BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg951334
Length=2314
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G64940.1 | Symbols: ATATH13, ATH13, ATOSA1, OSA1 | ABC2 homo... 3677 0.0
> AT5G64940.1 | Symbols: ATATH13, ATH13, ATOSA1, OSA1 | ABC2 homolog
13 | chr5:25948973-25953822 FORWARD LENGTH=2836
Length=2836
Score = 3677 bits (1991), Expect = 0.0
Identities = 2223/2330 (95%), Gaps = 36/2330 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTCTTCCGAAATATTACCATCAATGGCGA---CTTCTTCTTCATCGTCGTCTCTGCT 57
||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 TCTCTCTTCCGAAGTATTACCATCAATGGCGACTTCTTCTTCTTCATCGTCGTCTCTGCT 178
Query 58 TTTACCCAACATCAATTTCAACTCCAGACAATCT---AC-A--A------------CAAT 99
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || | | ||||
Sbjct 179 TTTACCAAACATCAATTTCAACTCAAGACAATCTCCAACAATCACTCGTTCCGTTTCAAT 238
Query 100 CGCCGGAATTTTCTTACCCAGAAACCGATTAAGCTACAATCACAATCTTCAGCTTCGTAC 159
|||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||
Sbjct 239 CGCCGGGATCTTCTTACCCAGAAACCGATTAAGCTACAATCACAATCTCCGGATTCGTAC 298
Query 160 GAGATTAATCAGAGCTTCTAAAGACGATAATGTCGCAGTAGAAGATCGTGGCAATGCAGT 219
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||
Sbjct 299 GAGATTAATCAGAGCTTCTAAAGACGATAATGTCGCTGTTGAAGATCGTGATAATGCAGT 358
Query 220 ---GATCAATGGAGATTATAATAACGGAAGCGCCCGTTTAAACGGTAACGGCTCTGCGAG 276
|||||| || || | | | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 GAAGATCAACGGTGA-T-T-ACAACGGAAGTGCACGTTTAAACGGTAACGGCTCTGCGAG 415
Query 277 AAAATCTGTCAACGGTGATTATAACGGAAGTGCCCGTTTAAACGGTAACGGTAACGGTAG 336
|||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||
Sbjct 416 AAAATCCGTCAACGGAGATTTTAACGGAAGTGCTCGTTT-----G-AACGGTAACGGTAG 469
Query 337 TTTGGTGAAGTATGTGAACGGAAGTGTAACGGTGGAAACGGAGGAAGTGACAaagaagag 396
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 470 TTTGGTGAAGTATGTGAACGGAAGTGTAACGGTGGAAACGGAGGAAGTGACAAAGAAGAG 529
Query 397 aaaagaagaagtgaggaagaagagagtagaagaTATTGGTCAAGAGGATGCTTGGTTTAA 456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 530 AAAAGAAGAAGTGAGGAAGAAGAGAGTAGAAGATATTGGTCAAGAGGATGCTTGGTTTAA 589
Query 457 G---AACACTCAACAAAAACAAGTTGAGGTTTCTGTTGCACCTGGTGGTCGATGGAATAG 513
| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 GAACAACACTCAACAAAAACAAGTTGAGGTTTCTGTTACACCTGGTGGTCGATGGAATAG 649
Query 514 ATTCAAGACTTACTCAACTATACAAAGAACATTGGAGATTTGGGGATTTGTTGTACAGTT 573
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 650 ATTCAAGACTTACTCAACTATTCAAAGAACATTGGAGATTTGGGGTTTTGTTGTACAGTT 709
Query 574 TATTTTCAGGACATGGTTAAGCAATCAGAAGTTTTCATATAAAGGGGGAATGACTGAAGA 633
|||||||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 TATTTTCAGGACTTGGTTAAGCAATAAGAAGTTCTCTTATAAAGGGGGAATGACTGAAGA 769
Query 634 GAAAAAGGTTGTAAGAAGGAAGATTTTGGCTAAGTGGTTGAAGGAAAACATTTTGAGATT 693
