BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G09770.1
Length=2934
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471078 jgi|Araly1|471078|fgenesh2_kg.1__1032__AT1G09770.1 4796 0.0
> Ahg471078 jgi|Araly1|471078|fgenesh2_kg.1__1032__AT1G09770.1
Length=2866
Score = 4796 bits (2597), Expect = 0.0
Identities = 2768/2852 (97%), Gaps = 5/2852 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGTGAACGATTGAATCTTTTCTTCTTCGTTGGTTCCAACCCTAATCTAGGGTTACTCTCT 60
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGTGTACGATTGAATCTTTTCTTCTTCGTTGGTTCCAACCCTAATCTAGGGTTACTCTCT 60
Query 61 CTCTCGCTTCCTTCTGTTCTTCGTTCTTACCGAGTTCCACGAGCATTAGCTTCAGAGACC 120
|||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 CTCTCGCTTCCTTCTGTTCTTCGTTCTTGCCGA-TTCCACGAGCATTAGCTTCAGAGAAC 119
Query 121 TTGAATTGGAGTGCGGTTGGATCAAAAACAGTTGAGCGAAGATGAGGATTATGATTAAGG 180
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TTGAATTGGAGTGCGTTTGGATCAAAAACAGCTGAGCGAAGATGAGGATTATGATTAAGG 179
Query 181 GAGGTGTTTGGAAGAACACCGAAGATGAGATTCTCAAAGCCGCCGTGATGAAGTATGGTA 240
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GGGGTGTTTGGAAGAACACCGAAGATGAGATTCTCAAGGCCGCCGTGATGAAGTATGGTA 239
Query 241 AGAACCAATGGGCTCGGATCTCGTCTCTTCTCGTTCGTAAGTCTGCTAAACAGTGTAAAG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 240 AGAACCAATGGGCTCGGATCTCGTCTCTTCTCGTTCGTAAGTCGGCTAAACAGTGTAAAG 299
Query 301 CTCGCTGGTACGAGTGGCTCGATCCATCTATCAAAAAGACTGAATGGACCAGAGAAGAAG 360
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CTCGCTGGTACGAGTGGCTCGATCCTTCTATCAAAAAGACTGAATGGACCAGAGAAGAAG 359
Query 361 ATGAGAAGCTTCTACATCTTGCTAAACTTCTGCCTACTCAATGGAGAACTATTGCTCCTA 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 360 ATGAGAAGCTTCTACATCTTGCTAAACTTCTGCCTACTCAGTGGAGAACTATTGCTCCTA 419
Query 421 TTGTGGGTCGTACACCATCTCAATGTCTTGAGAGGTATGAGAAGCTCCTTGATGCAGCAT 480
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TTGTGGGTCGTACACCATCTCAATGCCTTGAGAGGTATGAGAAGCTCCTTGATGCAGCAT 479
Query 481 GCACTAAGGATGAAAATTATGATGCAGCGGATGATCCACGAAAATTACGTCCTGGTGAGA 540
| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 480 GTACTAAGGACGAGAATTATGATGCAGCGGATGATCCACGAAAATTACGACCTGGTGAGA 539
Query 541 TTGATCCGAACCCAGAAGCAAAGCCTGCTCGTCCTGATCCGGTAGACATGGACGAAGATG 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 540 TTGATCCGAACCCAGAAGCAAAGCCTGCTCGTCCTGATCCGGTAGACATGGACGAAGACG 599
Query 601 AGAAAGAAATGCTTTCTGAAGCAAGAGCTAGATTGGCTAACACGAGGGGAAAGAAGGCTA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 600 AGAAAGAAATGCTTTCTGAAGCAAGAGCTAGATTGGCTAACACTAGGGGAAAGAAGGCTA 659
Query 661 AAAGAAAAGCTAGAGAAAAACAACTTGAGGAAGCTAGAAGGCTTGCTTCTCTGCAAAAAA 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AAAGAAAAGCTAGAGAAAAACAACTTGAGGAAGCTAGAAGGCTTGCTTCTCTGCAAAAAA 719
Query 721 GAAGAGAACTAAAAGCAGCTGGGATTGATGGAAGGCATAGGAAAAGAAAGAGAAAGGGAA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GAAGAGAACTAAAAGCAGCTGGGATTGATGGAAGGCATAGGAAAAGAAAGAGAAAGGGAA 779
Query 781 TCGACTATAATGCAGAAATTCCTTTTGAAAAGAGGGCACCTGCGGGATTTTATGATACTG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 780 TCGACTATAATGCAGAAATTCCTTTTGAAAAGAGGGCACCTGCTGGATTTTATGATACTG 839
Query 841 CGGATGAAGATCGTCCTGCTGATCAAGTAAAATTTCCAACTACCATTGAAGAACTTGAAG 900
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 CGGATGAAGATCGTCCTGCTGACCAAGTAAAATTTCCAACTACCATTGAAGAACTTGAAG 899
