BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg946646 Length=3539 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT4G16250.1 | Symbols: PHYD | phytochrome D | chr4:9195602-9199... 5511 0.0 > AT4G16250.1 | Symbols: PHYD | phytochrome D | chr4:9195602-9199486 REVERSE LENGTH=3495 Length=3495 Score = 5511 bits (2984), Expect = 0.0 Identities = 3330/3498 (95%), Gaps = 20/3498 (1%) Strand=Plus/Plus Query 22 ATGGTCTCCGGAAGCGGTAGCAAAACCAGCGGTGGTGAGGCAGCTTCCTCAGGCCATCGC 81 |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | Sbjct 1 ATGGTCTCCGGAGGTGGTAGCAAAACCAGCGGTGGAGAGGCAGCTTCCTCAGGCCAT--C 58 Query 82 GTCAATCGGAGCCGTCACACCA--GC-GCAGAACAAGCTCAGTCGTCAGCAAGCAAAGCC 138 | | || || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 59 G-C---CGAAGTCGTCACACCAGCGCTGCAGAACAAGCTCAGTCGTCAGCAAACAAAGCC 114 Query 139 CTAAGGTCACAGAATCAGCAGCCGCAAAACCACGGCGCCGGAACGGAATCCACAAGCAAA 198 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| || ||||||| |||| Sbjct 115 CTAAGGTCACAGAATCAGCAGCCACAAAACCACGGTGGCGGAACAGAGTCCACAAACAAA 174 Query 199 GCAATTCAACAGTACACTGTCGACGCGAGACTTCACGCCGTCTTCGAACAATCCGGAGAG 258 || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 175 GCTATTCAACAGTACACTGTCGACGCGAGACTCCACGCCGTCTTCGAACAATCCGGAGAG 234 Query 259 TCAGGTAAGTCGTTCGATTACTCGCAGTCTCTTAAAACGGCGCCGTACGA-TCCTTCCGT 317 |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| Sbjct 235 TCAGGTAAGTCGTTTGATTACTCACAGTCTCTTAAAACGGCGCCGTACGATTCC-TCCGT 293 Query 318 ACCGGAGCAGCAGATCACAGCTTATCTCTCGCGGATCCAACGCGGTGGCTATACCCAGCC 377 ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 294 ACCAGAGCAGCAGATCACAGCTTATCTCTCCCGGATCCAACGCGGTGGCTATACCCAGCC 353 Query 378 TTTTGGCTGCTTGATCGCCGTCGAAGAATCCACCTTCACAATCATCGGTTACAGTGAAAA 437 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 354 TTTTGGCTGCTTGATCGCCGTCGAAGAATCCACTTTCACAATCATCGGTTACAGTGAAAA 413 Query 438 TGCGCGGGAAATGCTAGGGCTCATGTCTCAATCTGTACCAAGCATCGAGGAGATATCGGA 497 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || Sbjct 414 TGCGCGGGAAATGCTAGGGCTCATGTCTCAATCTGTACCAAGCATCGAGGACAAATCAGA 473 Query 498 GGTTCTT-ACGATTGGTACTGATTTGCGATCTCTCTTCAAGTCATCGAGCAT-CGTTCTC 555 |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||| Sbjct 474 GGTT-TTAACGATTGGTACGGATTTGCGATCTCTCTTCAAGTCATCGAGC-TACCTTCTC 531 Query 556 CTCGAACGCGCGTTCGTGGCTCGAGAGATCACACTTCTGAATCCGATTTGGATTCACTCT 615 ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 532 CTCGAGCGCGCGTTCGTGGCTCGAGAGATCACGCTTCTGAATCCTATTTGGATTCACTCT 591 Query 616 AAGAACACTGGTAAACCTTTTTACGCGATTCTCCACAGGGTTGATGTTGGAATTTTGATC 675 || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 592 AACAACACTGGTAAACCTTTCTACGCGATTCTCCACAGGGTTGATGTTGGAATTTTGATC 651 Query 676 GATTTAGAGCCGGCTCGAACCGAGGACCCGGCGCTTTCAATCGCCGGAGCAGTCCAATCG 735 ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 652 GATTTAGAGCCGGCTCGAACCGAAGATCCGGCACTTTCAATCGCCGGAGCAGTCCAATCG 711 Query 736 CAGAAACTTGCGGTCCGTGCGATTTCTCATTTACAATCCTTACCTGGAGGAGACATCAAG 795 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | || ||||| ||| Sbjct 712 CAGAAACTTGCGGTACGTGCGATTTCTCATTTACAATCGTTGCCTAGCGGCGACATTAAG 771 Query 796 