BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G03530.1 Length=2601 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg311450 jgi|Araly1|311450|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000230 3210 0.0 > Ahg311450 jgi|Araly1|311450|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000230 Length=2415 Score = 3210 bits (1738), Expect = 0.0 Identities = 2245/2469 (91%), Gaps = 117/2469 (5%) Strand=Plus/Plus Query 54 ATGGTTGGATTTCCCGCTAATCAAGCAAAAACCGTTGAAGAAGAGCTACCTTTGCAAGTC 113 ||||||||||||||| |||||| ||| | ||| ||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 1 ATGGTTGGATTTCCCCCTAATCCAGCTATAACAGTTAAAGAAGAGCTAGCTTTGCAAGTT 60 Query 114 GTAGCCGATCAAGACCCCAAGGTAAAAACTTTCAAGGACTCTTTTGATTTCCCTTCCATC 173 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| Sbjct 61 GTAGTCGATCAAGACCCCAAGGTAAAAACTTTCAAGGACTCTATCGATTTCCCCTCCATC 120 Query 174 GATTCCTTTCCGGATTTCGATTCTATCACTTGGTCT-GAGAGTAATCGGAACGTTGAGGA 232 ||||||| || |||||||||||| ||||||||| | | || | |||||||||||||||| Sbjct 121 GATTCCTATCTGGATTTCGATTCCGTCACTTGGT-TGGGGAATTATCGGAACGTTGAGGA 179 Query 233 TTTTAGCATAGAAGATACGGACTTTGATTTCTTTGAGTAC-CACATGGAGATACCTCAAG 291 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| Sbjct 180 GTTTAGCATAGAAGATACGGACTTTGATTTCTTTGAGGACGGA-ATGGAGATACCTCAAG 238 Query 292 AAGATGTTGTTACTGTTAGCGATGTAATGTGTCCGGAGAATCAGACTACTGTTAATTCTG 351 ||| ||||||||||||||| | |||| ||| | | | | ||| Sbjct 239 AAGGCGTTGTTACTGTTAGC---G----GTGT------AAT--G----C-G----TCCTG 274 Query 352 AGTCGATTGAGGGAAAGCTTGAGGTCTTTAATGATGACATGTCTGGGGAAGTTGGTGTGA 411 |||||||||| | ||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 275 AGTCGATTGAAGTAAAGCCTGA-G-CTTT-GTGATGACATGTCTGGGGAAGTTGGTGTGA 331 Query 412 GTTCGGTTAGGTCTGAGTCGATGGTTGAAGTAAAGCCTGTGCTTTGTGATGTCATGTCTG 471 ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 332 GTTTGGTTAGGTCTGAGCCGATGGTTGAAGTAAAGCCTGTGCTTTGTGATGTCATGTCTG 391 Query 472 AGGAAGTTGGAGT--G--------AG-C----TC---GGTTGAGGTAGAGCCCAATGTTT 513 ||||||||||||| | || | || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 392 AGGAAGTTGGAGTGAGCTCAATTAAGTCTGAGTCGTTGGTTGAGGTAGAGCCCAATGTTT 451 Query 514 GTGTTGAGATGTCTGCAAACGGTGGGGATGAACCAGCAGTAAAAGATTCAGAACCGGTTG 573 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 452 GTGTTGACATGTCTGCAAACGGTGGGGATGAACCAGCAGTGAAAGATTCAGAACCGGTTG 511 Query 574 TTTCTGAAAACTCGAGGTCAATGGAAGGTGAGACTGAGCCAGTTGTTGTGTCTGATGCGT 633 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | Sbjct 512 TTTCTGAAAACTCTAGGTCAATGGAAGGTGAGACTGAGCCAGTTGTTGTGTCTG-T---T 567 Query 634 CTGTTGCTTGTCCCACCATGGATTTGGATGAATCAGGGTTGAAGAAAACTGATGAGGGTT 693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| Sbjct 568 C-----CTTGTCCCACCATGGATTTGGATGAATCAGGGTTGAAGAAAACAGATGAGAGTT 622 Query 694 TGGCTTGTTCTATTGAAGTAGGGTTGGAGAAGGTAAGTTTGGCCGTGGATGATGATGAGA 753 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 623 TGGCTTGTTCTATTGAAGTAGGGTTGAAGAAGGTAAGTTTGGCCATGGATGATGATGAGA 682 Query 754 AGAGTGATGAGGCTAAGGGGGAAATGGATTCTGCTGAGTCTGAGAGCGAAACCTCGAGCT 813 ||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| Sbjct 683 AGAGTGATGGGGATAAGGGAAAAATTGATTCTGCTGAGTCTGACAGTGAAACCTCGAGCT 742 Query 814 CTTCTGCAAGCAGTAGTGATAGTAGTAGCAGTGAAGAAGAGGAGAGTGATGAGGACGAGA 873 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 743 CTTCTTCAAGCAGTAGTGATAGTAGTAGCAGTGAAGAAGAGGAGAGTGATGAGGATGAGA 802 Query 874 GCGACAAAGAGGAAAATAAGAAGGAAGAAAAGTTTG-A-A-CACATGGTTGTGGGGAAAG 930 ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||| Sbjct 803 GCGACGAAGAGGAAAAGAAGAAGGAAGAAAAGTTTGAAGATCACATGGTTATGGGGAAAG 862 Query 931 AGGATGATCTAGCAGGGGAACTTGAAGAGGGtgagatagagaatttagatgaggagaatg 990 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 863 AGGATGATTTAGCAGGGGAACTTGAAGAGGGTGAGATAGAGAATTTAGATGAGGAGAATG 922 Query 991 gggatgacgatattgaggatgaggatgatgatgatgatgatgatgatgatgacgatgatg 1050 |||||||||| ||||||||| || || | |||||||||| |||||||||| |||| Sbjct 923 GGGATGACGAAATTGAGGAT---GACGA--A-GATGATGATGCTGATGATGAC---GATG 973 Query 1051 atgtgaatgagatggttgcttggagcaatgatgaggatgatgaCCTTGGTTTGCAAACAA 1110 | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| Sbjct 974 A--TGAA-GCGATGGTTGCTTGGAGCAATGATGAGGATGATGACCTCGGTTTACAAACAA 1030 Query 1111 AAGAACCTATCAGGTCAAAGAATGAGCTCAAGGAGCTTCCTCCAGTTCCTCCTGTGGATG 1170 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1031 AAGAACCTATAAGGTCAAAGAATGAGCTCAAGGAGCTTCCTCCAGTTCCAGCTGTGGATG 1090 Query 1171 TCACTCTGGAACCACACCATGCCACACTTCCTGTTGGAGTTGTTCTTTCGGTAATGAGCG 1230 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1091 TCACTCTGGAACCACATCATGCCACACTTCCTGTTGGAGTTGTTCTTTCGGTAATGAGCA 1150 Query 1231 CACAAGTAATAGTTGAGGGAATGGAAAAGCATAGTCCTTTGACTGAAGGTTCTATCCTTT 1290 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1151 AACAAGTAATAGTTGAGGGAATGGAAAAGCATAGTCCTTTGACTGAAGGTTCTATCCTTT 1210 Query 1291 GGATAACTGAAAAAAGAACGCCATTGGGACTGGTGGATGAGATCTTTGGACCCGTGAAGT 1350 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| Sbjct 1211 GGGTAACTGAAAAAAGAACGCCATTGGGACTGGTGGATGAGATCTTTGGACCAGTAAAGT 1270 Query 1351 GCCCTTAT-TATATTGTGAGGTTCAATTCAGAGAGTGAAGTGCCAGAAGGGGTTTGTCAA 1409 |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1271 GCCCTT-TCTATATTGTGAGGTTCAATTCAGAGAGTGAAGTGCCAGAAGGGGTTAGTCAA 1329 Query 1410 GGGACACCTGTCTCATTTGTCGCCGATTTCGCTCAACATATTCTCAATATCAAGGAACTG 1469 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1330 GGGACACCTGTCTCATTTGTCGCCGATTTCGCTCAACATATTCTCAATATCAAGGAACTG 1389 Query 1470 CAGAAGAAAGGTTACGATGCATCTGGGGATAACGACGAGGAGATACCAGACGAGCTAGAG 1529 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1390 CAGAAGAAAGGTTACGATGCATCTGGTGATAACGACGAGGAGATACCAGACGAGCTAGAG 1449 Query 1530 TTCTCAGATGATGAAAAAGAAGCCGAATACAGAAGAATGCAGAAGTTGGAAAAGAGAGGA 1589 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1450 TTCTCAGATGATGAAAAAGAAGCCGAATACAGAAGAATGCAGAAGATGGAAAAGAGAGGA 1509 Query 1590 ATGATGAGTGACCAGAAAACCGGTAACACCAGGAACAAGAAGAAGAAAAACCGAGATCCC 1649 ||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1510 ATGATGATTGACCAGAAAACGGGTAACACAAGGAACAAGAAGAAGAAAAACCGAGATCTC 1569 Query 1650 GGAAGGCCTACAAGCAGTTACTCAGGGGAATGGAC-GAAGAACCAGGGATCTAGTTCTCT 