BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G08600.3 Length=4853 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg470924 jgi|Araly1|470924|fgenesh2_kg.1__878__AT1G08600.1 7023 0.0 > Ahg470924 jgi|Araly1|470924|fgenesh2_kg.1__878__AT1G08600.1 Length=4614 Score = 7023 bits (3803), Expect = 0.0 Identities = 4247/4459 (95%), Gaps = 39/4459 (1%) Strand=Plus/Plus Query 391 GAGCAAAATGATGTACTGATGGAAGAAAACAACAATCAGGGTGAGCAAAAAGATGAGGAG 450 |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 184 GAGCAAAAAGATGTACTGATGGAAGAAGACAACAATCAGGCTGAACAAAAAGATGAGGAG 243 Query 451 ATGCAAGATGCTTCTAGTAGATCTGAAAGTTCTGACTTCAATTCAGATGAAGATGAACAA 510 ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | Sbjct 244 ATGCAAGATACTTTTAGTAGATCTGAAAGTTCTGATTTCAATTCAGACGAAGATGAAC-A 302 Query 511 ATT-CTGTCC-CGGCGTGATGATGAGTTGGATCTTGAGAAACCTTTGAGCGAGGAAGAAA 568 ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 303 ATTCCTG-CCGGGGCGTGATGATGAGTTGGATTTTGAGAAACCTCTGAGCGAGGAAGAAA 361 Query 569 TAGATGAGTTAATTTCAGATCTTCTGGCAGTTGAGAGCAAGGCTGCAGAAGCTCAAGAAG 628 |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 362 TAGAAGAGTTAATTTCAGATCTTCTGGGAGTTGAGAGCAAGGCTGCAGAAGCTCAAGAAG 421 Query 629 CACTCGAAAAGGAGTCTCTTTCTAAAGTAGAGAGTGAAGTTAGGGAGGAATTAGCACAAG 688 |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 422 CACTTGAAAAGGAGTCTCTTTCTAAGGTAGAGAGTGAAGTTAGGGAGGAATTAGCACAAG 481 Query 689 CACTCCGTGGTGATGAGTTGGATGAAGCTGTTGCTGCTGAAATGATGACTTTTAAAGACG 748 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 482 CACTCCGTGGTGATGAGTTGGATAAAGCTGTTGCTGCTGAAATGGTGACTTTTAAAGACG 541 Query 749 AATGGGAGGCAACTCTTGATGAGCTTGAAACAGAAAGTGCAAC-CTTGTTGGAGCAACTT 807 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| Sbjct 542 AATGGGAGGCAAATCTTGATGAGCTTGAAACAGAAAGTGC-ACACTTGTTGGAGCAACTT 600 Query 808 GATGGTGCTGGAATCGAGCTTCCAAAATTGTACGAAATGATAGAAAGTCAAGCCCCTAAT 867 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 GATGGTGCTGGAATCGAGCTTCCAAAATTGTACGAAATGATAGAAAGTCAAGCCCCTAAT 660 Query 868 GGTTGCTACACTGAAGCTTGGAAGCAAAGAGCCCATTGGGTTGGTACTCAGGTGACAAAA 927 |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 GGTTGCTATACTGAAGCTTGGAAACAAAGAGCCCACTGGGTTGGTACTCAGGTGACAAAA 720 Query 928 GAAACTGTGGAATCATTGGCTAACGCTGAGAGGTTTCTGCACACTCATCGGCCTGTCCGA 987 ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 721 GAAACTGGGGAATCATTAGCTAACGCTGAGAGGTTTCTTCAAACTCATCGGCCTGTCCGA 780 Query 988 AAACGACATGGAAAACTTTTGGAGGAGGGAGCTAGTGGTTTTCTGGAGAAAAAA-CTCGC 1046 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || Sbjct 781 AAACGACATGGAAAACTTTTGGAGGAGGGAGCTAGTGGTTTTCTGGA-AAAAAAGTTAGC 839 Query 1047 TGATGGTGCTGTTAAAGAATCTCTAGCTGGAACATCTGAGCTTGACTGGTCGTCTCTAAA 1106 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 840 