CTTCTATGTGACACTGTTGTGGAAAGCGTTAGAGATCTTACTGGCTACGACCGCGTTATG 855 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 772 CTTCTATGTGACACTGTTGTGGAAAGCGTTAGAGATCTTACTGGCTACGACCGCGTTATG 831 Query 856 GTGTACAAGTTTCATGAAGATGAACATGGCGAAGTCGTAGCGGAGAGTAAACGGGACGAT 915 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| Sbjct 832 GTGTACAAGTTTCATGAAGATGAACATGGTGAAGTCGTAGCCGAGAGTAAACGGAACGAT 891 Query 916 TTAGAGCCTTACATCGGTCTGCATTATCCGGCTACTGATATTCCTCAGGCATCTCGGTTC 975 |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 892 TTAGAGCCTTACATTGGTCTGCATTATCCCGCTACTGATATTCCTCAGGCATCTCGGTTC 951 Query 976 TTGTTCAAGCAGAACCGTGTTAGGATGATTGTAGATTGCTATGCGTCACCGGTTCGTGTG 1035 ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 952 TTGTTCAAGCAAAACCGTGTTAGGATGATAGTAGATTGCTATGCGTCACCGGTTCGTGTG 1011 Query 1036 GTTCAAGACGATAGGCTAACGCAGCCTATATGCTTGGTGGGTTCGACTTTGCGAGCTCCT 1095 ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1012 GTTCAAGACGATAGGCTCACGCAGTTTATATGCTTGGTGGGTTCGACTTTGCGAGCTCCT 1071 Query 1096 CATGGCTGTCACGCTCAATACATGACTAACATGGGCTCTATTGCGTCGTTAGCCATGGCA 1155 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1072 CATGGCTGTCATGCTCAATACATGACTAACATGGGCTCTATTGCGTCGTTAGCTATGGCA 1131 Query 1156 GTTATAATAAATGGAAACGAAGAAGATGGTAACGGTGGTGTTAATACTGGAGGAAGAAAC 1215 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1132 GTTATAATAAATGGAAACGAAGAAGATGGTAA---TGGGGTTAATACTGGAGGAAGAAAC 1188 Query 1216 TCGATGAGGCTTTGGGGTTTAGTTGTTTGCCATCACACATCGGCTCGTTGCATACCTTTT 1275 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1189 TCGATGAGGCTTTGGGGTTTAGTTGTTTGCCATCACACATCAGCTCGTTGCATACCTTTT 1248 Query 1276 CCTTTGAGGTATGCTTGTGAGTTTCTTATGCAGGCCTTTGGCTTACAGCTAAACATGGAG 1335 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1249 CCTTTGAGGTACGCTTGTGAGTTTCTTATGCAGGCCTTTGGCTTACAGCTAAACATGGAG 1308 Query 1336 TTGCAGTTAGCCTTGCAGGTGTCTGAAAAACGCGTTCTGAGAATGCAGACACTGTTATGC 1395 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1309 TTGCAGTTAGCCTTGCAGGTGTCTGAAAAACGCGTTCTGAGAATGCAGACACTATTATGT 1368 Query 1396 GATATGCTTCTGCGTGCCTCACCCGCGGGAATTGTCACGCAGAGGCCTAGTATCATGGAT 1455 ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1369 GATATGCTTCTACGTGACTCACCAGCGGGGATTGTCACGCAGAGGCCTAGTATCATGGAT 1428 Query 1456 TTAGTAAAATGTAACGGTGCTGCATTTCTTTACCAAGGGAAGTATTATCCGTTGGGTGTG 1515 |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1429 TTAGTAAAATGTAATGGTGCGGCATTTCTTTACCAAGGGAAGTATTATCCGTTGGGTGTG 1488 Query 1516 GCTCCGACTGAGGCTCAGATAAATGACATTGTGGAGTGGTTGCTTGCTAACCATTCTGAT 1575 |||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1489 ACTCCAACTGATTCTCAGATTAATGACATTGTGGAGTGGTTGGTTGCTAACCATTCTGAT 1548 Query 1576 TCAACCGGGTTAAGCACAGATAGTTTAGGCGATGCGGGTTATCCTCGGGCAGCTGCTTTG 1635 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1549 TCTACCGGGTTAAGCACAGATAGTTTAGGCGATGCGGGTTATCCTCGGGCAGCTGCTTTG 1608 Query 1636 GGAGATGCTGTGTGCGGTATGGCAGTCGCGTGTATCACAAAAAGGGACTTCCTTTTCTGG 1695 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1609 GGAGATGCTGTGTGCGGTATGGCAGTCGCGTGTATCACAAAAAGGGACTTCCTTTTCTGG 1668 Query 1696 TTTCGGTCTCATACTGAGAAAGAAATCAAATGGGGAGGGGCTAAGCACCATCCTGAGGAT 1755 