BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G01320.1
Length=6015
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470142 jgi|Araly1|470142|fgenesh2_kg.1__96__AT1G01320.1 9125 0.0
Ahg945228 jgi|Araly1|945228|scaffold_701457.1 521 2e-146
> Ahg470142 jgi|Araly1|470142|fgenesh2_kg.1__96__AT1G01320.1
Length=5756
Score = 9125 bits (4941), Expect = 0.0
Identities = 5520/5793 (95%), Gaps = 66/5793 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 250 ATGGCTCCCAAGAACAACCGTGgaaagacaaaaggagataagaagaagaaggaagagaaa 309
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTCCCAAGAACAACCGTGGAAAGACAAAAGGAGACAAGAAGAAGAAGGAAGAGAAA 60
Query 310 gTTCTCCCGGTTATCGTGGATGTCATTGTAAACCTTCCGGATGAAACGGAGGCTATTTTG 369
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 GTTCTCCCGGTTATCGTGGATGTCATTGTAAACCTTCCGGATGAGACGGAGGCTATTTTG 120
Query 370 AAGGGCATATCAACGGACAGGATCATAGATGTTCGGCGGCTGTTATCGGTTAACTTCGAC 429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 121 AAGGGCATATCAACGGACAGGATCATAGATGTTCGGCGGCTTTTATCGGTTAACTTTGAC 180
Query 430 ACCTGCCACGTCACCAATTATTCGCTCTCCCATGAGATAAGAGGATCGCGGTTAAAAGAC 489
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACTTGCCACGTCACCAATTATTCACTCTCCCATGAGATAAGAGGATCGCGGTTAAAAGAC 240
Query 490 ACAGTGGATGTGTCGGCCCTTAAACCCTGTGTTCTCACGTTAACGGAAGAGGATTACAAT 549
|| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ACGGTAGATGTGTCGGCGCTTAAACCCTGTGTTCTCACGTTAACGGAAGAGGATTACAAT 300
Query 550 GAAGGAACAGCAGTGGCGCACGTTAGACGGCTGCTTGACATCGTCGCCTGTACCACTTGC 609
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 301 GAAGGAACAGCAGTGGCGCACGTTAGACGGCTGCTTGACATCGTCGCCTGCACCACTTGC 360
Query 610 TTCGGTCCGTCGCCGGAGAAATCAGACTCCGTGAAAAGTGCGCAGGTTAAGGGAGGTGGA 669
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TTCGGTCCATCGCCGGAGAAATCAGACACCGTGAAAAGTGCGCAGGTTAAGGGAGGTGGA 420
Query 670 AAGAATTCTAAACAGTCGGATACGTCGCCTCCGCCGTCTCCTGCGTCGAAGGATACTGTG 729
|||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 421 AAGAATTCCAAACACTCGGAGACGTCGCCTCCGCCGTCTCCTGCGTCGAAGGATGCGGTG 480
Query 730 GTTGATGAAGCCGGAGAGACTAGCCACTCTTTCCCTAAGCTTGGAAGTTTCTACGAGTTT 789
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GTTGATGAAGCCGGAGAAACTAGCCACTCATTCCCTAAGCTTGGAAGTTTCTACGAGTTT 540
Query 790 TTCTCTCTCGCTCATCTCACTCCTCCTCTTCAATATATTCGGCTCGCGACTAAGCGGGAA 849
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||
Sbjct 541 TTCTCTCTTGCTCATCTCACTCCTCCTCTTCAATATATTCGGCTTGTGAGTAAGCGGGAA 600
Query 850 ACTGAAGATATAGCCAAGGAAGATCATCTTCTCTCCATTGATGTGAAGCTTTGTAATGGG 909
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ACTGAAGATATAGCGGCGGAAGATCATCTTCTCTCCATTGATGTGAAGCTTTGTAATGGG 660
Query 910 AAGCTCGTTCATATTGAAGGTTGCAGAAAAGGATTTTACAGCATTGGGAAACAAAGAATA 969
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AAGCTCGTTCATATTGAAGGTTGCAGAAAAGGATTCTACAGCATTGGGAAACAAAGAATC 720