TGATGGTGATGTTAAAGAATCTCTAGCTGGAACATCTGAGCTTGAGTGGTCGTCTCTAAA 899 Query 1107 CAAAGTGTTTTCGGAAAAAAGGGATGAGTCTG-TTTCCTTTGGTAGTAAGCAGTGGGCTT 1165 |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 900 CAAAGTGTTTTCGGAAAAAAGGGACGAGTC-GATTTCCTTTGGTAGTAAGCATTGGGCTT 958 Query 1166 CTGTTTACTTGGCAAGCACTCCACACCAAGCTGCAGCCATGGGATTAGAATTTCCAGGAG 1225 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 CTGTTTACTTGGCAAGCACTCCACACCAAGCTGCAGCCATGGGATTAGAATTTCCAGGAG 1018 Query 1226 TCAATGAGGTGGAGGAAATTGAAGAGATTGATGCAAGCTTAGCAGACCCATTTTTAGCTG 1285 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1019 TCAACGAGGTGGAGGAAATTGAAGAGATTGATGCAAGCTTGGCAGACCCATTTTTAGCTG 1078 Query 1286 ATGCAATTGACAACGAAAGAGAACTTGCCCTTACTGAAGAACAAAAGACAAATTATATAA 1345 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 ATGCAATTGACAACGAACGAGAACTTGCCCTTACTGAAGAACAAAAGACAAATTATATAA 1138 Query 1346 GGGTCAAAGAAGAGGATGATATAACTTGTGATCGTGTACTTCAACTTCGTTTGAAACGGA 1405 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1139 GGGTCAAAGAAGAGGATGATATAAATTGTGATCGTGAACTTCAACTTCGTTTGAAACGGA 1198 Query 1406 AAAGACGCAAGAAAAGATCTAAACAGGTTATTAGGTGTGCGGCAGAGAATATGGATGATG 1465 | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | Sbjct 1199 AGAGACGCAAGAAAAGATCTAAACAGGTTATCAGGTGTGCTGCAGAGAATATGGATGACG 1258 Query 1466 ATTCTGTGTATTTGGATGGGAATAATACTACCCCAAATTTTGCCAAAGATCAAGTGAAAA 1525 ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 1259 ATTCTGTGTATTTGGATGGGAATTATATTGCCCCAAATTTGGCCAATGATCAAGTGAAAA 1318 Query 1526 GTCCGGAGACTAGCACTCAAGTTCATAATAGTGAAGTCAACATAGAGGAAAACGGGAATT 1585 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| Sbjct 1319 GTCCGGAGACTAGCACTCAAGTTCATAATAATGAAGTCAACAAAGAGGGAAACGGGAATT 1378 Query 1586 TTTCTAATTCAGATGTAGATAAGATGACCCCCAGCACACATATTAATGTAGATGCCAAGA 1645 | |||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||| ||||||||| ||| || Sbjct 1379 TGTCTAATTCAGATGTAGATAAGATGGTCTCCAGCCCAAATATAAATGTAGATACCATGA 1438 Query 1646 GAGATGATTCACAGAATCCAGCAAACAATTTTAGGTGTACTGCCTGTAATAAAGTAGCTG 1705 ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1439 GAGATGATTCACAGAATCCAGCAAACAGTTTTATGTGTACTGCCTGTAATAATGTAGCTG 1498 Query 1706 TGGAAGTGCATAGTCATCCCCTTTTAGAAGTAATAGTTTGCATGGATTGCAAACGTTCAA 1765 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1499 TGGAAGTGCATAGTCATCCCCTTTTAGAAGTAATAGTTTGCATGGATTGCAAACGTTCAA 1558 Query 1766 TTGAAGATAGAGTTTCTAAGGTTGATGACTCTTTGGAACGTCATTGTGAATGGTGTGGTC 1825 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1559 TTGAAGATAGAGTTTCTAAGGTTGATGACTCTTTGGAACGTCATTGTGAATGGTGTGGTC 1618 Query 1826 ATATTGCTGACTTAATAGATTGTAGGACATGCGAAAAACTTTTCTGTGCATCATGTATAA 1885 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 ATATTGCTGACTTAATAGATTGTAGGACATGCGAAAAACTTTTCTGTGCATCATGTATAA 1678 Query 1886 AGAGGAATATTGGTGAAGAATACATGTCTGAAGCTCAATCCTCTGGTTGGGATTGTTGTT 