGAAGGTGTTATGGTGGATGCTTGGTGGGGATTGGTGGAGAAA 425
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 430 CTGAAAGGAGCTGGTGTGGAAGGTGTGATGGTGGATGCTTGGTGGGGATTGGTGGAGAAA 489
Query 426 GATGGACCTATGAATTATAATTGGGAAGGATATGCCGAGCTTATACAGATGGTTCAAAAG 485
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 GATGGACCTATGAATTATAACTGGGAAGGCTATGCCGAGCTTATACAGATGGTTCAAAAG 549
Query 486 CACGGTCTCAAACTCCAGGTCGTTATGTCTTTCCATCAATGTGGAGGAAACGTCGGAGAC 545
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 550 CACGGTCTCAAACTCCAGGTCGTTATGTCATTCCATCAATGTGGAGGAAACGTAGGAGAC 609
Query 546 TCTTGCAGTATCCCCTTGCCCCCATGGGTGCTTGAAGAAATCAGCAAGAACCCCGATCTT 605
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 610 TCTTGCAGTATCCCCTTGCCTCCATGGGTGCTTGAAGAGATCAGCAAGAACCCTGATCTT 669
Query 606 GTCTACACAGACAAATCTGGGAGAAGGAACGCTGAGTATATCTCCTTGGGATGTGATTCT 665
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 GTCTACACAGACAAATCTGGGAGAAGGAACCCTGAATATATCTCCTTGGGATGTGATTCT 729
Query 666 GTGCCTGTCCTAAGAGGAAGAACACCTATCCAGGTCTACTCAGATTTCATGAGGAGCTTC 725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 730 GTGCCTGTCCTAAGAGGAAGAACACCTATCCAGGTCTACTCAGATTTCATGAGGAGCTTC 789
Query 726 CGTGAACGATTTGAAGGCTACATAGGAGGAGTTATTGCGGAAATTCAAGTAGGAATGGGA 785
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 790 CGTGAACGATTTGAAGGCTACATAGGAGGAGTTATTGCGGAAATTCAAGTAGGAATGGGA 849
Query 786 CCTTGCGGAGAATTGAGATACCCATCATACCCTGAGAGCAACGGGACCTGGAGATTTCCC 845
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 850 CCTTGTGGAGAATTGAGATACCCATCATACCCTGAGAGCAACGGGACCTGGAGATTCCCC 909
Query 846 GGAATTGGAGAGTTCCAGTGCTACGACAAGTATATGAAATCGTCACTTCAAGCATATGCT 905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 910 GGAATTGGAGAGTTCCAGTGCTACGACAAGTATATGAAATCGTCACTTCAAGCATATGCT 969
Query 906 GAATCAATCGGGAAAACTAACTGGGGAACAAGTGGACCTCATGATGCCGGCGAGTACAAG 965
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 GAGTCAATCGGGAAAACTAACTGGGGAACAAGTGGACCTCATGATGCCGGCGAGTACAAG 1029
Query 966 AACCTCCCAGAAGATACTGAATTTTTCCGGAGAGACGGAACATGGAATAGCGAGTATGGA 1025
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 AACCTCCCAGAAGATACTGAATTTTTCAGGAGAGACGGAACATGGAATAGCGAGTATGGA 1089
Query 1026 AAGTTTTTCATGGAATGGTACTCTGGGAAGCTACTAGAACATGGAGACCAACTCCTATCT 1085
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 AAGTTTTTCATGGAATGGTACTCCGGGAAGCTGCTAGAACATGGAGACCAACTCCTATCT 1149
Query 1086 TCAGCGAAAGGAATCTTTCAAGGAAGCGGAGCAAAGCTATCAGGGAAGGTAGCTGGAATT 1145
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1150 TCAGCGAAAGGTATCTTTCAAGGAAGCGGAGCAAAGCTATCAGGAAAGGTAGCTGGAATT 1209
Query 1146 CACTGGCACTACAACACCAGGTCACACGCAGCTGAGCTAACCGCTGGATATTACAACACA 1205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1210 CACTGGCACTACAACACCAGGTCACACGCAGCTGAGCTAACCGCTGGATACTACAACACA 1269
Query 1206 AGAAACCATGACGGGTATCTGCCAATAGCTAAGATGTTCAACAAACATGGAGTTGTGCTC 1265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1270 AGAAACCATGACGGGTATCTGCCAATAGCTAAGATGTTCAACAAACATGGAGTTGTGCTC 1329
Query 1266 AACTTCACCTGCATGGAGATGAAAGATGGGGAGCAACCGGAGCACGCAAATTGCTCACCA 1325
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1330 AACTTCACCTGCATGGAGATGAAAGACGGGGAGCAACCTGAGCACGCGAATTGCTCACCA 1389
Query 1326 GAAGGTCTGGTGAAGCAAGTACAGAACGCGACAAGGCAGGCTGGAACCGAACTAGCAGGG 1385
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1390 GAAGGTCTGGTCAAGCAAGTACAGAACGCGACAAGGCAGGCCGGAACCGAACTAGCAGGG 1449
Query 1386 GAGAACGCGCTAGAACGATACGACTCGAGCGCATTCGGACAAGTGGTAGCAACAAATAGG 1445
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 GAGAACGCGCTAGAACGATATGACTCAAGCGCATTCGGACAAGTGGTAGCAACAAATAGG 1509
Query 1446 TCAGATTCTGGAAATGGGTTAACCGCATTTACTTACCTAAGAATGAACAAGCGGTTATTT 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 TCAGATTCTGGAAATGGGTTAACCGCATTTACTTACCTAAGAATGAACAAGCGGTTATTT 1569
Query 1506 GAGGGTCAAAATTGGCAGCAGTTAGTGGAGTTTGTTAAGAACATGAAGGAAGGTGGTCAT 1565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1570 GAGGGTCAAAATTGGCAGCAGTTAGTGGAGTTTGTTAAGAACATGAAGGAAGGTGGTCAT 1629
Query 1566 GGAAGGAAACTTTCAAAAGAAGACACAACTGGAAGTGACCTTTATGTTGGATTTGTCAAA 1625
|| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1630 GGGAGGAGACTCTCAAAAGAAGACACAACTGGAAGTGACCTTTATGTTGGATTTGTCAAA 1689
Query 1626 GGCAGGATCGCTGAGAATGTGGAGGAGGCTGCTTTAGTGTAATTTCCCACATAGGTACAT 1685
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 GGCAAGATCGCTGAGAATGTGGAGGAGGCTGCTTTAGTGTAATTTCCCACATAGGTACAT 1749
Query 1686 A 1686
|
Sbjct 1750 A 1750
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83383105245
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5