BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg950963 Length=2680 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G62000.1 | Symbols: ARF2, ARF1-BP, HSS, ORE14 | auxin respon... 4218 0.0 > AT5G62000.1 | Symbols: ARF2, ARF1-BP, HSS, ORE14 | auxin response factor 2 | chr5:24910358-24915210 FORWARD LENGTH=3515 Length=3515 Score = 4218 bits (2284), Expect = 0.0 Identities = 2570/2703 (95%), Gaps = 40/2703 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 GGATTTGGAGATTTCTTGTTGATATCGTCTGCTTAGAGGCTTATTTGGTACCAGATGAAA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GGATTTGGAGATTTCTTGTTGATATCGTCTGCTTAGAGGCTTATTTGGTACCAGATGAAA 480 Query 61 CAGATCTGAGCTT-GAGAAGGTATGGCGAGTTCGGAGGTTTCAATGAAAGGTAATCGTGG 119 ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 CAGATCTGAGCTTCG-GAAGGTATGGCGAGTTCGGAGGTTTCAATGAAAGGTAATCGTGG 539 Query 120 AGGAGATAACTTCTCCTCCTCCGCTTTTAGTGACCCTAAAGAGACTAGAAA--------- 170 ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 540 AGGAGATAACTTCTCCTCCTCTGGTTTTAGTGACCCTAAGGAGACTAGAAATGTCTCCGT 599 Query 171 ---CGGCGAGGGGCAAAAAAGTAATTCTAGCCGACCCGCTGCGGCTGAGCGTGCTGTCGA 227 |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| | || Sbjct 600 CGCCGGCGAGGGGCAAAAAAGTAATTCTACCCGATCCGCTGCGGCTGAGCGTGCTTTGGA 659 Query 228 CCCTGAGGCTGCTCTTTACAGAGAGCTATGGCACGCTTGTGCCGGTCCGCTTGTGACGGT 287 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 660 CCCTGAGGCTGCTCTTTACAGAGAGCTATGGCACGCTTGTGCTGGTCCGCTTGTGACGGT 719 Query 288 TCCTAGACAAGATGACCGAGTCTTCTATTTTCCTCAAGGACACATCGAGCAGGTGGAGGC 347 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 TCCTAGACAAGACGACCGAGTCTTCTATTTTCCTCAAGGACACATCGAGCAGGTGGAGGC 779 Query 348 GTCGACGAACCAGGCGGCAGAACAACAGATGCCTCTCTATGATCTTCCATCAAAGCTTCT 407 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 780 TTCGACGAACCAGGCGGCAGAACAACAGATGCCTCTCTATGATCTTCCGTCAAAGCTTCT 839 Query 408 TTGTCGAGTTATTAATGTAGATTTAAAGGCAGAGGCAGATACAGATGAAGTTTATGCCCA 467 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 840 CTGTCGAGTTATTAATGTAGATTTAAAGGCAGAGGCAGATACAGATGAAGTTTATGCGCA 899 Query 468 GATTACACTTCTTCCCGAGGCTAACCAAGACGAGAATGCAATTGAGAAAGAAGCGCCTCC 527 |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 GATTACTCTTCTTCCTGAGGCTAATCAAGACGAGAATGCAATTGAGAAAGAAGCGCCTCT 959 Query 528 TCCTCCACCTCCGAGGTTCCAGGTGCATTCGTTCTGCAAAACCTTGACTGCATCCGACAC 587 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 TCCTCCACCTCCGAGGTTCCAGGTGCATTCGTTCTGCAAAACCTTGACTGCATCCGACAC 1019 Query 588 AAGTACACATGGTGGATTTTCTGTTCTTAGGCGACATGCTGATGAATGCCTTCCACCTCT 647 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| Sbjct 1020 AAGTACACATGGTGGATTTTCTGTTCTTAGGCGACATGCGGATGAATGTCTCCCACCTCT 1079 Query 648 GGATATGTCTCGACAACCTCCCACACAAGAGTTAGTTGCAAAGGATTTGCATGCAAATGA 707 ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 GGATATGTCTCGACAGCCTCCCACTCAAGAGTTAGTTGCAAAGGATTTGCATGCAAATGA 1139 Query 708 GTGGCGATTCAGACATATATTCCGAGGTCAACCACGGAGGCATTTGCTTCAGAGTGGGTG 767 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1140 GTGGCGATTCAGACATATATTCCGGGGTCAACCACGGAGGCATTTGCTACAGAGTGGGTG 1199 Query 768 GAGTGTGTTTGTTAGCTCCAAAAGGCTAGTTGCAGGCGATGCGTTTATATTTCTAAGGGG 827 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 GAGTGTGTTTGTTAGCTCCAAAAGGCTAGTTGCAGGCGATGCGTTTATATTTCTAAGGGG 1259 Query 