BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G07110.1
Length=2662
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg470732 jgi|Araly1|470732|fgenesh2_kg.1__686__AT1G07110.1 3849 0.0
> Ahg470732 jgi|Araly1|470732|fgenesh2_kg.1__686__AT1G07110.1
Length=2385
Score = 3849 bits (2084), Expect = 0.0
Identities = 2232/2303 (97%), Gaps = 12/2303 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 161 GGGTTTCGATGGGGTCAGGTGCATCGAAGAATACTGAGGAAGATGACGATGGTTCCAATG 220
|||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 89 GGGTTTCGATGGGGTCGGGTGCATCGAAGGATACTGAGGAAGATGACGATGGTTCCAATG 148
Query 221 GCGGAGGTGGTCAGCTCTACGTTTCACTCAAAATGGAAAACTCTAAGGTTGAAGGAGAGC 280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 149 GCGGAGGTGGTCAGCTCTACGTTTCACTCAAAATGGAGAACTCTAAGGTTGAAGGCGAGC 208
Query 281 TCACTCCTCATGTCTATGGCTCTCTTCCTCTCATCGGTTCCTGGGATCCTTCCAAAGCTC 340
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 209 TCACTCCTCACGTCTATGGCTCTCTTCCTCTCATCGGTTCCTGGGATCCTTCCAAAGCTC 268
Query 341 TTCCGATGCAACGTGAATCTGCGTTAATGTCGGAGCTAAGCTTCGTTGTTCCTCCTGATC 400
||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 269 TTCCGATGCAACGTGAATCGGCGTCAATGTCGGAAATAAGCTTCGTTGTTCCTCCTGATC 328
Query 401 ACGAGACTTTGGACTTCAAGTTTTTGTTGAAGCCAAAGAACAGAAATACGCCCTGCATAG 460
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 329 ACGAGACTTTGGATTTCAAGTTTTTGTTGAAGCCAAAGCACAGAAATACGCCTTGCATAG 388
Query 461 TGGAGGAGGGTGAAAATAGGCTTCTTACTGGTGGTTCGTTGCAAGGAGATGCTAGATTAG 520
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 389 TGGAGGAGGGTCAAAATAGGCTTCTTACTGGTGGTTCGTTGCAAGGAGATGCTAGATTAG 448
Query 521 CTCTGTTTAGGCTGGAAGGTGATGTGATTGTTGAATTCCGAGTCTTCATCAACGCTGACA 580
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 449 CTCTGTTTAGGCTGGAAGGTGATGTAATTGTTGAATTCCGAGTCTTCATCAACGCCGACA 508
Query 581 GAGTTTCTCCAATTGATCTTGCTACTAGTTGGAGAGCTTATAGGGAGAACCTCCAGCCTT 640
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 509 GAGTTTCTCCATTTGATCTTGCTACTAGTTGGAGAGCTTATAGGGAGAACCTCCAGCCTT 568
Query 641 CTACTGTACGTGGAATTCCTGATGTCAGCATTAATCCTGAT-CCAAAATCTGCTGAGTGT 699
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||
Sbjct 569 CTACTGTACGTGGAATTCCTGATGTCAGCATTAATCCTGATCCCAAAA-CTGTTGAGTGT 627
Query 700 CCTTTAGAAAGTTTGGAGCTCGATCTTGCACATTATGAAGTTCCTGCTCCTGCGCCTTCT 759
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 628 CCTTTAGAAAGTTTGGAGCTCGATCTTGCGCATTATGAAGTTCCTGCTCCTGCACCTTCT 687
Query 760 GCAAACTCGTACCTTGTTTATGCGGCGGACAATGCAGAGAATCCACGATCTCTTTCAGCT 819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 688 GCAAACTCGTACCTTGTTTATGCGGCGGACAATGCAGAGAATCCACGATCTCTTTCAGCT 747
Query 820 TCTGGTTCATTTCGTAATGACAGTACTCCAAAAGCAGCACAGAGA-AATTCTGAAGATTC 878
||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 748 TCTGGTTCATTTCGTAATGACAGTACTACAAACTCAGCACAGA-ATAATTCTGAAGATTC 806
