BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G03380.1
Length=3732
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg333664 jgi|Araly1|333664|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000229 4700 0.0
> Ahg333664 jgi|Araly1|333664|fgenesh1_pg.C_scaffold_1000229
Length=2877
Score = 4700 bits (2545), Expect = 0.0
Identities = 2775/2886 (96%), Gaps = 15/2886 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 371 ATGATGAAGAAGGGGAAAGGAAAGAACAGTGGCTTGTTACCGAATTCCTTTAAGATTATA 430
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATGAAGAAGGGGAAAGGGAAGAACAGTGGCTTGTTACCGAATTCCTTTAAGATTATA 60
Query 431 TCTTCTTGCCTTAAAACTGTATCGGCTAACGCCACCAACGTTGCGTCGTCTGTTCGTTCC 490
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 TCTTCTTGCCTCAAAACTGTATCGGCTAACGCCACCAACGTTGCGTCGTCGGTTCGTTCC 120
Query 491 GCTGGTGCCTCCGTTGCTGCTTCAATTTCCGCTGCTGAAGATGATAAGGATCAGGTGACC 550
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 121 GCTGGAGCCTCCGTCGCTGCTTCAATTTCCGCTGCTGAAGATGATAAAGATCAGGTGACA 180
Query 551 TGGGCTGGATTTGGCATTCTTGAACTGGGTCAACATGTCACCAGACATGTTCTCTTACTC 610
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGGGCTGGCTTTGGCATTCTTGAACTGAGTCAACATGTCACCAGACATGTTCTCTTACTC 240
Query 611 GGTTATCAGAATGGCTTTCAAGTCTTTGATGTTGAGGATGCCTCTAATTTTAATGAACTG 670
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GGTTATCAGAATGGCTTTCAAGTCTTTGATGTTGAGGATGCCTCTAATTTTAATGAACTG 300
Query 671 GTCTCTAAACGAGGTGGTCCAGTTTCATTCTTACAGATGCAGCCATTACCTGCAAGGTCT 730
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTCTCTAAACGAGGTGGCCCAGTTTCATTCTTACAGATGCAGCCATTACCTGCAAGGTCT 360
Query 731 GGTGATCATGAGGGTTTTTGGAACTCACATCCTCTTTTGCTGGTTGTTGCTGGGGATGAA 790
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GGTGATCATGAGGGTTTTGGGAACTCACATCCTCTTTTGCTGGTTGTTGCTGGGGATGAC 420
Query 791 ACAAATGGCACTGGTTTGGGTCACAGTTTTTCCCAGAATGGTTCATTAGCAAGAGATGGT 850
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ACAAGCGGCACTGGTTTGGGTCACAGTTTTTCCCAGAATGGTTCATTAGCAAGAGATGGT 480
Query 851 AGTTCAGACTCTAAAGCCGGGGATGCCATCAATTATCCTACCACTGTTCGCTTCTACTCC 910
| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 481 AAATCAGACTTTAAAGCCGGGGATGCCATCAATTATCCTACCACTGTTCGCTTTTACTCC 540
Query 911 CTTAGGTCCCACAGTTATGTATATGTCCTGAGATTTCGGTCATCTGTTTGCATGATTAGA 970
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTTAGGTCCCACAGTTATGTATATGTCCTGAGATTTCGGTCATCTGTTTGCATGATTAGA 600
Query 971 TGCAGCTCCCGAGTAGTCGCTGTTGGCCTTGCGAATCAAATATATTG-TGTTGACGCACT 1029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 601 TGCAGCTCCCGAGTAGTCGCTGTTGGCCTTGCGAATCAAATATATTGCTG-TGACGCACT 659
Query 1030 TACTCTGGAAAATAAGTTCAGTGTTCTCACTTATCCTGTCCCCCAGCCAGTGAGACAAGG 1089
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 660 TACTCTGGAAAATAAGTTCAGTGTTCTAACTTATCCTGTTCCCCAGCCAGTGAGACAAGG 719
Query 1090 GACAACCAGAGTTAATGTTGGCTATGGTCCGATGGCTGTAGGTCCAAGGTGGCTTGCATA 1149
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GACAACCAGGGTTAATGTTGGCTATGGTCCGATGGCTGTAGGTCCAAGGTGGCTTGCATA 779
Query 1150 TGCGTCCAAAAGTTCCATGACCATGAAAACAGGGCGCCTAAGCCCACAGACGTTTACTTC 1209
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 780 TGCGTCCAAAAGTTCCATGACCATGAAAACAGGGCGCCTAAGCCCACAGACTTTTACTTC 839
Query 1210 TTCACCCAGTCTCAGCCCAAGTTCATCATCAGGTGGAAGCAGTTTTATGGCCCGTTATGC 1269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TTCACCCAGTCTCAGCCCAAGTTCATCATCAGGTGGAAGTAGTTTTATGGCCCGTTATGC 899