||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 770 GAAGAAGGTTTTAAGAAGGAAGGTTTTGGCTAAGTGGTTGAAAGAAAACATTTTGAGATT 829
Query 694 AGGTCCTACATTTATCAAAATTGGGCAACAGTTTTCTACTAGAGTGGATATTCTTCCTCA 753
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 AGGTCCTACATTTATCAAAATTGGGCAACAGTTCTCTACTAGAGTGGATATTCTTCCTCA 889
Query 754 AGAGTATGTTGATCAATTGTCTGAACTTCAGGATCAAGTTCCTCCTTTCCCTTCTGCTAC 813
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 AGAGTATGTTGATCAATTGTCAGAACTTCAGGATCAAGTTCCTCCTTTCCCTTCTGCTAC 949
Query 814 AGCATTATCCATTGTTGAAGAGGAGCTTGGAGGATCTGTTGAGGACATTTTCGACCGTTT 873
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 950 AGCTTTATCCATTGTTGAAGAGGAGCTTGGAGGTTCTGTTGAGGACATTTTCGACCGTTT 1009
Query 874 TGATTATGAACCTATAGCTGCAGCTAGTCTTGGGCAAGTTCACCGTGCAAGACTTAAGGG 933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1010 TGATTATGAACCTATAGCTGCAGCTAGTCTTGGGCAAGTTCACCGTGCAAGACTTAAGGG 1069
Query 934 TCAAGAGGTTGTCCTTAAAGTACAGAGACCTGGTCTGAAGGATCTCTTTGATATTGACCT 993
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 TCAAGAGGTTGTCCTTAAAGTACAGAGACCTGGTCTGAAGGATCTCTTTGATATTGACCT 1129
Query 994 TAAAAATTTGAGGGTGATTGCTGAGTATCTCCAAAAGGTGGACCCAAAATCAGATGGTGC 1053
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 TAAGAATTTGAGGGTGATCGCTGAGTATCTCCAAAAGGTGGACCCAAAATCAGATGGTGC 1189
Query 1054 AAAGAGAGATTGGGTTGCAATCTATGATGAATGTGCCAGTGTATTGTACCAGGAAATTGA 1113
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1190 AAAGAGAGATTGGGTTGCAATCTATGATGAATGTGCCAGTGTTTTGTACCAGGAAATTGA 1249
Query 1114 TTACACAAAAGAAGCAGCTAATTCGGAGTTGTTTGCTAATAACTTCAAAAACTTAGAGTA 1173
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1250 TTACACAAAAGAAGCAGCTAATTCGGAGTTGTTTGCTAATAACTTCAAAGACTTAGAGTA 1309
Query 1174 TGTAAAAGTTCCATCCATCTACTGGGAATATACTACACCTCAGGTCCTGACAATGGAGTA 1233
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1310 TGTAAAAGTTCCATCCATCTACTGGGAATACACTACACCTCAGGTCCTGACAATGGAGTA 1369
Query 1234 TGTCCCTGGGATTAAGATTAACAAGATACAAGCCTTAGATCAGTTAGGTGTTGATCGAAA 1293
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1370 TGTCCCTGGGATTAAGATTAACAAGATACAAGCCTTAGATCAGTTAGGTGTTGATCGAAA 1429
Query 1294 AAGGCTAGGTAGATATGCTGTTGAATCTTACCTGGAGCAAATCTTATCTCATGGATTCTT 1353
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1430 AAGGCTAGGAAGATATGCTGTTGAATCTTACCTGGAGCAAATCTTATCTCATGGATTCTT 1489
Query 1354 CCACGCCGACCCTCACCCTGGAAATATTGCGGTTGATGATGTTAATGGTGGACGGCTGAT 1413
||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||
Sbjct 1490 CCACGCCGACCCTCACCCTGGGAATATAGCAGTTGATGATGTCAATGGCGGGCGGCTGAT 1549
Query 1414 ATTTTATGACTTTGGAATGATGGGAAGTATTAGCCCAAATATTAGAGAAGGTTTATTGGA 1473
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1550 ATTTTACGACTTTGGAATGATGGGAAGTATTAGCCCAAATATTAGAGAAGGTTTGTTGGA 1609
Query 1474 GGCATTCTATGGCGTCTATGAAAAGGACCCAGATAAGGTCCTTCAAGCTATGGTTCAAAT 1533