Query 901 GAAAAAGAAGAGCTGATGTAGAAGCACATTTACGCAAACAAGATGTTGCAAGGAATAAAA 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GAAAAAGAAGAGCTGATGTAGAAGCACATTTACGCAAACAAGATGTTGCAAGGAATAAAA 959
Query 961 TTGCTCAGAGACAGGATGCTCCAGCAGCTATATTGCAAGCAAACAAGCTGAATGATCCGG 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 960 TTGCTCAGAGACAGGATGCTCCAGCAGCTATACTGCAAGCAAACAAGCTGAATGATCCCG 1019
Query 1021 AAGTTGTTAGGAAGAGGTCAAAGCTGATGTTACCACCACCGCAGATTTCAGACCACGAGC 1080
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1020 AAGCTGTTAGGAAGAGGTCAAAGCTGATGTTACCACCACCGCAGATTTCAGACCATGAGC 1079
Query 1081 TAGAAGAAATTGCTAAGATGGGCTATGCCAGTGACCTTCTTGCCGAGAATGAGGAGCTAA 1140
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TAGAAGAAATTGCTAAGATGGGCTACGCCAGTGACCTTCTTGCCGAGAATGAGGAGCTAA 1139
Query 1141 CAGAAGGCAGTGCTGCTACTCGTGCACTTTTGGCAAATTACTCACAAACACCAAGGCAAG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CAGAAGGCAGTGCTGCTACTCGTGCACTTTTGGCAAATTACTCACAAACACCAAGGCAAG 1199
Query 1201 GAATGACACCCATGAGGACACCTCAAAGAACTCCTGCTGGTAAAGGTGATGCTATTATGA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GAATGACACCCATGAGGACACCTCAAAGAACTCCTGCTGGTAAAGGTGATGCTATTATGA 1259
Query 1261 TGGAAGCAGAAAACCTGGCCAGATTAAGAGACTCTCAGACACCTTTGCTAGGAGGAGAAA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TGGAAGCAGAAAACCTGGCCAGATTAAGAGATTCTCAGACACCTTTGCTAGGAGGAGAAA 1319
Query 1321 ATCCTGAGTTGCACCCTTCTGACTTCACTGGGGTCACTCCGAGAAAGAAGGAGATTCAAA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 ATCCTGAGTTGCACCCTTCTGACTTCACTGGGGTCACTCCGAGAAAGAAGGAGATTCAAA 1379
Query 1381 CGCCTAATCCAATGTTGACCCCTTCAATGACTCCTGGTGGTGCTGGTCTTACTCCAAGAA 1440
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CGCCTAATCCAATGTTGACCCCTTCGATGACTCCTGGTGGTGCTGGTCTTACTCCAAGAA 1439
Query 1441 TTGGCTTGACGCCATCAAGGGATGGGTCTTCTTTTTCTATGACACCCAAAGGGACTCCCT 1500
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TTGGCTTGACGCCATCGAGGGATGGGTCTTCTTTTTCTATGACACCCAAAGGGACTCCCT 1499
Query 1501 TCAGGGATGAACTTCACATTAACGAAGACATGGACATGCACGAAAGTGCAAAACTTGAGA 1560
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1500 TCAGGGATGAACTTCACATTAATGAAGACATGGACATGCACGAAAGTGCAAAACTTGAAA 1559
Query 1561 GGCAGAGACGAGAGGAAGCTAGAAGGAGTTTACGCTCTGGTTTGACTGGGCTTCCTCAGC 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GGCAGAGACGAGAGGAAGCTAGAAGGAGTTTACGTTCTGGTTTGACTGGGCTTCCTCAGC 1619
Query 1621 CAAAGAACGAGTACCAAATAGTTGCACAACCTCCTCCTGAGGA-AAGTGAAGAGCCAGAA 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 1620 CAAAGAACGAGTACCAAATAGTTGCACAACCTCCTCCAGAGGACAA-TGAAGAGCCAGAA 1678
Query 1680 GAGAAAATTGAGGAAGACATGTCAGACAGGATAGCGAGGGAAAAGGCGGAGGAAGAAGCA 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1679 GAGAAAATTGAGGAAGACATGTCAGACAGGATAGCAAGGGAAAAGGCTGAGGAAGAAGCA 1738
Query 1740 AGACAACAGGCATTGCTTAAGAAGAGATCCAAGGTCTTGCAGAGAGATCTTCCTAGACCC 1799
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AGACAACAAGCATTGCTTAAGAAGAGATCCAAGGTCTTGCAGAGAGATCTTCCTAGACCC 1798
Query 1800 CCAGCTGCTTCATTGGCAGTAATTAGGAACTCGTTGCTTTCAGCTGATGGAGACAAAAGT 1859
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 CCAGCTGCTTCATTGGAAGTAATTAGGAACTCGTTGCTTTCAGCTGATGGAGACAAAAGT 1858
Query 1860 TCTGTTGTTCCTCCTACTCCGATTGAGGTTGCAGATAAAATGGTAAGAGAGGAGCTTCTA 1919
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1859 TCTGTTGTTCCTCCTACTCTGATTGAGGTTGCAGATAAAATGGTCAGAGAGGAGCTTCTA 1918
