BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G03000.1 Length=3100 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg470277 jgi|Araly1|470277|fgenesh2_kg.1__231__AT1G03000.1 4608 0.0 > Ahg470277 jgi|Araly1|470277|fgenesh2_kg.1__231__AT1G03000.1 Length=2952 Score = 4608 bits (2495), Expect = 0.0 Identities = 2789/2928 (95%), Gaps = 32/2928 (1%) Strand=Plus/Plus Query 85 GAATTCGATTTGATTCCGTTGCAATGGTGGAGAGACGGAATCCTCTGGTTCTATCATCCA 144 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1 GAATTCGATTTGATTCCGTTGCAATGGTGGAGAGACGGAATCCTTTGGTTCTATCATCCA 60 Query 145 CAAGAAGTACTCTCCGTTCAGTGCTCAATTCGTCACAACCCAGCTCTGCCGACGGCGACC 204 | ||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||| Sbjct 61 CCAGAAGCACACTCCGTTCAGTGCTCGGTTCGTTACAACCCAGCTCTGCCGATGGTGACC 120 Query 205 GAGTTCTGAAT-A--A----A--------GACGG-T--GACTTGTTACGAGGGAACGCTA 246 ||||||||||| | | | | ||| | ||||||| ||||||||||| || Sbjct 121 GAGTTCTGAATCACGACGGGATTGTTTTGGGCGGATCCGACTTGTCACGAGGGAACGTTA 180 Query 247 GGTTGTCTGCGGGCATTCTCCGGTGGCGGAAGGACGGAGAAAATGTTTCCGATGCAAAAT 306 ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 ATTTGTCTGCGGGAATTCTCCGGTGGCGGAGGGACGGAGAAAATGTTTCCGATGCAAAAT 240 Query 307 TGGATTCTTTAGATGACTCTGCATTGGTTGGACTCTCCACTCAATTGCTTAAGAGACTAT 366 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TGGATTCTTTAGATGACTCTGCATTGGTTGGGCTCTCCACTCAATTGCTTAAGAGACTAT 300 Query 367 CTATCAACTCTGGTTCTTTGGTTGTTGTCAAGAACATTGAGATAGGCATTCAAAGGGTTG 426 ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 301 CTATCAATTCTGGTTCTTTGGTTGTTATCAAGAACATTGAGATAGGCATTCAACGGGTTG 360 Query 427 CGCAAGTTGTTGTACTTGATCCTCCCAAGACGACGCTGGAAGATGCATCTCTCACTCAAG 486 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 361 CGCAAGTTGTTGTACTTGATCCTCCCAAGACGACGCTGGAAGATGCATCTGTCACTCAAG 420 Query 487 TACCTGTTTCGGACTCTCTTCATACGATGCTTGTCTTTCCCACTTATGATTTGATGGGCC 546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 421 TGCCTGTTTCGGACTCTCTTCATACGATGCTTGTCTTTCCCACTTATGATTTGATGGCCC 480 Query 547 AGCAGTTATTAGATCAAGAGGTTGCTTACTTGTCCCCAATGTTAGCTTTTAATCTTAGCT 606 |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 AGCACTTGTTAGATCAAGAGGTTGCTTACTTGTCCCCAATGTTAGCTTTTAATCTTAGCT 540 Query 607 TGCACATATCTTGCCTGAAATCCCTCGTACATCGAGGGAACGGGGTCTTAGAGAAGTATT 666 |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 TGCATATATCTTGCCTGAAATCCCTCGTCCACCGAGGGAACGGGGTCTTAGAGAAGTATT 600 Query 667 TTGAAGCTAAGTGTGATGAGGAGTTTATCGGAAAATCTGCAGAAGATGGGTCGAAGATTG 726 |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| Sbjct 601 TTGAAGCTAAGTTTGACGAGGAGTTTATCGGAAAATCTGCGGCAGATGGGTTGAAGATTG 660 Query 727 GTTTGGATTTGGAACCCGTGTCCCAAGTTCCAGGCTATGCATCACATCTGAGAGTTTCTT 