BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated 33,602 sequences; 51,074,197 total letters Query= Ahg952683 Length=1647 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value ATCG01110.1 | Symbols: NDHH | NAD(P)H dehydrogenase subunit H |... 2145 0.0 ATCG01100.1 | Symbols: NDHA | NADH dehydrogenase family protein... 752 0.0 > ATCG01110.1 | Symbols: NDHH | NAD(P)H dehydrogenase subunit H | chrC:122011-123192 REVERSE LENGTH=1182 Length=1182 Score = 2145 bits (1161), Expect = 0.0 Identities = 1175/1182 (99%), Gaps = 0/1182 (0%) Strand=Plus/Plus Query 52 ATGAAGAGACCAGTTACAGGAAAAGATCTTATGATAGTCAATATGGGACCTCACCACCCA 111 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGAAGAGACCAGTTACAGGAAAAGATCTTATGATAGTCAATATGGGACCTCACCACCCA 60 Query 112 TCCATGCATGGTGTTCTTCGCTTAATTGTTACTCTAGATGGTGAGGATGTTGTTGACTGT 171 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 TCCATGCATGGTGTTCTTCGCTTAATTGTTACTCTAGATGGTGAGGATGTTGTTGACTGT 120 Query 172 GAACCCATATTAGGTTATTTACACAGAGGAATGGAAAAAATTGCAGAAAACCGAGCAATT 231 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GAACCCATATTAGGTTATTTACACAGAGGAATGGAAAAAATTGCAGAAAACCGAGCAATT 180 Query 232 ATACAATATTTACCTTATGTAACGCGATGGGATTATTTAGCTACTATGTTTACAGAAGCA 291 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 ATACAATATTTACCGTATGTAACGCGATGGGATTATTTAGCTACTATGTTTACAGAAGCA 240 Query 292 ATAACAGTAAATGGACCAGAACAATTGGGAAATATTCAAGTTCCTAAAAGGGCCAGCTAT 351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 ATAACAGTAAATGGACCAGAACAATTGGGAAATATTCAAGTTCCTAAAAGGGCCAGCTAT 300 Query 352 ATCAGAGTAATTATGCTGGAATTGAGTCGTATAGCTTCTCATCTGTTATGGCTCGGCCCT 411 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 ATCAGAGTAATTATGCTGGAATTGAGTCGTATAGCTTCTCATCTGTTATGGCTCGGCCCT 360 Query 412 TTTATGGCAGATATTGGTGCACAGACTCCCTTTTTCTATATTTTCAGAGAACGAGAATTT 471 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 TTTATGGCAGATATTGGTGCACAGACTCCCTTTTTCTATATTTTCAGAGAACGAGAATTT 420 Query 472 GTATATGATCTATTCGAAGCTGCCACCGGTATGAGAATGATGCATAAtttttttCGTATT 531 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 GTATATGATCTATTCGAAGCTGCCACCGGTATGAGAATGATGCATAATTTTTTTCGTATT 480 Query 532 GGAGGAATAGCGGCTGATTTACCTTATGGTTGGATAGATAAATGCTTGGATTTTTGTGAT 591 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 GGAGGAATAGCGGCTGATTTACCTTATGGTTGGATAGATAAATGCTTGGATTTTTGTGAT 540 Query 592 TATTTTTTAACAGAGGTTGTTGAATATCAAAAACTCATTACACGAAATCCTAtttttttA 651 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 TATTTTTTAACAGAGGTTGTTGAATATCAAAAACTCATTACACGAAATCCTATTTTTTTA 600 Query 652 GAACGGGTTGAAGGAATTGGGATTATTGGTGGGGAAGAAGCAATAAATTGGGGTTTATCC 711 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 GAACGGGTTGAAGGAGTTGGGATTATTGGTGGGGAAGAAGCAATAAATTGGGGTTTATCC 660 Query 712 GGACCAATGCTACGCGCATCCGGAATACCATGGGATCTTCGTAAAGTTGATCGTTATGAG 771 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 661 GGACCAATGCTACGCGCATCCGGAATACCATGGGATCTTCGTAAAATTGATCGTTATGAG 720 Query 772 TCTTACGATGAATTTGAATGGGAAATTCAGTGGCAAAAACAAGGAGATTCATTAGCTCGT 831 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 TCTTACGATGAATTTGAATGGGAAATTCAATGGCAAAAACAAGGAGATTCATTAGCTCGT 780 Query 832 TATTTAGTACGACTTAGCGAAATGACAGAATCCATAAAAATTATTCAACAGGCTCTGGAA 891 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 TATTTAGTACGACTTAGCGAAATGACAGAATCCATAAAAATTATTCAACAGGCTCTGGAA 840 Query 892 GGACTTCCAGGGGGTCCCTATGAGAATTTAGAAAGCAGGGGCTTTGATAGAAAAAGGAAT 951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 GGACTTCCAGGGGGTCCCTATGAGAATTTAGAAAGCAGGGGCTTTGATAGAAAAAGGAAT 900 Query 952 CCAGAATGGAATGATTTTGAATATCGATTCATTAGTAAAAAACCTTCTCCTACTTTTGAA 1011 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 CCAGAATGGAATGATTTTGAATATCGATTCATTAGTAAAAAACCTTCTCCTACTTTTGAA 960 Query 1012 TTATCGAAACAAGAACTTTATGTAAGAGTTGAAGCTCCCAAAGGGGAGTTGGGAATTTTT 1071 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 961 TTATCAAAACAAGAACTTTATGTAAGAGTTGAAGCTCCAAAAGGGGAGTTGGGAATTTTT 1020 Query 1072 CTCATAGGAGATCAAAGCGGTTTTCCTTGGAGATGGAAAATCCGACCACCGGGTTTTATT 1131 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1021 CTCATAGGAGATCAAAGCGGTTTTCCTTGGAGATGGAAAATACGACCACCGGGTTTTATT 1080 Query 1132 AATTTGCAAATTCTTCCTGAACTAGTTAAAAGAATGAAATTGGCTGATATTATGACGATA 1191 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 AATTTGCAAATTCTTCCTGAACTAGTTAAAAGAATGAAATTGGCTGATATTATGACGATA 1140 Query 1192 CTCGGTAGCATAGATATAATTATGGGAGAAGTTGATCGTTAA 1233 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 CTCGGTAGCATAGATATAATTATGGGAGAAGTTGATCGTTAA 1182 > ATCG01100.1 | Symbols: NDHA | NADH dehydrogenase family protein | chrC:119847-122009 REVERSE LENGTH=1083 Length=1083 Score = 752 bits (407), Expect = 0.0 Identities = 411/413 (99%), Gaps = 0/413 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1235 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 1294 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60 Query 1295 AAAGAGGTCTATGAACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 1354 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AAAGAGGTCTATGGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120 Query 1355 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 1414 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180 Query 1415 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGACGGGACA 1474 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGATGGGACA 240 Query 1475 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 1534 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300 Query 1535 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 1594 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360 Query 1595 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTAtttttttATGGATTGCCATCTC 1647 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTC 413 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 81375083445 Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM Number of letters in database: 51,074,197 Number of sequences in database: 33,602 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5