Query 970 ATATGTCACAATCTTGTTGATTTGCTTAGACAAATCAGTAGAGCCTTCGATAATGCTTAC 1029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 721 ATATGTCACAATCTTGTTGATTTGCTTAGACAAATCAGTAGAGCCTTTGATAATGCTTAC 780
Query 1030 AGTGATCTTCTGAAAGCATTTTCGGAGCGCAATAAGTTTGGAAATCTTCCATATGGGTTT 1089
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AGTGATCTTCTAAAAGCATTTTCGGAGCGCAATAAGTTTGGAAATCTTCCATATGGGTTT 840
Query 1090 AGAGCTAACACATGGCTCATCCCGCCTACTGCGGCGCAGTCACCAGCAGCGTTTCCGCCT 1149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGAGCTAACACATGGCTCATCCCGCCTACTGCGGCGCAGTCACCAGCAGCGTTTCCGCCT 900
Query 1150 CTCCCTGTTGAGGATGAGAGATGGGGAGGGGATGGTGGTGGTCAAGGGAGAGATGGCAGC 1209
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTCCCTGTTGAGGATGAGAGATGGGGAGGGGATGGTGGTGGTCAAGGGAGAGATGGCAGT 960
Query 1210 TACGACTTGGTTCCATGGTCCAACGAATTCGCCTTTATCGCATCTATGCCTTGCAAAACA 1269
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TACGATTTGGTTCCATGGTCCAACGAATTCGCCTTTATTGCATCTATGCCTTGCAAAACA 1020
Query 1270 GCAGAGGAGAGACAAGTCAGAGACAGAAAAGTGTTTCTTCTTCACAACCTCTTTGTTGAT 1329
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GCTGAGGAGAGACAAGTCAGAGACAGAAAAGTGTTTCTTCTTCACAACCTCTTTGTTGAT 1080
Query 1330 GTCGCGACTTTCAGAGCCATCAAGGCTGTTCAGAAAGTAATGGCTGAGCCAGTACTGGCT 1389
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1081 GTCGCGACTTTCAGAGCCATCAAGGCTGTTCAGAAAGTAATGGCTGAGCCAGTACTTGCT 1140
Query 1390 GAAGAAGACTCCGAAGTTCTCTATTCCGAGACAGTTAGAGACTTGACTGTTACGGTTACA 1449
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1141 GAAGAAGACTCCGAAGTTCTATATTCCGAGACAGTTGGAGACTTGAGTGTTACGGTTACA 1200
Query 1450 AGGGATACTTCAAATGCAAGTAGTAAAGTGGATACAAAAATCGATGGAATTCAAGCCACT 1509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AGGGATACTTCAAATGCAAGTAGTAAAGTGGATACAAAAATTGATGGAATTCAAGCCACT 1260
Query 1510 GGTTTGGATAAAAAGAAGCTGATGGAACGGAACCTTCTCAAGGGACTTACAGCTGATGAA 1569
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1261 GGTTTGGATAAAAAGAAGCTGATGGAACGGAACCTTCTCAAGGGACTTACTGCTGATGAA 1320
Query 1570 AATACTGCTGCTCATGACGTTGCTACTTTAGGAACTATAAGTCTTAAGTACTGTGGTTAC 1629
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AATACTGCTGCTCATGTCGTTGCTACTTTAGGAACTATAAGTCTTAAGTACTGTGGTTAC 1380
Query 1630 ATTGCTGTTGTGAAATTAGAGAAGGAGAGTGAGGAGTTAAGCCCACCTTCTCAAATTGTT 1689
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ATTGCTGTTGTGAAAATAGAGAAGGAGAGTGAGGAGTTAAGCCCACCTTCTCAAATTGTT 1440
Query 1690 GACCTCCTTGAACAGCCTGAAGGTGGTGCTAATGCTCTAAATATCAATAGTTTGAGATTC 1749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1441 GACCTCCTTGAACAGCCTGAAGGTGGTGCTAATGCTCTAAATATCAACAGTTTGAGATTC 1500
Query 1750 CTTCTCCATAAATCCTCTCCTGAGCAGAACAAGAAAACACCTCAGCAACACGATGATGAA 1809
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1501 CTTCTCCATAAATCCTCTCCTGAGCAGAACAAGAAAACACCTCAGCAACAGGATGATGAG 1560
Query 1810 CTTACATCTTCACGGGAATTTGTAAGTAAAATGCTGGAAGAAAGCATTGCTAAGCTTGAG 1869
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1561 CTTACATCTTCACGGGAATTTGTTAGTAAAATGCTGGAAGAAAGCATTGTTAGGCTTGAG 1620
