BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G09010.1 Length=3025 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg919647 jgi|Araly1|919647|scaffold_100928.1 4549 0.0 > Ahg919647 jgi|Araly1|919647|scaffold_100928.1 Length=2879 Score = 4549 bits (2463), Expect = 0.0 Identities = 2732/2865 (95%), Gaps = 6/2865 (0%) Strand=Plus/Plus Query 92 ACTAAAATGGCGGAGATCGGGAAGACGGTGTTAGATTTCGGCTGGATAGCGGCGAGATCC 151 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 16 ACTAAAATGGCGGAGATCGGGAAGACGGTGTTAGATTCCGGCTGGATAGCGGCGAGATCC 75 Query 152 ACGGAGGTCGATGTCAACGGCGTTCAGCTCACTACCACCAATCCTCCGGCCATCAGTTCC 211 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| Sbjct 76 ACGGAGGTCGATGTCGACGGCGTTCAGCTCACTACCACCAATCCTCCGGCTGTCAGCTCC 135 Query 212 GAATCTCGGTGGATGGAAGCCGCCGTACCTGGAACTGTATTGGGCACATTGGTGAAAAAC 271 |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||| Sbjct 136 GAATCTCGGTGGATGGAAGCCGTCGTCCCTGGAACTGTTTTGGGCACTTTGGTCAAAAAC 195 Query 272 AAAGCAATTCCGGATCCTTTTTATGGACTTGAAAATGAAGCGATCACAGATATTGCCGAT 331 ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 196 AAAGCTATTCCGGATCCCTTCTATGGACTTGAAAATGAAGCTATCACAGATATTGCCGAT 255 Query 332 TCCGGAAGGGACTACTACACTTTCTGGTTCTTCACTAAATTCCAATGTCAAAGGTTATTG 391 |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||| Sbjct 256 TCCGGAAGGGACTATTACACTTTCTGGTTCTTCACCAATTTCCAATGTAAAAGGTTGTTG 315 Query 392 AATCAATACGTGCATTTGAA-TTTCCGTGCCATCAACTACTCTGCACAAGTGTTTGTAAA 450 ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||| Sbjct 316 AATCAATACGTGCATCTGAACTTT-CGTGCCATCAACTACTCTGCGGAAGTGTATGTAAA 374 Query 451 TGGCCACAAGACAGAGCTTCCCAAAGGGATGTTTCGCAGACATACACTTGACGTCACTGA 510 ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 375 TGGTCACAAGACAGTGCTTCCCAAAGGGATGTTTCGCAGACATACACTTGACGTCACTGA 434 Query 511 TATTCTCCATCCTGAGAGCAATTTACTTGCTCTTATTGTTCATCCCCCAGATCATCCTGG 570 |||||| | |||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 435 TATTCTGCGTCCTGAGAACAATTTGCTTGCTGTTATTGTTAATCCCCCAGATCATCCTGG 494 Query 571 GACTATACCTCCCGAGGGAGGCCAAGGTGGTGATCATGAGATTGGAAAAGATGTAGCTGC 630 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 495 GACTATACCTCCCGAGGGAGGCCAAGGTGGTGATCACGAGATTGGAAAAGATGTAGCTGC 554 Query 631 ACAGTATGTGCAAGGTTGGGACTGGATTTGTCCAATAAGGGACCGGAATACTGGCATATG 690 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 555 ACAGTATGTGGAAGGTTGGGACTGGATTTGTCCAATAAGGGACCGGAATACCGGCATATG 614 Query 691 GGATGAAGTGTCAATATCTGTCACCGGGCCTGTAAGAATAATTGATCCCCATTTGGTCTC 750 |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 615 GGATGAAGTGTCAATATCTGTCACTGGGCCAGTAAGAATAATTGATCCCCATTTGGTCTC 