BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G01950.3 Length=3058 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg470079 jgi|Araly1|470079|fgenesh2_kg.1__33__AT1G01950.1 3048 0.0 > Ahg470079 jgi|Araly1|470079|fgenesh2_kg.1__33__AT1G01950.1 Length=2900 Score = 3048 bits (1650), Expect = 0.0 Identities = 1736/1778 (98%), Gaps = 3/1778 (0%) Strand=Plus/Plus Query 95 ATGGCTATGGCTTCTTCGAGAAATGGTGCGGTTAGAGGATCCATGAGACCAGTCTCTGGA 154 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1 ATGGCAATGGCTTCTTCGAGAAATGGTGCGGTTAGAGGATCCATGAGACCAATCTCTGGA 60 Query 155 GCTAATTCATCCAATCTCAGATCGTCTTCTTTCAAATCCAGGATTCCTTCCTCGGCGCCT 214 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 61 GCTAATTCTTCCAATCTCAGATCGTCTTCTTTCAAATCCAGGATTCCTTCCTCCGCGCCT 120 Query 215 GCTCCCCGTCGGAGCT---CCTCTGCTTCTATCGGAGCCGCAGACAATGGAGTGCCTGGG 271 ||||||||||||| || |||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 121 GCTCCCCGTCGGAACTCCACCTCTGCTGCTCTCGGAGCCGCTGACAATGGAGTTCCTGGG 180 Query 272 AGAGTTCGAGTGGCTGTAAGATTACGACCTCGCAATGCAGATGAGTCAGTCGCAGATGCT 331 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 181 AGAGTTCGAGTGGCTGTAAGATTACGACCTCGAAATGCAGATGAGTCTGTCGCAGATGCT 240 Query 332 GATTTTGCTGATTGTGTCGAGTTGCAACCTGAGCTTAAAAGGTTGAAACTCAGGAAAAAC 391 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 GATTTTGCTGATTGTGTTGAGTTGCAACCTGAGCTTAAAAGGTTGAAACTCAGGAAAAAC 300 Query 392 AATTGGGATACTGAGACCTATGAGTTTGATGAGGTGCTTACTGAAGCTGCTTCACAGAAG 451 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 TATTGGGATACTGAGACCTACGAGTTTGATGAGGTGCTTACTGAAGCTGCTTCACAGAAG 360 Query 452 CGAGTCTACGAAGTGGTTGCCAAGCCTGTTGTTGAGAGTGTTCTTGAGGGTTACAATGGA 511 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CGAGTCTACCAAGTGGTTGCCAAGCCTGTTGTTGAGAGTGTTCTTGAGGGTTACAATGGA 420 Query 512 ACTGTGATGGCTTATGGTCAGACTGGTACTGGCAAGACTTTTACCCTTGGAAGATTAGGA 571 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 ACTGTGATGGCTTATGGTCAGACGGGTACTGGCAAGACTTTTACCCTTGGAAGATTAGGA 480 Query 572 GATGAAGATACTGCTGCTCGTGGTATCATGGTTCGATCAATGGAAGATATCATTGGAGGC 631 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 GATGAAGATACTGCTGCTCGTGGTATCATGGTTCGATCAATGGAAGATATCATTGGAGGC 540 Query 632 ACTTCTCTAGACACTGATTCTATCTCTGTCTCATATTTGCAGCTTTATATGGAGACCATC 691 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 541 ACTTCCCTAGACACTGATTCTATCTCTGTCTCATATTTACAGCTTTATATGGAGACCATT 600 Query 692 CAAGATCTCTTAGATCCAACTAATGACAATATCGCTATTGTCGAAGACCCCAGAACTGGA 751 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 CAAGATCTCCTAGATCCAACTAATGACAATATCGCTATTGTCGAAGACCCCAGAACTGGA 660 Query 752 GATGTCTCCTTGCCTGGGGCCACGCATGTAGAGATCAGGAACCAGCAAAATTTTCTTGAG 