Query 1870 GGAGAGGAGATAGACAGGGATAGTATCATGAGATGGGAGCTTGGAGCTTGTTGGATACAG 1929
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GAAGAGGAGATAGACAGGGATAGTATCATGAGATGGGAGCTTGGAGCTTGTTGGATACAG 1680
Query 1930 CATTTACAAGACCAAAAGAATACAGAAAAGGACAAAAAACAAACCGGTGAAAAGTCTAAG 1989
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1681 CATTTACAAGACCAAAAGAATACAGAGAAGGACAAAAAACAAACCAGTGAAAAGTCTAAG 1740
Query 1990 AATGAATTGAAGGTTGAAGGGCTTGGGAAACCGCTTAAGTCCCTCAATAGCAGCAA-AAA 2048
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1741 AATGAATTGAAGGTTGAAGGGCTTGGAAAACCGCTTAAGTCCCTCAATAGCAGCAAGAAA 1800
Query 2049 GAAAACAGATGTGAGCAGCCCTAAGACGCCGCAGACTGCATTATCGTCTCAAGTCGATGC 2108
||||||||||| | |||||||||||| | | | | ||||||||||||| |||||
Sbjct 1801 -AAAACAGATGTAAATAGCCCTAAGACG-C-C-G---G---TATCGTCTCAAGTTGATGC 1850
Query 2109 GGTTTCTTCAGAGGCTGATA---CTG------CTGCATCTTTGCAATCCGATGCTGAGAA 2159
| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 GATTTCTTCAGAGGCTGATATTGCTGCAACAACTGCATCTTTGCAATCCGATGCTGAGAA 1910
Query 2160 GAATGCTCAAGAAAATGTGCTCATCTTGAAGAATTTGTTGTCTGATGCAGCCTTCACTCG 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 GAATGCTCAAGAAAATGTGCTCATCTTGAAGAATTTGTTGTCTGATGCAGCCTTCACTCG 1970
Query 2220 CCTAAAAGAGTCAGATACTGGACTTCATCACAAGTCTTTGCAAGAACTTGTCGACTTGGC 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 CCTAAAAGAGTCAGATACTGGACTTCATCACAAGTCTTTGCAAGAACTTGTCGACTTGGC 2030
Query 2280 ACAGAATTATTATACTGAAGTTGCTATTCCGAAACTGGTTGCAGATTTTGGTTCATTGGA 2339
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2031 ACAGAATTATTATACTGAAGTTGCTATACCAAAACTGGTTGCAGATTTTGGTTCGTTGGA 2090
Query 2340 GCTCTCCCCAGTCGATGGCCGGACTCTAACTGATTTTATGCACACAAGAGGTCTTCGGAT 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 GCTCTCCCCAGTCGATGGCCGGACTCTAACTGATTTTATGCACACAAGAGGTCTTCGGAT 2150
Query 2400 GCGTTCTTTAGGATATGTTGTGAAGCTTTCAGATAAATTGTCACATGTACAATCGCTGTG 2459
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2151 GCGTTCTTTAGGATATGTTGTGAAGCTTTCAGATAAATTGTCACATGTACAATCTCTGTG 2210
Query 2460 TGTTCATGAGATGATAGTAAGAGCCCTTAAGCATATCCTCCAGGCGGTGATTTCTGCTGT 2519
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211 TGTTCATGAGATGATAGTAAGAGCCCTTAAGCATATCCTCCAGGCGGTGATTTCTGCTGT 2270
Query 2520 TGCTACTGACACTGACAAAATAGCTATAAAAGTAGCTGCTGCTTTGAACATGATGCTTGG 2579
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271 TGCTACTGACACTGACAAAGTAGCTACAAAAGTAGCTGCTGCTTTGAACATGATGCTTGG 2330
Query 2580 GATTCCTGAAAATGTTGCAGCAACACCACATAACCCTTGGAATGTACATCCTCTGATCTT 2639
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 GATTCCTGAAAATGTTGCAGCAGCACCACATAACTCTTGGAATGTACATCCTCTGATCTT 2390
Query 2640 CCGATGGTTGGAGAAATTCTTGAAGAAACGGTATGATTATGATCTTAATGCCTTCAGTTA 2699
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2391 CCGGTGGTTGGAGAAATTCTTGAAGAAACGATATGATTATGATCTTAATGCCTTCAGTTA 2450
Query 2700 CAAGGATCTACGGAAGTTTGCCATTCTCCGAGGCTTATGCCATAAGGTTGGTATTGAGTT 2759
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2451 CAAGGATCTACGGAAGTTTGCCATTCTCCGTGGATTATGCCATAAGGTTGGTATTGAGTT 2510
