BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G09780.1 Length=1911 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg471079 jgi|Araly1|471079|fgenesh2_kg.1__1033__AT1G09780.1 2983 0.0 Ahg478159 jgi|Araly1|478159|fgenesh2_kg.3__860__AT3G08590.2 1500 0.0 > Ahg471079 jgi|Araly1|471079|fgenesh2_kg.1__1033__AT1G09780.1 Length=1795 Score = 2983 bits (1615), Expect = 0.0 Identities = 1739/1799 (97%), Gaps = 8/1799 (0%) Strand=Plus/Plus Query 4 TTTCTCTCAGATCTGCTTTGAG---ATTCTCCGATTGCATCTCAAAAAATCTCAGCTATG 60 ||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1 TTT-TCTCAGATCTGCTTTCAGTTTATTCTTCGATTGCATCTC-AAAAATCTCAGCTATG 58 Query 61 GCTACCTCCTCCGCTTGGAAGCTCGATGACCACCCCAAGCTCCCCAAGGGTAAGACCATC 120 |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || || |||||||| || |||||| Sbjct 59 GCTACCTCCTCCGCCTGGAAGCTCGATGACCATCCTAAACTACCCAAGGGCAAAACCATC 118 Query 121 GCCGTAATCGTCTTAGATGGTTGGGGTGAATCTGCCCCTGATCAGTACAACTGTATCCAC 180 ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 119 GCCTTAATCGTCCTAGATGGTTGGGGTGAATCTGCTCCTGATCAGTACAACTGTATCCAC 178 Query 181 AACGCTCCAACTCCAGCCATGGATTCTCTTAAACATGGAGCTCCTGATACTTGGACTTTG 240 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 179 AACGCTCCTACTCCAGCCATGGATTCTCTTAAACATGGAGCTCCTGATACTTGGACGTTG 238 Query 241 ATCAAAGCTCACGGTACTGCTGTAGGACTTCCTAGTGAAGATGATATGGGAAACAGTGAG 300 || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 239 ATTAAGGCTCACGGTACTGCTGTTGGACTTCCCAGTGAAGATGATATGGGAAACAGTGAG 298 Query 301 GTTGGTCATAATGCTCTTGGTGCTGGTCGTATCTTT-GCTCAAGGTGCTAAGCTTTGTGA 359 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 299 GTTGGTCATAATGCTCTTGGTGCTGGTCGTAT-TTTCGCTCAAGGTGCTAAGCTTTGTGA 357 Query 360 CCAAGCTCTTGCTTCTGGCAAAATCTTTGAAGGTGAAGGTTTTAAATACGTTTCTGAATC 419 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 358 CCAAGCTCTTGCTTCTGGCAAAATCTTTCAAGGTGAAGGTTTCAAATACGTTTCTGAATC 417 Query 420 TTTCGAGACGAATACTTTGCATCTTGTTGGACTTCTCAGTGACGGTGGAGTTCACTCTCG 479 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 418 TTTCGAGACAAATACTTTGCATCTTGTTGGACTTCTCAGTGACGGTGGAGTCCACTCTCG 477 Query 480 TCTCGATCAACTACAGTTGTTGATTAAAGGATCTGCTGAACGTGGTGCTAAGAGAATCAG 539 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 478 TCTCGATCAGCTACAGTTGTTGATTAAAGGATCTGCTGAACGTGGTGCTAAGAGAATCAG 537 Query 540 AGTCCATATTCTTACTGATGGTCGTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGTTGGATTTGTGGA 599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 538 AGTCCATATTCTTACTGATGGTCGTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGTTGGATTTGTGGA 597 Query 600 AACCCTTGAAGCCGACCTCGTTGCATTACGTGAGAATGGTGTGGATGCTCAGATTGCATC 659 ||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 AACTCTTGAAGCCGATCTCGTTACATTACGTGAGAATGGTGTGGATGCTCAGATTGCATC 657 Query 660 TGGTGGAGGACGTATGTATGTGACTTTGGACCGATATGAGAATGATTGGGAAGTTGTTAA 719 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 TGGTGGAGGTCGTATGTATGTGACTTTGGACCGATATGAGAATGATTGGGAAGTTGTTAA 717 Query 720 AAGAGGTTGGGATGCTCAAGTTCTTGGAGAAGCTCCTCACAAATTCAAAAACGCTGTTGA 779 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 718 AAGAGGTTGGGATGCTCAAGTTCTTGGAGAAGCTCCTCACAAATTCAAAAACGCTGTTGA 777 Query 780 AGCTGTGAAGACTTTGAGGAAAGAGCCTGGTGCTAATGACCAGTATTTGCCCCCGTTTGT 839 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 778 AGCTGTGAAGACTTTGAGGAAAGAACCTGGTGCTAATGACCAGTATTTGCCTCCGTTTGT 837 Query 840 GATTGTTGATGAATCAGGGAAAGCAGTTGGTCCGATTGTGGACGGTGATGCTGTTGTTAC 899 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 838 GATTGTTGATGATTCAGGGAAAGCAGTTGGTCCGATTGTGGACGGTGATGCTGTTGTCAC 897 Query 900 CTTCAACTTCAGGGCTGATCGTATGGTTATGCATGCTAAGGCACTTGAGTACGAAGATTT 959 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 898 CTTCAACTTCAGGGCTGACCGTATGGTTATGCATGCTAAGGCACTTGAGTATGAAGATTT 957 Query 960 TGACAAATTTGACCGTGTGAGGTACCCAAAGATTCGTTATGCTGGTATGCTTCAGTATGA 1019 |||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 TGACAAATTTGATCGTGTGAGGTTCCCCAAGATTCGTTATGCTGGTATGCTTCAGTATGA 1017 Query 1020 TGGAGAGCTTAAGCTACCAAGCCGTTACCTTGTTTCTCCCCCGGAGATTGATAGAACATC 1079 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1018 TGGAGAGCTTAAGCTACCAAGCCGTTACCTCGTTTCTCCCCCGGAGATTGATAGAACTTC 1077 Query 1080 TGGTGAATATTTGACTCACAATGGCGTCAGTACTTTTGCTTGCAGTGAGACCGTCAAGTT 1139 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1078 TGGTGAATATTTGGCTCACAATGGCGTCAGTACTTTTGCTTGCAGTGAGACCGTCAAATT 1137 Query 1140 TGGGCATGTCACCTTCTTCTGGAATGGAAATCGATCTGGATATTTCAACGAGAAATTGGA 1199 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 TGGGCATGTCACCTTCTTCTGGAATGGAAACCGATCTGGATATTTCAACGAGAAATTGGA 1197 Query 1200 GGAGTATGTTGAAATCCCAAGTGACAGTGGAATATCATTCAATGTCCAGCCAAAGATGAA 1259 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1198 GGAGTATGTTGAAATCCCAAGTGACAGTGGAATATCATTCAATGTCCAACCAAAGATGAA 1257 Query 1260 AGCTCTGGAAATTGGTGAGAAGGCAAGGGATGCAATCCTTAGTGGCAAGTTTGATCAGGT 1319 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 AGCTCTAGAAATTGGTGAGAAGGCAAGGGATGCAATCCTTAGTGGCAAGTTTGATCAGGT 1317 Query 1320 GCGAGTTAACATTCCAAATGGAGATATGGTGGGTCATACAGGTGATATTGAAGCCACGGT 1379 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 GCGAGTTAACATTCCAAATGGAGATATGGTGGGTCATACAGGTGATATTGAAGCCACGGT 1377 Query 1380 