Query 879 TGGTGTTACGGTTGATGGATCCCCATC-TGCAAAGGAAATGACGATCGTTGTTCCTGATT 937
||||||||||| | |||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||| ||||
Sbjct 807 TGGTGTTACGG-T--TGGATCTCCA-CTTGCAAAGGAAATGAAGATCATTGTTCCCGATT 862
Query 938 CCTCGAATATCTATTCGGCTTTTGGAGAGGCTGAGTCAAAGTCTGTGGAGACACTCTCAC 997
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 863 CCTCGAATATCTATTCGGCTTCAGGAGAGGCTGAGTCAAAGTCAGTGGAAACACTCTCAC 922
Query 998 CGTTTCAGCAGAAAGATGGTCAAAAGGGACTCTTTGTTGATCGTGGTGTTGGCTCCCCTA 1057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 923 CGTTTCAGCAGAAAGATGGTCAAAAGGGACTCTTTGTTGATCGTGGTGTTGGCTCCCCTA 982
Query 1058 GGCTAGTGAAGTCTCTTAGTGCAAGCTCTTTTTTGATTGATACCAAGCAAATCAAGAATT 1117
||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 983 GGCTAGTCAAGTCTATTAGTGCAAGCTCTTTTTTGGTTGATACTAAGCAAACCAAGAATT 1042
Query 1118 CAATGCCAGCCGCTGCAGGAGCTGTTGCCGCAGCAGCGGTAGCTGATCAAATGCTTGGAC 1177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1043 CAATGCCAGCCGCTGCAGGAGCTGTTGCCGCAGCAGCGGTAGCTGATCAAATGCTTGGAC 1102
Query 1178 CGAAAGAAGATAGACATCTAGCAATTGTCCTGGTTGGCTTGCCTGCTCGAGGAAAGACTT 1237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1103 CGAAAGAAGATAGACATCTAGCAATTGTCCTGGTTGGCTTGCCAGCTCGAGGAAAGACTT 1162
Query 1238 TTACTGCAGCAAAGTTGACAAGATATCTACGCTGGTTGGGACATGATACTAAACATTTTA 1297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1163 TTACTGCAGCAAAGTTGACAAGATATCTACGCTGGTTGGGACATGATACAAAACATTTTA 1222
Query 1298 ATGTTGGAAAGTACCGACGGCTTAAACATGGAGTTAACATGAGTGCTGATTTCTTCCGAG 1357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1223 ATGTTGGAAAGTACCGACGGCTTAAACATGGAGTTAACATGAGTGCTGATTTCTTCCGAG 1282
Query 1358 CTGATAATCCTGAAGGTGTAGAGGCACGGACTGAGGTAGCAGCACTTGCTATGGAGGACA 1417
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1283 CTGACAATCCTGAAGGTGTAGAGGCACGGACTGAGGTAGCAGCACTTGCAATGGAGGACA 1342
Query 1418 TGATAGCTTGGATGCAAGAAGGTGGTCAAGTTGGAATCTTTGATGCAACTAATAGCACAC 1477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1343 TGATAGCTTGGATGCAAGAAGGTGGTCAAGTTGGAATCTTTGATGCAACTAATAGTACAC 1402
Query 1478 GAGTTCGACGGAATATGTTGATGAAAATGGCTGAAGGAAAGTGTAAGATCATTTTTCTGG 1537
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1403 GAGTTCGACGGAATATGTTGATGAAAATGGCTGAAGGAAAGTGTAAGATCATTTTTCTAG 1462
Query 1538 AAACACTATGCAATGATGAGCGCATTATTGAAAGAAACATACGTCTAAAAATCCAGCAAA 1597
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1463 AAACACTATGCAATGATGAGCGCATTATTGAAAGAAACATACGTCTTAAAATCCAGCAAA 1522
Query 1598 GTCCTGACTATTCAGAAGAAATGGATTTTGAAGCTGGAGTACGAGACTTTAGAGACCGTT 1657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1523 GTCCTGACTATTCAGAAGAAATGGATTTTGAAGCTGGAGTACGAGACTTTAGAGACCGTT 1582
