BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G06220.2 Length=3543 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg470642 jgi|Araly1|470642|fgenesh2_kg.1__596__AT5G25230.1 5048 0.0 > Ahg470642 jgi|Araly1|470642|fgenesh2_kg.1__596__AT5G25230.1 Length=2964 Score = 5048 bits (2733), Expect = 0.0 Identities = 2881/2955 (97%), Gaps = 0/2955 (0%) Strand=Plus/Plus Query 299 AGCTTGTATGATGAGTTTGGTAACTATGTTGGACCTGAGATTGAGTCTGACAGAGATAGT 358 ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 10 AGCTTATATGATGAGTTTGGTAACTATATTGGACCTGAGATTGAGTCTGACAGAGACAGT 69 Query 359 GATGATGAAGTAGAAGATGAAGATCTCCAAGATAAGCATCTTGAAGAAAATGGTTCCGAT 418 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| Sbjct 70 GATGATGAAATAGAAGATGAAGATCTCCAAGATAAGCAACTTGAAGAAAATGGATCGGAT 129 Query 419 GGCGAACAAGGGCCTGGGGGTTCTAATGGCTGGATTACCACTATCAATGATGTTGAGATG 478 |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 130 GGCGAACATGGTCCTGGGGGTTCCAATGGCTGGATTACCACTATCAATGATGTTGAGATG 189 Query 479 GAGAACCAAATTGTTCTTCCTGAGGATAAGAAGTACTACCCTACTGCTGAGGAGGTTTAT 538 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 190 GAGAACCAAATTGTTCTTCCTGAGGATAAGAAGTACTACCCTACTGCTGAGGAGGTTTAT 249 Query 539 GGTGAGGATGTTGAGACCTTGGTTATGGATGAAGATGAGCAGCCTCTTGAGCAACCCATT 598 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 250 GGTGAGGGTGTTGAGACCTTGGTTATGGATGAAGATGAGCAGCCTCTTGAGCAACCCATT 309 Query 599 ATCAAACCTGTTAGAGATATTAGATTTGAGGTGGGGGTCAAAGATCAAGCAACGTATGTG 658 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| Sbjct 310 ATCAAACCTGTTAGAGATATTAGATTTGAGGTGGGGGTCAAGGATCAATCAACCTATGTG 369 Query 659 TCAACACAGTTTCTTATCGGCCTCATGTCTAATCCTGCGCTTGTGAGGAATGTTGCTCTT 718 || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 370 TCTACACAGTTTCTTATCGGCCTCATGTCTAATCCCGCGCTTGTGAGGAATGTTGCTCTC 429 Query 719 GTGGGGCATCTACAGCACGGCAAAACTGTCTTCATGGATATGTTGGTAGAGCAGACGCAT 778 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 430 GTGGGGCATCTACAGCACGGCAAAACTGTCTTCATGGATATGTTGGTAGAGCAGACGCAT 489 Query 779 CATATGTCTACTTTTAATGCTAAAAACGAGAAGCATATGAAATATACAGACACACGAGTC 838 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 490 CATATGTCTACTTTTAATACTAAAAACGAGAAGCATATGAAATATACAGACACAAGAGTC 549 Query 839 GATGAGCAGGAGAGAAATATATCAATCAAGGCGGTTCCAATGTCTCTTGTCCTTGAGGAC 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 550 GATGAGCAGGAGAGAAATATATCAATCAAGGCGGTTCCAATGTCTCTTGTCCTTGAGGAC 609 Query 899 AGTAGATCCAAATCATACCTGTGCAATATCATGGATACCCCTGGACATGTCAATTTCTCT 958 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 610 AGTAGATCCAAATCATACCTGTGCAATATCATGGATACCCCTGGACACGTCAATTTCTCT 669 Query 959 GACGAAATGACTGCTTCTTTAAGACTTGCTGATGGTGCTGTTCTGATTGTTGATGCTGCT 