Query 2760 GATTCCAAGGGACTTTGACATGGATTCTCCTGCACCTTTCCGGAAAACAGATGTGGTTAG 2819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2511 GATTCCAAGGGACTTTGACATGGATTCTCCTGCACCTTTCCGGAAAACAGATGTGGTCAG 2570
Query 2820 TCTTGTCCCAGTGCATAAGACTTTCTATTTTAAATCTATGCAGCAAGCAGCATGTTCATC 2879
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2571 TCTTGTCCCAGTGCATAAGACTTTCTATTTAAAATCTCTGCAGCAAGCAGCATGTTCATC 2630
Query 2880 TGCTGATGGAAGGCAACTTCTGGAGTCATCTAAAACAGCTTTAGACAAAGGAAAGCTTGA 2939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2631 TGCTGATGGAAGGCAACTTCTGGAGTCATCTAAAACAGCTTTAGACAAAGGAAAGCTTGA 2690
Query 2940 AGATGCAGTTACATATGGAACGAAGGCTCTTGCTAAACTCGTAGCAGTTTGCGGTCCCTA 2999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2691 AGATGCAGTTACATATGGAACGAAGGCTCTTGCTAAACTTGTAGCAGTTTGCGGTCCCTA 2750
Query 3000 TCACAGAATGACAGCCGGAGCTTACAGTTTACTTGCTGTGGTTCTATATCACACTGGTGA 3059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2751 TCACAGAATGACAGCCGGAGCTTACAGTTTACTTGCTGTAGTTCTATATCACACTGGTGA 2810
Query 3060 CTTTAACCAGGCTACAATATATCAGCAAAAGGCTTTAGACATCAATGAGAGGGAACTTGG 3119
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2811 CTTTAACCAGGCTACAATATATCAGCAAAAGGCTTTAGACATCAATGAAAGGGAACTTGG 2870
Query 3120 ACTTGATCATCCAGATACAATGAAGAGTTATGGTGATCTTGCTGTCTTCTATTATAGGCT 3179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2871 ACTTGATCATCCAGATACAATGAAGAGTTATGGTGATCTTGCTGTCTTCTATTATAGGCT 2930
Query 3180 TCAGCATACAGAGCTGGCTCTCAAGTATGTTAAGCGTGCGTTGTATCTCTTACATCTCAC 3239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2931 TCAGCATACAGAGCTGGCTCTCAAGTATGTTAAGCGTGCGTTGTATCTCTTACATCTCAC 2990
Query 3240 ATGCGGTCCATCTCATCCAAATACTGCTGCTACATACATCAATGTAGCCATGATGGAGGA 3299
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2991 ATGCGGTCCATCTCATCCAAACACTGCTGCTACATACATCAATGTAGCCATGATGGAAGA 3050
Query 3300 AGGTCTAGGAAATGTGCATGTTGCCTTGAGGTATCTTCACAAAGCTCTCAAGTGTAATCA 3359
||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3051 AGGTCTAGGAAATGTACACGTTGCGTTGAGGTATCTTCACAAAGCTCTCAAGTGTAATCA 3110
Query 3360 AAGGTTGCTTGGTCCGGACCATATCCAGACTGCTGCAAGCTACCATGCCATAGCAATTGC 3419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3111 AAGGTTGCTTGGTCCGGACCATATCCAGACTGCTGCAAGCTACCATGCCATAGCAATTGC 3170
Query 3420 GCTCTCCTTGATGGAGGCATACCATTTAAGTGTTCAGCATGAGCAAACAACCTTAAGAAT 3479
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3171 GCTCTCGTTGATGGAGGCATACCATTTAAGTGTTCAGCATGAGCAAACAACCTTAAGAAT 3230
Query 3480 CCTTCGAGCAAAGCTGGGGCCAGATGATTTACGTACTCAGGATGCTGCTGCTTGGCTAGA 3539
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3231 CCTCCGAGCAAAGCTGGGGCCAGATGATTTACGTACTCAAGATGCTGCTGCTTGGCTAGA 3290
Query 3540 ATACTTTGAGTCCAAGGCTTTTGAACAACAAGAAGCTGCGCGAAATGGTACTCCTAAGCC 3599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3291 ATACTTTGAGTCCAAGGCTTTTGAACAACAAGAAGCTGCGCGAAATGGTACTCCGAAGCC 3350