Query 1270 CATGGAGTCTAGCAAGCAGTTAGCCAATGGATTAATCAACCTGGGGGACATGGGATACAA 1329
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CATGGAGTCCAGCAAGCAGTTAGCCAATGGATTAATCAACCTGGGGGACATGGGATACAA 959
Query 1330 AACATTGTCAAAATACTGTCAAGATATGCTCCCTGATGGATCTACTTCTCCAGCATCACC 1389
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 AACATTGTCAAAATACTGTCAAGATATGCTCCCTGATGGATCTACTTCTCCAGCATCACC 1019
Query 1390 AAATGCAATCTGGAAAGTTGGTGGGGTTTCTGGATCAGATGCAGAGAATGCCGGAATGGT 1449
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1020 AAATTCAATCTGGAAAGTTGGTGGGGTTACTGGATCAGATGCAGAGAATGCTGGAATGGT 1079
Query 1450 TGCTGTTAAAGATCTTGTTTCTGGAGCTTTAGTATCACAGTTCAAGGCTCATACGAGTCC 1509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGCTGTTAAAGATCTTGTTTCTGGAGCTTTAGTATCACAGTTCAAGGCTCATACGAGTCC 1139
Query 1510 TATCTCAGCACTTTGTTTTGATCCTAGTGGAACTCTATTGGTTACTGCTTCAGTATGTGG 1569
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1140 TATCTCAGCACTTTGTTTTGATCCTAGTGGAACTCTATTGGTTACTGCTTCAGTGTGTGG 1199
Query 1570 GAACAATATCAATGTCTTTCAGATCATGCCATCTCGTTCACATAATGCACCTGGTGACCT 1629
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1200 GAACAATATCAATGTCTTTCAGATCATGCCATCTCGTTCACATAGTGCACCTGGTGACCT 1259
Query 1630 AAGTTATGAGTGGGAATCTTCTCATGTGCATCTCTTCAAACTGCATAGAGGGATCACTTC 1689
||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1260 AAGTTATGAGTGGGAATCTTCTCATATGCATCTTTTCAAACTGCATAGAGGAATCACTTC 1319
Query 1690 AGCTATTGTCCAGGACATTTGCTTTAGTCAGCAGAGTCAGTGGGTTGCTATTATTTCATC 1749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1320 AGCTATTGTCCAGGACATTTGCTTTAGTCAGCAGAGTCAGTGGGTGGCTATTATTTCATC 1379
Query 1750 CAAGGGTACTTGCCATATATTT-GTTTTAAACTCTTCTGGTAGCGACGCTGCGTTTCAAC 1808
|||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1380 CAAGGGTACTTGCCATAT-TTTCGTTTTAAACTCGTCTGGTAGCGACGCTGCGATTCAAC 1438
Query 1809 CTTGCGAGGGTGAGGAGCCTACCCGACTACCAGCTTCATCCTTGCCATGGTGGTTTACTC 1868
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1439 CTTGTGAGGGTGAGGAGCCTACCCGACTTCCAGCTTCATCCTTGCCATGGTTGTTTACTC 1498
Query 1869 AATCGTTGTCAAGTAATCAGCAGTCTTTATCGCCACCAACAGCTGTTGCCCTTTCTGTTG 1928
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 AATCGTTGTCAAATAATCAGCAGTCTTTATCGCCACCACCAGCTGTTGCCCTTTCTGTTG 1558
Query 1929 TAAGCAGAATAAAGTATAGCAGTTTTGGGTGGCTTAACACAGTAAGCAATGCTACTACTG 1988
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1559 TAAGCAGAATAAAGTATAGCAGTTTTGGGTGGCTTAACACAGTAAGCAATGCTGCTACTG 1618
Query 1989 CTGCTACTGGAAAAGTTTTTGTACCATCAGGTGCCGTGGCTGCTGTTTTTCATAAATCTG 2048
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1619 CTGCAACTGGAAAAGTTTTTGTACCATCGGGTGCCGTGGCTGCTGTTTTTCATAAATCCG 1678
Query 2049 TCACTCATGACCTTCAGCTGAACTCCCGGACTAACGCGTTGGAGCATATCTTAGTCTATA 2108
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TCACTCATGACCATCAGCTGAACTCCCGGACTAACGCGTTGGAGCATATCTTAGTCTATA 1738
Query 2109 CTCCATCAGGCCATGTGGTGCAGCATGAACTTCTGCCATCAGTTTGCACAGAATCACCTG 2168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 CTCCATCAGGCCATGTGGTGCAGCATGAACTTCTGCCATCAGTTTGCACAGAATCACCTG 1798
Query 2169 AAAATGGTTTGAGAGTGCAAAAAACATCACATGTTCAAGTTCAGGAGGATGATTTGAGGG 2228
||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1799 AAAATGGTTCGACAGTGCAAAGAACATCACATGTTCAAGTTCAGGAGGATGACTTGAGGG 1858
Query 2229 TCAAAGTTGAGCCTATTCAGTGGTGGGATGTATGTAGAAGGTCTGACTGGCTAGAGACTG 2288
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1859 TCAAAGTTGAGCCTATTCAGTGGTGGGATGTATGTAGAAGGTCTGACTGGTTGGAGACTG 1918
