BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G04120.1
Length=5277
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg919087 jgi|Araly1|919087|scaffold_100368.1 7657 0.0
> Ahg919087 jgi|Araly1|919087|scaffold_100368.1
Length=4589
Score = 7657 bits (4146), Expect = 0.0
Identities = 4450/4598 (97%), Gaps = 16/4598 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 315 CTCTATCACAAATCTTTCCCGATCATGGATTTTATTGAGATCTCGTTGATCTTTCGAGAG 374
|||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTCTCTCACAAATCTTT-TCGATCATGGATTTTAATGAGATCTCGTTGATCTTTCGAGAG 59
Query 375 CATTTGCCACTACTGGAACTATGTTCGGTCAT-CATCAACCTCCTACTCTTTCTTGTCTT 433
||||| |||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 60 CATTTACCACTATTGGAACTCTGTTCGGTC-TCCATCAACCTCCTACTTTTTCTGGTGTT 118
Query 434 TCTATTTGCTGTCTCCGCGAGGCAGATTCTCGTCTGCGTGAGAAGAGGCAGAGATAGGCT 493
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 119 TCTATTTGCTGTCTCTGCGAGGCAGATTCTCGTCTGTGTGAGAAGAGGCAGAGATAGAAT 178
Query 494 CTCTAAGGACGATACGGTTTCAGCTTCTAATCTTAGCTTGGAAAGAGAGGTTAACCATGT 553
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 CTCTAAGGACGATACGGTTTCAGCTTCTAATGTTAGCTTGGAAAGAGAGGTTAACCATGT 238
Query 554 TAGTGTTGGGTTTGGGTTTAATCTGTCTTTGCTCTGTTGCTTATATGTGTTAGGCGTCCA 613
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 239 TAGTGTTGGGTTTGGGTTTAAACTGTCTTTGCTCTGTTGCTTATATGTGTTAGGCGTGCA 298
Query 614 AGTTTTGGTGTTA-GTATAT-GATGGGGTTAAGGTTAGAAGAGAAGTCAGTGACTGGTTT 671
||||||||||||| || | | |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 AGTTTTGGTGTTAGGT-T-TCGATGGGATTAAGGTTATAAGAGAAGTCAGTGACTGGTTT 356
Query 672 GTTCTTTGCTTTCCAGCTTCTCAGAGTTTAGCTTGGTTTGTCCTTAGCTTCTTAGTTCTT 731
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 357 GTTCTTTGCTTTCCAGCTGCTCAGAGTTTAGCTTGGTTTGTCCTTAGCTTTTTAGTTCTT 416
Query 732 CATTTGAAATACAAGTCTTCAGAGAAGCTACCCTTCTTGGTGAGGATATGGTGGTTCCTG 791
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 417 CATTTGAAATACAAGTCTTCAGAGAAGCTACCCTTCTTGGTGAGGATATGGTGGTTCTTG 476
Query 792 GCGTTTTCGATTTGCCTCTGTACTATGTATGTCGATGGAAGAAGGCTAGCCATTGAAGGT 851
||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 477 GCGTTTTTGATTTGTCTGTGTACTATGTATGTGGATGGAAAAAGGCTAGCGATTGAAGGT 536
Query 852 TGGAGCAGATGTTCTTCTCATGTTGTCGCCAATTTAGCTGTTACACCTGCTCTTGGGTTT 911
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 TGGAGCGGATGTTCTTCTCATGTTGTCGCCAATTTAGCTGTTACACCTGCTCTTGGGTTT 596
Query 912 CTCTGCTTTCTGGCCTGGAGAGGCGTTTCTGGTATTCAAGTTACCAGAAGCTCCTCTGAT 971
|| |||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 597 CTTTGCTTTGTGGCGTTGAGAGGCGTTTCTGGTATTCAAGTTACCCGAAGCTCTTCTGAT 656
Query 972 CTTCAAGAGCCTTTGCTTGTTGAAGAAGAGGCAGCTTGTCTTAAAGTTACTCCATATAGT 1031