Query 1920 CAGTTGCTGGAGCATGATAATGCAAAGTATCCGCTTGATGACAAAGCTGAGAAGAAGAAA 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1919 CAGTTGCTGGAGCATGATAATGCAAAGTATCCGCTTGATGAGAAAGCTGAGAAGAAGAAA 1978
Query 1980 GGAGCCAAGAACCGTACCAACCGTTCTGCTTCTCAAGTTCTTGCAATTGACGATTTTGAT 2039
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 GGAGCCAAGAACCGTACCAACAGTTCTGCTTCTCAAGTTCTTGCAATTGACGATTTTGAT 2038
Query 2040 GAAAATGAGCTCCAAGAGGCTGACAAAATGATAAAGGAGGAGGGGAAGTTTCTGTGTGTG 2099
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2039 GAAAATGAACTCCAAGAGGCTGACAAAATGGTAAAGGAGGAGGGGAAGTTTCTTTGTGTG 2098
Query 2100 TCAATGGGACATGAGAACAAGACACTTGATGATTTTGTAGAAGCTCACAACACATGCGTG 2159
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TCAATGGGACATGAGGACAAGTCACTTGATGATTTCGTAGAAGCTCACAACACATGCGTG 2158
Query 2160 AATGATCTCATGTATTTCCCCACTCGAAGCGCTTACGAGCTCTCAAGTGTTGCTGGGAAC 2219
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 AATGATCTCATGTACTTCCCCACTCGAAGTGCTTACGAGCTCTCAAGTGTTGCTGGGAAC 2218
Query 2220 GCGGACAAAGTTGCAGCTTTTCAGGAGGAGATGGAGAATGTGAGAAAAAAGATGGAGGAG 2279
||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2219 GCGGACAAAGTTGCAGCATTGCAGGTGGAGATGGAAAATACAAGAAAAAAGATGGAGGAG 2278
Query 2280 GATGAGAAGAAGGCAGAACACATGAAGGCCAAGTACAAAACTTATACAAAGGGTCATGAG 2339
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 GATGAGAAGAAGGCAGAACACATGAAGGCCAAGTATAAAACTTATACAAAGGGTCATGAG 2338
Query 2340 AGGAGGGCAGAGACCGTGTGGACCCAAATAGAGGCGACATTGAAGCAGGCTGAGATTGGT 2399
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||| ||||||||||
Sbjct 2339 AGGAGGGCAGAGACTGTGTGGACCCAAATAGAGGCTACTTTAAAGCAGATTGAGATTGGT 2398
Query 2400 GGAACAGAAGTAGAGTGCTTTAAAGCATTGAAGAGGCAAGAAGAGATGGCTGCATCTTTT 2459
||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 GGAACAGAAGTTGAGTGCTTCAATGCATTGAAGAGGCAAGAAGAGATGGCTGCATCTTTC 2458
Query 2460 AGGAAAAAGAATTTGCAAGAGGAAGTGATAAAGCAAAAGGAAACAGAGAGTAAACTGCAG 2519
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 AGGAAAAGGAATTTGCAAGAGGAAGTGATAAAACAAAAGGAAACAGAGAGTAAACTGCAA 2518
Query 2520 ACTCGCTATGGGAATATGTTGGCAATGGTTGAAAAAGCAGAGGAGATAATGGTCGGTTTC 2579
|| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2519 ACGCGCTATGGGAATGTGTTGGTGATGGTTGAAAAAGCAGAGGAGATAATGGTCGGGTTC 2578
Query 2580 CGAGCACAGGCATTGAAGAAACAAGAGGATGTTGAAGATTCTCACAAACTGAAAGAAGCT 2639
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 CGAGCACAGGCATTGAAGAAACAAGAGGATGTGGAAGATTCTCACAAACTGAAAGAAGCT 2638
Query 2640 AAGCTAGCCACTGGAGAGGAAGAGGACATAGCCATAGCCATGGAAGCTTCTGCATAAAAA 2699
||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 AAGGTTGCCACTGGAGAGGAAGAGGACGTAGCCATAGTCATGGAAGCTTCTGCATAAAAA 2698
Query 2700 CTTGAGTTTTGTATTGCTTACAAGTTTTAAGGAGACGTAGCTTGACTTTGTATTGGTAAG 2759
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 CTTGAGTTTTGTATTGCTTACAAGTTTTAAGGAGACGTAGCTTGACTTTGTATTGGTAAG 2758
Query 2760 tttttttAATATGAGTCATGACTTTGTAAAAAGGTTATGATATATTCTCTGTTTGTATGC 2819
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2759 TTTTT--AATATGAGTCATGACTTTGTAAAAAGGTTATGATATATTCTCTGTGTGTATGC 2816
Query 2820 TTTGCAAGAGTCAAGAAATTTGAATGCTTCAG 2851
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 TTTGCAAGAGTCAAGAAATTTGAATGCTTCAG 2848
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 110766432460
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5