BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg951497 Length=1645 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value AT5G67250.1 | Symbols: SKIP2, VFB4 | SKP1/ASK1-interacting prot... 2499 0.0 > AT5G67250.1 | Symbols: SKIP2, VFB4 | SKP1/ASK1-interacting protein 2 | chr5:26831373-26833333 REVERSE LENGTH=1961 Length=1961 Score = 2499 bits (1353), Expect = 0.0 Identities = 1559/1654 (94%), Gaps = 32/1654 (2%) Strand=Plus/Plus Query 3 CGAAACCATTCGG-TGGTGATGGGCCAAGCGCCGTCGTCTACGGCGGAATCGAACGGACG 61 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 55 CGAAACCATTCGGTTGGTGATGGGCCAAGCGCCGTCGTCTACGGCGGAATCGAACGGACG 114 Query 62 AGAGATT-GATTTGAGGTTATGGTCTCCGGTGATTGTTGCTGGAGGAGAATGGATGGCTT 120 |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| Sbjct 115 AGAG-TTAGATTTGAGGTTATGGTCTCCGGTGATTGTTGCTGGAGGTGAATCGATGGCTG 173 Query 121 TGGGAAATGTCGTGGCGGTTAGAGATCGGGATTTCACCGGAGATCTACCGGATGAGTGTT 180 |||| ||||| | | | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 174 TGGGGAATGT--T----G-T-G-GATCGGGATTTCACCGGAGATCTGCCGGATGAGTGTT 224 Query 181 TAGCTCATGTGTTTCAGTTTCTTGGAGCTGGAGATCGGAAGCGATGCTCTCTTGTTTGTA 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 225 TAGCTCATGTGTTTCAGTTTCTTGGAGCTGGAGATCGGAAGCGATGCTCTCTTGTTTGTA 284 Query 241 AACGGTGGTTGTTCGTTGACGGTCAGAATCGTCATCGGTTATCTCTTGATGCTAAGGATG 300 ||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 285 AACGGTGGTTGCTCGTCGACGGTCAGAGTCGTCATCGGTTATCTCTAGATGCTAAGGATG 344 Query 301 AGATCTTCC-CTTTCCTGACTTCTATGTTCAATCGATTCGATTCGGTGACTAAGCTTGCT 359 ||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 345 AGATC-TCCTCTTTCCTTACCTCTATGTTCAATCGATTCGATTCGGTGACGAAGCTTGCT 403 Query 360 CTCCGATGTGATCGGAAGTCTGTTAGCTTGAGCGATGAAGCTTTGGCTATGATCTCTGTT 419 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 404 CTCCGATGTGATCGGAAGTCTGTTAGCTTGAGCGATGAAGCTTTGGCTATGATCTCTGTT 463 Query 420 CGTTGTTTGAATCTGACTCGTGTTAAGCTTCGTGGTTGTCGCGAGATTACGGATCTGGGA 479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 464 CGTTGTTTGAATCTGACTCGTGTTAAGCTTCGTGGTTGTCGCGAGATTACGGATCTGGGA 523 Query 480 ATGGAAGAGTTTGCTAGGAATTGTAAAAATCTAAAGAAGCTATCTGTTGGATCTTGCAAT 539 |||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 524 ATGGAAGACTTCGCTAAGAATTGTAAAAATCTTAAGAAGCTATCTGTTGGATCTTGCAAT 583 Query 540 TTTGGAGCTAAAGGCGTGAACGCGATGCTCGAACATTGTAAGCTTCTGGAGGAATTGTCG 599 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 584 TTCGGAGCTAAAGGCGTGAACGCGATGCTCGAACATTGTAAGCTTCTGGAGGAATTGTCG 643 Query 600 GTGAAGCGACTTCGAGGAATTCATGAAGCAGCCGAGTTGATTCACCTGCCTGCTG--G-T 656 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || | | Sbjct 644 GTGAAGCGACTTCGAGGAATTCATGAAGCAGCTGAGTTGATTCACCTACCTGATGATGCT 703 Query 657 TCATCTTCTTCGCTCAGGTCGATTTGCTTGAAGGAGCTCGTTAATGGCCAGGTATTTGAA 716 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 704 TCATCTTCTTCGCTCAGGTCTATTTGCTTGAAGGAGCTCGTTAATGGCCAGGTATTTGAA 763 Query 717 CCATTGGTTGCTACTACAAGAACACTGAAAACACTTAAAATCATTCGTTGTTTGGGTGAT 776 || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 764 CCGTTGCTTGCTACTACAAGAACACTGAAAACACTGAAAATCATTCGTTGTTTGGGTGAT 823 Query 777 