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 CTCCAAGAGCCTTTGCTTGTTGAAGAAGAGGCAGCTTGTCTTAAAGTTACTCCATATAGT 716
Query 1032 ACTGCTGGGCTAGTTAGCCTTA-TTACGCTTTCATGGTTGGATCCACTTCTCTCGGCTGG 1090
|||||||| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 717 ACTGCTGGACTACTTAGCC-TACTTACGCTTTCATGGTTGGATCCACTTCTCTCGGCCGG 775
Query 1091 TTCAAAAAGACCGCTTGAGCTTAAGGATATACCGCTTCTTGCACCAAGAGATAGAGCCAA 1150
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 TTCAAAAAGACCGCTTGAGCTTAAAGATATACCGCTTCTTGCACCAAGAGATAGAGCCAA 835
Query 1151 ATCAAGTTACAAGGTCTTGAAGTCGAATTGGAAGAGATGC-AAGTCCGAGAATCCTTCAA 1209
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||
Sbjct 836 ATCAAGTTACAAGGTCTTGAAGTCGAATTGGAAGAGGT-CAAAATCCGAGAATCCTTCAA 894
Query 1210 AGCCTCCTTCTTTAGCTCGTGCAATTATGAAATCATTTTGGAAAGAAGCTGCTTGCAATG 1269
||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 895 AGCCTCCTTCTCTAGCTCGTGCAATTCTGAAATCCTTTTGGAAAGAAGCAGCTTGCAATG 954
Query 1270 CCGTATTTGCTGGGTTGAATACTCTTGTGTCCTATGTCGGTCCTTACTTGATCAGCTACT 1329
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 CCGTCTTTGCTGGGTTGAATACTCTCGTGTCCTATGTCGGTCCTTACTTGATCAGCTACT 1014
Query 1330 TTGTTGATTATCTTGGAGGGAAGGAGATTTTCCCTCATGAAGGATACGTACTCGCTGGGA 1389
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1015 TTGTTGATTATCTTGGAGGGAAGGAGATTTTCCCTCATGAAGGATATGTTCTCGCTGGGA 1074
Query 1390 TATTCTTTACGTCCAAGCTTATAGAGACAGTCACCACCCGCCAGTGGTATATGGGTGTTG 1449
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1075 TATTCTTTACTTCCAAGCTTATAGAGACAGTCACCACCCGCCAATGGTATATGGGTGTTG 1134
Query 1450 ATATCCTAGGGATGCATGTTAGATCAGCTCTTACAGCAATGGTATACCGAAAAGGTCTCA 1509
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 ATATCTTAGGGATGCATGTTAGGTCAGCTCTTACAGCGATGGTATACCGAAAAGGTCTCA 1194
Query 1510 AACTTTCAAGTATAGCCAAGCAGAACCACACGAGCGGTGAAATTGTAAACTACATGGCAG 1569
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 AACTTTCGAGTATAGCCAAGCAGAACCACACGAGCGGTGAAATTGTAAACTACATGGCAG 1254
Query 1570 TCGATGTCCAGCGCATAGGAGATTACTCATGGTATCTTCATGATATTTGGATGCTTCCGA 1629
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1255 TCGATGTCCAGCGCATAGGAGATTACTCATGGTATCTTCATGATATTTGGATGCTTCCTA 1314
Query 1630 TGCAAATAGTTCTTGCTCTTGCAATCCTATATAAAAGCGTGGGCATAGCTGCTGTAGCTA 1689
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1315 TGCAAATAGTTCTTGCTCTTGCAATCCTATATAAAAGCGTGGGGATAGCTTCTGTAGCTA 1374
Query 1690 CATTGGTTGCTACAATAATCTCGATTCTTGTCACGATTCCACTCGCTAAGGTCCAGGAAG 1749
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1375 CATTGGTTGCTACAATAATCTCGATTCTTGTCACAATTCCATTGGCTAAGGTCCAGGAAG 1434
Query 1750 ACTATCAAGATAAGTTGATGACTGCGAAAGATGAAAGAATGAGGAAAACCTCAGAGTGTC 1809
