BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G06410.1
Length=3158
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470660 jgi|Araly1|470660|fgenesh2_kg.1__614__AT1G06410.1 4951 0.0
> Ahg470660 jgi|Araly1|470660|fgenesh2_kg.1__614__AT1G06410.1
Length=3039
Score = 4951 bits (2681), Expect = 0.0
Identities = 2932/3048 (96%), Gaps = 38/3048 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 106 ATGATTTCTAGGTCGTACACGAATCTGTTAGACTTGGCATCAGGGAATTTCCCTGTCATG 165
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATTTCTAGGTCGTACACGAATTTGTTAGACTTGGCATCAGGGAATTTCCCTGTCATG 60
Query 166 GGAAGAGAGCGTAGGCGGCTTCCTAGGGTAATGACTGTTCCTGGTAATGTCTCTGAGTTT 225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GGAAGAGAGCGTAGGCGGCTTCCTAGGGTAATGACTGTTCCTGGTAATGTCTCTGAGTTT 120
Query 226 GATGAAGATCAAGCGTATAGTGTGTCTTCCGATAATCCTTCTTCGGTTTCCTCTGATCGA 285
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 GATGAAGATCAAGCGTATAGTGTGTCTTCCGATAATCCTTCTTCCGTTTCCTCTGATCGA 180
Query 286 ATGATCATTGTGGCTAACCGGCTCCCATTGAAGGCGGAGAAACGAAATGGAAGCTGGAGT 345
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATGATCATTGTGGCTAACCGGCTACCGTTGAAGGCGGAGAGACGAAATGGAAGCTGGAGT 240
Query 346 TTTAGTTGGGATCAAGATTCTCTGTATTTGCAGCTCAAGGACGGGTTGCCTGAGGATATG 405
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 TTTAGTTGGGATCAAGATTCTCTGTATTTGCAGCTTAAGGACGGTTTGCCTGAGGATATG 300
Query 406 GAGATTTTATATGTTGGATCTTTGAGCGTTGATGTTGATTCAAATGAACAAGACGATGTG 465
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 301 GAGATTTTATATGTTGGATCTTTGAGCGTTGATGTTGATTCACATGAACAAGACGATGTC 360
Query 466 GCGCAGATACTGTTGGACAAATTTAAATGTGTTCCTACGTTTTTCCCACCTGATTTGCAA 525
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCGCAAATACTGTTGGACAAATTTAAATGTGTTCCTACGTTTTTCCCACCTGATTTGCAA 420
Query 526 TCAAAGTTTTACGACGGTTTTTGCAAGAGGCAGATATGGCCGCTTTTTCACTACATGCTT 585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TCAAAGTTTTACGACGGTTTTTGCAAGAGGCAGATATGGCCGCTTTTTCACTACATGCTT 480
Query 586 CCGTTTTCCGCTGATCATGGTGGAAGATTTGATAGGTCTCTTTGGGAGGCTTATGTAGCG 645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CCGTTTTCCGCTGATCATGGTGGAAGATTTGATAGGTCTCTTTGGGAGGCTTATGTAGCG 540
Query 646 ACTAACAAGCTCTTCTTCCAGAAAGTAATTGAGGTTATTAACCCAGATGATGATTTTGTC 705
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACCAATAAGCTCTTCTTCCAGAAAGTAATTGAGGTTATTAACCCAGATGATGATTTTGTC 600
Query 706 TGGATTCATGACTACCATTTGATGGTCTTACCAACTTTTCTGAGAAGGCGGTTTAACCGG 765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 601 TGGATTCATGACTACCATTTGATGGTCTTACCAACTTTTCTGAGAAGACGGTTTAACCGG 660
Query 766 ATAAGGATGGGATTTTTCCTTCACAGTCCCTTCCCCTCATCTGAGATATACCGGTCTCTT 825
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATAAGGATGGGATTTTTCCTTCACAGTCCCTTCCCCTCATCTGAGATATACCGGTCTCTT 720