TGTTGCATGCGAGGCTGCTGATCTTGCTGTGAAGATGATTTTTGATGCAATCGAACAAGT 1439 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1378 TGTTGCATGCGAGGCTGCTGATCTTGCTGTGAAGATGATTTTTGATGCAATCGAACAAGT 1437 Query 1440 GAAAGGAATTTATGTTGTGACTGCTGATCACGGAAACGCAGAGGACATGGTGAAGAGGGA 1499 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 GAAAGGAATTTATGTTGTGACTGCTGATCACGGAAACGCAGAGGACATGGTGAAGAGGGA 1497 Query 1500 TAAATCTGGCAAGCCTGCTTTGGATAAGGAAGGGAAGCTTCAGATTCTAACCTCTCACAC 1559 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 TAAATCTGGGAAGCCTGCTTTGGATAAGGAAGGGAAGCTTCAGATTCTAACCTCTCACAC 1557 Query 1560 ACTCAAGCCAGTGCCAATTGCTATTGGAGGTCCTGGTTTGGCTCAAGGAGTGAGATTCCG 1619 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| Sbjct 1558 ACTCAAGCCAGTGCCGATTGCTATTGGAGGTCCTGGCTTGTCTAAAGGAGTGAGATTCCG 1617 Query 1620 TAAAGATCTGGAAACACCGGGGCTTGCAAATGTAGCTGCAACAGTGATGAACCTCCATGG 1679 ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1618 TAAAGATTTGGAAACACCAGGGCTTGCAAATGTAGCTGCAACAGTGATGAACCTCCATGG 1677 Query 1680 ATTTGTGGCTCCCTCTGACTATGAGCCCACCCTGATTGAAGTAGTGGAGTAGAAGAATTG 1739 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1678 ATTTGTGGCTCCCTCTGACTATGAGCCCACCCTAATTGAAGTAGTGGAGTAGAAGAATTG 1737 Query 1740 AGAGCCTTATCAGTTTTTGAAGAGAGGGCTGAAACTCTCTAGTTATCTTTTGTTGCTTT 1798 ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1738 AGAGCCTAATCAGTTTTT-AAGAGAGGGCTGAAACTCTCTAGTTATCTTTTGTTGCTTT 1795 > Ahg478159 jgi|Araly1|478159|fgenesh2_kg.3__860__AT3G08590.2 Length=2004 Score = 1500 bits (812), Expect = 0.0 Identities = 1378/1652 (83%), Gaps = 36/1652 (2%) Strand=Plus/Plus Query 88 GACCACCCCAAGCTCCCCAAGGGTAAGACCATCGCCGTAATCG-TCTTAGATGGTTGGGG 146 |||||||||||||| ||||| || || ||||||| |||| | |||| ||||| ||||| Sbjct 209 GACCACCCCAAGCTTCCCAAAGGCAAAACCATCGGTTTAATTGTTCTT-GATGGATGGGG 267 Query 147 TGAATCTGCCCCTGATCAGTACAACTGTATCCACAACGCTCCAACTCCAGCCATGGATTC 206 |||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 268 TGAATCTGATCCTGATCAATACAATTGCATCCATAAAGCTCCAACTCCTGCCATGGATTC 327 Query 207 TCTTAAACATGG-AGCTCCTGATACTTGGACTTTGATCAAAGCTCACGGTACTGCTGTAG 265 |||||| | || || || || || |||| |||||||||| ||||||||||| || | Sbjct 328 CCTTAAAAACGGAAG-ACCCGACACATGGAGGCTGATCAAAGCCCACGGTACTGCCGTTG 386 Query 266 GACTTCCTAGTGAAGATGATATGGGAAACAGTGAGGTTGGTCATAATGCTCTTGGTGCTG 325 | || || || ||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||||| || |||| Sbjct 387 GCCTCCCCAGCGAAGACGACATGGGAAACAGTGAAGTTGGCCACAATGCTCTCGGAGCTG 446 Query 326 GTCGTATCTT-TGCTCAAGGTGCTAAGCTTTG-TGACCAAGCTCTTGCTTCTGGCAAAAT 383 |||| || || |||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||| ||||| Sbjct 