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 ACTATCAAGATAAGTTGATGACTGCAAAAGATGAAAGAATGAGGAAAACCTCAGAGTGTC 1494
Query 1810 TTAGGAACATGAGAGTTCTGAAATTGCAGGCATGGGAAGATCGTTATAGAGTGAGATTGG 1869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 TTAGGAACATGAGAGTTCTGAAATTGCAGGCATGGGAAGATCGTTATAGAGTGAGATTGG 1554
Query 1870 AAGAAATGAGGGAAGAGGAGTATGGTTGGCTTCGCAAAGCCTTATATTCTCAGGCTTTTG 1929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1555 AAGAAATGAGGGAAGAGGAGTATGGTTGGCTTCGCAAAGCCTTATATTCCCAGGCATTTG 1614
Query 1930 TTACTTTTATCTTTTGGAGTTCCCCCATTTTTGTCGCCGCAGTTACATTCGCTACTTCGA 1989
||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 TTACTTTCATCTTTTGGAGTTCCCCGATCTTTGTCGCCGCAGTTACATTCGCTACTTCGA 1674
Query 1990 TATTTCTAGGCACTCAACTTACCGCTGGAGGTGTTCTTTCTGCTCTGGCGACATTCAGAA 2049
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 TATTCCTAGGCACTCAACTTACCGCTGGAGGTGTTCTTTCTGCTCTGGCGACATTCAGAA 1734
Query 2050 TTCTTCAGGAGCCACTTCGGAACTTTCCTGATCTGGTTTCAATGATGGCTCAGACAAAGG 2109
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 TCCTTCAGGAGCCACTTCGGAACTTTCCTGATCTGGTATCAATGATGGCTCAGACAAAGG 1794
Query 2110 TTTCTCTTGATAGGATTTCTGGGTTCTTGCAGGAGGAAGAACTTCAAGAAGATGCAACTG 2169
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1795 TTTCTCTTGATAGGATTTCCGGGTTCTTGCAGGAGGAAGAGCTTCAGGAAGATGCAACTA 1854
Query 2170 TTGTTATTCCACGGGGACTTTCGAATATAGCCATAGAGATTAAAGATGGTGTGTTTTGTT 2229
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TTGTAATTCCACGGGGACTTTCGAATATAGCCATAGAGATTAAAGATGGTGTGTTTTGTT 1914
Query 2230 GGGACCCTTTTTCTTCAAGGCCGACATTATCT-GGGATTCAGATGAAAGTGGAGAAGGGT 2288
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GGGACCCTTTTTCTTCAAGGCCGACATTAT-TAGGGATTCAAATGAAAGTGGAGAAGGGT 1973
Query 2289 ATGCGTGTGGCTGTCTGTGGCACAGTTGGCTCTGGAAAATCAAGTTTTATCTCTTGCATC 2348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1974 ATGCGTGTGGCTGTCTGTGGCACAGTTGGCTCTGGAAAATCAAGTTTTATCTCTTGCATC 2033
Query 2349 CTAGGGGAAATCCCAAAAATCTCTGGCGAAGTTAGAATATGTGGTACTACTGGTTATGTG 2408
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2034 CTCGGGGAAATCCCAAAAATCTCTGGTGAAGTTAGAATATGTGGTACTACTGGTTATGTG 2093
Query 2409 TCTCAATCGGCTTGGATTCAGTCTGGTAACATTGAAGAAAACATTCTATTTGGCAGTCCA 2468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2094 TCTCAATCGGCTTGGATTCAGTCTGGTAACATTGAAGAAAACATTCTATTTGGCAGTCCA 2153
Query 2469 ATGGAGAAAACAAAGTACAAGAATGTGATACAAGCATGTTCCCTAAAGAAAGATATAGAG 2528
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2154 ATGGAGAAAACAAAGTACAAGAATGTGATGCAAGCATGTTCCCTAAAGAAAGATTTAGAG 2213
Query 2529 CTTTTCTCACATGGGGACCAAACTATTATCGGGGAGAGAGGTATAAATCTCAGCGGAGGT 2588
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2214 CTTTTCTCACATGGGGACCAAACGATTATCGGAGAGAGAGGTATAAATCTCAGTGGAGGC 2273