786 |||||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 GTTTGGATTTGGAACCTGTGTCTGATGTCCCAGGCTATGCATCACATCTGAGAGTTTCTT 720 Query 787 TTGTTAAAATCCCAGAGTGTGGTACCATCCCATCCCTGAAAGTCAATTCGTCATTTGAAG 846 |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 721 TTGTTAAAATCCCAGAGTGTGGTACCATTCAATCCCTGAAACTCAATTCGTCATTTGAAG 780 Query 847 CTGAAGAGCGACAAGGGTTAATAGATTCTGCATTACAGAAGTATTTTGGAACTGATAGAC 906 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 781 CTGAAGAGCGACAAGGGTTAATAGATTCTGCATTACATAAGTATTTTGGAACTGATAGAC 840 Query 907 AGCTATCAAGAGGCGATATATTTCGCATTTACATTGACTGGAATTGTGGTTCAAGCATTT 966 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 841 AGCTGTCAAGAGGCGATATATTTCGCATTTACATTGACTGGAATTGTGGTTCAAGCATTT 900 Query 967 GTAATCCATGTAGTCAAAGGTTGTGCTCCGAAAGCGACGACTATATATATTTTAAGGTTA 1026 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 GTATTCCATGTAGTCAAAGGTTGTGCTCCGAAAGCGACGACTATATATATTTTAAGGTTA 960 Query 1027 TTGCGATGGAACCTTCTAATGAGAGGTTTCTTCGAGTGAATCACTCCCAAACCGCCCTTG 1086 | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 961 TCGCGATGGAACCTTCTAATGAGAGGTATCTTCGAGTCAATCACTCCCAAACCGCCCTTG 1020 Query 1087 TCCTTGGAGGAACTGTATCTTCTGGTCTTCCACCAGATTTACTGGTGTATAGATCAAAGG 1146 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1021 TCCTTGGAGGAACTGTATCTTCTGGTCTTCCACCAGATTTGCTGGTGTATAGATCAAAGG 1080 Query 1147 TTCCTATGCCATTGCAGGAGGAGACAGTAAATATTTTGGCATCGGTGCTTTCACCACCTC 1206 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1081 TTCCTATGCCCTTGCAGGAGGAGACAGTAAATATTTTGGCATCAGTGCTTTCACCACCTC 1140 Query 1207 TCTGCCCATCAGCACTCGCCTCAAAACTCAGGGTTGCTGTTTTACTGCATGGTATACCAG 1266 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| Sbjct 1141 TCTGCCCATCAGCACTCGCCTCAAAACTCAGGGTTGCTGTTTTACTGCATGGTCTGCCAG 1200 Query 1267 GGTGTGGGAAGAGAACTGTTGTTAAATATGTTGCTAGGAGGTTGGGGCTGCATGTAGTTG 1326 |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 GGTGCGGGAAGAGAACTGTTGTTAACTATGTTGCTAGGAGGTTGGGGCTGCATGTAGTTG 1260 Query 1327 AATTTAGCTGCCACAGTTTATTAGCATCATCTGAGAGGAAAACATCTACTGCTTTGGCCC 1386 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1261 AATATAGCTGCCACAGTTTATTAGCATCATCTGAGAGGAAAACATCTACTGCTTTGGCCC 1320 Query 1387 AGACTTTTAATATGGCACGAAGGTATTCACCAACGATACTTTTGCTTCGCCATTTCGATG 1446 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1321 AGACTTTTAATATGGCACGAAGGTATTCACCAACGATACTTCTGCTTCGCCATTTCGATG 1380 Query 1447 TTTTTAAAAATCTGGGCTCTCAGGATGGTTCACTGGGTGACCGAGTTGGTGTGTCCTTTG 1506 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || Sbjct 1381 TTTTTAAAAATCTGGGCTCTCAGGATGGTTCACTGGGTGATCGAGTTGGTGTGTCCTCTG 1440 Query 1507 