BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G07380.1 Length=2340 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg311800 jgi|Araly1|311800|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000580 3747 0.0 > Ahg311800 jgi|Araly1|311800|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000580 Length=2331 Score = 3747 bits (2029), Expect = 0.0 Identities = 2241/2343 (96%), Gaps = 15/2343 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGAGCTATCTCTAGTCAGATTATGGAACACTTGTTTTCCTAGTTTCTTCTACATTTCG 60 |||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||||||| ||| Sbjct 1 ATGGAGCTATCTCTAGTCAGATTATGGAGCAC------T--T-GTTTCTTCTACATATCG 51 Query 61 ACTGTGCTTTTTCTGCTCACCGGTGGAGGAGTTTACTCTCACTCTGAATATTTGATTGGA 120 || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 52 ACACTGCTTTTTCTGCTCATCGGTGGAGGAGTTTACTCTCACTCTGAATATTTGATTGGA 111 Query 121 TTGGGAAGCTATGACATTACTGGCCCGGCTGCTGATGTTAATATGATGGGTTATGCTAAC 180 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 112 CTGGGAAGCTATGACATTACTGGCCCGGCAGCTGATGTAAATATGATGGGTTATGCTAAC 171 Query 181 ATGGAGCAAGTAGCATCTGGTATTCACTTCAGGCTCCGTGCTAGGACTTTCATTGTCTCT 240 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||| Sbjct 172 ATGGAGCAAGTGGCATCTGGTATTCACTTCAGGCTCCGGGCTCGGACTTTCATCGTCTCT 231 Query 241 GAGCCCCAAGGGAAGCGGGTTGTGTTTGTTAACCTCGATGCTTGCATGGCTTCACAAATT 300 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 232 CAGCCTGAAGGGAAGCGGGTTGTGTTTGTTAACCTCGACGCTTGCATGGCTTCACAAATT 291 Query 301 GTAAAACTAAAAGTGATCGAGAGACTCAAGGCACGATATGGGGACT-TATATACTGAACA 359 || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| | Sbjct 292 GTTACACTAAAAGTGATCGAGAGACTCAAGGCAAGATATGGGGA-TCTGTATACTGAAAA 350 Query 360 GAATGTTGGCATCAGTGGTATTCATACCCATGCTGGTCCAGGGGGGTATCTTCAGTATGT 419 ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 351 GAATGTTGGTATCAGTGGTATTCATACCCATGCCGGTCCAGGGGGGTATCTTCAGTATGT 410 Query 420 GGTGTATATCGTAACATCACTTGGATTTGTTCGTCAGTCGTTTGATGCCCTTGTCGATGG 479 | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 411 GATTTATATTGTAACATCACTTGGATTTGTTCGTCAGTCGTTTGATGCCCTTGTGGATGG 470 Query 480 AATTGAGAACAGTATCATACAAGCTCACGAAAATCTTCGTCCTGGATCAATTTTTCTCAA 539 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| Sbjct 471 AATTGAGAACAGTATCATACAAGCTCACCAAAATCTTCGACCTGGATCAATTTTTATCAA 530 Query 540 TAATGGGGAACTCTTGGATGCTGGTGTAAACCGCAGTCCAAGTGCATATCTTAATAATCC 599 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 531 TAATGGTGAACTCTTGGATGCTGGTGTAAACCGCAGTCCAAGTGCATATCTTAATAATCC 590 Query 600 TTCAAAAGAAAGGAGTAAACACAAGTACAACGTTGATAAGGAAATGACTCTCTTAAAGTT 659 |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 591 TTCAGGAGAAAGGAGTAAACACAAGTACGACGTTGATAAGGAAATGACTCTCTTAAAGTT 650 Query 660 TGTGGATGATCAATGGGGTCCAGTAGGTAGTTTCAATTGGTTTGCTACCCATGGAACTTC 719 |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 651 