674 Query 751 AACCTTCTTTGACGATTACAAGAGAGCTTACTTGCATGTGACTGCTGAACTGGAAAACAA 810 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 675 AACCTTCTTTGACGATTACAAGAGAGCTTACTTGCATGTGACTGCTGAACTGGAAAACAA 734 Query 811 AAGCACATGGAATACTGAATGTTCTGTGAATATTCAAATAACAGCCGAACTCGAAAACGG 870 ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | Sbjct 735 AAGCACATGGAATGCTGACTGTTCTGTGAATATTCAAATAACAGCCGAACTTGAAAACAG 794 Query 871 TGTCTGTTTAGTAGAGCATCTTCAGACAGAGAATGTTTTGATCCCTGCTCAAGGACGTAT 930 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 795 TGTCTGTTTAGTAGAGCATCTTCAGACAGAGAATGTTTTGATCCCTGCTCAAGGACGTAT 854 Query 931 TCAGCACACATTTAAACCACTCTATTTCTATAAACCTGAATTGTGGTGGCCCAACGGGAT 990 |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 855 TCAGCACACATTTAAACCGCTCTTTTTCTATAAACCTGAATTGTGGTGGCCCAACGGGAT 914 Query 991 GGGAAAGCAAAACCTTTATGACATCTTGATCACTGTTGTTGTGAATGAATTCGGAGAATC 1050 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| Sbjct 915 GGGAAAGCAAAACCTTTATGACATCTTGATCACTGTTGATGTGAAAGAATTCGGGGAATC 974 Query 1051 TGATTCGTGGATGCAGCCATTTGGATTCCGAAAGATTGAGAGTGTTATTGATAGTGTTAC 1110 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || Sbjct 975 CGATTCGTGGATGCAGCCATTTGGATTCCGTAAGATTGAGAGTGATATTGATAGTGTCAC 1034 Query 1111 TGGTGGAAGGCTGTTCAAGATCAACGGAGAGCCGATCTTCATCCGTGGTGGCAATTGGAT 1170 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1035 TGGTGGAAGGCTGTTCAAGATCAATGGAGAGCCGATCTTCATCCGTGGTGGCAATTGGAT 1094 Query 1171 ACTATCAGATGGACTGTTACGTCTCTCTAAAGAACGTTACAGAACCGACATAAAATTCCA 1230 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1095 ACTATCAGATGGACTGTTACGCCTCTCTAAAGAACGTTACAGAACCGACATAAAGTTCCA 1154 Query 1231 TGCAGATATGAACATGAACATGATCCGTTGCTGGGGCGGTGGGTTGGCTGAAAGGCCAGA 1290 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1155 TGCAGATATGAACATGAACATGATCCGTTGCTGGGGCGGTGGGTTGGCTGAAAGGCCAGA 1214 Query 1291 GTTTTATCACTTTTGTGATATCTACGGCTTGTTGGTGTGGCAAGAGTTTTGGATCACTGG 1350 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1215 GTTTTATCACTTTTGTGATATCTACGGTTTGTTGGTCTGGCAAGAGTTTTGGATCACTGG 1274 Query 1351 CGATGTTGATGGAAGAGGTGTTCCAGTATCAAATCCGAATGGACCACTAGACCATGAATT 1410 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || Sbjct 1275 AGATGTTGATGGAAGAGGTGTTCCAGTATCAAATCCGAACGGACCACTAGACCATGACTT 1334 Query 1411 ATTCCTCTTATGTGCTCGTGATACTGTCAAACTTCTGAGAAACCATCCAAGCCTGGCTCT 1470 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1335 ATTCCTCTTATGTGCTCGTGATACTGTCAAACTTTTGAGAAACCATCCAAGCCTAGCTCT 1394 Query 1471 TTGGGTGGGTGGAAATGAACAAGTTCCGCCAAAAGACATAAATGAGGCTCTAAAGCAAGA 1530 