1708 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| || Sbjct 1570 GGAAGGCCTACCAGCAGTTACTCAGGGGAATGGACAGA-GAACCAGGGATCTAGTTCCCT 1628 Query 1709 ATCGTCAAACCGTTCTGATCCTCAAATGGGTGGTCCGC-----------G-TCC---TC- 1752 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || Sbjct 1629 ATCCTCAAACCGTTCTGATCCTCAAATGGGTGGTCCGCTTTCAAATCTTGGTCCGCGTCC 1688 Query 1753 --AAATGGACGGTTTTCCTCCAAACAATGCAGCATGGAGACCCCAGAGTAATCAGCAGAA 1810 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| Sbjct 1689 TCAAACGGACGGTTTTCCTCCAAACAATGCAGCATGGCGGCCCCAGAGTAATCAGCAGAA 1748 Query 1811 CCCATATCAGCTTCCTCCTATACCTAATCAGATGGGAATGC--A-----G----A-T--A 1856 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | | Sbjct 1749 CCCATATCAGCTTCCTCCTATACCTAATCAGATGGGAATGCCCAATCTAGCCCCAATGCA 1808 Query 1857 ----CCTTTCATGGCAATGCAAAATCAAAATCAAATGATGTTCCAACCGCAGTTCAATGG 1912 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1809 GATACCTTTCATGGCAATGCAAAATCAAAATCAAATGATGTTCCAACCGCAGTTCAATGG 1868 Query 1913 TGGCCAGATGCCAATGCCAGGTGGACCGGGAGGCTTAAACTTCTTTCCAGGACAGGCTTC 1972 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1869 TGGCCAGATGCCAATGCCAGGTGGACCTGGAGGCTTAAACTTCTTTCCAGGACAGGCTTC 1928 Query 1973 AGCGCCATGGCCTGCAATGGTAGGTCAGAATTGTTTCAACCAAC-AGTTTGGGATGGGTC 2031 |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| Sbjct 1929 AGCGCCATGGCCTGCATTGGTTGGTCAGAATTGTTTCAACCAACCA-TTTGGGATGGGTC 1987 Query 2032 GTGGTATTCAGCAGCAGCCATTACCAAATGAGCTGAGTTTTAATATGTTTTCTCAAGGTC 2091 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1988 GCGGTATTCAGCAGCAGCCATTACCAAATGAGCTGAGTTTTAATCTGTTTTCTCAAGGTC 2047 Query 2092 TTCAAATGCACCCACCACAGTCCCAAATGCACCGGCCACAGTCTCAAATGAATCCACAGT 2151 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2048 TTCAAATGCACCCGCCACAGTCCCAAATGCACCGGCCACAGTCTCAAATGAATCCACATT 2107 Query 2152 TCCAAATGCCACCACAGTTCCAGCCCCACCAGCAATCTCCAATGAACCCGCAGTACCAAA 2211 |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2108 TCCAAATGCCACCACAGTTCCAAACCAACCCGCAATCTCCAATGAACCCGCAGTACCAAA 2167 Query 2212 TGATGCACCGACCACAGTCTCCAGCGAACCCGCAGTTCCAAATGCAAGCACAATCTGATG 2271 ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2168 TGATGCATCGACCACAGTCTCCAATGAACCCGCAGTTCCAAATGCAACCACAATCTGATG 2227 Query 2272 TGCGACCACTACAGTCACAAATCCCGCAGTCACCAAGTGATTTGCAGTCCCCAATGGAAC 2331 ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| Sbjct 2228 TGCGACCACCACAGTCACAAATCCCGCAGTCCCCAACAAATCTGCAGTCCCCAATGGAAT 2287 Query 2332 CACAATCTCAAGGGTTTAGCAGCGGGCAGTCTTCTGAACGGGGAAGGGGCTTCCATGGTC 2391 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2288 CACAGTCTCAAGGGTTTAGCAGCGGGCAGTCTTCTGAACGGGGAAGGGGCTTCCGTGGTC 2347 Query 2392 GTGGTAGAGGTAGAGGG-CGGGGTCGCTTCGGACGTGGGCGAGGTAGAGGCCGGCAACAG 2450 |||| || ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2348 GTGGGAGGGGTAG-GGGTCGGGGTCGCTCCGGACGTGGGCGAGGTCGAGGCCGGCAACAG 2406 Query 2451 TCTGGATGA 2459 ||||||||| Sbjct 2407 TCTGGATGA 2415 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 98082380875 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5