BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G07470.1 Length=1538 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg470771 jgi|Araly1|470771|fgenesh2_kg.1__725__AT1G07480.2 2135 0.0 Ahg470774 jgi|Araly1|470774|fgenesh2_kg.1__728__AT1G07470.1 1971 0.0 > Ahg470771 jgi|Araly1|470771|fgenesh2_kg.1__725__AT1G07480.2 Length=1516 Score = 2135 bits (1156), Expect = 0.0 Identities = 1326/1406 (94%), Gaps = 19/1406 (1%) Strand=Plus/Plus Query 104 AAACCCTAGATTCCCGGAGGACGAAATTCGTTTTTTCGCCGGAACTAAATTAAGGAGATT 163 |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 99 AAACTC-AGATTCCCGGAGGACGAAATTCGTTTTTTTGCCGGAACTAAATTAAGGAGATT 157 Query 164 TGAGAGGCT------ATGGGTACAACAACGACAACAAGCGCTGTGTATATCCATGTTATC 217 ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 158 TGAGAGGCTGAGAAGATGGGTACAACTACGACAACGAGCGCTGTGTATATCCATGTTATC 217 Query 218 GAGGATGTCGTCAACAAAGTTCGTGAGGAGTTCATTAACAACGGAGGTCCTGGCGAGAGT 277 |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 218 GAGGATGTCGTCAACAAAGTCCGTGAGGAGTTTATTAACAACGGAGGTCCTGGCGAGAGC 277 Query 278 GTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAAGCCGGAGTCTTGAAT 337 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 278 GTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAAGCTGGAGTCTTGAAT 337 Query 338 GGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGTGGTCCACTGACTCATGAT 397 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| Sbjct 338 GGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGAGGTCCATTGACGCATGAT 397 Query 398 TTGAATGTTCCTTATGAAGGTACAGAGGAGTACGAGACTCCCACTGCTGAAATGCTCTTC 457 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 398 CTGAATGTTCCTTATGAAGGTACAGAGGAGTATGAGACTCCCACTGCTGAAATGCTCTTT 457 Query 458 CCTCCTACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCCGGTACTGCTGATAACTCA 517 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 458 CCTCCGACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCGGGTACTGCTGATAACTCT 517 Query 518 TCCATGTATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATCCCACTCCTGGAACTGAGAATGGA 577 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| Sbjct 518 TCCATATATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATCCAACTCCTGGAAATGAGAATGGA 577 Query 578 GTCAACATTGATGTTAAAGCAAGACCTAGTCCTTATATGCCACCGCCTTCTCCGTGGACT 637 |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | Sbjct 578 GTCAACCTTGATGTTAAAGGAAGACCTAGTCCTTATATGCCACCTCCTTCCCCGTGGGCA 637 Query 638 AATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGATGAGCCTGAGAGAGGA 697 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 638 AATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGATGAGCCTGAGAGAGGA 697 Query 698 AACTCTAATCAGCAGTTTACGCAGGATTTATTTGTGCCATCTTCTGGGAAACGAAAACGT 757 |||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||| ||||||||||||||| Sbjct 698 AACTCTAATCAGCAGTTTACGCAGGACTTATTA-T-CC-TCT---GGGAAACGAAAACGT 751 Query 758 GATGATTCATCTGCACACTATCAAAATGGTGGATCTATACCTCAACAAGATGGTGCAAGC 817 |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| Sbjct 752 GATGATTCTTCTGCACACTATCAAAATGGTGGATGTATACCTCAGCAGGATGGTGCAAGC 811 Query 818 GATGCTATCCCTGAGGCAAACTTTGAATGTGCTGCACTCCGTATAACCTATGTTGGCGAT 877 |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 812 GATGCTATCCCTAAGGCAAACTTTGAATGTACTGCACTCCGGATAACCTATGTTGGCGAT 871 Query 878 AGAAAGATCCCACGAGATTTGAT-TGGCTCATCATCGAAGATTCCCCAAGTTGATGGGCC 936 ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 872 AGAAATATCCCACGAGATTTTATCTG-CTCATCATCGAAGATTCCTCAAGTTGATGGGCC 930 Query 937 AATGCCTGACCCGTATGATGAAATGTTGTCCACACCCAATATATACAGTTATCAAGGACC 996 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 931 AATGCCTGACCCGTATGATGAAATGTTGTCCACACCAAATATATACAGTTATCAAGGACC 990 Query 997 CAATGAAGAGTTTAATGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGAAATCCAAACGAGCACTCC 1056 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 991 CAATGAAGACTTTAATGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGAGATCCAAACGAGCACTCC 1050 Query 1057 TGTTGCTGTACCAAACGATATCATTGAAGATGATGAAGAGCTGTTGAACGAAGATGATGA 1116 ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 1051 TGTTGCTGTACAAAACGATATCGTTGAAGATGATGAAGAGCTCTTGAACGAAGATGACGA 1110 Query 1117 TGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGCGAGGATATGAACACACAACACCTGGTTTT 1176 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1111 TGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGTGAGGATATGAACACGCAACATCTGGTTTT 1170 Query 1177 AGCTCAATTTGACAAGGTGACGCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGTGCAGTCTGAAAGACGG 1236 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1171 AGCTCAATTTGACAAGGTGACTCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGTGCAATCTGAAAGACGG 1230 Query 1237 GATCATGCATATAAACGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAACAGGCGAGTTCGACTT 1296 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1231 GATCATGCATATAAATGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAACAGGCGAGTTCGACTT 1290 Query 1297 CTGATCTTGACACTAGT--AATGCTTCTAGGAAAGTCAGAGTCCTTCAAATGTCGGATGT 1354 |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1291 CTGATCTTGACACTAGCGCAATGCTTCTAGAAAAGTCACAGTCCTTCAAATGTCGGATGT 1350 Query 1355 CTTTCTTTGTACCTTATGATTTAGACCGACCTCCGAGTGAGAGACATGATTATTTATGGG 1414 |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1351 CTTTCTTTCTACCTTATGATTTAGACCGACCTTCGAGAGAGAGACATGATTATTTATGTC 1410 Query 1415 AATA-TGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAACAGATTTTTCCGGCCGAAGAAGG 1473 || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1411 AA-AGTGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAACAGATTTTTCTGGCCGAAGAAGG 1469 Query 1474 CTTATCAACTTTGACTTGTTTCATGA 1499 | |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1470 CGTATCAACTTTGACTTGTTTCATGA 1495 > Ahg470774 jgi|Araly1|470774|fgenesh2_kg.1__728__AT1G07470.1 Length=1453 Score = 1971 bits (1067), Expect = 0.0 Identities = 1343/1470 (91%), Gaps = 43/1470 (3%) Strand=Plus/Plus Query 38 tctctg-tct-tctgagttctgtctACGCTTCGT---C-GCCGATCCCGGCCAGACTCCG 91 |||||| ||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||| | |||||||||| Sbjct 8 TCTCTGATCTCTCTGTCTTCTGTCTACGCTTCGTCGCCGGCCGATCTCTCCCAGACTCCG 67 Query 92 TCTTACCGGC-AC-AAACCCTAGATTCCCGGAGGACGAAATTCGTTTTTTCGCCGGA-AC 148 ||||||| | | ||| | |||||||||||||||| |||| | |||||||||||| | Sbjct 68 TCTTACCTCCTCCGAAA-TC-AGATTCCCGGAGGACG-AATTTGGTTTTTCGCCGGAGAT 124 Query 149 TAAATTAAGGAGATTTGAGAGGCT------ATGGGTACAACAACGACAACAAGCGCTGTG 202 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||| Sbjct 125 TAAATTAAGGAGATTTGAGAGGCTGAGAAGATGGGTACAACTACGACAACGAGTGCTGTG 184 Query 203 TATATCCATGTTATCGAGGATGTCGTCAACAAAGTTCGTGAGGAGTTCATTAACAACGGA 262 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| Sbjct 185 TATATTCATGTTATCGAGGATGTCGTCAACAAAGTCCGAGAGGAGTTTATTAACAACGGA 244 Query 263 GGTCCTGGCGAGAGTGTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAA 322 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 245 GGTCCTGGCGAGAGTGTTCTCAGCGAGCTTCAAGGAATTTGGGAGACGAAGATGATGCAA 304 Query 323 GCCGGAGTCTTGAATGGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGTGGT 382 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 305 GCTGGAGTCTTGAATGGACCAATAGAGAGGTCATCGGCTCAGAAGCCAACACCTGGAGGT 364 Query 383 CCACTGACTCATGATTTGAATGTTCCTTATGAAGGTACAGAGGAGTACGAGACTCCCACT 442 ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 365 CCATTGACTCATGATTTGAATGTTCCCTATGAAGGTACAGAGGAGTATGAGACTCCCACT 424 Query 443 GCTGAAATGCTCTTCCCTCCTACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCCGGT 502 |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 425 GCTGAAATGCTCTTTCCTCCGACACCATTGCAGACTCCCCTTCCAACGCCGCTTCCGGGT 