828 CGAGAATGGAGAATTAAGAGTGGGTGTAAGGCGTGCGATGCGACAACAAGGAAATGTGCC 887 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1260 CGAGAATGGAGAATTAAGAGTTGGTGTAAGGCGTGCGATGCGACAACAAGGAAACGTGCC 1319 Query 888 GTCTTCTGTTATATCTAGCCATAGCATGCATCTTGGAGTACTGGCTACCGCATGGCATGC 947 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1320 GTCTTCTGTTATATCTAGCCATAGCATGCATCTTGGAGTACTGGCCACCGCATGGCATGC 1379 Query 948 CATTTCAACGGGGACTATGTTTACAGTGTACTACAAACCAAGGACCAGCCCATCTGAGTT 1007 ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1380 CATTTCAACAGGGACTATGTTTACAGTCTACTACAAACCCAGGACGAGCCCATCTGAGTT 1439 Query 1008 TATTGTTCCGTTTGATCAGTATATGGAGTCTGTGAAGAATAACTACTCCATTGGCATGAG 1067 |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1440 TATTGTTCCGTTCGATCAGTATATGGAGTCTGTTAAGAATAACTACTCTATTGGCATGAG 1499 Query 1068 ATTTAAAATGAGATTTGAAGGCGAAGAGGCTCCTGAGCAGAGGTTTACTGGCACAATTGT 1127 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1500 ATTCAAAATGAGATTTGAAGGCGAAGAGGCTCCTGAGCAGAGGTTTACTGGCACAATCGT 1559 Query 1128 TGGGATTGAAGACTCTGA-CATCACTAGGTGGCCAAAATCAAAGTGGAGATCCCTCAAGG 1186 |||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1560 TGGGATTGAAGAGTCTGATCCT-ACTAGGTGGCCAAAATCAAAGTGGAGATCCCTCAAGG 1618 Query 1187 TGAGATGGGATGAGACTTCTAGTATTCCTCGACCTGATAGAGTATCTCCGTGGAAAATAG 1246 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1619 TGAGATGGGATGAGACTTCTAGTATTCCTCGACCTGATAGAGTATCTCCGTGGAAAGTAG 1678 Query 1247 AGCCAGCTCTTGCTCCTCCTGCGTTGAGTCCTGTTCCAATGCCTAGGCCTAAGAGGCCCA 1306 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1679 AGCCAGCTCTTGCTCCTCCTGCTTTGAGTCCTGTTCCAATGCCTAGGCCTAAGAGGCCCA 1738 Query 1307 GATCTAATATAGCACCTTCATCTCCTGACTCTTCAATGCTTACTAGAGAAGGCACAACTA 1366 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 1739 GATCAAATATAGCACCTTCATCTCCTGACTCTTCGATGCTTACCAGAGAAGGTACAACTA 1798 Query 1367 AAACAAACATGGACCCTTTACCAGCAAGCGGACTTTCAAGGGTCTTGCAAGGTCAAGAAT 1426 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1799 AGGCAAACATGGACCCTTTACCAGCAAGCGGACTTTCAAGGGTCTTGCAAGGTCAAGAAT 1858 Query 1427 ACCCGACCTTGAGGACGAAACATACTGAGAGTGTAGAGTGTGATGCTCCTGAGAATTCTG 1486 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 ACTCGACCTTGAGGACGAAACATACTGAGAGTGTAGAGTGTGATGCTCCTGAGAATTCTG 1918 Query 1487 TTGTTTGGCAATCCTCAGCGGATGATGATAAGGTTGACGTGGTTTCGGGTTCTAGAAGAT 1546 |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1919 TTGTCTGGCAATCTTCAGCGGATGATGATAAGGTTGACGTGGTTTCGGGTTCTAGAAGAT 1978 Query 1547 ATGGATCTGAGAACTGGATGCCCTCAGCCAGGCATGAACCTACTTACACGGATTTGCTTT 1606 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | Sbjct 1979 ATGGATCTGAGAACTGGATGTCCTCAGCCAGGCATGAACCTACTTACACAGATTTGCTCT 2038 Query 1607 CCGGCTTTGGGGCTAACATAGAACCATCCCATGGTCAGCGGATACCTTTTTATGACCATT 1666 ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2039 CCGGCTTTGGGACTAACATAGATCCATCCCATGGTCAGCGGATACCTTTTTATGACCATT 2098 Query 1667 CATCATCACCTTCTATGCCTGCAAAGA-ATATATTGAGTGATCCGGAGGGCAAGTTCGAT 1725 ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| | || |||||||||||| Sbjct 2099 CATCATCACCTTCTATGCCTGCAAAGAGA-ATCTTGAGTGATTCAGAAGGCAAGTTCGAT 2157 Query 1726 TTTCTTGCTAACCAGTGGCAGATGATGCACTCTGGCCTCTCCCTGAAGTTACATGAATCT 1785 | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2158 TATCTTGCTAACCAGTGGCAGATGATACACTCTGGTCTCTCCCTGAAGTTACATGAATCT 