TGTGGATGATCAGTGGGGTCCAGTGGGTAGTTTCAATTGGTTTGCTACCCATGGAACTTC 710 Query 720 CATGAGTC-GTACAAACTCTTTGATCAGTGGGGACAACAAGGGCGCTGCATCACGATTTA 778 |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 711 CATGAGTCGGT-CAAACTCTTTGATCAGTGGGGACAACAAGGGTGCTGCATCACGATTTA 769 Query 779 TGGAGGATTGGTATGAACAGAATACTGCTGAAAGATCTTACTCTGAAGAGTTTATTTCAG 838 |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 770 TGGAGGATTGGTTTGAACAGAATACTGTTGAAAGATCCTACTCTGAAGAGTTTATTTCAG 829 Query 839 ATGAGATACCTAGAAGAGTTTCAAGCCTAATCGAGAATCATCAGGACAGTCATCACGAGT 898 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| Sbjct 830 ATGAGATACCTAGAAGAGTTTCAAGCATAATCGAGAATCATCAGGACAACCATCAAGAGT 889 Query 899 TGCTAGAGCTTGCATCTTACTTTGAGTCACAACCTGGTAAGCCTGTAACTAGAATTTCAA 958 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 890 TGCTAGAGCTTGCATCTTACTTTGAGTCACAACCTGGTAAGCCTGCAACTAGAATTTCAA 949 Query 959 GTTCTGCAAGGCGGGTGAGGAGTGCTCTGAGGAAGGCGGATAAGCCTGGCTTCGTTTCTG 1018 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| Sbjct 950 GTTCTGCAAGGCGAGTGAGGAGTGCTCTGAGGAAGGCAGATATGCCTGGCTTTGTTTCTG 1009 Query 1019 CTTTCTGTCAAACGAACTGTGGAGATGTTAGCCCAAATGTGCTTGGAGCCTTTTGCCTGG 1078 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1010 CTTTCTGTCAAACGAACTGTGGAGATGTTAGCCCAAATGTGCTTGGAGCCTTTTGCCTAG 1069 Query 1079 ACACTGGTCTTCCTTGTGATTTCAATCACAGTACATGTGGTGGGAAAAATGAGATGTGCT 1138 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1070 ACACTGGTCTTCCTTGTGATTTCAATCACAGTACATGTGGTGGGAAAAATGAGATGTGCT 1129 Query 1139 ATGGGCGTGGACCAGGCTATCCTGATGAATTTGAAAGTACACGTATAATTGGTGAGAGAC 1198 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1130 ATGGGCGTGGACCAGGCTATCCTGATGAATTTGAGAGTACACGTATAATTGGTGAGAGAC 1189 Query 1199 AATTCAAGATGGCTTTGGAACTTTTCAACAAAGCATCTGAACAGCTACAAGGGAAGGTTG 1258 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1190 AATTCAAGATGGCTTTGGAACTTTTCAACAAAGCATCTGAACAGCTACAAGGGAAGGTTG 1249 Query 1259 ATTACCGCCATGTTTATGTTGACTTTTCACAGCTCAATGTGACACTTCCTAAAAAAGATG 1318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1250 ATTACCGCCATGTTTATGTTGACTTTTCACAGCTCAATGTGACACTTCCTAAAAAAGATG 1309 Query 1319 GGAAATCAGAAGTTGTAAAAACATGTCCTGCGGCAATGGGCTTTGCTTTCGCTGCTGGGA 1378 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1310 GGAAATCAGAAGTTGTAAAAACATGTCCTGCGGCAATGGGCTTTGCTTTCGCTGCTGGAA 1369 Query 1379 CCACAGATGGACCAGGAGCATTTGATTTTACACAAGGAGATGATAAGGGGAACCCTTTCT 1438 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1370 CCACAGATGGACCAGGAGCATTTGATTTTACACAAGGAGATGATAAGGGGAACCCTTTCT 1429 Query 1439 GGAGATTGGTGAGAAATGTTCTTAAAACACCGGACAAGAAACAAATCGATTGTCACTATC 1498 |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1430 GGAGATTGGTGAGAAACGTTCTTAAAACACCGAACAAGAAACAAATCGATTGTCACTATC 1489 Query 1499 CAAAACCTATCTTGCTTGACACTGGAGAAATGACAAAGCCATATGACTGGGCTCCGTCAA 1558 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1490 CAAAACCCATCTTGCTTGACACTGGAGAAATGACAAAGCCATATGACTGGGCTCCGTCAA 