BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G02280.1
Length=1173
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg311338 jgi|Araly1|311338|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000118 1513 0.0
Ahg927561 jgi|Araly1|927561|scaffold_300018.1 569 1e-161
Ahg927560 jgi|Araly1|927560|scaffold_300017.1 569 1e-161
Ahg927559 jgi|Araly1|927559|scaffold_300016.1 569 1e-161
Ahg935618 jgi|Araly1|935618|scaffold_403606.1 425 3e-118
Ahg894268 jgi|Araly1|894268|Al_scaffold_0006_2264 388 4e-107
> Ahg311338 jgi|Araly1|311338|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000118
Length=894
Score = 1513 bits (819), Expect = 0.0
Identities = 871/896 (97%), Gaps = 4/896 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 78 ATGGGGTCTCTCGTTCGTGAATGGGTTGGGTTTCAGCAATTTCCAGCAGCTACCCAGGAA 137
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGGGTCTCTCGTTCGTGAATGGGTTGGGTTTCAGCAGTTTCCAGCAGCTACCCAGGAA 60
Query 138 AAGCTGATTGAATTCTTCGGAAAATTGAAGCAAAAGGATATGAACTCAATGACAGTTCTT 197
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AAGCTGATTGAATTCTTTGGCAAATTGAAGCAAAAGGATATGAACTCAATGACAGTTCTT 120
Query 198 GTTC-TGGGTAAAGGCGGTGTCGGAAAATCATCCACTGTCAATTCTCTTATCGGCGAACA 256
|||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 GTTCTTGGG-AAAGGTGGTGTCGGAAAATCATCTACTGTCAATTCTCTTATCGGTGAACA 179
Query 257 AGTCGTCCGTGTCAGTCCTTTCCAAGCTGAAGGATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGAAC 316
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 AGTCGTCCGTGTCAGTCCTTTCCAGGCTGAAGGATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGAAC 239
Query 317 AATGGGAGGGTTCACTATCAACATTATTGACACCCCTGGACTTGTGGAAGCTGGATATGT 376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AATGGGAGGGTTCACTATCAACATTATTGACACCCCTGGACTTGTGGAAGCTGGATATGT 299
Query 377 CAATCACCAAGCTCTCGAGTTAATCAAAGGGTTTCTTGTGAACAGAACAATAGATGTCTT 436
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 300 CAATCACCAAGCCCTCGAGTTAATCAAAGGGTTTCTTGTGAACAGAACCATAGATGTCTT 359
Query 437 GCTCTATGTTGATCGTTTGGATGTGTATAGAGTCGATGAGCTAGATAAGCAAGTTGTTAT 496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 360 GCTCTATGTTGATCGTTTGGATGTGTATAGAGTCGATGAGCTAGATAAGCAAGTTGTGA- 418
Query 497 AG-CAATCACCCAAACCTTTGGAAAAGAGATATGGTGCAAAACCTTGCTTGTTCTGACTC 555
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 AGGCAATCACCCAAACCTTTGGAAAAGAGATTTGGTGCAAAACCTTGCTTGTTCTGACTC 478
Query 556 ATGCTCAATTTTCCCCTCCCGATGAACTTTCCTACGAAACTTTTTCCTCCAAGAGATCAG 615
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 ATGCTCAGTTTTCCCCTCCCGATGAACTTTCCTACGAAACTTTTTCCTCCAAGAGATCAG 538
Query 616 ATTCTCTCCTCAAAACTATCCGGGCTGGTTCTAAGATGCGAAAACAAGAGTTTGAGGATT 675
||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 ATTCTCTTCTCAAAACTATCCGTGCTGGTTCTAAAATGCGAAAACAAGAGTTTGAGGATT 598
Query 676 CTGCAATCGCGGTAGTCTATGCAGAGAACAGCGGAAGATGCAGCAAGAACGATAAGGACG 735
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 CTGCAATCGCGGTAGTCTATGCAGAGAACAGCGGAAGATGCAGCAAGAACGATAAGGACG 658
Query 736 AAAAGGCTCTTCCAAATGGTGAAGCGTGGATCCCGAACTTGGTTAAGGCGATAACTGATG 795
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AAAAGGCTCTTCCGAATGGTGAAGCATGGATCCCGAACTTGGTTAAGGCGATAACTGATG 718
Query 796 TAGCAACAAACCAGAGGAAAGCAATTCATGTAGACAAGAAGATGGTAGATGGATCTTACT 855
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TAGCAACAAACCAGAGAAAAGCAATTCATGTAGACAAGAAGATGGTAGATGGATCTTACT 778
Query 856 CTGATGATAAAGGAAAGAAACTCATCCCTCTTATCATAGGCGCTCAGTATTTGATCGTTA 915