AGATTGCATCGGTTATTAGGGAACTCACTGAGCCAGTTTCTAATGG-G--GACAGTTCCA 1563 |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| Sbjct 1441 AGATTGCATCCGTGATTAGGGAACTCACTGATCCAGTTTCTAATGGTGAAAACAGTTCCA 1500 Query 1564 TGGAAGAAAAATCGAATAGCAATTTCTCTGAAAATGAAGTTGGAAAGTTTAGGGGACATC 1623 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1501 TGGAAGAAAAATCGAATAGCAATTTCTCTGAAGATGAAGTTGGGAAGTTTAGGGGACATC 1560 Query 1624 AAGTGCTGCTAATCGCATCTGCTGAAAGTACTGAGGGTATCTCTCCAACAATCAGGCGTT 1683 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1561 AAGTGCTATTAATCGCATCTGCTGAAAGTACTGAGGGTATCTCTCCAACAATTAGGCGTT 1620 Query 1684 GCTTTAGCCATGAAATACGTATGGGTTCTTTGAATGACGAACAGAGATCTGAAATGCTGT 1743 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1621 GCTTTAGTCATGAAATACGTATGGGTTCTTTGAATGACGAACAGAGATCTGAAATGCTGA 1680 Query 1744 CTCAGTCCCTCCAAGGCGTTTCTCAATTCCTTAATATTAGCTCAGATGAATTTATGAAAG 1803 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 1681 CTCAGTCCCTCCAAGGCGTCTCTCAATTCCTTAATACCAGCTCAGATGACTTTATGAAAG 1740 Query 1804 GATTGGTGGGACAGACTTCTGGCTTCCTTCCCCGGGACTTGCAAGCTCTTGTAGCTGATG 1863 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1741 GATTGGTGGGACAGACTTCTGGCTTCCTTCCTCGGGACTTGCGTGCTCTTGTAGCTGATG 1800 Query 1864 CTGGTGCCAACTTATACATCAGTCAAGAGTCCGAGACCAAGAAAATTAACTCTCTGTCAG 1923 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1801 CTGGTGCCAACTTATATATCAGTCAAGAGTCCGAGACCAAGAAAGTTAACTCTCTGTCAG 1860 Query 1924 ATGATCTTCATGGAGTTGATATACACCAGGCAAGCCAAATAGATAACAGCACTGA-GAAA 1982 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || ||| | ||| | | Sbjct 1861 ATGATCTTCATGGAGTTGATGTACACCAGGCAAGCCAATTAGGTATCAGTAGTGATG-CA 1919 Query 1983 TTAACAGCTAAGGAAGACTTTACCAAAGCTTTGGATCGATCAAAGAAGAGAAATGCATCA 2042 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1920 TTAACAGCTAAGGAAGACTTTACCAAAGCTTTAGATCGATCAAAGAAGAGAAATGCATCA 1979 Query 2043 GCCCTTGGTGCTCCTAAGGTTCCAAATGTGAAATGGGATGATGTTGGTGGGCTTGAGGAT 2102 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1980 GCCCTTGGTGCTCCTAAGGTTCCAAATGTGAAATGGGATGATGTTGGTGGGCTTGAGGAT 2039 Query 2103 GTGAAGACATCGATATTGGACACAGTTCAACTACCTCTCCTGCATAAAGATTTATTTTCG 2162 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2040 GTGAAGACATCGATATTGGACACAGTTCAATTACCTCTCCTGCATAAAGATTTATTTTCG 2099 Query 2163 TCCGGATTGCGTAAACGTTCTGGTGTACTTCTCTATGGCCCTCCAGGAACAGGGAAAACT 2222 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2100 TCCGGATTGCGTAAACGTTCTGGTGTACTTCTCTATGGCCCTCCAGGAACAGGGAAAACT 2159 Query 2223 TTACTGGCAAAAGCTGTGGCGACAGAGTGCTCCTTAAATTTCCTCAGTGTAAAGGGTCCA 2282 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2160 TTACTGGCAAAAGCTGTGGCGACAGAGTGCTCCTTAAATTTCCTCAGTGTAAAGGGTCCA 