1549 Query 1559 TTCTTTCATTGCAAGTTCTACGTATTGGACAACTTTTCATTCTCAGCGTTCCTGGAGAAT 1618 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1550 TTCTTTCATTGCAAATTCTACGTATTGGACAACTTTTCATTCTTAGCGTTCCTGGAGAAT 1609 Query 1619 TTACAACTATGGCTGGAAGGCGTCTCCGCTATGCAGTGAAAACACAACTTAAAAACAGTG 1678 ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1610 TTACAACCATGGCTGGAAGGCGTCTCCGCGATGCAGTGAAGACACAACTTAAAAACAGTG 1669 Query 1679 GTAATAAAGATTTGAGCGGTGAGATTCACGTTGTGATAGCTGGATTGGCTAATGGTTACT 1738 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1670 GTAATAAAGATTTGAGCGGTGAGATTCACGTCGTGATAGCTGGATTAGCTAATGGTTACT 1729 Query 1739 CACAGTATGTGACTACTTTTGAGGAGTATCAAGTGCAGAGATACGAGGGTGCATCTACGT 1798 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1730 CACAGTATGTGACTACCTTTGAGGAGTATCAAGTGCAGAGATATGAGGGTGCATCTACGT 1789 Query 1799 TATATGGGCCACACACCCTCAGTGGCTACATTCAAGAGTTCAAGAAACTCTCCAAATCTC 1858 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1790 TATATGGCCCACACACCCTCAGTGGCTACATTCAAGAGTTCAAGAAACTCTCCAAATCTC 1849 Query 1859 TCGTCCTTGATATGCCTGTTCAACCGGGGCCTCAACCGCCGGATCTCCTTGACAAGCAAC 1918 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1850 TCGTCCTTGATATGCCTGTTCAACCGGGGCCTCAACCGCCGGATCTTCTTGACAAGCAAC 1909 Query 1919 TAAGCTTCCTCACACCAGTCATGATGGACACAACTCCT-AGCGGAGACAGTTTCGGGGAT 1977 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| Sbjct 1910 TTAGCTTCCTCACACCAGTCATGATGGACACAACTCCTGA-CGGAGACAGTTTCGGGGAT 1968 Query 1978 GTTATTTCGGATGTTCCTAAAAACTTGTCTTTGAAGAGAGGAAACGGCCAGGTGACCGTT 2037 || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||| Sbjct 1969 GTGATTTCGGATGTTCCTAAAAACTTTTCTGTGAAGAGGGGAAACGACCAGGTGACTGTT 2028 Query 2038 GTATTCCGGTCAGCCTGCCCTAGAAACGATCTACTGACAGAAGGGACGTTTACACTGGTG 2097 |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 2029 GTATTCCGGTCAGCTTGTCCTAGAAACGATCTACTGACAGAAGGGACGTTTGCTCTGGTG 2088 Query 2098 GAGAGACTAGAGCAGAAGGACAAGACTTGGACCCCGGTTTATGACGACGATGATCTATGT 2157 |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2089 GAGAAACTAGAACAGAAGGACAAGACTTGGACCCCAGTTTATGACGACGATGATCTATGT 2148 Query 2158 CTGAGGTTCAAGTGGTCGAGGCATAAAAAGCTGAGCTCCCGGAGTCAGGCCACTGTGGAA 2217 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2149 CTGAGGTTCAAGTGGTCGAGGCCTAAAAAGCTGAGCTCCCGAAGTCAGGCCACTGTGGAA 2208 Query 2218 TGGAGAATTCCCGAGTCTGCATCACCAGGGGTTTATAGGATCACCCATTTTGGTGCTGCA 2277 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2209 TGGAGAATTCCCGAGTCTGCATCACCAGGGGTTTACAGGATCACCCATTTTGGTGCTGCA 2268 Query 2278 AAGAAGCTTTTTGGGTCAGTCCATCATTTCACAGGCTCTTCTAGTGCTTTCGTTGTAACA 2337 |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| Sbjct 2269 AAGAAGCTCTTTGGGTCAGTCCACCATTTCACAGGCTCTTCTGGTGCTTTTGTTGTAACA 2328 Query 2338 TAA 2340 ||| Sbjct 2329 TAA 2331 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 88140826930 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5