Query 3600 AGACGCGTCTATAGCCAGCAAAGGCCACCTAAGTGTTTCCGATCTACTCGACTATATCAA 3659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3351 AGACGCGTCTATAGCCAGCAAAGGCCACCTAAGTGTTTTCGATCTACTCGACTATATCAA 3410
Query 3660 CCCAAGTCATAACGCAAAAGGCAAAGAGAGCGTGGCAGCAAAGAGGAAGAACTATATTCT 3719
|||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3411 CCCAAGCCATAACGCAAAAGGGAAAGAGAGTGTTGCAGCAAAGAGGAAGAACTATATTAT 3470
Query 3720 GAAGCTAAAGGAAAAATCCAAGCAAAGCAATGTTTCTGAACACTTGG---TGG-A-A-AT 3773
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| | | |
Sbjct 3471 GAAGCTAAAGGAAAAATCCAAGCAGAGCAATGTTTCTGACCACTTGGCAGTGGCAGACAC 3530
Query 3774 TCCGAGAGAAAAGCAAAAGGAGATGTCTGAAGAGGATACGGAAGAAACTGGATCAGAAGA 3833
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3531 TCCGAGAGAAAATCAAAAGGAGATGTCTGAGGAGGAGACGGAAGAAACTGGATCAGAAGA 3590
Query 3834 AGGTAAATCAAGCGAAGAGAATCACGAGACAATTCTTGCACCAGTTGAAGAACCACCTTC 3893
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 3591 AGGTAAATCAAGCGAAGACAATCACGACACAATTCTTGCACCAGTAGAAGAATCACCTTC 3650
Query 3894 TCCTCCAGTAATTGAGGACGCTACTATGGATAACAGTAATCCAATTACATCTAGCGACGT 3953
||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || ||
Sbjct 3651 TCCTCCAGTCATTGAGGAGGCTATTATGGATAACAGTAATCCAATTACAGCTAGTGAAGT 3710
Query 3954 TTCAACCGAGCCACAACACCCTGATGGTAGTGAAGATGGATGGCAACCGGTGCAAAGACC 4013
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3711 TTCAACTGAGCCACAACACCCTGATGGTAGTGAAGATGGATGGCAACCGGTGCAAAGACC 3770
Query 4014 GAGATCTGCTGGATCATATGGTCGCAGGATGAAGCAACGGCGAGCATCCATCGGGAAGGT 4073
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 3771 AAGGTCTACTGGATCATATGGTCGCAGGATGAAGCAACGACGAGCATCTATCGGGAAGGT 3830
Query 4074 ATATACATATCAGAAGAAGAATGTTGAAGCTGATATCGATAACCCTCTTTTCCAGAATGC 4133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3831 ATATACATATCAGAAGAAGAATGTTGAAGCTGATATCGATAACCCTCTTTTCCAGAAAGC 3890
Query 4134 TACTCAGCAGAACGACAAATACTACATTCTCAAGAAGCGAACAGCATCATATTCAAGCTA 4193
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 3891 TACTCAGCAGAACGGCAAATACTACATTCTCAAGAAGAGAACAGCATCATATGCAAGCTA 3950
Query 4194 TGCAGATCATCATTCTCCTGGTTTAACAACTCAAGGCACCAAATTTGGCAGGAAGATAGT 4253
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3951 TGCAGATCATCATTCTCCCGGTTTAACAACTCAAGGCACCAAATTTGGCAGGAAGATAGT 4010
Query 4254 TAAAACCTTGGCGTATCGGGTTAAATCGACGCAGCCGTCTTCTGGTAACGCTAAGACTGC 4313
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||||||
Sbjct 4011 TAAAACCTTGGCGTATCGGGTTAAATCGATGCAGCCATCTTCTGGTAGCACTAAGACTGC 4070
Query 4314 TGGTGAAACTTCAGAAGAAGATGGGTTGAAGACAGATGCTTCTTCTGTTGAGCCACCTAC 4373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 4071 TGGTGAAACTTCAGAAGAAGATGGGTTGAAGACAGATGCTTCTTCTGTTGAGCCATCTAC 4130
Query 4374 TCTGTCTAGTACTGTGCAAAGTGAAGCCTACCACACGAAAAACTCTGTTGTAAGTCTTGG 4433
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4131 TTTGTCTAGTACAGTGCAAAGTGAAGCCTACCACACGAAAAACTCTGTTGTAAGTCTTGG 4190
Query 4434 AAAATCTCCATCCTACAAGGAAGTAGCATTGGCACCACCTGGTTCAATTGCTAAGTATCA 4493