1945 ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1679 AGAGGAATATTGGTGAAGAATACTTGGCTGAAGCTCAATCCTCTGGCTGGGATTGTTGTT 1738 Query 1946 GTTGCTCTCCAATTCCCTTGCAAAGATTGACACTGGAACTGGAGAAAGCTATGAGAGATA 2005 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1739 GTTGCTCTCCAATTCCCTTGCAAAGATTGACACTGGAACTGGAGAAAGCCATGAGAGATA 1798 Query 2006 AAAAGTCAATAGAATTGAGCTCTGATTCGAGTTCTGATTCCAGCTCTGATAACAATTCTG 2065 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1799 AAAAGTCAATAGAATCGAGCTCTGATTCGAGTTCTGATTCCAGCTCTGATAACAATTCTG 1858 Query 2066 TTGATACAGATGCTGATGTCAATGTAACAATCAGCTCAAAGAAGAAATCGAAAAAGAAAA 2125 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 TTGATACAGATGCTGATGTCAATGTAACAATCAGCTCAAAGAAGAAATCGAAAAAGAAAA 1918 Query 2126 TTCGGCGGATAATCGATGACGCTGAACTAGGGAAAGATACGAGAACAAAGATTGCAATCG 2185 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | Sbjct 1919 TTCGGCGGATAATCGATGACGCTGAACTAGGGAAAGATACGAGAACAAAAATTGCAATTG 1978 Query 2186 AAAAGGCACGACAGGAGCGCCTTAGGTCCTTGCAGTTTTCTGCCAGATACAAAACAATTA 2245 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1979 AAAAGGCACGACAGGAGCGCCTTAGGTCCTTGCAGTTTTCTGCCAGATACAAAACAATTA 2038 Query 2246 GCTCTATGGGAGACGTGAAATCTATTCCAGAAGGTGCGGAAGTTGAGGTTCTTGGTGATG 2305 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2039 GCTCTATGGGAGACGTGAAATCTATTCCAGAAGGTGCGGAAGTTGAGGTTCTTGGTGATG 2098 Query 2306 CTCACAGTGGTTACATAGTGAATGTGGTTAGGGAGATTGGTGAAGAAGCTGTGAGGGTTC 2365 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2099 CTCACAGTGGTTACATAGTGAATGTGGTTAGGGAGATTGGTGAAGAAGCTGTGAGAGTTC 2158 Query 2366 CTCGTAGCATATCTGCCAAACTAAAAGTCCATCAGGTAACAGGGATAAGATTTATGTGGG 2425 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2159 CTCGTAGCATATCTGCCAAACTAAAAGTCCATCAGGTAACAGGGATAAGATTTATGTGGG 2218 Query 2426 AAAATATTATTCAGTCTATCAGCAGAGTCAAGTCTGGTGATAAAGGTCTTGGTTGCATTC 2485 |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2219 AAAATATTATACAGTCTATCAGCAGAGTGAAGTCTGGTGATAAAGGTCTTGGGTGCATTC 2278 Query 2486 TAGCACATACAATGGGCCTGGGCAAAACTTTTCAGGTTATAGCATTCCTGTACACCGCAA 2545 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| Sbjct 2279 TAGCACATACAATGGGCCTGGGCAAAACTTTTCAGGTTATAGCGTTCCTGTACACTGCAA 2338 Query 2546 TGAGATGTGTTGATTTAGGG-TTGAAAACTGCTCTTATTGTGACTCCTGTAAATGTGTTG 2604 |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2339 TGAGATGTGTTGATTT-GGGATTGAAAACTGCTCTTATCGTGACTCCTGTAAATGTGTTG 2397 Query 2605 CACAATTGGCGAAGTGAGTTTGAGAAGTGGATGCCTTCAGAAGTGAAACCGCTTCGCATT 2664 |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2398 CACAATTGGCGAAGTGAGTTTGTGAAGTGGGGGCCTTCAGAAGTGAAACCACTTCGCATC 2457 Query 2665 TTTATGCTTGGAGATGTTTCAAGGGAGAGAAGATTTGATTTGCTAACAAAGTGGCGAAAG 2724 || ||| ||| ||| |||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| Sbjct 