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 779 CTGATGATAAAGGAAAGAAACTCATCCCTCTTATCATCGGCGTTCAGTATTTGATCGTTA 838
Query 916 AGATGATTCAAGGAGCAATCAGAAATGATATCAAGACAAGTGGAAAGCCACTTTAA 971
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 AGATGATTCAAGGAGCAATCAGAAATGACATCAAGACAAGTGGAAAGCCACTTTAA 894
> Ahg927561 jgi|Araly1|927561|scaffold_300018.1
Length=807
Score = 569 bits (308), Expect = 1e-161
Identities = 339/354 (96%), Gaps = 2/354 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 289 GATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGAACAATGGGAGGGTTCACTATCAACATTATTGACA 348
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 217 GATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGGACAATGGGAGGGTTCACTATCAACATTATTGACG 276
Query 349 CCCCTGGACTTGTGGAAGCTGGATATGTCAATCACCAAGCTCTCGAGTTAATCAAAGGGT 408
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 277 TCCCTGGACTTGTGGAAGCTGGCTATGTCAATCACCAAGCCCTCGAGTTAATCAAAGGGT 336
Query 409 TTCTTGTGAACAGAACAATAGATGTCTTGCTCTATGTTGATCGTTTGGATGTGTATAGAG 468
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 TTCTTGTGAACAGAACCATACATGTCTTGCTCTATGTTGATCGTTTGGATGTGTATAGAG 396
Query 469 TCGATGAGCTAGATAAGCAAGTTGTTATA-GCAATCACCCAAACCTTTGGAAAAGAGATA 527
||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 397 TCGATGAGCTAGATAAGCAAGTTGTCA-AGGCAATCACCCAAACCTTTGGAAAGGAGATA 455
Query 528 TGGTGCAAAACCTTGCTTGTTCTGACTCATGCTCAATTTTCCCCTCCCGATGAACTTTCC 587
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 456 TGGTGCAAAACCTTGCTTGTTCTGACTAATGCTCAGTTTTCCCCTCCCGATGAACTTTCC 515
Query 588 TACGAAACTTTTTCCTCCAAGAGATCAGATTCTCTCCTCAAAACTATCCGGGCT 641
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 516 TACGAAACTTTTTCCTCCAAGAGATCTGATTCTCTCCTCAAAACTATCCGTGCT 569
Score = 407 bits (220), Expect = 1e-112
Identities = 234/241 (97%), Gaps = 0/241 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 741 GCTCTTCCAAATGGTGAAGCGTGGATCCCGAACTTGGTTAAGGCGATAACTGATGTAGCA 800
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 567 GCTCTTCCGAATGGTGAAGCGTGGATCCCGAACTTGGTTAAGGCGATAATTGATGTAGCA 626
Query 801 ACAAACCAGAGGAAAGCAATTCATGTAGACAAGAAGATGGTAGATGGATCTTACTCTGAT 860
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 627 ACAAACCAAAGGAAAGCAATTCATGTAGACAAGAAGATGGTAGATGGATCTTACTCTGAT 686
Query 861 GATAAAGGAAAGAAACTCATCCCTCTTATCATAGGCGCTCAGTATTTGATCGTTAAGATG 920
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 687 GATAAAGGAAAGAAACTCATCCCTCTTATCATCGGCGCTCAGTATTTGATCGTTAAGATG 746
Query 921 ATTCAAGGAGCAATCAGAAATGATATCAAGACAAGTGGAAAGCCACTTTAAGAGGCTCTG 980
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 747 ATTCAAGGAGCAATCAGAAATGAGATCAAGACAAGTTGAAAGCCACTTTAAGAGGCTATG 806
Query 981 A 981
|
Sbjct 807 A 807
> Ahg927560 jgi|Araly1|927560|scaffold_300017.1
Length=807
Score = 569 bits (308), Expect = 1e-161
Identities = 339/354 (96%), Gaps = 2/354 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 289 GATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGAACAATGGGAGGGTTCACTATCAACATTATTGACA 348
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 217 GATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGGACAATGGGAGGGTTCACTATCAACATTATTGACG 276
Query 349 CCCCTGGACTTGTGGAAGCTGGATATGTCAATCACCAAGCTCTCGAGTTAATCAAAGGGT 408
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 277 TCCCTGGACTTGTGGAAGCTGGCTATGTCAATCACCAAGCCCTCGAGTTAATCAAAGGGT 336
Query 409 TTCTTGTGAACAGAACAATAGATGTCTTGCTCTATGTTGATCGTTTGGATGTGTATAGAG 468