811 |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 661 GATGTCTCCTTGCCAGGGGCCACCCATGTAGAGATCAGGAACCAGCAAAATTTCCTTGAG 720 Query 812 CTCCTTCAGCTTGGGGAAACACATAGAGTTGCAGCCAATACAAAATTGAATACTGAATCT 871 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 CTCCTTCAGCTTGGGGAAACACATAGAGTTGCAGCCAATACAAAATTGAATACTGAATCT 780 Query 872 TCTCGAAGTCATGCAATTCTCATGGTACATGTCAAGAGGTCGGTGGTGGAGAACGAGTTT 931 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 781 TCTCGAAGTCATGCAATTCTCATGGTACATGTCAAGAGGTCGGTGGTGGAGAACGAGGAT 840 Query 932 CCAGTCTCAAATGAAATGGAGAGCTCATCCCACTTTGTCAGACCATCCAAGCCATTGGTT 991 |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 CCAGTCTCAAATGAAATGGAGAACTCATCTCACTTTGTCAGACCATCCAAGCCATTGGTT 900 Query 992 AGGAGAAGCAAGCTAGTTCTAGTAGATCTTGCTGGTTCTGAACGTGTTCACAAGTCGGGC 1051 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 AGGAGAAGCAAGCTAGTTCTAGTAGATCTTGCTGGTTCTGAACGTGTTCACAAGTCGGGC 960 Query 1052 AGCGAAGGACACATGCTGGAGGAAGCTAAATCCATTAATCTCTCACTTAGTGCTTTAGGG 1111 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 961 AGCGAAGGACACATGCTGGAGGAAGCTAAATCCATTAATCTCTCACTTAGTGCTCTAGGG 1020 Query 1112 AAATGCATAAATGCAATAGCTGAGAATAGCCCTCATGTTCCACTTCGTGATTCAAAACTT 1171 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 AAATGCATAAATGCAATAGCTGAGAATAGCCCTCATGTTCCACTTCGTGATTCAAAACTT 1080 Query 1172 ACTCGCTTGTTGAGAGATTCATTTGGTGGCACAGCAAGAACATCCCTAATTGTGACCATT 1231 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 ACTCGCTTGTTGAGAGATTCATTTGGTGGCACAGCAAGAACATCCCTAATTGTGACCATT 1140 Query 1232 GGTCCCTCTCCGCGTCATAGAGGAGAGACAACCAGTACTATATTATTTGGTCAAAGGGCC 1291 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 GGTCCCTCTCCGCGTCATAGAGGAGAGACAACCAGTACTATATTATTTGGTCAAAGGGCG 1200 Query 1292 ATGAAGGTAGAGAATATGTTAAAGATAAAGGAAGAATTTGATTACAAGAGTTTATCCAAG 1351 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 ATGAAGGTAGAGAATATGTTAAAGATAAAGGAAGAATTTGATTACAAGAGTTTATCCAAG 1260 Query 1352 AAACTTGAGGTCCAACTGGATAAGGTGATTGCTGAAAACGAAAGGCAGCTCAAAGCATTT 1411 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 AAACTTGAGGTCCAACTGGATAAGGTGATTGCTGAAAACGAAAGGCAGCTCAAAGCATTT 1320 Query 1412 GATGATGATGTGGAGAGAATAAATCGACAAGCACAAAATCGTATATCAGAAGTTGAAAAG 1471 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1321 GATGATGATGTGGAGAGAATAAATCGACAAGCACAAAATCGTATATCAGAAGTTGAAAAG 1380 Query 1472 AACTTTGCAGAGGCCTTAGAGAAGGAGAAACTAAAGTGTCAAATGGAATATATGGAGTCA 1531 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 AACTTTGCAGAGGCCTTGGAGAAGGAGAAACTAAAGTGTCAAATGGAATATATGGAGTCA 1440 Query 1532 GTTAAAAAGCTTGAAGAAAAGCTGATATCGAACCAACGGAACCATGAGAATGGTAAACGT 