TGGGATAGAGTTCTTCAGATGATTGGAGATGGTAAGAGTTCTTTAAGTGAAATTCACCTA 836 ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 824 TGGGATAAAGTTCTTCAGATGATTGCAAATGGTAAGAGTTCTTTAAGTGAAATTCACTTA 883 Query 837 GAGAGGCTCCAAGTGAGTGACATTGGGCTATCTGCGATATCTAAATGCTCAAATGTAGAG 896 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 884 GAGAGGCTCCAAGTTAGTGACATTGGGCTATCTGCGATATCTAAATGCTCAAATGTTGAG 943 Query 897 ACATTGCATATAGTGAAAACTCCAGAATGCTCAAACTATGGTCTGATTAATGTAGCTGAG 956 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| Sbjct 944 ACATTGCATATAGTGAAAACTCCAGAATGTTCAAACTTTGGTCTGATTTATGTAGCTGAG 1003 Query 957 AGATGTAAGCTGCTGAGGAAACTTCATATTGATGGTTGGAGGACTAATAGGATTGGTGAT 1016 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1004 AGATGTAAGCTGCTGAGGAAGCTTCATATTGATGGTTGGAGGACTAATAGGATAGGTGAT 1063 Query 1017 GAGGGTCT-CATGTCTGTAGCTAAACACTGCTTAAACTTACAAGAACTTGTGCTGATTGG 1075 || ||| | | | |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1064 GAAGGTTTACTT-TCTGTAGCCAAACACTGTTTAAACTTGCAAGAACTTGTGCTGATTGG 1122 Query 1076 TGTTAATGCAACACATATGAGTTTAGCAGCCATTGCTTCAAACTGTGAGAAGCTTGAACG 1135 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 1123 TGTTAATGCAACACATATGAGTTTAGCAGCCATTGCTTCAAACTGTGAGAAACTCGAACG 1182 Query 1136 ATTAGCACTTTGTGGAAGTGGAACAATAGGCGATACAGAGATCGCTTGCATCGCTAGGAA 1195 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1183 GTTAGCACTTTGCGGAAGTGGAACAATAGGCGATACAGAGATTGCTTGCATCGCTAGGAA 1242 Query 1196 ATGTGGAGCATTGAGGAAATTCTGTATCAAAGGATGTCCTGTTTCGGATCGAGGGATTGA 1255 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1243 ATGTGGAGCATTGAGGAAATTCTGTATTAAAGGATGTCCTGTTTCGGATCGAGGGATTGA 1302 Query 1256 GGCGCTCGCTGTGGGTTGTCCTAATCTGGTGAAATTGAAGGTGAAGAAATGTAAAGTGGT 1315 |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1303 GGCGCTCGCTGTTGGTTGTCCTAATCTGGTTAAATTGAAGGTGAAGAAATGTAAAGTTGT 1362 Query 1316 AACTGGAGAGATTGGAGATTGGCTGCGTGAACAAAGGAGGACACTTGTGGTGAGTATGGA 1375 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1363 GACTGGAGAGATTGGAGATTGGCTGCGTGAACAAAGGAGGACACTAGTGGTGAGTATGGA 1422 Query 1376 TAGTGATGAAACCGAAGCGGTGGTGGTGGTGGATGGTGAGGTTGAAACCGTTGTCGAGGA 1435 | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1423 TGGTGATGAAACCGAAGCAGTGGTGGTGGTGGATGGTGAGGTTGAAACCGTTGTGGAGGA 1482 Query 1436 GCCGAGGGTGGTTCAAGCAGGTGGAATTGTGGCAGAGATTGGTTCAGGTAATAGTGGTGG 1495 ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| Sbjct 1483 GCCAAGGGTGGCTCAAGCAGGTGGAATTGTGGCAGAGATTGGTTCAAGTAAT-G-G-TGG 1539 Query 1496 CAACAATGGAGGAAGTAGATTAGCAACGATTAGGTCAAAGTTAGGGTTTCTTGCTGGAAG 1555 |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1540 ------TGGAGGAAGTAGATTAGCGATGATTAGGTCAAAGTTAGGGTTTCTTGCTGGAAG 1593 Query 1556 AAACTTGGTAACTTGCACATTCAGAAGATGGTCTCATAATGATAATGCTAGTAGTTCTAC 1615 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1594 AAACTTGGTAACTTGCACATTCAGAAGATGGTCTCACAATGATAATGCTAGTAGTTCTAC 1653 Query 1616 T-GA---GCTATAACTATAAAAACGGTAATTGTC 1645 | || ||||||||||| ||| ||||||||||| Sbjct 1654 TTGATCAGCTATAACTATGAAAGCGGTAATTGTC 1687 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 81274682355 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5