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 TTCTTGTGAACAGAACCATACATGTCTTGCTCTATGTTGATCGTTTGGATGTGTATAGAG 396
Query 469 TCGATGAGCTAGATAAGCAAGTTGTTATA-GCAATCACCCAAACCTTTGGAAAAGAGATA 527
||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 397 TCGATGAGCTAGATAAGCAAGTTGTCA-AGGCAATCACCCAAACCTTTGGAAAGGAGATA 455
Query 528 TGGTGCAAAACCTTGCTTGTTCTGACTCATGCTCAATTTTCCCCTCCCGATGAACTTTCC 587
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 456 TGGTGCAAAACCTTGCTTGTTCTGACTAATGCTCAGTTTTCCCCTCCCGATGAACTTTCC 515
Query 588 TACGAAACTTTTTCCTCCAAGAGATCAGATTCTCTCCTCAAAACTATCCGGGCT 641
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 516 TACGAAACTTTTTCCTCCAAGAGATCTGATTCTCTCCTCAAAACTATCCGTGCT 569
Score = 407 bits (220), Expect = 1e-112
Identities = 234/241 (97%), Gaps = 0/241 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 741 GCTCTTCCAAATGGTGAAGCGTGGATCCCGAACTTGGTTAAGGCGATAACTGATGTAGCA 800
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 567 GCTCTTCCGAATGGTGAAGCGTGGATCCCGAACTTGGTTAAGGCGATAATTGATGTAGCA 626
Query 801 ACAAACCAGAGGAAAGCAATTCATGTAGACAAGAAGATGGTAGATGGATCTTACTCTGAT 860
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 627 ACAAACCAAAGGAAAGCAATTCATGTAGACAAGAAGATGGTAGATGGATCTTACTCTGAT 686
Query 861 GATAAAGGAAAGAAACTCATCCCTCTTATCATAGGCGCTCAGTATTTGATCGTTAAGATG 920
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 687 GATAAAGGAAAGAAACTCATCCCTCTTATCATCGGCGCTCAGTATTTGATCGTTAAGATG 746
Query 921 ATTCAAGGAGCAATCAGAAATGATATCAAGACAAGTGGAAAGCCACTTTAAGAGGCTCTG 980
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 747 ATTCAAGGAGCAATCAGAAATGAGATCAAGACAAGTTGAAAGCCACTTTAAGAGGCTATG 806
Query 981 A 981
|
Sbjct 807 A 807
> Ahg927559 jgi|Araly1|927559|scaffold_300016.1
Length=807
Score = 569 bits (308), Expect = 1e-161
Identities = 339/354 (96%), Gaps = 2/354 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 289 GATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGAACAATGGGAGGGTTCACTATCAACATTATTGACA 348
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 217 GATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGGACAATGGGAGGGTTCACTATCAACATTATTGACG 276
Query 349 CCCCTGGACTTGTGGAAGCTGGATATGTCAATCACCAAGCTCTCGAGTTAATCAAAGGGT 408
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 277 TCCCTGGACTTGTGGAAGCTGGCTATGTCAATCACCAAGCCCTCGAGTTAATCAAAGGGT 336
Query 409 TTCTTGTGAACAGAACAATAGATGTCTTGCTCTATGTTGATCGTTTGGATGTGTATAGAG 468
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 TTCTTGTGAACAGAACCATACATGTCTTGCTCTATGTTGATCGTTTGGATGTGTATAGAG 396
Query 469 TCGATGAGCTAGATAAGCAAGTTGTTATA-GCAATCACCCAAACCTTTGGAAAAGAGATA 527
||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 397 TCGATGAGCTAGATAAGCAAGTTGTCA-AGGCAATCACCCAAACCTTTGGAAAGGAGATA 455
Query 528 TGGTGCAAAACCTTGCTTGTTCTGACTCATGCTCAATTTTCCCCTCCCGATGAACTTTCC 587
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 456 TGGTGCAAAACCTTGCTTGTTCTGACTAATGCTCAGTTTTCCCCTCCCGATGAACTTTCC 515
Query 588 TACGAAACTTTTTCCTCCAAGAGATCAGATTCTCTCCTCAAAACTATCCGGGCT 641
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 516 TACGAAACTTTTTCCTCCAAGAGATCTGATTCTCTCCTCAAAACTATCCGTGCT 569
Score = 407 bits (220), Expect = 1e-112
Identities = 234/241 (97%), Gaps = 0/241 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 741 GCTCTTCCAAATGGTGAAGCGTGGATCCCGAACTTGGTTAAGGCGATAACTGATGTAGCA 800
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 567 GCTCTTCCGAATGGTGAAGCGTGGATCCCGAACTTGGTTAAGGCGATAATTGATGTAGCA 626