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1395 TTGGGTGGGTGGAAATGAACAAGTTCCGCCAAAAGACATAAATGAGGCTCTAAAGGAAGA 1454 Query 1531 CCTTAGGCTTCATTCTTATTTTGAAACCCAATTGTTATCAGACAAAGATTCAGATCCTAG 1590 |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1455 CCTTAGGCTTCACTCTTATTTTGAAACCCAATTATTATCAGACAAGGATTCCGATCCTAG 1514 Query 1591 TGTTTATCTTGACGGTACTAGAGTTTATATTCAAGGATCTATGTGGGACGGCTTTGCAGA 1650 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1515 TGTTTATCTTGACGGTACTAGAGTTTATATTCAAGGATCTATGTGGGACGGTTTTGCAGA 1574 Query 1651 TGGAAAGGGGAACTTCACTGACGGCCCTTATGAGATTCAATACCCTGAAGAtttttttAA 1710 ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1575 TGGAAAGGGAAACTTCACTGATGGCCCTTATGAGATTCAATACCCTGAAGATTTTTTTAA 1634 Query 1711 AGACACATATTACAAGTATGGGTTCAATCCGGAGGTCGGCTCGGTTGGAATGCCAGTTGC 1770 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| Sbjct 1635 AGACACATATTACAAGTATGGGTTCAATCCGGAGGTTGGTTCGGTTGGAATGCCAGTTGC 1694 Query 1771 AGAGACGATAAGAGCGACAATGCCTCCAGAAGGTT-GGACGATTCCTCTGTTCAAAAAGG 1829 ||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| Sbjct 1695 AGATACAATAAGAGCGACAATGCCTCCAGAAGGTTGGGA-GATTCCTCTGTTTAAAAAGG 1753 Query 1830 GTTTGGACGGGTTTATTAAAGAAGTGCCAAATCGAATGTGGGATTATCACAAGTACATTC 1889 |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1754 GTTTGGACGGGTTTGTTGAAGAAGTGCCAAATCGAATGTGGGATTATCACAAGTACATTC 1813 Query 1890 CATATTCTAATCCTGGAAAAGTGCATGACCAGATTCTGATGTACGGTACTCCAGAGAATC 1949 |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1814 CATATTCTAAGCCTGGAAAAGTTCATGACCAGATTCTGATGTACGGTGCTCCAGAGAATC 1873 Query 1950 TCGATGACTTCTGCTTGAAGGCTCAACTGGTAAACTACATTCAGTACAGAGCTCTATTCG 2009 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1874 TCGATGACTTCTGCTTGAAGGCTCAACTGGTAAACTACATTCAGTACAGAGCTCTATTCG 1933 Query 2010 AGGGTTGGAGTTCGCAAATGTGGACGAAGTACACGGGTGTCTTGATCTGGAAGAACCAAA 2069 |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1934 AGGGCTGGAGTTCACAAATGTGGACGAAGTACACGGGTGTCTTGATCTGGAAGAACCAAA 1993 Query 2070 ATCCATGGACTGGTCTCAGAGGTCAATTCTACGATCATCTTCTCGACCAAACAGCCAGTT 2129 ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1994 ATCCATGGACTGGTCTCAGAGGTCAGTTCTACGACCATCTTCTAGACCAAACAGCCAGTT 2053 Query 2130 TCTATGGCTGCCGTTCCGCTGCAGAGCCAGTCCATGTACAATTGAACCTGGCAAGTTACT 2189 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| Sbjct 2054 TCTACGGCTGCCGTTCCGCTGCAGAGCCAGTCCATGTCCAATTGAACCTGGCGAGTTACT 2113 Query 2190 TTGTTGAGGTTGTAAACACGACTTCTAAAGAGCTGTCGGATGTGGCAATAGAGGCATCAG 2249 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2114 TTGTTGAGGTTGTAAACACGACTTCTAAAGAGCTATCGGATGTGGCGATAGAGGCATCAG 2173 