Query 1658 TAGCCAATTATGAAAAGGTTTATGAGCCTGTAGAAGAAGGTTCGTACATCAAAATGATTG 1717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1583 TAGCCAATTATGAAAAGGTTTATGAGCCTGTAGAAGAAGGTTCTTACATCAAAATGATTG 1642
Query 1718 ATATGGTCAGTGGGAACGGTGGACAGATACAAGTGAACAATATTAGTGGTTACCTTCCTG 1777
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1643 ATATGGTCAGCGGGAACGGTGGACAGATACAAGTGAACAATATTAGTGGTTACCTTCCTG 1702
Query 1778 GGAGAATTGTATTTTTCTTGGTGAATACGCATCTCACCCCACGACCAATACTACTCACTC 1837
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 GGAGAATTGTGTTTTTCTTGGTGAATACGCATCTCACCCCACGACCAATACTACTCACTC 1762
Query 1838 GGCATGGAGAAAGCATGGATAATGTTAGAGGCAGAATTGGAGGAGATAGCGTAATAAGTG 1897
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1763 GGCATGGAGAAAGCATGGACAATGTTAGAGGCAGAATTGGAGGAGATAGCATTATAAGTG 1822
Query 1898 ACTCTGGTAAACTTTACGCAAAGAAACTTGCCAGCTTTGTTGAAAAGCGACTTAAATCTG 1957
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 AATCTGGGAAACTTTACGCAAAGAAACTTGCCAGCTTTGTTGAAAAGCGACTTAAATCTG 1882
Query 1958 AAAAAGCTGCTTCGATTTGGACCAGTACACTTCAGAGAACAAACCTAACAGCAAGTTCCA 2017
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1883 AAAAGGCTGCTTCGATTTGGACCAGTACACTTCAGAGAACAAACTTAACAGCAAGTTCCA 1942
Query 2018 TTGTCGGATTCCCCAAGGTGCAATGGCGTGCCCTGGACGAGATCAATGCTGGAGTTTGTG 2077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 TTGTCGGATTCCCCAAGGTGCAATGGCGTGCCCTGGACGAGATCAATGCTGGAGTTTGTG 2002
Query 2078 ATGGGATGACATATGAAGAGGTAAAGAAGAACATGCCAGAAGAATACGAATCTCGAAAAA 2137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||
Sbjct 2003 ATGGGATGACATATGAAGAGGTAAAGAAGAACATGCCAGAAGAGTATGAATCTCGGAAAA 2062
Query 2138 AGGACAAATTACGATACCGATACCCTCGTGGAGAGTCCTACCTTGATGTAATCCAACGGC 2197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2063 AGGACAAATTACGATACCGATACCCTCGTGGAGAGTCCTACCTTGATGTAATTCAACGGC 2122
Query 2198 TTGAACCTGTGATCATTGAGTTAGAACGACAAAGAGCTCCTGTCGTCGTGATATCTCACC 2257
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 TTGAACCTGTGATTATTGAGTTAGAACGACAAAGAGCTCCTGTCGTCGTGATATCTCACC 2182
Query 2258 AGGCTGTTCTGAGAGCCTTGTATGCATATTTTGCGGATCGTCCCCTCAAAGAAATACCCC 2317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2183 AGGCTGTTCTGAGAGCCTTGTATGCATATTTTGCGGATCGTCCTCTCAAAGAAATACCCC 2242
Query 2318 AAATCGAGATGCCACTTCACACTATAATAGAGATACAGATGGGAGTTTCTGGTGTGCAAG 2377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2243 AAATCGAGATGCCACTTCACACTATAATAGAGATACAGATGGGAGTTTCTGGTGTGCAAG 2302
Query 2378 AGAAACGCTACAAACTCATGGACTGAATTCAAACAAC---TATTACCACAAATTCTCAAC 2434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 2303 AGAAACGCTACAAACTCATGGACTGAATTCAAACAACAACTATTACCACAGATTCTCAAC 2362
Query 2435 AAACTCTCGTCCTAAAGGTTTTT 2457
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2363 AAACTCTCGTCCTAAAGGTTTTT 2385
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100405885820
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5