1018 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 670 GACGAAATGACTGCTTCTTTAAGACTTGCTGATGGTGCTGTTCTGATTGTTGATGCTGCT 729 Query 1019 GAAGGAGTGATGGTTAACACAGAGAGAGCTATACGGCATGCAATCCAGGACCATCTCCCT 1078 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 730 GAAGGAGTGATGGTAAACACAGAGAGAGCTATACGGCATGCAATCCAGGACCGTCTCCCT 789 Query 1079 ATTGTAGTTGTTATCAATAAGGTTGACAGGCTCATAACTGAGCTCAAACTACCTCCAAGG 1138 ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 790 ATTGTTGTTGTCATCAATAAGGTTGACAGGCTCATAACTGAGCTCAAACTACCTCCAAGG 849 Query 1139 GATGCTTACTACAAGCTGAGGCATACAATTGAAGTCATTAATAACCACATATCTGCTGCT 1198 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 850 GATGCTTACTACAAGCTGAGGCATACAATTGAAGTCATTAACAACCACATATCTGCTGCT 909 Query 1199 TCAACAACTGCTGGAGACTTACCTCTTATAGACCCTGCAGCTGGAAATGTATGTTTTGCC 1258 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 910 TCAACAACTGCTGGAAACTTACCTCTTATAGACCCTGCAGCTGGAAATGTATGTTTTGCC 969 Query 1259 AGTGGTACAGCCGGATGGTCCTTCACATTACAATCTTTTGCTAAAATGTATGCCAAGCTT 1318 ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 970 AGTGGCACAGCCGGATGGTCGTTCACATTGCAATCTTTTTCTAAAATGTATGCCAAGCTT 1029 Query 1319 CATGGTGTGGCCATGGACGTGGATAAGTTTGCATCTCGACTTTGGGGAGATGTATATTAT 1378 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1030 CATGGGGTGGCCATGGACGTGGATAAGTTTGCATCTCGACTTTGGGGAGATGTTTATTAT 1089 Query 1379 CACTCTGATACTAGGGTATTCAAGAGAAGTCCTCCAGTAGGTGGTGGAGAAAGAGCATTT 1438 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1090 CACCCTGATACTAGGGTATTCAAGAGAAGTCCTCCTGTAGGTGGTGGAGAAAGAGCATTT 1149 Query 1439 GTTCAGTTTATTCTGGAGCCCCTATACAAGATATACAGCCAAGTGATAGGTGAACATAAG 1498 |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1150 GTTCAGTTTATTCTGGAGCCTCTGTACAAAATATACAGCCAAGTGATAGGTGAACATAAG 1209 Query 1499 AAGAGTGTAGAGACCACCCTTGCAGAATTAGGAGTGACTCTGAGTAATAGTGCATATAAG 1558 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1210 AAGAGTGTAGAGACAACCCTTGCAGAATTAGGAGTGACTCTGAGTAATAGTGCATATAAG 1269 Query 1559 CTGAACGTCAGACCTCTACTTAGGTTAGCCTGTAGTTCAGTGTTTGGTTCGGCATCAGGG 1618 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1270 CTGAACGTCAGACCTTTACTTAGGTTAGCCTGTAGTTCAGTTTTTGGTTCGGCATCAGGG 1329 Query 1619 TTCACTGATATGTTGGTAAAGCACATTCCTTCACCCAGAGAGGCTGCAGCTAGGAAGGTC 1678 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||| Sbjct 1330 TTCACTGATATGTTGGTAAAGCACATTCCTTCCCCCCGAGAGGCCGCAGCTAGGAAAGTC 1389 Query 1679 GACCATTCATATACCGGAACCAAAGATTCCCCCATTTATGAATCAATGGTAGAATGTGAT 1738 ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1390 GACCATTCATACACTGGAACCAAAGATTCCCCCATTTATGAATCAATGGTAGAATGTGAT 1449 Query 1739 