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1669 TTTCGGTCTCATACTGAGAAAGAAATCAAATGGGGAGGGGCTAAGCACCATCCTGAGGAC 1728 Query 1756 AAAGATGATGGTCAGCGGATGCATCCGCGTTCTTCGTTCCAGGCTTTTCTCGAAGTTGTT 1815 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1729 AAAGATGATGGTCAGCGGATGAATCCGCGTTCTTCGTTCCAGACTTTTCTCGAAGTTGTT 1788 Query 1816 AAGAGCCGATGTCAGCCATGGGAAACTGCTGAAATGGACGCTATTCATTCGCTCCAGCTT 1875 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| Sbjct 1789 AAGAGCCGATGTCAGCCATGGGAAACTGCTGAAATGGACGCCATTCACTCGCTCCAGCTT 1848 Query 1876 ATTCTAAGAGATTCTTTCAAAGAGTCTGAAGCGGTGGACACTAAAGCTTCTGCACCTGGG 1935 ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| Sbjct 1849 ATTCTAAGAGACTCTTTCAAAGAGTCTGAAGCGATGGACTCTAAAGCTGCTGCAGCTGGG 1908 Query 1936 GCGGTTCAGCCACATGGGGATGATATGGCAGAGCAAGGGATGCAGGAGATAGGTGCAGTT 1995 ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1909 GCGGTTCAGCCACATGGAGATGATATGGTACAGCAAGGGATGCAGGAGATAGGTGCAGTT 1968 Query 1996 GCGAGAGAGATGATTAGGCTTATTGAGACTGCGACGGTTCCTATATTAGCTGTGGACATT 2055 || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1969 GCAAGAGAGATGGTTAGGCTCATTGAGACTGCGACGGTTCCTATATTTGCTGTGGACATA 2028 Query 2056 GATGGCTGCATCAATGGGTGGAATGCCAAGATCGCAGAGCTGACTGGTCTTTCTGTTGAA 2115 || || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2029 GACGGTTGCATCAATGGGTGGAACGCCAAGATCGCAGAGCTGACCGGTCTTTCTGTTGAA 2088 Query 2116 GAAGCTATGGGAAAGTCTCTTGTTCGCGATTTGATATACAAAGAGTACGAAGAAACAGTT 2175 || |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2089 GACGCTATGGGAAAGTCGCTGGTTCGCGAATTGATATACAAAGAGTACAAAGAAACAGTT 2148 Query 2176 GATAGGCTTCTTTCTTGTGCTCTCAAAGGGGATGAAGGCAAGAATGTGGAGGTCAAGCTG 2235 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2149 GATAGGCTTCTTTCTTGTGCTCTCAAAGGGGATGAAGGCAAGAATGTGGAGGTCAAGCTG 2208 Query 2236 AAAACTTTTGGTCCCGAGCTACAAGGGAAAGCAGTGTTTGTGGTTGTCAACGCATGCTCA 2295 |||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2209 AAAACTTTTGGTTCCGAGCTACAAGGAAAAGCAATGTTTGTGGTTGTCAACGCATGTTCA 2268 Query 2296 AGCAAGGACTACTTAAACAACATCGTTGGAGTCTGCTTTGTTGGACAAGATGTAACCGGT 2355 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2269 AGCAAGGACTACTTAAACAACATCGTTGGAGTCTGCTTTGTTGGACAAGATGTAACTGGT 2328 Query 2356 CATAAAATTGTTATGGACAAGTTCATCAACATACAAGGCGATTACAAGGCCATCATCCAT 2415 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2329 CATAAAATTGTTATGGACAAGTTCATCAACATACAAGGTGATTACAAGGCCATCATCCAT 2388 Query 2416 AGCCCGAACCCTCTGATCCCTCCAATCTTTGCAGCGGATGAGAATACGTGCTGCCTTGAG 2475 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2389 AGCCCGAACCCTCTGATCCCTCCAATCTTTGCAGCGGATGAGAATACGTGCTGCCTTGAG 2448 Query 2476 TGGAACACCGCAATGGAAAAGCTCACAGGGTGGCCTCGCAGCGAAGTGATTGGAAAATTG 2535 |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2449 TGGAACACTGCAATGGAAAAGCTCACAGGCTGGCCTCGCAGCGAAGTGATTGGAAAATTA 2508 Query 2536 CTTGTTAGGGAAGTATTTGGGAGCTGTTGCAGACTAAAGGGTCCTGATGCGTTAACTAAG 2595 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2509 CTTGTTAGGGAAGTATTTGGGAGCTATTGCAGACTAAAGGGTCCTGATGCGTTAACTAAG 2568 Query 2596 TTCATGATCGTTTTGCATAACGCGATTGGTGGCCAAGAAACGGATAAATTCCCATTCCCG 2655 ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 2569 