Query 826 CCTGTTCGGGAGGAGATACTTAAGGCGTTACTAAACAGCGACCTTATTGGCTTTCACACG 885
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 721 CCTGTCCGGGAGGAGATACTTAAGGCGTTACTAAACAGCGACCTGATTGGCTTTCACACA 780
Query 886 TTCGATTATGCTCGTCACTTCCTTACTTGCTGCAGTCGGATGTTGGGTCTAGAATATCAG 945
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTCGATTATGCTCGTCACTTCCTTACTTGCTGTAGTCGGATGTTGGGTCTAGAATATCAG 840
Query 946 TCTAAGAGAGGTTACATTGGGCTGGAGTATTACGGGAGGACTGTGGGAATCAAGATCATG 1005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCTAAGAGAGGTTACATTGGGCTGGAGTATTACGGGAGGACTGTGGGAATCAAGATCATG 900
Query 1006 CCAGTGGGGATCAACATGGGTCGGATTCAATCGGTGATGAGATATTCAGAAGAGGAGGGT 1065
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CCAGTGGGGATTAACATGGGTCGGATTCAATCGGTGATGAGATATTCAGAAGAGGAGGGT 960
Query 1066 AAGGTGATGGAGCTCAGAAATCGTTTCGAAGGTAAGACAGTGTTGCTTGGTATCGATGAC 1125
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AAGGTGATGGAGCTGAGAAATCGTTTCGAAGGTAAGACAGTGTTGCTTGGTATCGATGAC 1020
Query 1126 ATGGATATTTTCAAGGGTATAAACCTGAAGCTTCTAGCAATGGAACAAATGCTGAGGCAG 1185
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATGGATATTTTCAAGGGTATAAACCTGAAGCTTCTAGCAATGGAACAAATGCTGAGGCAG 1080
Query 1186 CACCCGAATTGGAGGGGAAGGGCTGTTCTGGTTCAGATTGTAAATCCCGCTAGGGGTAAA 1245
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CATTCGAATTGGAGGGGAAGGGCTGTTCTGGTTCAGATTGTAAATCCCGCTAGGGGTAAA 1140
Query 1246 GGTATTGATGTAGAGGAAATACGTGGTGAAATCGAAGAAAGCTGCAGGAGGATCAATGGA 1305
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GGTATTGATGTTGAGGAAATACGTGGTGAAATCCAAGAAAGCTGCAGGAGGATCAATGGA 1200
Query 1306 GAGTTTGGGAAACCTGGATATCAACCTATCATATATATTGATACTCCGGTTTCGATTAAT 1365
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1201 GAGTTTGGGAAACCTGGATATCAACCTGTCATATATATTGATACTCCGGTGTCGATAAAT 1260
Query 1366 GAAATAAATGCTTATTACCATATTGCTGAGTGCGTGGTCGTTACAGCTGTTAGAGATGGT 1425
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 GAAATAAATGCTTATTACCATATTGCTGAGTGCGTGGTCGTTACAGCTGTTAGAGATGGT 1320
Query 1426 ATGAACCTTACTCCCTACGAATATATCGTTTGTAGACAAGGTTTACTTGGGTCTGAATCA 1485
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 ATGAACCTTACTCCCTACGAATATATCGTTTGTAGACAGGGTTTACTTGGGTCTGAATCA 1380
Query 1486 GACTTTAGTGGCCCAAAGAAGAGCATGTTGGTTGCATCAGAGTTTATTGGATGTTCCCCT 1545
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1381 GACTTTAGTGGCCCAAAGAAGAGCATGTTGGTTGCATCAGAGTTTATTGGATGTTCTCCT 1440
Query 1546 TCGCTTAGTGGGGCTATACGCGTAAACCCATGGAACGTTGAAGCTACTGGAGAAGCACTA 1605
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1441 TCACTTAGTGGGGCTATACGCGTAAACCCATGGAACGTTGAAGCTACTGGAGAAGCCCTA 1500
Query 1606 AATGAGGCCCTCTCAATGAGTGATGCTGAGAAACAGCTACGGCATGAGAAACATTTCCGG 1665