|||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||
Sbjct 4191 AAAATCTCCATCCTACAAAGAAGTAGCACTGGCACCACCTGGTTCCATAGCCAAGTATCA 4250
Query 4494 AGTCTGGGTTCCACAAGCGGAAGTTTCAGATAAGCAAGAGGATGATGAGATGGAGaaaaa 4553
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4251 AGTCTGGGTTCCACAAGCTGAAGTTTCAGATAAGCAAGAGGATGATGAGGTGGAGAAAAA 4310
Query 4554 aaCTGAACAGGGTACATCAATGGAGCTTACAAGGGATGAGCAAATGATAACAGGGTTAGA 4613
||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4311 AACTGAACAGGGTACATCAGTGGAGCTTACGAGGGATGAGAAAATGATAACAGGGTTAGA 4370
Query 4614 GGAAGAGGTAAAAAAGGAAATTTCTGCAGACCCAGAATCTAACATAACCCAAGGCGAAGA 4673
||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 4371 GGAAGAGGTAAAAAAAGAAATTTCTGCAGACACAGAATCTAACAGAACTCAAGGCGAAGA 4430
Query 4674 AGAGATCAAAGTAGAGTTACAACCATCTGAAGGAGTACTCGGAGGAAGTCATATAAATGA 4733
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| | | | |||||
Sbjct 4431 AGAGATCAAAGTAGAGTTACAACCATCTGAAGGTGTAGTAGGAGGAAACCTTTTGAATGA 4490
Query 4734 AAACGACGAATCTGGGGGTGGAATTCAGGTTGAAGAACAAGTCGAAGTTGAATTGATAAA 4793
||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 4491 AAATGAAGAATCTGGAGGTGGCATTCAGGTGGAAGAACAAGTCGAAGCTGAATTGATAGA 4550
Query 4794 CGATGGTGTAACAGATATGATTCATTCGACCAGAGAGCAACAAGTGATAGATCAATTAGC 4853
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4551 CGACGGTGTAACAGATATGATTGATTCGACCAGAGAGCAAGAAGTGATAGATCAATTAGC 4610
Query 4854 TGCTGATTCCGAAGATCTGAAGGCAAAACTGTCAATTTCTACTACGGACTCAGGCGATGC 4913
||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 4611 TGCCGATTCCGAAGATCTGAAGGCAAAACTGTTAATATCTACCACAGACTCAGGCGATGC 4670
Query 4914 CTCACGAGGATTGTTGCCTAACAAGAAGCTATCTGCGTCAGCTGCTCCATTCAACCCATC 4973
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4671 CTCACGAGGATTGTTACCTAACAAGAAGTTATCTGCGTCAGCTGCTCCATTCAACCCATC 4730
Query 4974 ATCACCTCCAAGTATTATACGTCCTACTCCAATAGGCATGAACATTGGACCGTCGTGGCC 5033
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4731 ATCACCTCCAAGTATTGTACGTCCTACTCCAATAGGCATGAACATTGGACCGTCGTGGCC 4790
Query 5034 AGTGAACATGACTCTTCATCACGGACCTCCTCCTCCTTACCCTTCACCTCCGACAACTCC 5093
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4791 AGTGAACATGACTCTCCATCACGGACCTCCTCCTCCTTACCCTTCACCTCCGACAACTCC 4850
Query 5094 AAACTTGATGCAGCCAATGTCCTTTGTTTACCCTCCTCCTTACAGTCAATCAGTCCCCAC 5153
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4851 AAACTTGATGCAGCCAATGTCCTTTGTTTACCCTCCTCCTTACACTCAATCAGTCCCCAC 4910
Query 5154 AAGTACTTACCCTGTAACAAGCGGTCCTTTTCATCCCAATCAGTTCCCATGGCAGCTCAA 5213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4911 AAGTACTTACCCTGTAACAAGCGGTCCTTTTCATCCCAATCAGTTCCCATGGCAGCTCAA 4970
Query 5214 TGTGTCGGATTTTGTACCAAGAACGGTTTGGCCTGGATGCCATCCCGTTGAGTTTCCCCC 5273
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4971 TGTGTCGGATTTTGTACCAAGAACGGTTTGGCCCGGATGCCATCCCGTTGAGTTTCCCCC 5030
Query 5274 ACCGCACATGATCACCGAGCCAATAGCTGCAACTGTGTTAGAGCCAACTGTGATTCTGCC 5333