484 Query 503 ACTGCTGATAACTCATCCATGTATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATCCCACTCCT 562 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 485 ACTGCTGATAACTCATCCATGTATAACATCCCTACCGGCTCAAGTGATTATACAACTCCT 544 Query 563 GGAACTGAGAATGGAGTCAACATTGATGTTAAAGCAAGACCTAGTCCTTATATGCCACCG 622 ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| Sbjct 545 GGAACTGAGAATGGAGTCAACCTTGATGTTAAAGGAAGACCCAGTCCTTATATGCCACCG 604 Query 623 CCTTCTCCGTGGACTAATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGAT 682 |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 605 CCTTCTCCGTGGGCAAATCCTAGACTTGATGTCAATGTTGCTTATGTGGATGGCCGTGAT 664 Query 683 GAGCCTGAGAGAGGAAACTCTAATCAGCAGTTTACGCAGGATTTATTTGTGCCATCTTCT 742 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 665 GAGCCTGAGAGAGGAAACTCTAACCAGCAGTTTACGCAGGATTTATTTGTGCCATCCTCT 724 Query 743 GGGAAACGAAAACGTGATGATTCATCTGCACACTATCAAAATGGTGGATCTATACCTCAA 802 ||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 725 GGGAAACGAAAACGTGACGATTCTTCTGGACATTATCAAAATGGTGGATCTATACCTCAA 784 Query 803 CAAGATGGTGCAAGCGATGCTATCCCTGAGGCAAACTTTGAATGTGCTGCACTCCGTATA 862 || ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||| | ||||||| ||| Sbjct 785 CAGGATGGTGCAAGCGATACTATTCCTAAGGCAAACTTTGAGTGTGATACACTCCGCATA 844 Query 863 ACCTATGTTGGCGATAGAAAGATCCCACGAGATTTGATT-GGCTCATCATCGAAGATTCC 921 |||| |||||||||||||||| |||||||||| || || |||||||||| |||||||| Sbjct 845 ACCTCTGTTGGCGATAGAAAGGTCCCACGAGACTT-CTTCTGCTCATCATCCAAGATTCC 903 Query 922 CCAAGTTGATGGGCCAATGCCTGACCCGTATGATGAAATGTTGTCCACACCC-AATATAT 980 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||| Sbjct 904 TCAAGTTGATGGGCCAATGCCTGACCCTTATGATGAAATGCTGTCCAC-CCCAAATATAT 962 Query 981 ACAGTTATCAAGGACCCAATGAAGAGTTTAATGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGAAA 1040 |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 963 ACAGTTATCAAGGACCCAGTGAAGACTTTAACGAGGCCAGAACTCCTGCTCCAAACGACA 1022 Query 1041 TCCAAACGAGCACTCCTGTTGCTGTACCAAACGATATCATTGAAGATGATGAAGAGCTGT 1100 ||||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1023 TCCAAACAAGCACTCCTGTTACTGTACAAAACAATATCGTTGAAGATGATGAAGAGCTGT 1082 Query 1101 TGAACGAAGATGATGATGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGCGAGGATATGAACA 1160 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1083 TGAACGAAGATGATGATGATGACGAGTTGGACGACCTAGAAAGTGGCGAGGATATGAACA 1142 Query 1161 CACAACACCTGGTTTTAGCTCAATTTGACAAGGTGACGCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGT 1220 | ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1143 CGCAACATCTGGTTCTAGCTCAATTTGATAAGGTGACTCGCACAAAGAGCAGGTGGAAGT 1202 Query 1221 GCAGTCTGAAAGACGGGATCATGCATATAAACGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAA 1280 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1203 GCAATCTGAAAGACGGGATCATGCATATAAACGATAAGGACATTCTCTTCAACAAAGCAA 1262 Query 1281 CAGGCGAGTTCGACTTCTGATCTTGACACTAGTAATGCTTCTAGGAAAGTCAGAGTCCTT 1340 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||| Sbjct 1263 CAGGCGAGTTCGACTTCTGATCTTGACACTAGAAATGCTTTTAGAAAAGTCACAGTCCTT 1322 Query 1341 CAAATGT-CGGATGTCTTTCTTTGTACCTTATGATTTAGACCGACCTCCGAGTGAGAGAC 1399 ||||||| | | ||||||||||| ||||||| | |||||| ||| | ||| Sbjct 1323 CAAATGTTCAG-TGTCTTTCTTTTTACCTTACGGTTTAGA--GAC-----A-TGA----- 1368 Query 1400 ATGATTATTTATGGGAATA-TGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAACAGATTTT 1458 | | ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1369 -T--T-ATTTATGGGAA-AGTGTACTCTGGTTGGCTTGTTGTACAAAAAGAAAAGATTTT 1423 Query 1459 TCCGGCCGAAGAAGGCTTATCAACTTTGAC 1488 ||| | |||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1424 TCCTGTCGAAGAAGGCGTATCAACTTTGAC 1453 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 57592450440 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5