2219 Query 2283 GAATTAATCAACATGTATATTGGAGAGTCAGAGAAAAATGTTCGAGATATATTTGAAAAG 2342 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2220 GAATTAATAAACATGTATATTGGAGAGTCAGAGAAAAATGTTCGAGATATATTTGAAAAG 2279 Query 2343 GCAAGGTCAGCGCGACCTTGTGTGATCTTCTTTGATGAGCTTGATTCTCTTGCTCCAGCT 2402 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2280 GCAAGGTCAGCGCGACCTTGTGTGATCTTCTTTGATGAGCTTGATTCTCTTGCTCCAGCT 2339 Query 2403 CGAGGTGCTTCTGGTGATTCTGGAGGAGTCATGGATCGAGTGGTATCTCAGATGCTTGCA 2462 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2340 CGAGGTGCTTCTGGTGATTCTGGAGGAGTCATGGATCGAGTGGTCTCTCAGATGCTTGCA 2399 Query 2463 GAGATCGATGGACTCAGCGACTCTTCCCAGGATCTGTTTATTATAGGAGCAAGCAACAGA 2522 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2400 GAGATTGATGGACTCAGCGACTCTTCCCAGGATCTGTTTATTATAGGAGCAAGCAACAGA 2459 Query 2523 CCTGACTTGATTGATCCAGCTCTTTTACGGCCTGGCAGATTCGACAAACTTCTATATGTT 2582 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2460 CCTGACTTGATTGATCCAGCTCTTTTACGGCCTGGCAGATTCGACAAACTTCTGTATGTT 2519 Query 2583 GGAGTCAACGCTGATGCGTCTTACAGGGAAAGGGTACTTAAAGCACTGACTCGGAAATTT 2642 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| Sbjct 2520 GGAGTCAACGCTGATGCGTCTTACAGGGAAAGGGTCCTCAAAGCACTAACTCGGAAATTC 2579 Query 2643 AAGTTAAGCGAAGATGTATCTCTTTATTCAGTAGCAAAGAAGTGTCCCTCTACATTCACC 2702 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2580 AAGTTAAGCGAAGATGTATCTCTTTATTCAGTAGCAAAGAAGTGTCCCTCTACATTCACC 2639 Query 2703 GGCGCTGATATGTACGCCTTGTGTGCTGATGCTTGGTTTCAGGCAGCTAAGCGAAAGGTG 2762 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2640 GGCGCTGATATGTACGCATTGTGTGCTGATGCTTGGTTTCAGGCAGCTAAGCGAAAGGTC 2699 Query 2763 TCAAAATCGGATTCAGGGGATATGCCTACAGAAGAAGATGATCCCGATTCAGTCGTTGTA 2822 |||||||| |||||||||||| | ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| Sbjct 2700 TCAAAATCAGATTCAGGGGATTTTCCTCCAGAAGA---TGATCCGGATTCAGTCGTTGTA 2756 Query 2823 GAGTATGTGGATTTTATAAAGGCAATGGATCAGCTCTCGCCATCACTCTCCATAACTGAG 2882 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2757 GAGTATGTGGATTTTATAAAGGCAATGGATCAGCTCTCGCCATCACTCTCCATAACTGAG 2816 Query 2883 CTTAAGAAGTATGAGATGCTTCGAGATCAATTTCAAGGCCGTTCGAGCTAAACCCCTCTC 2942 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || | Sbjct 2817 CTTAAGAAGTATGAGATGCTTCGAGATCAATTTCAAGGCCGTTCCAGCTAAACCCTTC-C 2875 Query 2943 AGTACATAA-AAATTAGC-T-TATAATGAAGACATTTCATAttttttt 2987 || | || |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2876 --TAAACAAGAAATTAGCATATATAATGGAGACATTTCATATTTTTTT 2921 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 117089413130 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5