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1501 AATGAGGCCCTCTCAATGAGTGATGCCGAGAAACAGCTGCGACATGAGAAACATTTCCGG 1560
Query 1666 TATGTTAGTACTCACGATGTAGCTTATTGGTCAAGAAGTTTCTTGCAAGACCTAGAGAGG 1725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TATGTTAGTACTCACGATGTAGCTTATTGGTCAAGAAGTTTCTTGCAAGACCTAGAGAGG 1620
Query 1726 ATATGTGTGGACCATTTCAAGAAAAGGTGTTGGGGGATGGGGATTAGTTTTGGTTTCAGA 1785
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1621 ATATGTGTGGACCATTTCAAGAAAAGGTGTTGGGGGATGGGGATTAGTTTTGGTTTTAGA 1680
Query 1786 GTTGTTGCACTCGATCCTAATTTTAGAAAGCTTTCAATACCGTGCATTGTGTCAGACTAC 1845
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GTTGTGGCACTCGATCCCAATTTTAGAAAGCTTTCAATACCATGCATTGTGTCAGACTAC 1740
Query 1846 AAAAGGGCGAAAAGCAGAGCGATACTGTTGGATTATGATGGCACTCTGATGCCTCAAAAC 1905
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AAAAGGGCGAAAAGCAGAGCTATACTGTTGGATTATGATGGCACTCTGATGCCTCAAAAC 1800
Query 1906 TCCATCAATAAAGCTCCAAGCCAGGAAGTTCTTAACTTTTTGGATGCACTTTGCGAGGAC 1965
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1801 TCCATCAATAAAGCTCCAAGCCAGGAAGTTCTTAACTTCTTGGATGCACTATGCGAGGAC 1860
Query 1966 AAGAAGAATTCAATTTTCATTGTCAGTGGAAGAGGGAGGGAAAGTTTAAGCAAGTGGTTC 2025
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1861 AAGAAGAATTCAATTTTCATTGTCAGCGGAAGAGGGAGGGAAAGTTTAGGCAAGTGGTTC 1920
Query 2026 ACTCCGTGCaaaaaaaTTGGAATTGCGGCAGAGCATGGATACTTCTTAAAGTGGTCAGGC 2085
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1921 ACTCCGTGCAAAAACATTGGAATTGCGGCTGAGCATGGATACTTCTTGAAGTGGTCAGGC 1980
Query 2086 AGTGAAGAATGGGAGACATGTGGGCAGAGCTCTGATTTTGGGTGGATGCAGATCGTGGAA 2145
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 AGTGAAGAATGGGAGACATGTGGGCAGAGCTCTGATTTTGGGTGGATGCAGATCGTGGAA 2040
Query 2146 CCTGTAATGAAGCAGTACACTGAATCGACTGATGGCTCTTCCATTGAAATCAAAGAGAGC 2205
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CCTGTAATGAAACAGTACACTGAATCTACTGATGGCTCTTCCATTGAAATCAAAGAGAGC 2100
Query 2206 GCTTTGGTTTGGCAATATCGGGATGCAGATCCAGGCTTTGGTTCTTTACAAGCGAAGGAA 2265
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2101 GCTTTGGTTTGGCAATATCGGGATGCGGATCCAGGCTTTGGTTCGTTACAAGCAAAGGAA 2160
Query 2266 ATGCTAGAGCATTTAGAGAGTGTTCTAGCTAATGAGCCAGTGGCAGTCAAAAGCGGTCAC 2325
|||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 2161 ATGCTAGAGCATCTAGAGAGTGTCCTAGCTAATGAGCCAGTGGCAGTGAAAAGTGGTCAC 2220
Query 2326 TACATAGTAGAAGTCAAGCCTCAGGGAGTGAGCAAAGGATCCGTGTCAGAAAAGATATTT 2385
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TACATCGTAGAAGTCAAGCCTCAGGGGGTGAGCAAAGGATCGGTGTCAGAAAAGATATTT 2280
Query 2386 TCATCAATGGCCGGAAAGGGAAAACCGGTTGATTTCGTGTTATGTATTGGAGATGACAGA 2445