TTCATGATCGTCTTGCATAACGCGATCGGTGGCCAAGATACTGATAAATTCCCATTCCCG 2628 Query 2656 TTCTTTGACCGTGAAGGGAAATTCATTCAGGCTCTCCTGACTTTGAACAAACGGGTCAGC 2715 |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2629 TTCTTTGATCGCAAAGGGGAATTCATTCAGGCTCTCCTGACTTTGAACAAACGGGTCAGC 2688 Query 2716 GTCGACGGCAAAATCATTGGGGCTTTCTGTTTTTTGCAGATACCGAGTCCAGAGCTGCAG 2775 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2689 ATCGATGGCAAAATCATTGGGGCTTTCTGTTTTTTGCAGATACCGAGTCCCGAGCTGCAG 2748 Query 2776 CAAGCTCTAGAAGTCCAGAGGAGGCAGGAGAGTGAATACTTCTCAAGGAGGAAAGAGTTG 2835 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2749 CAAGCTCTAGAAGTTCAGAGGAGGCAGGAGAGTGAATATTTCTCAAGGAGGAAAGAGTTG 2808 Query 2836 GCTTACATTTTCCAAGTTATAAAGAATCCATTGAGCGGATTGCGTTTCACAAATTCATTG 2895 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2809 GCTTACATTTTCCAAGTTATAAAGAATCCATTGAGTGGATTGCGTTTCACAAATTCATTG 2868 Query 2896 CTGGAAG-CTACGGATTTAAACGAGGATCAGAAGCAGCTTCTTGAAACAAGTGTTTCATG 2954 ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2869 CTGGAAGAC-ATGGATTTAAACGAGGATCAGAAGCAGCTTCTTGAAACGAGTGTTTCATG 2927 Query 2955 CGAGAAGCAGATCTCAAAGATTGTAGGAGACATGGACGTCAAAAGCATTGAAGACGGTTC 3014 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 2928 TGAGAAGCAGATCTCAAAGATTGTAGGAGACATGGACGTCAAAAGCATAGATGACGGTTC 2987 Query 3015 ATTTCTGCTAGAGAGAACAGAGTTCTTCATTGGCAGTGTCATAAATGCAGTGGTAAGCCA 3074 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2988 ATTTCTGCTAGAGAGAACAGAGTTCTTCATTGGCAATGTCACAAATGCAGTGGTAAGCCA 3047 Query 3075 AGTCATGTTTGTGGTGAGAGAGAGAAATATTCAGCTGATCCGTAACATTCCCACGGAGAT 3134 ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 3048 AGTCATGTTGGTGGTGAGAGAGAGAAATCTCCAGCTGATCCGTAACATTCCCACGGAGGT 3107 Query 3135 CAAATCCATGGCTGTTTACGGTGACCAGATAAGGCTCCAACAGGTTCTAGCAGAATTTTT 3194 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | Sbjct 3108 CAAATCCATGGCTGTCTACGGTGACCAGATAAGGCTCCAACAGGTTCTCGCAGAATTTCT 3167 Query 3195 GCTAAGTATTGTCCGTTATGCGCCCATGGAAGGCTCAGTAGAGCTCCATCTATGCCCGGT 3254 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 3168 GCTAAGTATTGTCCGTTATGCACCCATGGAAGGCTCGGTAGAGCTCCATCTATGCCCGAC 3227 Query 3255 TCTGAAACAAATGGCTGACGGGTTCTCCGCTATACGCTTGGAGTTCAGAATGGCGTGTGC 3314 |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3228 TCTGAACCAAATGGCTGACGGATTCTCCGCTGTACGTTTGGAGTTCAGAATGGCGTGTGC 3287 Query 3315 AGGGGAAGGTGTGCCGCCAGAGAAAGTGCAGGACATGTTCCATAGTAGCCGATGGACAAG 3374 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3288 AGGGGAAGGTGTGCCGCCAGAGAAAGTGCAAGACATGTTCCATAGTAGCCGATGGACAAG 3347 Query 3375 TCCAGAAGGATTAGGACTAAGCGTTTGCAGAAAGATTCTGAAGCTGATGAACGGAAGGGT 3434 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| Sbjct 3348 TCCAGAAGGATTAGGACTAAGCGTTTGCAGAAAGATTTTGAAGCTGATGAACGGAGGGGT 3407 Query 3435 TCAGTACATAAGGGAATTCGAACGCTCTTATTTCCTAATCGTTATAGAACTCCCGGTTCC 3494 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3408 TCAGTACATAAGAGAATTCGAACGCTCTTATTTCCTAATCGTTATCGAACTCCCGGTTCC 3467 Query 3495 TCTGATGATGATGATGCC 3512 ||| |||||||||||||| Sbjct 3468 TCTAATGATGATGATGCC 3485 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 176186303816 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5