CCATCTGGACCTCTCATGGTTAATGTGACAAAGTTGTACCCCAAATCAGATACTAGTGTT 1798 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1450 CCATCTGGACCTCTCATGGTTAATGTGACAAAGTTGTACCCCAAATCAGATACTAGTGTT 1509 Query 1799 TTTGATGTGTTTGGAAGAGTTTATAGTGGTAGGCTTCAAACAGGGCAAAGCGTACGTGTA 1858 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1510 TTTGATGTGTTTGGAAGAGTTTATAGCGGTAGGCTTCAAACAGGGCAAAGCGTACGTGTA 1569 Query 1859 CTAGGAGAAGGGTATTCACCTGAGGATGAGGAGGACATGACTATAAAAGAAGTGACGAAG 1918 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1570 CTAGGAGAAGGGTATTTACCTGAGGATGAGGAGGACATGACTATAAAAGAAGTGACGAAG 1629 Query 1919 CTATGGATATATCAAGCTAGGTATAGAATACCAGTAAGCAGTGCCCCTCCCGGTTCCTGG 1978 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1630 CTATGGATATATCAAGCTAGGTATAGAATACCAGTAAGCAGTGCCCCTCCTGGTTCCTGG 1689 Query 1979 GTTTTAATTGAAGGTGTCGATGCATCCATCATGAAAACTGCGACTCTGTGTAATGCAAGC 2038 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1690 GTTTTAATTGAAGGTGTCGATGCATCCATCATGAAAACTGCGACTCTGTGTAATGCAAGC 1749 Query 2039 TATGATGAAGATGTCTACATATTCCGGGCTCTCCAATTTAATACCCTCCCAGTAGTCAAG 2098 || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1750 TACGATGAAGATGTTTACATATTCCGGGCTCTCCAATTTAATACCCTCCCAGTAGTCAAG 1809 Query 2099 ACTGCAACTGAGCCTTTGAATCCTAGTGAGCTGCCTAAAATGGTGGAAGGGCTTAGGAAA 2158 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1810 ACTGCAACTGAGCCTTTGAATCCTAGTGAGCTGCCTAAAATGGTGGAAGGGCTTAGGAAA 1869 Query 2159 ATTAGCAAAAGCTATCCCCTTGCGATTACCAAAGTTGAGGAGTCTGGGGAACATACTATT 2218 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1870 ATTAGCAAAAGCTATCCCCTTGCGATTACCAAAGTCGAGGAGTCTGGGGAACATACTATT 1929 Query 2219 CTAGGCACAGGTGAGTTGTACTTGGATTCAATCATGAAGGACCTCAGGGAGCTCTATTCA 2278 |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1930 CTAGGCACTGGTGAGTTGTACTTGGATTCCATCATGAAGGACCTCAGGGAACTCTATTCA 1989 Query 2279 GAGGTCGAAGTAAAGGTTGCAGATCCGGTGGTCTCCTTCTGTGAGACAGTGGTTGAATCT 2338 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1990 GAGGTCGAAGTAAAGGTAGCAGATCCGGTGGTCTCCTTCTGTGAGACAGTAGTTGAATCT 2049 Query 2339 TCGTCGATGAAGTGTTTTGCTGAGACACCAAACAAAAAGAACAAAATAACTATGATTGCA 2398 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2050 TCGTCGATGAAGTGTTTTGCTGAGACACCAAACAAAAAGAACAAAATAACTATGATTGCA 2109 Query 2399 GAGCCATTGGATAGAGGACTTGCAGAGGACATTGAGAATGGCGTTGTAAGCATTGACTGG 2458 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2110 GAGCCATTGGATAGAGGACTTGCAGAGGACATTGAGAATGGCGTTGTAAGCATTGACTGG 2169 Query 2459 AACAGAAAACAACTTGGTGACTTCTTCAGGACGAAATATGACTGGGATTTACTTGCTGCA 2518 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2170 AACAGAAAACAACTTGGTGACTTCTTCAGGACGAAATATGACTGGGATTTACTTGCTGCA 2229 Query 2519 