Query 2250 TATGGGACCTAGACGGGAACTGCCCATACTATAAAGTGTTTAAAATTGTCTCTGCCCCAC 2309 |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || | Sbjct 2174 TATGGGACCTAGACGGGAACTGCCCATACTTTAAATTGTTTAAAATTGTCTCTGCACCGC 2233 Query 2310 CAAAGAAAGTTGTGAAAATATCGGAATTCAAGTATCCGAAAGCAGCAAACCCAAAGCATG 2369 |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| || Sbjct 2234 CAAAGAAAGTTGTGAAAATATCGGAATTCAAGTACCCAAAAGCAGAAAACCCAAAGCCTG 2293 Query 2370 TATATTTCCTTCTTCTCAAACTGTACACTGTCTCAGACAAAGCAGTTATATCCCGGAACT 2429 | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2294 TGTATTTTCTTCTTCTCAAACTGTACAATGTCTCAGACAAAGCAGTTATATCCCGGAACT 2353 Query 2430 TCTACTGGCTGCATCTGCCTGGAAAAAATTACACACTCTTGGAGCCGTACAGGAAGAAGC 2489 |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2354 TCTACTGGCTTCATCTGCCTGGGAAAGATTACACACTCTTGGAGCCGTACAGGAAGAAGC 2413 Query 2490 AAATACCTCTCAAGATCACTTGCAATGCAGTTATGGTGGGTTCAAGATATGAGCTGGAGG 2549 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| Sbjct 2414 AAATACCTCTCAAGATCACTTGCAATGCAGTTATGGTTGGTCCAAAATATGAGCTGGAGA 2473 Query 2550 TCAATGTTCATAACACATCTAGAGCTAACTTAGCCAAAAACGTTGTCCAGGAAGACGAAA 2609 ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2474 TCAATGTCCATAACACATCTAGAGCTGACTTAGCCAAAAACGTTGTCCAGGAAGACGGAA 2533 Query 2610 AACGTGATCTGGGGTTGCTCCAGAAACTCTTTAGTAGATGTGTTGTTTCTGCAGATAGCA 2669 ||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2534 AACACGATTTGGGGTTGCTCCAGAAGCTCTTCAGTAGATGTGTTGTTTCTGCAGATAGCA 2593 Query 2670 ACCGTGGTTTGAAAGTAGTGGAAATGAAGGGATCGGATTCAGGAGTTGCTTTCTTCCTTC 2729 ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2594 ACCGTGGTTTGAAAGTAATGGAAATGAAGGGATCTGATTCAGGAGTTGCTTTCTTCCTTC 2653 Query 2730 GTTTCTCAGTTCACAATGCAGAGACAGAGAAACAAGATACGAGGATTCTACCAGTACACT 2789 |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| Sbjct 2654 GTTTTTCAGTCCACAATGCAGAGACAGAGAAACAAGACACGAGAATTCTGCCAGTTCACT 2713 Query 2790 ACTCAGACAACTATTTCTCACTAGTTCCAGGTGAATCAATGTCTTTTAAGATCTCATTTG 2849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2714 ACTCAGACAACTATTTCTCACTAGTTCCAGGTGAATCAATGTCTTTTAAGATCTCATTTG 2773 Query 2850 CAGCTCCTACAGGCATGAAGAAGTCTCCTCGTGTTATGCTTCAGGGCTGGAACTACCCTG 2909 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2774 CAGCTCCTACAGGCATGAAGAAGTCTCCTCGTGTTATGCTTCAGGGATGGAACTACCCTG 2833 Query 2910 ATAGGTTTAGTGTTTTTGGTTGAGACTA-TTCATGTTTCATGTTT 2953 | ||||||||||| |||||||||||| | || |||| || ||||| Sbjct 2834 ACAGGTTTAGTGTATTTGGTTGAGACAAGTT-ATGTATCGTGTTT 2877 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 114232644755 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5