2217 Query 1786 CCTAAGGTACCTGCGGCAACTGATGCCTCT-TGCCAAGGGCGAGGCAATGTTAAATACAG 1844 |||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2218 CCTAAGGTACCTGCAGCAACTGATGCGTCTCT-CCAAGGGCGATGCAATGTTAAATACAG 2276 Query 1845 TGAATATCCAGTGCTTAATGGTCTATCGACTGAAAATGCTGGCGGTAACTGGCCAATACG 1904 |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2277 CGAATATCCTGTTCTTAATGGTCTATCGACTGAGAATGCTGGTGGTAACTGGCCAATACG 2336 Query 1905 TCCACGTGCTTTGAATTATTTTGAGGAAGTGGTTCA-TGCTCAAGCACAAGCTCAGGCGC 1963 |||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| || | Sbjct 2337 TCCACGTGCTTTGAATTATTATGAGGAAGTGGT-CAATGCTCAAGC----GC--A----- 2384 Query 1964 AAGCTCAGGCTAGGGAGCAAGTAACAAAACAACCCGTCACAATACAAGAGGAGACAGCAA 2023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2385 A-GCTCAGGCTAGGGAGCAAGTAACAAAACAACCCTTCACGATACAAGAGGAGACAGCAA 2443 Query 2024 AGTCAAGAGAAGGGAACTGCAGACTTTTTGGCATTCCTCTGTCCAACAACATGAATGGGA 2083 |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2444 AGTCAAGAGAAGGGAACTGCAGGCTCTTTGGCATTCCTCTGACCAACAACATGAATGGGA 2503 Query 2084 CAGACTCAACCATGTCTCAGAGAAGCAACTTGAATGATGCTGCGGGGCTTGCACAGATAG 2143 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2504 CAGACTCAACCATGTCTCAGAGAAACAACTTGAATGATGCTGCGGGGCTTACACAGATAG 2563 Query 2144 CATCACCAAAGGTTCAAGACCTTCCCGATCAGTCAAAAGGGTCAAAATCGACAAACGATC 2203 |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2564 CATCACCAAAGGTTCAGGACCTTTCAGATCAGTCAAAAGGGTCAAAATCAACAAACGATC 2623 Query 2204 ATCGTGAACAGGGAAGACCGTTCCAGACTAATAATTCTCATCCGAAGGATGCTCATACGA 2263 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2624 ATCGTGAACAGGGAAGACCATTCCAGACTAATAATCCTCATCCGAAGGATGCTCAAACGA 2683 Query 2264 AAACCAACTCAAGTAGGAGTTGCACAAAGGTTCACAAGCAGGGAATTGCACTTGGCCGTT 2323 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2684 AAACCAACTCAAGTAGGAGTTGCACAAAGGTTCACAAGCAGGGAATTGCACTTGGCCGTT 2743 Query 2324 CAGTGGATCTTTCAAAGTTCCAAAACTATGAGGAGTTAATCGCGGAGCTGGACAGGCTGT 2383 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| Sbjct 2744 CAGTGGATCTTTCAAAGTTCCAAAACTATGAGGAGTTAGTCGCTGAGCTGGACAGGCTGT 2803 Query 2384 TTGAGTTTAATGGAGAGTTGATGGCTCCTAAGAAAGATTGGCTGATAGTTTACACAGATG 2443 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2804 TTGAGTTCAATGGAGAGTTGATGGCTCCTAAGAAAGATTGGTTGATAGTTTACACAGATG 2863 Query 2444 ATGAGAATGATATGATGCTTGTTGGAGACGATCCTTGGCAGGAGTTTTGTTGCATGGTTC 2503 | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2864 AAGAGAATGATATGATGCTTGTTGGTGACGATCCTTGGCAGGAGTTTTGTTGCATGGTTC 2923 Query 2504 GCAAAATCTTCATATACACGAAAGAGGAAGTGAGGAAGATGAACCCGGGGACTTTAAGCT 2563 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2924 GCAAAATCTTCATATACACGAAAGAGGAAGTGAGGAAGATGAACCCGGGGACTTTAAGCT 2983 Query 2564 GTAGGAGCGAGGAAG--G-AGTTGTTGGGGAAGGATCAGATGCAAAGGACGCCAAGTCTG 2620 ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2984 GTAGGAGCGAGGAAGAAGCAGTTGTTGGGGAAGGATCAGATGCAAAGGACGCCAAGTCTG 3043 Query 2621 CATCAAATCCTTCATTGTCCAGTGCCGGGAACTCTTAAACAAACAAAA---CCAGCAACC 2677 |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||| Sbjct 3044 CATCAAATCCTTCATTGTCCAGCGCTGGGAACTCTTAAACAAACAAAATAACCAACAACC 3103 Query 2678 CTT 2680 ||| Sbjct 3104 CTT 3106 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 133092899779 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5