Query 2589 CAGAAACAGCGTGTACAACTTGCAAGGGCATTATATCAAGATGCTGACATTTATTTACTA 2648
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2274 CAGAAACAGCGTGTCCAACTTGCAAGGGCATTATATCAAGATGCTGACATTTATTTACTA 2333
Query 2649 GACGACCCTTTTAGTGCTCTTGATGCACACACTGGCTCTGATTTGTTTAGGGATTATATT 2708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2334 GACGACCCTTTTAGTGCTCTTGATGCACACACTGGCTCTGATTTGTTTAGGGATTATATT 2393
Query 2709 CTATCTGCATTGGCTGAGAAAACTGTGGTTTTTGTAACGCATCAAGTTGAGTTTCTCCCT 2768
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 CTATCTGCATTGGCTGAGAAAACTGTGGTTTTTGTGACGCATCAAGTTGAGTTTCTCCCT 2453
Query 2769 GCAGCTGATCTAATATTGGTTCTGAAGGAAGGCAGGATTATTCAATCGGGTAAATATGAT 2828
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2454 GCAGCTGATCTAATATTGGTTCTGAAGGAAGGCAGGATTATTCAATCGGGTAAATATGAT 2513
Query 2829 GATCTGCTGCAAGCAGGTACTGATTTTAAGGCCTTAGTGTCTGCCCACCATGAAGCAATC 2888
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2514 GATCTGCTACAAGCAGGTACTGATTTTAAGGCCTTAGTGTCTGCCCACCATGAAGCAATC 2573
Query 2889 GAGGCAATGGACATCCCAAGTCCCTCCTCAGAAGACTCTGATGAAAATCCTATTCGCGAT 2948
||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2574 GAGGCCATGGATATCCCAAGTCCGTCCTCAGAAGACTCTGATGAAAATCCTATTCGCGAT 2633
Query 2949 AGTTTGGTCTTGCATAATCCAAAGTCTGATGTTTTTGAAAATGACATCGAGACTTTGGCA 3008
| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2634 ATTTTGGTCTTGCATAATCCAAAGTCAGATGTTTTTGAAAATGACATCGAGACTTTGGCA 2693
Query 3009 AAGGAAGTACAAGAGGGAGGATCTGCTTCAGATCTAAAGGCAATCAAAGAGAAGAAGAAG 3068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2694 AAGGAAGTACAAGAGGGAGGATCTGCTTCAGATCTAAAGGCAATCAAAGAGAAGAAGAAG 2753
Query 3069 AAAGCTAAGCGTTCCCGCAAAAAGCAGCTTGTTCAAGAAGAGGAACGAGTAAAGGGAAAA 3128
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2754 AAAGCTAAGCGCTCCCGCAAAAAGCAGCTTGTTCAAGAAGAGGAACGAGTAAAGGGAAAA 2813
Query 3129 GTCAGCATGAAGGTGTACTTGTCATACATGGGTGCTGCATATAAAGGGGC-TCTGATTCC 3187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 2814 GTCAGCATGAAGGTGTACTTGTCATACATGGGTGCTGCATATAAA-GGGCTTCTGATTCC 2872
Query 3188 TCTTATTATACTCGCACAAGCTGCTTTCCAATTTCTTCAGATTGCTAGTAATTGGTGGAT 3247
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2873 TCTTATTATACTCGCACAAGCTTCTTTCCAATTTCTTCAGATTGCTAGTAATTGGTGGAT 2932
Query 3248 GGCTTGGGCAAATCCTCAAACTGAAGGTGACGAATCTAAAGTGGATCCTACTCTGCTTCT 3307
||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2933 GGCTTGGGCGAATCCTCAAACTGAAGGTGACCAGTCTAAAGTGGATCCTACACTGCTTCT 2992
Query 3308 CATCGTTTATACGGCTTTAGCTTTCGGGAGCTCTGTGTTCATATTTGTTCGAGCTGCTCT 3367
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2993 CATCGTATATACGGCTTTAGCTTTTGGGAGCTCTGTGTTCATCTTTGTTCGAGCTGCTCT 3052