Query 801 ACAAACCAGAGGAAAGCAATTCATGTAGACAAGAAGATGGTAGATGGATCTTACTCTGAT 860
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 627 ACAAACCAAAGGAAAGCAATTCATGTAGACAAGAAGATGGTAGATGGATCTTACTCTGAT 686
Query 861 GATAAAGGAAAGAAACTCATCCCTCTTATCATAGGCGCTCAGTATTTGATCGTTAAGATG 920
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 687 GATAAAGGAAAGAAACTCATCCCTCTTATCATCGGCGCTCAGTATTTGATCGTTAAGATG 746
Query 921 ATTCAAGGAGCAATCAGAAATGATATCAAGACAAGTGGAAAGCCACTTTAAGAGGCTCTG 980
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 747 ATTCAAGGAGCAATCAGAAATGAGATCAAGACAAGTTGAAAGCCACTTTAAGAGGCTATG 806
Query 981 A 981
|
Sbjct 807 A 807
> Ahg935618 jgi|Araly1|935618|scaffold_403606.1
Length=321
Score = 425 bits (230), Expect = 3e-118
Identities = 280/301 (93%), Gaps = 15/301 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 282 GCTGAAGGATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGAACAATGGGAGGGTTCACTATCAACATT 341
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 26 GCTGAAGGATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGAACAATGGGAGGGTTCACTATCAACATT 85
Query 342 ATTGACACCCCTGGACTTGTGGAAGCTGGATATGTCAATCACCAAGCTCTCGAGTTAATC 401
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 86 ATTGACACCCCTGGACTTGTGGAAGCTGAATATGTCAATCACCAAGCCCTCGAGTTAATC 145
Query 402 AAA--G----GGTTTCTTGTGAACAGAACAATAGATGTCTTGCTCTATGTTGATCGTTTG 455
||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 146 AAAGGGTTTAGGTTTCTTGTGAACAGAACCATAGATGTC-T--TCTATGTTGATCGTTTG 202
Query 456 GATGTGTATAGAGTCGATGAGCTAGATAAGCAAGTTGTTATAG-CAATCACCCAAACCTT 514
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||
Sbjct 203 GATGTGTATAGAGTCGATGAGCTAGATAAGCAAGTTGTGA-AGGCAATCACCCAAACCTT 261
Query 515 TGGAAAAGAGATAT--GGTGCAAAAC-CTTGCTTGTTCTGACTCATGCTCAATTTTCCCC 571
|||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 262 TGGAAAAGAGATATATGGTG-AAAATTCTTGCTTGTTCTGACTCATGCTCAGTTTTCCCC 320
Query 572 T 572
|
Sbjct 321 T 321
> Ahg894268 jgi|Araly1|894268|Al_scaffold_0006_2264
Length=318
Score = 388 bits (210), Expect = 4e-107
Identities = 283/317 (89%), Gaps = 9/317 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 98 ATGGG-TT-GGGTTTCAGCAATTTCCAGCAG-CTACCCAGGAAAAGCTGATTGAATTC-T 153
||||| || ||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 ATGGGTTTAGGGCTTCAGCAATTTCCAG-TGTCTACCCAGGAAAAGCTGATTGAATTCTT 59
Query 154 TCGGAAAATTGAAGCAAAAGGA-T--ATGAACTCAATGACAGTTCTTGTTCTGGGTAAAG 210
|| ||||| || | | | | | || |||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 60 TCTTCGAATTGCAGGATATGAACTCAAT-TACTCAATGACTGCTCTTGTTCTGGGTAAAG 118
Query 211 GCGGTGTCGGAAAATCATCCACTGTCAATTCTCTTATCGGCGAACAAGTCGTCCGTGTCA 270
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 GCGGTGTCGGAACATCATCCACTGTCAATTCTCTTATCGGCGAACAAGTCGTCCGTGTCA 178
Query 271 GTCCTTTCCAAGCTGAAGGATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGAACAATGGGAGGGTTCA 330
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||
Sbjct 179 GTCCTTTCCAGGCTGAAGGATTGAGACCAGTGATGGTTTCAAGAACTATGGAAGGATTCA 238
Query 331 CTATCAACATTATTGACACCCCTGGACTTGTGGAAGCTGGATATGTCAATCACCAAGCTC 390
||||||||||| |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 239 CTATCAACATTTTTGATATCCCTGGACTTTTGGAAGCTGGATATGTCAATCACCAAGCCC 298
Query 391 TCGAGTTAATCAAAGGG 407
||||||||| |||||||
Sbjct 299 TCGAGTTAACCAAAGGG 315
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 43765108716
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5