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610 GGCATTTTATGGCGTCTATGAAAAGGATCCAGATAAGGTCCTTCAAGCTATGGTTCAAAT 1669
Query 1534 GGGTGTGCTTGTACCAACTGGAGATTTGACGGCAGTTAGAAGAACAGCATTGTTTTTTCT 1593
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670 GGGAGTGCTTGTACCAACTGGAGATTTGACGGCAGTTAGAAGAACAGCATTGTTTTTTCT 1729
Query 1594 CAACAGTTTCGAAGAGCGGCTTGCTGCACAAAGAAAGGAGAAAGAAGAAATAGCAGCAGC 1653
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1730 CAACAGTTTTGAAGAGCGGCTTGCTGCACAAAGAAAGGAGAAAGAAGAAATAGCAGCAGC 1789
Query 1654 AGAAGAGCTTGGGTTCAAGAAGCCACTAAGCAAGGAAGAAAAGCAAGAGAAAAAGAAGCA 1713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1790 AGAAGAGCTTGGGTTCAAGAAGCCACTAAGCAAGGAAGAAAAGCAAGAGAAAAAGAAGCA 1849
Query 1714 ACGGTTGGCTGCAATCGGAGAAGACTTATTAGCCATTGCGGCTGATCAACCTTTCCGGTT 1773
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1850 AAGGTTGGCTGCAATCGGAGAAGACTTATTAGCCATTGCGGCTGATCAGCCTTTCCGGTT 1909
Query 1774 CCCCGCCACATTCACATTTGTTGTTAGAGCCTTTTCAGTATTGGATGGCATAGGCAAAGG 1833
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1910 CCCCGCCACATTCACATTTGTTGTTAGAGCCTTTTCAGTATTGGATGGCATCGGCAAAGG 1969
Query 1834 TCTTGACCCCCGATTTGATATAACGGAGATTGCAAAACCCTATGCTTTGGAATTGCTACG 1893
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1970 TCTTGACCCCCGATTTGATATAACGGAGATTGCTAAACCCTATGCTTTGGAATTGTTGCG 2029
Query 1894 GTTTCGGGAAGCTGGAGTAGAAGTTGTAGTGAAGGACCTGAGAAAGAGATGGGACAGGCA 1953
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030 GTTTCGGGAAGCTGGAGTGGAAGTTGTAGTAAAGGACCTGAGAAAGAGATGGGACAGGCA 2089
Query 1954 ATCACAAGCATTCTACAATCTATTTAGACAAGCTGATAGAGTTGAAAAGCTAGCTGTAGT 2013
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2090 ATCACAAGCATTCTACAATCTATTTAGACAAGCGGATAGAGTTGAAAAGCTAGCTGTAGT 2149
Query 2014 CATCGAACGACTTGAGCAAGGTGATTTGAAGCTTAGGGTCCGAGCTCTAGAGTCTGAGAG 2073
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2150 CATTGAACGACTTGAGCAAGGTGATTTGAAGCTTAGGGTCCGAGCGCTAGAGTCTGAGAG 2209
Query 2074 GGCATTTCAACGGGTTGCAGCTGTTCAAAAAACAGTAGGAAGTGCTGTTGCTGCAGGAAG 2133
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2210 GGCATTTCAACGCGTTGCAGCTGTTCAAAAAACAGTAGGAAGTGCTGTTGCTGCAGGAAG 2269
Query 2134 TTTAGTCAATCTCGCAACAATTTTGTATCTAAATTCTTTAAAAACACCTGCAACTATAGC 2193
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2270 TTTAGTCAATCTCGCAACAATTTTGTATCTGAATTCTATAAAAACACCTGCAACTATAGC 2329
Query 2194 ATATACAGTATGTGCTTTCTTCAGCCTCCAAGTTCTAATCGGAGTCATAAAGGTTAAAAA 2253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 2330 ATATACAGTATGTGCTTTCTTCAGCCTCCAAGTTCTAATCGGAATCATAAAGGTTAAGAA 2389
Query 2254 GTTCGATCAACGGGAAAAACTGATCACTGGAACAGCTTAAGAACTTGCTT 2303
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2390 GTTCGATCAACGGGAAAAACTAATCACTGGAACAGCTTAAGAACTTGCTT 2439
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114858846960
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5