Query 2289 AGGAACGACTTCCCAAAAGTATCACTGAAAAGCAATATGATTTAGAGACAGTGTCGAATC 2348
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1919 AGGAACGACTTCCCAAAAATATCACTGAAAAGCAATATGAATTAGAGACAGTGTCAAATA 1978
Query 2349 ACTTGACAAGCCATGAGGATGCATGTCTTTCCCTTGACATGAACAGCCATTTTAGTGAAG 2408
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1979 ACTTGACAAGCCATGAGGTTTCATGTCTTTCCCTTGACATCAACAGCCATTTTGGTGAAG 2038
Query 2409 ATAAGTATTTGAAAAGCTGTTCTGAGAAGCCCCCTGAAAGATCACATTGCTATCTTTCTA 2468
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 ATAAGTATTTGAAAAGTTGTTCTGAGAAGCCCCCTGAAAGATCACATTGCTATCTTTCTA 2098
Query 2469 ACTTTGAGGTAAAGGTTACCTCGGGGATGCTACCAGTGTGGCAAAATTCAAAGATTTCTT 2528
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 ACTTTGAGGTAAAGATAACCTCGGGGATGCTACCAGTGTGGCAAAATTCAAAGATTTCTT 2158
Query 2529 TTCATGTTATGGATTCTCCAAGAGATAGTAGTTCCACTGGTGGAGAGTTTGAGATAGAAA 2588
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TTCATGTTATGGATTCTCCAAGAGATAGTAGTTCAACTGGTGGAGAGTTTGAGATAGAAA 2218
Query 2589 AGGTTCCGGCCCATGAACTTGAAATAAAACAGAAAAAGCTGCTGCCAGTTTTTGACCATT 2648
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 AGGTTCCGGCTCATGAACTTGAAATAAAACAGAAAAAGCTGCTGCCAGTTTTTGACCATT 2278
Query 2649 TCCACAGCACCAAAGCAACGTTGGAAGACAGGTTTTCAATGAAATGCTATCACACATCCG 2708
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||
Sbjct 2279 TCCACAGCACCAAAGCAACATTGGAAGACAGGTTTTCCATGAAATGTTATCACACCTCCG 2338
Query 2709 CAACGGGATCTCATCAAGTTAATGGAAAAATATGCCAAGATATTATCAACTGTCACTCTA 2768
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2339 CATCGGGATCTCATCACGTTAATGGAAAAATATGCCAAGATATTATCAATTGTCACTCTA 2398
Query 2769 AGCCAGGATCAATTGAGTCCGCCGAAAGTTCTGAAGAGGGTTCAACAAAACAGATGGAGA 2828
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2399 AGCCAGGATCAGTCGAGTCCGCCGAAAGTTCTGAAGAGGGTTCAACGAAACAGATGGAGA 2458
Query 2829 ATCTCCATGATTCGGATCATATGAGCAACTCAATCAAGTCTTCTTTACCCCTTTACCCAA 2888
||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2459 ATCTCTGTGATTCGGATCATATGAACAACTCTTTCAAGTCTTCTTTAGCCCTTTACCCAA 2518
Query 2889 CAGTAAATGGGATCTACAAGGAAATAGAGAAGAACAACGCAAATGGGTGGATGGAGAAAC 2948
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2519 CAGTAAATGGGATCTACAAGGAAATAGAGAAGAACAACACAAATGGGTGGATTGAGAAAC 2578
Query 2949 CCGTAACAGCCAAACTCTCTACACTCAAAGAAACCCGGATCACAAATGGTTTTACCACAC 3008
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2579 CCGTAACAGCCAAACTCTCTACACTCAAAGAAACCAGGATCACAAATGGCTTTACCACAC 2638
Query 3009 CACCTATACTCACCGATAG---TGTCAACGAACAGATGCTCTCTACAGGAAAACCTCCTA 3065
|||| || | ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 CACCGATTCACACCGATAGTACTGTCAACGAGCAGATGCTCTCTACAGGAAAACCTCCTA 2698
Query 3066 TGGGCTTTGGTTTTGCTTTGCATGAGGAGCACTGTAAAGCAGTAGCAGATCCAAAAGAAG 3125
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 TGGGCTTTGGTTTTGCTTTGCATGAGGAGCACTGTAAAGCAGTAGCAGATCCAAAAGAAG 2758
Query 3126 AACACCTGAAAAAGAAGTTAGATGAAGTTACTAATGTTCATCA-CTTAAACGTCAACAAC 3184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| |||
Sbjct 2759 AACACCTGAAAAAGAAGTTAGATGAAGTTACTAATGGTCATCATCT-AAACGTCAATAAC 2817
Query 3185 AACAACACAGAGAAACTACAAGGAGACAAAATGGTACATGGTATGGTTTCCTTTGTAGGT 3244
| | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 2818 AT-A-----GAGAAACTACAAGGAGATGAAATGGTATATGGTATGGTCTCCTTTGTAGGA 2871
Query 3245 GATTAA 3250
||||||
Sbjct 2872 GATTAA 2877
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 141003307965
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5