||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 TCATCAATGGCCGAAAAGGGGAAACCGGTTGATTTCGTGCTATGTATTGGAGATGACAGA 2340
Query 2446 TCTGATGAAGACATGTTTGAAGCGATTGGTAATGCGATGTCGAAAAGGTTACTCTGTGAT 2505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 TCTGATGAAGACATGTTTGAAGCGATTGGTAATGCGATGTCGAAAAGGTTACTCTGTGAT 2400
Query 2506 AATGCTCTAGTCTTTGCATGCACAGTTGGGCAAAAGCCAAGCAAGGCTAAATACTACTTG 2565
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 AATGCTCTAGTGTTTGCATGCACAGTTGGGCAAAAGCCAAGCAAGGCTAAATACTACTTG 2460
Query 2566 GACGATACTACTGAAGTGACATGCATGCTTGAATCTCTAGCTGAAGCATCAGAGGCTTCA 2625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 GACGATACTACTGAAGTGACATGCATGCTTGAATCTCTAGCTGAAGCATCAGAGGCTTCA 2520
Query 2626 AACTTTTCTATGCGTGAACTTGATGAAGCCCTTTGATTTGGAACCAGATCTTTTGCCAGA 2685
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2521 AACTTTTCTATGCGTGAACTTGATGATGCCCTTTGATTAGAAACCAGATCTTTTGCCAGA 2580
Query 2686 TGGCTAAAGAAGAGGTTAGACAGACAAAGACAAGGAATAGAAGAGACTGGGAGTTTGTTG 2745
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 TGGCTAAAGAAGAGGTTAGACAGACAAAGACAAGGAAAAGAAGAGACTGGGAGTTTGTTG 2640
Query 2746 GTCTGTATGTGTTTGTCAGATTgaaagaaagaaa-a--gaa--gaa-aa--gggtagtga 2797
|||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| || |||||||||
Sbjct 2641 GTCTGTTTGTGTTTGTGAGATTGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAGAAGAAAAGGGTAGTGA 2700
Query 2798 aag-agtaat---aatggggaaaaaaa--CAAA-TGGTGATGTGAAGA-A-GCTTTGTTA 2848
|| |||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 2701 GAGTAGTAATGGTAAAAAGGAAAAAAAAACAAAATGGTGATGTGAAGAGAAGCTTTGTTA 2760
Query 2849 TTTGCAGAGCAATCAATCAAACAATCAAAGGAGGAGGAAAATAGA--TGTGTTTGGGTTC 2906
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2761 TTGGCAGAGCAATCAATCAA----TCAAAGGAGGAGGAAAATAGAGATGTGTTTGGGTTC 2816
Query 2907 ATCAGGGAAATGTGTTTGCAGGATGTTGAAGTTAACAA-CAAGCAAAAGCTTTTCCTGAT 2965
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 2817 ATCAGGGA--TGTGTTTGCAGGATGTTGAAGTTAACAAACAAGCAGAAGCTTTTCCTGAT 2874
Query 2966 -Ctttt-tttttt--A---ATATTCTTATTACTATTATTATTGTTATTTGTAATTGGATG 3018
||||| |||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2875 ACTTTTCTTTTTTTTATTCATATTATTATTATTATTATTATTGTTATTTGTAATTGGATG 2934
Query 3019 ATCTCTTGAGGATATCAAATTTGGATTCGGCTGTTTATTGGATCTGAACGAAAACGAAAC 3078
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2935 ATCT-TTGAGGATATCAAATTTGGATTCGGCTGTTTATTGGATCTGAACAAAAACGAAAC 2993
Query 3079 TGTGAAGAAAAT-GTTTGTAAAGATAACGTTGC-TTGTCCATTGTTGA 3124
|||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||| ||||
Sbjct 2994 TGTGAA-AAAATAGTATGTAAAGATAACGTTGCGTT-TCCATTATTGA 3039
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119298647340
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5