Query 3368 GGTTGCAACTTTTGGTCTTGCAGCTGCACAGAAACTGTTCTTAAATATGCTCAGAAGTGT 3427
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3053 GGTTGCAACTTTCGGTCTTGCAGCTGCACAGAAACTGTTCTTGAATATGCTCAGAAGTGT 3112
Query 3428 GTTCCGAGCGCCAATGTCATTCTTTGATTCCACTCCTGCAGGAAGAATTTTGAATCGGGT 3487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3113 GTTCCGAGCGCCAATGTCATTCTTTGATTCCACTCCTGCAGGAAGAATTTTGAATCGGGT 3172
Query 3488 TTCTATTGATCAAAGTGTTGTAGATCTTGACATTCCTTTTAGACTCGGTGGGTTTGCTTC 3547
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3173 TTCTATTGATCAAAGTGTTGTGGATCTTGACATTCCTTTTAGACTCGGTGGGTTTGCTTC 3232
Query 3548 AACAACAATACAACTCTGTGGCATTGTCGCTGTAATGACCAATGTTACCTGGCAAGTTTT 3607
|||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3233 AACAACGATACAACTCTTTGGGATTGTCGCTGTAATGACCAATGTTACCTGGCAAGTTTT 3292
Query 3608 CCTTCTTGTTGTTCCGGTAGCTGTTGCTTGCTTTTGGATGCAGAAATATTACATGGCTTC 3667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3293 CCTTCTTGTTGTTCCGGTAGCTGTTGCTTGCTTTTGGATGCAGAAATATTACATGGCTTC 3352
Query 3668 TTCAAGAGAATTGGTTCGGATAGTTAGTATCCAGAAGTCTCCAATAATTCATCTTTTTGG 3727
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3353 TTCAAGAGAACTGGTTCGGATTGTTAGTATCCAGAAGTCTCCAATAATTCATCTTTTTGG 3412
Query 3728 AGAATCAATTGCTGGTGCTGCCACAATAAGAGGATTTGGCCAGGAAAAAAGATTTATCAA 3787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3413 AGAATCAATTGCTGGTGCTGCCACAATAAGAGGATTTGGCCAGGAAAAAAGATTTATCAA 3472
Query 3788 AAGGAATCTTTATCTTCTAGATTGTTTTGTTCGACCTTTCTTCTGCAGTATCGCTGCTAT 3847
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3473 AAGGAATCTTTATCTTCTCGATTGTTTTGTTCGACCTTTCTTCTGCAGTATCGCTGCTAT 3532
Query 3848 CGAATGGCTTTGTTTACGCATGGAATTACTTTCCACACTTGTATTTGCTTTCTGTATGGT 3907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3533 CGAATGGCTTTGTTTACGCATGGAATTACTTTCCACACTTGTATTTGCTTTCTGTATGGT 3592
Query 3908 TTTACTCGTCAGTTTTCCACATGGAACCATTGATCCAAGCATGGCAGGTCTTGCTGTGAC 3967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3593 TTTACTCGTCAGTTTTCCACATGGAACCATTGATCCAAGCATGGCAGGTCTTGCTGTGAC 3652
Query 3968 ATATGGACTTAACTTGAATGGACGTCTATCACGATGGATACTTAGCTTTTGTAAGCTTGA 4027
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3653 ATATGGGCTTAACTTGAATGGACGTCTATCACGATGGATACTTAGCTTTTGTAAGCTTGA 3712
Query 4028 AAACAAAATAATCTCAATCGAAAGGATTTATCAGTACAGTCAGATTGTAGGAGAGGCCCC 4087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3713 AAACAAAATAATCTCAATCGAAAGGATTTATCAGTACAGTCAGATTGTAGGAGAGGCCCC 3772
Query 4088 AGCAATTATAGAAGATTTCCGCCCGCCTTCCTCGTGGCCTGCAACGGGAACAATTGAGCT 4147
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3773 AGCAATTATCGAAGATTTCCGCCCGCCTTCCTCGTGGCCTGAAACGGGAACAATTGAGCT 3832
Query 4148 AGTTGATGTTAAGGTTCGTTATGCTGAGAATCTTCCAACAGTACTCCATGGGGTGAGCTG 4207