2458 TTCATGATTGAAGACGTTTCAAGGGAGAGGAGATTGGACTTGTTAACAAAGTGGCGAAAT 2517 Query 2725 AAGGGTGGAGTCTTTTTGATGGGATATACAAATTTTAGAAACCTGTCTCTTGGGAGGGGG 2784 |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2518 AAGGGTGGAGTCTTTTTGATTGGATATACAAAATTTAGAAACCTGTCTCTTGGGACGGGG 2577 Query 2785 GTGAAGGACTTAAATGCGGCCAGAGGGATCTGTAATGCCTTGAGGGATGGACCTGATATA 2844 ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2578 GTGAAGGACTTAAGTGCTGCCAGAGAGATCTGTAAGGCCTTGAGGGATGGACCTGATATA 2637 Query 2845 CTTGTTTGCGACGAGGCTCACATCATTAAGAACACCAAGGCTGACACAACGCAAGCATTG 2904 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| Sbjct 2638 CTTGTTTGCGACGAGGCTCACATCATTAAGAACACCAGGGCTGACACAACACAAGCATTG 2697 Query 2905 AAGCAAGTTAAATGCCAGAGAAGAATTGCCTTAACTGGCTCACCCCTTCAAAACAATCTC 2964 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2698 AAGCAAGTTAAATGCCAGAGAAGAATTGCCTTAACTGGCTCACCCCTTCAAAACAATCTT 2757 Query 2965 ATGGAGTATTATTGTATGGTTGATTTTGTGAGAGAAGGATTCTTGGGAAGTAGCCCTGAG 3024 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2758 ATGGAGTATTATTGTATGGTTGATTTTGTGAGAGAAGGATTCTTGGGAAGTAGCCCTGAG 2817 Query 3025 TTTAGAAACCGCTTCCAAAATCCAATAGAAAACGGACAGCATATGAATTCAACTGCGGAG 3084 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2818 TTTAGAAACCGATTCCAAAATCCAATAGAAAACGGACAGCATATGAATTCAACTGCGGAG 2877 Query 3085 GATGTAAAAATTATGAACCAGAGGTCACACATTCTGTATGAGCAATTGAAAGGTTTTGTG 3144 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2878 GATGTAAAAATTATGAACCAGAGGTCACACATTCTGTATGAGCAATTGAAAGGTTTTGTG 2937 Query 3145 CAAAGAATGGATATGAATGTGGTGAAAAAGGATCTGCCACCTAAAACAGTCTTCGTAATA 3204 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2938 CAACGAATGGATATGAATGTGGTGAAAAAGGATCTGCCACCTAAAACAGTCTTCGTAATA 2997 Query 3205 TCTGTCAAGCTATCTCCCTTGCAACGGATATTGTATCAGAGATTTCTTGAGCTTTATGGG 3264 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2998 TCTGTCAAGCTATCTCCCTTGCAACGGAAATTGTATAAGAGATTTCTTAAGCTTTATGGG 3057 Query 3265 TTCAGCGATGGAAGAACAGATGAAAGGATGAGAAAAAACTTTTTTGCTGCTTACCAGGTC 3324 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 3058 TTCAGCGATGGAAGAACAGATGAAAGGATGAGAAAAAACTTTTTTGCTGCCTACCAGGTC 3117 Query 3325 TTGGCTCAGATTTTGAATCATCCAGGGATTCCGCAATTAAGAAGTGAAGATAGCAAGAAT 3384 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3118 TTGGCTCAGATTTTGAATCATCCAGGGATTCCGCAATTAAGAAGTGAAGATAGCAAGAAT 3177 Query 3385 GGTCGTCGTGGTAGCATTGTTGATATTCCAGATGACTGTTCAAGTGATGAAAATATAGAC 3444 || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3178 GGGCGCCGTGGTAGCATTGTTGATATTCCAGATGACTGTTCAAGTGATGAAAATATAGAT 3237 Query 3445 TACAACATGGTTACAGGAGAGAAACAGAGAACTATGAATGATCTGCAGGATAAAGTTGAT 3504 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 3238 TACAACATGGTTACAGGAGAAAAACAGAGAACTATGAATGATTTGCAGGATAAAGTTGAT 3297 Query 3505 