447 GTCGAAT-TTACGCTCAAGGTGCTAAGC-TTGTTGATCTCGCTCTTGCTTCTGGGAAAAT 504 Query 384 CTTTGAAGGTGAAGGTTTTAAATACGTTTCTGAATCTTTCGAG-ACGAATACTTTGCATC 442 || ||||| |||||| || |||||| | ||| ||||||| ||| | | ||| |||| | Sbjct 505 CTATGAAGATGAAGGCTTCAAATACATCTCTCAATCTTTTGAGAAAG-GCACTGTGCACC 563 Query 443 TTGTTGGACTTCTCAGTGACGGTGGAGTTCACTCTCGTCTCGATCAACTACAGTTGTTGA 502 || |||| ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||| | |||||| || Sbjct 564 TTATTGGTCTTCTAAGCGATGGTGGAGTTCACTCTCGTCTGGATCAAGTCCAGTTGCTGC 623 Query 503 TTAAAGGATCTGCTGAACGTGGTGCTAAGAGAATCAGAGTCCATATTCTTACTGATGGTC 562 |||| || | ||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | Sbjct 624 TTAAGGGTTTTGCAGAACGAGGTGCTAAGAGAATCCGCGTCCATATTCTTACTGATGGGC 683 Query 563 GTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGTTGGATTTGTGGAAACCCTTGAAGCCGACCTCGTTG 622 ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||| || Sbjct 684 GTGATGTTTTGGATGGTTCTAGTGTCGGATTTGTTGAAACTCTTGAAGCTGACCTCGCTG 743 Query 623 CATTACGTGAGAATGGTGTGGATGCTCAGATTGCATCTGGTGGAGGACGTATGTATGTGA 682 | || ||| ||| ||||| || |||||| ||||||||||||| || ||||||||||| | Sbjct 744 CTTTGCGTTCGAAAGGTGTTGACGCTCAGGTTGCATCTGGTGGTGGTCGTATGTATGTCA 803 Query 683 CTTTGGACCGATATGAGAATGATTGGGA-AGTTGTTAAAAGAGGTTGGGATGCTCAAGTT 741 | ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| Sbjct 804 CAATGGACCGTTATGAGAATGATT-GGAGTGTTGTTAAACGAGGTTGGGATGCACAAGTA 862 Query 742 CTTGGAGAAGCTCCTCACAAATTCAAAAACGCTGTTGAAGCTGTGAAGACTTTGAGGAAA 801 |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| || ||||| ||||| Sbjct 863 CTTGGAGAAGCTCCCCACAAATTCAAAAGTGCTCTTGAAGCAGTTAAGACACTGAGGGCC 922 Query 802 GAGCCTGGTGCTAATGACCAGTATTTGCCCCCGTTTGTGATTGTTGATGAATCAG-GGAA 860 || |||||||| |||||||||||||| || || ||||| |||||||||| || || |||| Sbjct 923 GAACCTGGTGCCAATGACCAGTATTTACCTCCTTTTGTTATTGTTGATG-AT-AGTGGAA 980 Query 861 A-GCAGTTGGTCCGATTGTGGACGGTGATGCTGTTGTTACCTTCAACTTCAGGGCTGATC 919 | || || ||||| ||||| || ||||| || ||||| || ||||| ||| | ||||||| Sbjct 981 AGGCTGTGGGTCCAATTGTTGATGGTGACGCAGTTGTGACATTCAATTTCCGTGCTGATC 1040 Query 920 GTATGGTTATGCATGCTAAGGCACTTGAGTACGAAGATTTTGACAAATTTGA-C-CGTGT 977 | ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| || || ||||| | ||| Sbjct 1041 GAATGGTCATGCATGCAAAGGCCCTTGAATATGAAGATTTCGATAAGTTTGATCGCGTAC 1100 Query 978 GAGGTACCCAAAGATTCGTTATGCTGGTATGCTTCAGTATGATGGAGAGCTTAAGCTACC 1037 || || ||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || Sbjct 1101 GA-GT-CCCTAAGATACGTTATGCAGGAATGCTCCAATATGATGGAGAGCTTAAGCTTCC 1158 Query 1038 AAGCCGTTACCTTGTTTCTCCC-CCGGAGATTGATAGAACATCTGGTGAATATTTGACTC 