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5031 TCCGCACATGATCACGGAGCCAATAGCTGCAACTGTGTTAGAGCCAACTGTGATTCTGCC 5090
Query 5334 AACGGATATTGACACTTCAGGTGTAGAAGAA-ACCAAAGAAGGCACGCAAGATGTGGCAG 5392
||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||| || | | |||| | | |||
Sbjct 5091 AACGGATATTGACACATCAGGGGTAGAAGAAGA--AAACAA---A-G-AAGAAG-G-CAG 5141
Query 5393 TCGCCGATGAAGTTATGGATTCTGTTAACCATGTGAACAACGCAGTTGCACGCAGTGAAA 5452
|| | || || || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5142 --GCA-A-GATGT---GG---CAGTTGACCATGTGAACAACGCAGTTGCACGCAGTGAAA 5191
Query 5453 CGGAGAATGGAAACCGGAAATCTGAGGAAGGTGAGAAAACTTTCAGCATTTTGTTAAGAG 5512
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5192 TGGAGAATGGAAACCGGAAATCCGAGGATGGTGAGAAAACTTTCAGCATTTTGTTAAGAG 5251
Query 5513 GGAGGAGAAACAGGAAACAAACACTGAGAATGCCAATCAGTTTGCTTAACCGGCCTTATG 5572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 5252 GGAGGAGAAACAGGAAACAAACACTGAGAATGCCAATCAGTTTGCTTAATCGACCTTATG 5311
Query 5573 ATTCTCAACCGTTCAAGCTTGGCTATAGCAGAGTTATCAGAGACAGCGAGGCTCCAAAGT 5632
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5312 ATTCTCAACCGTTCAAGCTTGGTTATAGCAGAGTGATCAGAGACAGCGAGGCTCCAAAGT 5371
Query 5633 CTGTAGCTTGAAACACTCTCCAAAGATTGAGCTAATTCGATGAAATGCAAA-CTCACACA 5691
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || || ||
Sbjct 5372 CTGTAGCTTGAAACACTCTCCAAAGATTCAGCCAATTCGATGAAATGCAAAACTTACTCA 5431
Query 5692 CACATCTCTGATATTTGCTGTTTCATAGGGACAATATAAAGGTAGTTTCATTCAC-AGTC 5750
|||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || | ||||
Sbjct 5432 CACATCTCTGATCTTTGCTGTTTCATAGGGGCAGTATAAAGGTAGTTTTGTT-ATTAGTC 5490
Query 5751 ATGGGAAACTGAGGCTTGTGATAGCCTCGAAATGAAGTTACAATGTTTTGGATTTTGACC 5810
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 5491 AAGGGAAACTGAGGCTTGTGATAGCCTCGAAATGAAGTTACAATGATTTGGATTTTAACC 5550
Query 5811 GG-AAAGGTTGTGCAGAGGTGAGAAAAAGCCAAGCCATTCTTTTGTTTACCAAGTGAGGT 5869
|| |||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5551 GGGAAAGGTTGTGCAGAGG-GAAAAAAAGCCAAACCATTCTTTTGTTTACCAAGTGAGGT 5609
Query 5870 GATATAACATTTTTCTGGGGTTTTTCTTTT----A----A-TTCAGCCAATAAAACGTAG 5920
||| || |||||||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||
Sbjct 5610 GATGTATCATTTTTCTGGGGTTTTTTTTTTTTTTATTTTAATTCAGCCAATAAAACGTAG 5669
Query 5921 GAAATTTTGGACATAATTTTTTCTTTTATGGTTCTTCATGTTTAAACATTAGTTTTCACG 5980
|||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 5670 GAAATTTTGGACATAATTTTTT-T-----GGTTCTCCATGTTTAAACGTTAGTTTTCACT 5723
Query 5981 TAATTTACTTGCGTATTTCTCATCGATTACATC 6013
|||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 5724 TAATTTACTTCCGTATTTGTCATCGATTACATC 5756
> Ahg945228 jgi|Araly1|945228|scaffold_701457.1
Length=5537
Score = 521 bits (282), Expect = 2e-146
Identities = 643/816 (79%), Gaps = 29/816 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 2861 AGCAAGCAGCATGTTCATCTGCTGATGGAAGGCAAC-TT-CTGGAGTCATCTAAAACAGC 2918
|||| | ||||||||||||||||||||| | || || || |||| ||||| ||||| |