GGATACCTCCAGAAGGATTGGTGGGTCGACCTACTTCaaaaaaaTAATTATAAGGTGTCG 3564 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3298 GGATACCTCCAGAAGGATTGGTGGGTCGACCTACTTCAAAAAAATAATTATAAGGTGTCG 3357 Query 3565 GACTTCAGTGGCAAAATGATTCTGCTATTGGATATTTTATCTATGAGTGCTGATGTGGGG 3624 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 3358 GACTTTAGTGGCAAAATGATTCTGCTATTGGATATTTTATCCATGAGTGCTGATGTGGGG 3417 Query 3625 GATAAGGCGCTTGTGTTTAGCCAGAGTATCCCGACATTGGATCTCATAGAACTTTATCTT 3684 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3418 GATAAAGCGCTTGTGTTTAGCCAGAGTATCCCGACATTGGATCTCATAGAACTTTATCTT 3477 Query 3685 TCAAGAGTACCTCGGCATGGGAAACAAGGAAAGTTCTGGAAAAAGGGGAAAGACTGGTAT 3744 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 3478 TCAAGAGTACCTCGGCATGGGAAACAAGGAAAGTTCTGGAAAAAGGGAAAAGACTGGTAT 3537 Query 3745 AGAATTGATGGAAAAACTGAAAGCTCAGAACGCCAGAAGTTGGTTGATAGGTTTAATGAG 3804 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3538 AGAATTGATGGAAAAACTGAAAGCTCAGAACGCCAGAAGTTGGTTGATAGGTTTAATGAG 3597 Query 3805 CCTGACAACAAAAGAGTGAAATGTACACTAATTTCAACCAGAGCGGGATCCCTTGGAATT 3864 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3598 CCTGACAACAAAAGGGTGAAATGTACACTAATTTCAACCAGAGCGGGATCCCTTGGAATT 3657 Query 3865 AACCTTTATGCTGCTAACCGTGTGATCATCGTCGATGGTTCATGGAATCCAACCTATGAT 3924 || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3658 AATCTTTATGCTGCTAACCGTGTGATCATTGTTGATGGTTCATGGAATCCAACCTATGAT 3717 Query 3925 CTTCAAGCTATATTTCGAGCTTGGAGGTATGGCCAAAAGAAGCCCGTATTTGCGTACAGA 3984 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 3718 CTTCAAGCTATATTTCGAGCTTGGAGGTATGGCCAAAAGAAGCCAGTATTTGCGTACAGA 3777 Query 3985 TTGATGGCACGTGGGACTATTGAAGAAAAAATATATAAACGTCAGGTAACCAAGGAAGGG 4044 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3778 TTGATGGCACGTGGGACTATTGAAGAAAAAATATATAAACGTCAGGTAACCAAGGAAGGG 3837 Query 4045 CTAGCTGCGAGAGTAGTGGATAGACAACAAGTGCACAGGACTATCTCCAAAGAAGAGATG 4104 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3838 CTAGCTGCGAGAGTAGTGGATAGACAACAAGTGCACAGGACTATCTCCAAAGAAGAGATG 3897 Query 4105 TTACATCTTTTTGAATTTGACGATGATGATGAAAAATCTGAAGCCGTAACTGAGATAAGC 4164 || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| Sbjct 3898 TTGCATCTTTTTGAATTTGACGATGATGATGAGAAATCCGACGCGGTAACTGAGATAAGC 3957 Query 4165 AAGCAAAATGAAGCGGGACATAGCAATCTGGTGGAGCAAG-CAATCTTGTGGACAAAGAA 4223 |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || || | | ||| ||| Sbjct 3958 AAGCAAAATGAAGCGGCACAAAGCAATCTGGTGGAT-AATTCA--CA-GAA-ACA--GAA 4010 Query 4224 GGCCACTTTATCTCGTGTTGGTGGCGACAAATTGATGGAGAACTTACTACAGAGACACGG 4283 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 4011 GGCCACTTTATCTCGTGTTGGTTGCGACAAATTGATGGAGAACTTACTACAGAGACATGG 4070 Query 4284 CCCCAACTGGATTTCCAGTTTCCATGAGCACGAGACATTGCTACAAGAGAATGAAGAAGA 4343 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4071 