1591 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1441 GTTAAAAAGCTTGAAGAAAAGCTGATATCGAACCAGCGGAACCATGAGAATGATAAACGT 1500 Query 1592 AATGGAGAGGTCAATGGAGTTGTTACAGCTAGTGAATTCACTAGGCTCAAAGAATCACTT 1651 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1501 AACGGAGAGGTCAATGGAGTTGTTACAGCTAGTGAATTCACTAGGCTCAAAGAATCACTT 1560 Query 1652 GAGAATGAAATGAAGTTAAGGAAGTCAGCTGAAGAGGAAGTCAGCAAAGTAAAAAGCCAG 1711 |||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1561 GAGAATGAAATGAAATTAAGGAAGGCGGCTGAAGAAGAAGTCAGCAAAGTAAAAAGCCAG 1620 Query 1712 TCAACACTGAAGACAAGATCAGGGGAAGGCGAAGATGCTGGAATAACAAGACTACAAAAA 1771 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| Sbjct 1621 TCAACACTGAAGACAAGATCAGGGGAAGGCGAAGATGCTGGAATATCAAGACTACAGAAA 1680 Query 1772 CTGCTGGAGGATGAGGCTCTTCAGAAAAAGAAACTTGAAGAAGAGGTCACCATATTACGA 1831 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1681 CTGCTGGAGGATGAGGCTCTTCAGAAAAAGAAACTTGAAGAAGAGGTCACCATATTACGA 1740 Query 1832 AGTCAACTTGTGCAGCTTACTTTTGAAGCTGATCAGAT 1869 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1741 AGTCAACTTGTGCAGCTTACTTTTGAAGCTGATCAGAT 1778 Score = 1777 bits (962), Expect = 0.0 Identities = 1064/1110 (96%), Gaps = 19/1110 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1928 CAGATGAGAAGATGCTTGGACAGAGGTGCCCCAGGGAATTCGTACTCTGGCACAGACTCA 1987 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1774 CAGATGAGAAGATGCTTGGACAGAGGTGCCCCAGGGAATTCGTACTCTGGCACAGACTCA 1833 Query 1988 TTACCATCACGACATTCCCAAGCAAGAGAATCTGTGAACGGACAGAAGGCACCGTTTGCT 2047 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| Sbjct 1834 TTACCATCACGACATTCCCAAGCAAGAGAATCTGTGAACGGTCAGAAGGCACCATTTGCT 1893 Query 2048 ACACTATGTGAGCAAGTGGGACTTCAAAAGATCTTGCAATTGCTTGAGTCAGATGATGCA 2107 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1894 ACACTATGTGAGCAAGTGGGACTTCAAAAGATCTTGCAATTGCTTGAATCAGATGATGCA 1953 Query 2108 AACATCAGAATTCATGCTGTGAAAGTTGTGGCCAATCTTGCAGCTGAAGAGGCAAATCAA 2167 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1954 AACATAAGAATTCATGCTGTGAAAGTTGTGGCCAATCTTGCAGCTGAAGAGGCAAATCAA 2013 Query 2168 GAAAAGATCGTTGAAGCTGGAGGCCTGACATCGTTGCTAATGCTTCTCAGAAGCTACGAA 2227 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2014 GAAAAGATCGTTGAAGCTGGAGGCCTGACATCGTTGCTAATGCTTCTCAGAAGCTACGAA 2073 Query 2228 GATGAAACTGTGCGAAGAGTTGCCGCTGGTGCGATCGCCAATCTCGCAATGAACGAAGTG 2287 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2074 GATGAAACTGTGCGAAGAGTTGCCGCTGGTGCGATCGCCAATCTCGCAATGAATGAAGTG 2133 Query 2288 AGTCAACAACTGATAGTGGACCAAGGTGGAATCAGCTTGCTATCTCTAACAGCTGCAGAT 2347 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2134 