Sbjct 2705 AGCACGTAGCATGTTCATCTGCTGATGG-ACGC-ACTTTGTTGGAATCATCCAAAACCTC 2762
Query 2919 TTTAGACAAAGGAAAGCTTGAAGATGCAGTTACA-TATGGAACGAAGGCTCTT-GCTAAA 2976
||||| |||||||| || || ||||| || | | ||||| || ||||| || || ||
Sbjct 2763 CTTAGATAAAGGAAAACTGGAGGATGCTGTCA-ATTATGGCACCAAGGC-ATTGGCGAAG 2820
Query 2977 CTCGTAGCAGTTTGCGGTCCC-TATCA-CAGAATGACAGCCGGAGCTTACAGT-TTACTT 3033
|| |||||||| ||||| ||| ||||| | ||||||| || ||||| || ||| || ||
Sbjct 2821 CTTGTAGCAGTGTGCGG-CCCATATCATC-GAATGACCGCTGGAGCATATAGTCTT-CTC 2877
Query 3034 GCTGTGGTTCTATATCACACTGGTGACTTTAACCAGGCTACAATATATCAGCA-AAAGGC 3092
|| || || || || || ||||| || |||||||||||||| || |||||||| ||| ||
Sbjct 2878 GCGGTTGTGCTTTACCATACTGGGGATTTTAACCAGGCTACCATTTATCAGCAGAAA-GC 2936
Query 3093 TTTAGACATCAATGAGAGGGAACTTGGACTTGATCATCCAGATACAATGAAGAGTTATGG 3152
| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || || ||
Sbjct 2937 ACTCGACATAAATGAAAGGGAACTTGGACTTGATCACCCAGACACTATGAAAAGCTACGG 2996
Query 3153 TGATCTTGCTGTCTTCTATTATAGGCTTCAGCATACAGAGCTGGCTCTCAAGTATGTTAA 3212
|| || || |||||||||||| | |||||||| |||||| | ||| | ||||| || ||
Sbjct 2997 CGACCTGGCCGTCTTCTATTATCGTCTTCAGCACACAGAGTTAGCTTTGAAGTACGTCAA 3056
Query 3213 GCGTGCGTTGTATCTCTTACATCTCACATGCGGTCCATCTCATCCAAATACTGCTGCTAC 3272
||||| ||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3057 CCGTGCATTGTACCTTTTGCATCTAACATGTGGACCATCACATCCAAATACGGCTGCCAC 3116
Query 3273 ATACATCAATGTAGCCATGATGGAGGAAGGTCTAGGA-AATGTGCATGTTGCCTTGAGGT 3331
|| || || ||||| |||||||| |||||| | | | |||| ||||| || || || |
Sbjct 3117 TTATATTAACGTAGCAATGATGGAAGAAGGTAT-GAAGAATGCCCATGTCGCTTTAAGAT 3175
Query 3332 ATCTTCACAAAGCTCTCAAGTGTAATCAAAGGTTGCTTGGTCCGGACCATATCCAGACTG 3391
| ||||| ||||| | || ||||| || || | ||||| | || |||||||||||||
Sbjct 3176 ACCTTCATGAAGCTTTGAAATGTAACCAGAGACTACTTGGAGCTGATCATATCCAGACTG 3235
Query 3392 CTGCAAGCTACCATGCCATAGCAATTGCGCTCTC-CTTGATGGAGGCATAC-CATTTAAG 3449
||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||| |||||| | || | |
Sbjct 3236 CTGCAAGCTACCATGCCATTGCTATTGCTCTCTCTCT-GATGGACGCATACTCCTTGA-G 3293
Query 3450 TGTTCAGCATGAGCAAACAAC-CTTAAGAATCCTTCGAGCAAAGCTGGGGCCAGATGAT- 3507
||||| || ||||| || || || ||| || | | ||||||||| || || || |||
Sbjct 3294 CGTTCAACACGAGCAGACCACTCTGCAGATTC-TACAAGCAAAGCTAGGCCCTGAGGATC 3352
Query 3508 TTACGTACTCAGGATGCTGCTGCTTGGCTAGAATACTTT-GAGTCCAAGGCTTTTGAACA 3566
|| || || |||||||| ||||| ||||| ||||| ||| ||||| || ||| | |||||
Sbjct 3353 TT-CGGACACAGGATGCGGCTGCGTGGCTTGAATA-TTTCGAGTCTAAAGCTCTGGAACA 3410
Query 3567 ACAAGAAGCTGCGCGAAATGGTACTCCTAAGCCAGACGCGTCTATAGCCAGCAAAGGCCA 3626
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 3411 GCAAGAAGCTGCACGAAATGGTACTCCCAAGCCAGACGCCTCTATATCCAGCAAAGGCCA 3470
Query 3627 CCTAAGTGTTTCCGATCTACTCGACTATATCAACCC 3662
|| ||||| || || || | || ||||| |||||
Sbjct 3471 TCTCAGTGTATCAGACCTGTTGGATTATAT-AACCC 3505
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 227888747124
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5