CCCGAACTGGATTTCCAGTTTCCATGAGCACGAGACATTGCTACAAGAGAATGAAGAAGA 4130 Query 4344 AAGACTGACAAAGGAAGAAAAAGACATGGCCTGGGAAGTTTATAGGAGAGCACTTGAGTG 4403 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 4131 AAGACTGACAAAGGAAGAAAAAGACATGGCCTGGGAAGTTTACAGGAGAGCGCTTGAGTG 4190 Query 4404 GGAGGAAGTTCAACGGGTCCCATTCAGTGAATCTCCAGTGGTTCCAAAACCTTCTCCTTC 4463 ||||||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4191 GGAGGAAGTTCAACGTGTCCCACTGAGCGAATCTCCAGTGGTTCCAAAACCTTCTCCTTC 4250 Query 4464 CACACAAACAGAGCCCTTGCCCCAGCCAAAGGGGTTCAACAGGAGTCGTTTTGTAAACCG 4523 || ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 4251 CATACAAACAGAACCCTTACCCCAGCCAAAGGGGTTCAACAGAAGTCGTTTTGTGAACCG 4310 Query 4524 CAACTGCACTAGAATCGCGCACCAGCTTACACTCATAAGCCAAGGATTAAAAGTCGGCAG 4583 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || Sbjct 4311 CAACTGCACTAGAACCGCGCACCAGCTTACACTCATAAGCCAAGGAAGAAAAGTTGGTAG 4370 Query 4584 CAGCACAGTCTGTGGGGAGTGTGGGCGCGTCATAAGGTGGGAAGATGTTATACCCGCATC 4643 |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4371 CAGCACGGTCTGTGGGGAGTGTGGGCGCGTCTTAAGGTGGGAAGATGTTATACCCGCATC 4430 Query 4644 CAAACTTTCAGCGGTAATTGTAAACTAA-ATA-GAACATTGCAAAAATGTTGAGTTCATT 4701 ||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 4431 CAAACTTTCAGCGGTAAAC-TAAA-TAGTATATGAACATTGCAAAATTGGTGAGTTCATT 4488 Query 4702 TTTCCTTCTTTTAAATTATGAGACTGA-ACCAAAATTTATGGGAATAGTAACATTTGAAA 4760 ||||||| ||| ||| | | |||| || ||| || | ||||||||||| | Sbjct 4489 TTTCCTT-TTTAAAAAAAA-AT-CTGAGACTGAAA---AT---A---GTAACATTTGAGA 4536 Query 4761 CTCCCTTCAGATTAGATG-TGAGTTATAATGTAACTCAGGGCGTTTGGTAGGAGCATGTT 4819 ||||||| |||||| || ||||||| | | ||| |||||||||||| |||| ||||||| Sbjct 4537 CTCCCTTTAGATTAT-TGATGAGTTAGATTATAAATCAGGGCGTTTGTTAGGGGCATGTT 4595 Query 4820 GAAATTTGTAATGACACCT 4838 ||||||||||||| ||||| Sbjct 4596 GAAATTTGTAATGGCACCT 4614 Score = 191 bits (103), Expect = 5e-47 Identities = 168/197 (85%), Gaps = 13/197 (7%) Strand=Plus/Plus Query 254 TGAAGGGAAAAA-TTGAAAAGCTAGAGGGAAAGGAGGTTATTGTGGAGTCAAAAGAGGAT 312 |||| ||||||| |||| |||||||| |||||||| || ||| ||| ||||||||||| Sbjct 8 TGAA-GGAAAAAGATGAAGTGCTAGAGGAAAAGGAGGATACTGTCGAGGCAAAAGAGGAT 66 Query 313 GAGATGGATATAATAATA---GAAGAAA-ATAGGGAAGCAGAACAGGAGGTAATGGAGGT 368 |||||||||||||||||| ||||||| | | ||| || | || | || ||||| Sbjct 67 GAGATGGATATAATAATAGCTGAAGAAAGA-ATGGAGGC--CA-AGCTTG-AA--GAGGT 119 Query 369 GAAAGCAAGAGATGGAAGAGGGGAGCAAAATGATGTACTGATGGAAGAAAACAACAATCA 428 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 GAAAGCAAGAGATGAAAGAGGGGAGCAAAATGATGTACTGATGGAAGAAAACAACAATCA 179 Query 429 GGGTGAGCAAAAAGATG 445 || |||||||||||||| Sbjct 180 GGCTGAGCAAAAAGATG 196 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 183665847298 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5