AGTCAACAACTGATAGTGGACCAAGGTGGAATCAGCTTGCTATCTCTAACAGCTGCAGAT 2193 Query 2348 GCAGAAGATCCACAGACTTTACGCATGGTTGCTGGGGCTATTGCTAATCTCTGTGGCAAC 2407 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2194 GCAGAAGATCCACAGACTTTACGCATGGTTGCTGGAGCTATTGCTAATCTCTGTGGCAAC 2253 Query 2408 GACAAACTGCAAGCAAGACTATGGTCGGATGGTGGAATAAAAGCGTTGTTAGGAATGGTT 2467 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2254 GACAAACTGCAAGCAAGACTATGGTCGGATGGTGGAATAAAAGCGTTGTTAGGAATGGTT 2313 Query 2468 AGATGCGGACATCCAGATGTTCTTGCTCAGGTGGCTCGCGGAATTGCAAACTTTGCCAAG 2527 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2314 AGATGCGGACATCCGGATGTTCTTGCTCAGGTGGCTCGCGGAATTGCGAACTTTGCCAAG 2373 Query 2528 TGCGAGTCCCGAGCAACCACTCAAGGTGTGAAGAGTGGAAGATCACTACTAATAGAAGAC 2587 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2374 TGCGAGTCACGAGCAACCACTCAAGGTGTGAAGAGTGGAAGATCACTACTAATAGAAGAC 2433 Query 2588 GGAGCTCTTCCGTGGATTGTACAACATGCGAACGATGAAGCTGCGCCAATCAGGCGACAC 2647 ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2434 GGAGCTCTTCCATGGATTGTACAACATGCTAACGATGAAGCTGCGCCAATCAGGCGCCAC 2493 Query 2648 ATAGAGCTGGCTTTATGCCATTTGGCCCAGCATGAGGTGAATGCAAAGGAGATGATAAGC 2707 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2494 ATAGAGCTGGCTTTATGCCATTTGGCCCAGCATGAGGTGAATGCAAAGGAGATGATAAGC 2553 Query 2708 GGAGGAGCATTGTGGGAGTTGGTGAGAATATCAAAGGAATGTTCAAGAGAAGACATTCGA 2767 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2554 GGGGGAGCATTGTGGGAGTTGGTGAGAATATCAAAGGAGTGTTCAAGAGAAGACATTCGA 2613 Query 2768 AGTTTGGCTCATCGTACTCTCTCTTCAAGTCCCGTCTTCCGTTCTGAGATCCGTCGCCTC 2827 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2614 AGTTTGGCTCATCGTACTCTCTCTTCCAGTCCCGTTTTCCGTTCTGAGATCCGTCGTCTC 2673 Query 2828 GGCATCCAGTTTTGACTTGTT-TTA-TGTTTTGTATCATATAATCATCATCTCTCTCAAC 2885 ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 2674 GGCATCCAGTTTTGACTTGTTCTTAATGTTT-GTATCATATAATTATCATCTCTCTTAAC 2732 Query 2886 GAGATTCACACATCATCACCATCTGtattct----attttattcattttata---gt--- 2935 |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || Sbjct 2733 GAGATTCACACATCATCATCATCTGTATTCTTTCTATTTTATTCATTTTATAAATGTTGT 2792 Query 2936 a--a-ctatttcatttttctttgctttttcatttACTCTTGATTATAAAAA-GAATTACT 2991 | | ||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||| | ||||| Sbjct 2793 ACTAACTATTTCATTTCGCTTTGCTTTT-CATTTACTTTTGATTGTAAAAACGCCTTACT 2851 Query 2992 AGA-TCACGTTGTGTGATTCATTCAACCTC 3020 | | |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2852 AAAATCACGTTGTGTGATTCATTCAACCTC 2881 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 115489622840 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5