CGTTCCATCTGGGCTTTTGGCCCTGACAAACAGGGGCCAAACATATTATTGGATGACACC 2578 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2230 CGTTCCATCTGGGCTTTTGGCCCTGACAAACAGGGGCCAAATATATTATTGGATGACACG 2289 Query 2579 CTTCCAACTGAGGTGGACAGGAACTTGATGATGGCAGTGAAAGACTCCATTGTTCAAGGG 2638 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2290 CTTCCAACTGAGGTGGACAGGAACTTGATGATGGCAGTGAAAGACTCCATTGTTCAAGGG 2349 Query 2639 TTCCAGTGGGGTGCTCGTGAAGGTCCCCTCTGTGATGAGCCCATCAGAAATGTAAAGTTC 2698 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2350 TTCCAGTGGGGTGCTCGTGAAGGTCCCCTCTGTGATGAGCCCATCAGAAATGTAAAGTTC 2409 Query 2699 AAGATTGTTGATGCACGGATAGCACCAGAGCCATTGCATAGAGGATCTGGTCAGATGATT 2758 ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2410 AAGATTGTTGATGCAAGGATAGCACCAGAGCCGTTGCATAGAGGATCTGGTCAGATGATT 2469 Query 2759 CCAACAGCAAGACGTGTTGCATATTCAGCTTTTCTAATGGCAACTCCAAGGCTAATGGAA 2818 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2470 CCAACAGCAAGACGTGTTGCATATTCAGCCTTTCTTATGGCAACTCCAAGGCTAATGGAA 2529 Query 2819 CCTGTCTACTATGTGGAGATACAAACACCAATCGACTGTGTAACTGCAATCTACACAGTT 2878 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2530 CCTGTCTACTATGTGGAGATACAAACGCCAATCGACTGTGTAACTGCAATCTACACAGTT 2589 Query 2879 TTGTCACGTAGACGTGGGCATGTCACATCTGATGTTCCTCAACCCGGTACTCCAGCTTAT 2938 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2590 TTGTCACGTAGACGTGGGCATGTCACATCTGATGTTCCTCAACCCGGTACTCCGGCTTAT 2649 Query 2939 ATCGTGAAGGCCTTTCTGCCTGTGATAGAGTCCTTTGGGTTTGAGACAGATCTGAGGTAC 2998 || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2650 ATTGTGAAGGCTTTTCTGCCTGTGATAGAGTCATTTGGGTTTGAGACAGATCTGAGGTAC 2709 Query 2999 CACACTCAGGGACAAGCCTTTTGCCTATCTGTGTTTGATCACTGGGCCATTGTGCCAGGA 3058 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2710 CACACTCAGGGACAAGCCTTTTGCCTATCTGTGTTTGATCACTGGGCCATAGTGCCAGGA 2769 Query 3059 GACCCTCTAGACAAAGCCATCCAGTTGCGCCCACTTGAGCCCGCTCCTATTCAGCATCTA 3118 |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2770 GACCCTCTAGACAAAGCCATACAATTGCGCCCACTTGAGCCCGCCCCTATTCAGCATCTA 2829 Query 3119 GCTCGGGAATTCATGGTCAAGACCCGCCGTAGAAAGGGAATGAGCGAAGACGTCAGCGGA 3178 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2830 GCTCGTGAATTCATGGTCAAGACCCGCCGTAGAAAGGGAATGAGCGAAGACGTCAGCGGG 2889 Query 3179 AATAAATTCTTTGATGAAGCGATGATGGTAGAGCTTGCCCAGCAAACAGGCGATCTCCAT 3238 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2890 AATAAATTCTTTGATGAAGCGATGATGGTAGAGCTTGCCCAGCAAACAGGCGATCTCCAT 2949 Query 3239 CTGCAGATGATTTGA 3253 ||||||||||||||| Sbjct 2950 CTGCAGATGATTTGA 2964 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 133810426668 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5