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 3833 ACTTGATGTTAAGGTTCGTTATGCTGAGAATCTTCCAACAGTACTCCATGGGATAAGCTG 3892
Query 4208 TGTGTTTCCGGGTGGAAAAAAGATTGGGATTGTTGGGCGAACGGGAAGCGGAAAGTCGAC 4267
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3893 TGTGTTTCCTGGTGGAAAAAAGATTGGAATTGTTGGGCGAACGGGAAGCGGAAAGTCAAC 3952
Query 4268 TTTGATTCAAGCTTTGTTTCGATTGATTGAGCCAACTGCTGGAAAAATTACTATTGACAA 4327
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3953 TTTGATTCAAGCTTTGTTTCGATTGATTGAGCCAACTGCTGGAAAAATTACTATAGACAA 4012
Query 4328 CATTGACATTTCTCAAATTGGTCTTCATGATCTTCGTAGTCGCCTTGGGATTATACCTCA 4387
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4013 CATTGACATTTCTCAAATTGGTCTTCATGATCTCCGTAGTCGCCTTGGTATTATACCTCA 4072
Query 4388 AGATCCTACATTATTTGAAGGAACAATCCGAGCAAATCTTGACCCACTTGAAGAACATTC 4447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4073 AGATCCTACATTATTTGAAGGAACAATCCGAGCAAATCTTGACCCCCTTGAAGAACATTC 4132
Query 4448 AGATGATAAAATCTGGGAGGCGCTTGATAAATCCCAGCTTGGAGACGTTGTTAGAGGAAA 4507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4133 AGATGATAAAATCTGGGAGGCGCTTGATAAATCCCAGCTTGGAGACGTTGTTAGAGGAAA 4192
Query 4508 AGACCTAAAACTTGACTCTCCAGTACTGGAAAATGGAGATAACTGGAGTGTAGGGCAGAG 4567
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4193 AGACCTAAAACTTGACTCTCCAGTGCTGGAAAATGGAGATAACTGGAGTGTTGGGCAGAG 4252
Query 4568 ACAGCTTGTGTCACTTGGACGAGCATTACTGAAACAAGCCAAAATACTTGTTCTTGATGA 4627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4253 ACAGCTTGTGTCACTTGGACGAGCATTACTGAAACAAGCAAAAATACTTGTTCTTGATGA 4312
Query 4628 AGCAACAGCATCGGTTGACACAGCAACAGACAATCTGATCCAGAAGATAATCAGAACAGA 4687
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4313 AGCAACAGCATCAGTTGACACAGCAACAGACAATCTGATCCAGAAGATAATCAGAACCGA 4372
Query 4688 GTTTGAAGACTGCACGGTCTGCACCATTGCTCACCGGATACCAACTGTTATAGACAGTGA 4747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4373 GTTTGAAGACTGCACGGTCTGCACCATTGCTCACCGGATACCAACTGTTATCGACAGTGA 4432
Query 4748 CCTAGTTTTGGTTCTCAGCGACGGTAGAGTAGCAGAGTTTGATACTCCTGCACGGCTATT 4807
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4433 CCTAGTTTTGGTTCTCAGCGACGGTAGAGTAGCAGAGTTTGATACTCCTGCACGGCTTTT 4492
Query 4808 AGAAGACAAATCATCGATGTTCTTGAAATTGGTAACAGAATACTCCTCAAGATCTACTGG 4867
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4493 AGAAGACAAATCATCGATGTTCTTGAAACTGGTAACAGAATACTCCTCAAGATCTACTGG 4552
Query 4868 AATCCCTGAATTATGATCCTCCATGTTAAAAATTCAGT 4905
|||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 4553 AATCCCTGAATTATGATCATCCATGTTAAAA-TTCAGT 4589
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 199802258250
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5