1096 ||||| || |||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||||| || | | Sbjct 1159 TAGCCGCTATCTTGTTTC-CCCACCATTGATTGATAGAACTTCTGGTGAATATCTGGCAC 1217 Query 1097 ACAATGGCG-TCAGTACTTTTGCTTGCAGTGAGACCGTCAAGTTTGGGCATGTCACCTTC 1155 ||||||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||| Sbjct 1218 ACAATGGCGTTC-GTACTTTTGCTTGCAGTGAGACTGTAAAGTTTGGCCATGTAACCTTC 1276 Query 1156 TTCTGGAATGGAAATCGATCTGGATATTTCAACGAGAAA-TTGGAGGAGTATGTTGAAAT 1214 || |||||||| || || |||||||||||||| || ||| || || ||||||||||| || Sbjct 1277 TTTTGGAATGGCAACCGCTCTGGATATTTCAATGA-AAAGTTAGAAGAGTATGTTGAGAT 1335 Query 1215 CCCAAGTGACAGTGGAATATCATTCAATGTCCAGCCAAAGATGAAAGCTCTGGAAATTGG 1274 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1336 TCCAAGTGATAGTGGAATATCATTCAATGTCCAGCCAAAGATGAAAGCTCTGGAAATTGC 1395 Query 1275 TGAGAAGGCAAGGGATGCAATCCTTAGTGGCAAGTTTGATCAGGTGCGAGTTAACATTCC 1334 |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||| | || Sbjct 1396 CGAGAAGGCTAGGGATGCTATCCTTAGTGGCAAGTTTGACCAGGTGCGTGTCAACCTGCC 1455 Query 1335 AAATGGAGATATGGTGGGTCATACAGGTGATATTGAAGCCACGGTTGTTGCATGCGAGGC 1394 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || || || Sbjct 1456 AAATGGAGATATGGTGGGTCATACTGGTGATATTGAAGCAACTGTTGTTGCCTGTGAAGC 1515 Query 1395 TGCTGATCTTGCTGTGAAGATGATTTTTGATGCAATCGAACAAGT-GAAAGGAATTTATG 1453 |||||||| |||||||| || || ||||||| || ||||| || | | ||| | || | Sbjct 1516 TGCTGATCGTGCTGTGAGGACAATCCTTGATGCCATAGAACAGGTAGGAGGGA-TATACG 1574 Query 1454 TTGTGACTGCTGATCACGGAAACGCAGAGGACATGGTGAAGAGGGATAAATCTGGCAAGC 1513 |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||| Sbjct 1575 TTGTGACTGCAGATCACGGAAATGCCGAGGACATGGTTAAAAGGGACAAATCCGGCAAGC 1634 Query 1514 CTGCTTTGGATAAGGAAGGGAAGCTTCAGATTCTAACCTCTCACACACTCAAGCCAGTGC 1573 | ||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||||||| Sbjct 1635 CAGCTCTCGATAAGGAAGGGAACCTTCAGATTCTCACCTCTCACACCCTTAAACCAGTGC 1694 Query 1574 CAATTGCTATTGGAGGTCCTGGTTTGGCT-CAAGGAGTGAGATTCCGTAAAG-ATCTGGA 1631 ||||||| || ||||||||||| ||| | || ||||| || ||| | | || || | || Sbjct 1695 CAATTGCCATAGGAGGTCCTGGCTTGTCAGCA-GGAGTTAGGTTCAG-ACAGGATATCGA 1752 Query 1632 AACACCGGGGCTTGCAAATGTAGCTGCAACAGTGATGAACCTCCATGGATTTGTGGCTCC 1691 ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || Sbjct 1753 GACACCTGGGCTTGCGAATGTAGCTGCGACAGTGATGAACCTCCATGGCTTTGTAGC-CC 1811 Query 1692 CT--CTGACTATGAGCCCACCCTGATTGAAGT 1721 | | || |||||| | | ||||||||||| Sbjct 1812 CGGAC-GATTATGAGACAAGTCTGATTGAAGT 1842 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 71800111825 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5