BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G09910.1 Length=2234 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg919754 jgi|Araly1|919754|scaffold_101035.1 3417 0.0 > Ahg919754 jgi|Araly1|919754|scaffold_101035.1 Length=2069 Score = 3417 bits (1850), Expect = 0.0 Identities = 1997/2070 (96%), Gaps = 2/2070 (0%) Strand=Plus/Plus Query 71 ATCACTTGGGTCGAA-TACTGATGAAGAAACTGGCTGATCGGCTCCTTCATCGTTTTACT 129 ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| Sbjct 1 ATCGCTTGGGTC-AAGTACTGATGAAGAAACTGGCTGGTCGGCTCCTTCATCGTTTCACT 59 Query 130 AATCATGAAACCGCTTTAAACGCCGGCCACCACTGCTCAGAGGGGACAGATCAAGGTACA 189 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 60 AATCATGAAACCGCTTTCAACGCCGGCCACCACTGCTCACAAGGGACAGATCAAGGTACA 119 Query 190 AGTGGTCTTAGTCATAGGAAGGATCACAGGATGTCCTCTCATGGTGTCCACCTGCATGTC 249 |||||||||||| |||| ||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| || Sbjct 120 AGTGGTCTTAGTAATAGAAAGGATCTCAATATGCCCTCTCAAGGTGTCCACCTGCATATC 179 Query 250 CATGATCGATATGTTGTGATGGACAATGGGATCCTCCAAGTTACACTGTCAAAGCCAGGT 309 ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 CATGACCGATATGTTGTGATGGACAATGGAATCCTCCAAGTTACACTGTCAAAGCCAGGG 239 Query 310 GGAATTATCACTGGGATAGAGTATAACGGTATTGACAATGTGCTCGAAGTTCGTAACAAG 369 || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 GGTATTATCACTGGGATAAAGTATAACGGTATCGACAATGTGCTCGAAGTTCGTAACAAG 299 Query 370 GAGACTAACAGAGGGTACTGGGACCTGCACTGGAATGAACCTGGAGGCAAGGGAATATTT 429 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 300 GAGACTAACAGAGGGTACTGGGACCTGCACTGGAATGAACCTGGAGGCAAGGGAATATTT 359 Query 430 GATGTCATCAGTGGAGTGACTTTCAGGGTCATAGTCGAGACCGAAGAACAGGTTGAGATC 489 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 360 GATGTCATCAGTGGAGTGACTTTCAGGGTCATAGTCGAGACTGAAGAACAGGTTGAGATC 419 Query 490 TCATTTCTAAGAACATGGGATCCATCCCTTGAGGGCAAGTACATTCCCTTGAATATCGAT 549 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 420 TCATTTCTAAGAACATGGGATCCATCCCTTGAGGGCAAGTACATTCCCTTGAATATCGAT 479 Query 550 AAAAGGTTTATAATGCTCCGTGGCTCTTCTGGAGTGTACTCATACGGCATTTATGAACAT 609 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 AAAAGGTTTATAATGCTCCGTGGCTCTTCTGGAGTGTACTCATACGGCATTTATGAACAC 539 Query 610 CTTAAGGATTGGCCTGGCTTTGAACTTGGAGAAACTAGAATTGCCTTCAAGCTCAGAAAA 669 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 540 CTTAAGGATTGGCCTGGCTTTGAACTTGGAGAAACAAGAATTGCGTTCAAGCTCAGAAAA 599 Query 670 GACAAATTCCATTACATGGCTGTGGCAGATGACAGAAAAAGGATAATGCCTTTTCCAGAT 729 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 GACAAATTCCATTACATGGCTGTGGCAGATGACAGAAAAAGGATAATGCCTTTTCCAGAT 659 Query 730 GATCTATGCAAAGGAAGATGCCAAACTCTAGATTACCAGGAAGCTTCTCTGCTCACTGCT 789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 660 GATCTATGCAAAGGAAGATGCCAAACTCTAGATTACCAGGAAGCTTCTCTACTCACTGCT 719 Query 790 CCTTGTGATCCACGCCTACAAGGCGAAGTAGATGATAAATACCAATATTCGTGTGAGAAT 849 || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 720 CCATGTGATCCACGCCTGCAAGGCGAAGTAGATGACAAATACCAATACTCGTGTGAGAAT 779 Query 850 AAGGATCTGAGAGTACATGGATGGATATCCTTCGATCCACCAGTAGGATTTTGGCAAATT 909 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 780 AAGGATCTGAGAGTACATGGATGGATATCCTTCGATCCACCTGTAGGATTCTGGCAAATT 839 Query 910 ACGCCCAGTAATGAGTTCCGCTCAGGCGGACCACTCAAACAAAACCTGACTTCACATGTT 969 ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 840 ACGCCCAGTAATGAGTTCCGCTCTGGTGGACCACTCAAACAAAACCTCACTTCACATGTT 899 Query 970 GGCCCAACCACTCTTGCAGTGTTTCACAGTACTCATTATGCTGGAAAAACCATGATGCCT 1029 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 900 GGCCCAACCACTCTTGCAGTGTTTCACAGTACTCATTATGCCGGAAAAACCATGATGCCT 959 Query 1030 CGTTTTGAACACGGTGAGCCTTGGAAGAAAGTCTATGGCCCTGTTTTCATTTACCTAAAT 1089 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 960 CGCTTTGAACACGGTGAGCCTTGGAAGAAAGTCTATGGCCCTGTTTTCATTTACCTAAAT 1019 Query 1090 TCCACAGCCAATGGAGATGATCCACTTTGCTTATGGGACGATGCTAAGATAAAGATGATG 1149 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 TCAACAGCCAATGGAGATGATCCACTTTGCTTATGGGACGATGCTAAGATAAAGATGATG 1079 Query 1150 GCTGAGGTTGAAAGGTGGCCTTATAGCTTTGTGGCATCTGACGACTATCCAAAGTCTGAA 1209 ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1080 GCTGAAGTTGAAAGTTGGCCTTATAGCTTTGTGGCATCTGACGACTTTCCAAAGTCTGAA 1139 Query 1210 GAACGTGGCACAGCCCGTGGTAGATTACTTATCCGTGACAGGTTCATAAACAATGATTTG 1269 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||| Sbjct 1140 GAACGTGGCACAGCCCGTGGTAGATTACTTATCCGCGACAGGTTCATAAGCAGTGATTTG 1199 Query 1270 ATTTCAGCAAGAGGTGCTTATGTTGGTTTGGCTCCGCCTGGTGATTCTGGTTCTTGGCAA 1329 ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 ATTTCAGCAGGAGGTGCTTATGTGGGTTTGGCTCCACCTGGTGATTCTGGTTCTTGGCAA 1259 Query 1330 ATTGAATGCAAGGGATACCAATTTTGGGCTATTGCGGATGAGGCTGGCTATTTCTCGATA 1389 ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1260 ATTGAATGCAAGGGATACCAATTTTGGGCGATAGCGGATGAGGCTGGCTATTTCTCAATA 1319 Query 1390 GGGAACGTGCGTCCTGGCGAGTATAATCTCTATGCTTGGGTCCCCAGTTTCATTGGAGAT 1449 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1320 GGGAACGTACGTCCTGGCGAGTATAATCTCTATGCTTGGGTCCCCGGTTTCATTGGAGAT 1379 Query 1450 TATCACAACGGCACAATTGTTAGAGTGACTTCAGGTTGCATGATTGAGATGGGTGATATC 1509 |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 TATCACAACGTAACAATTGTTACAGTGACTTCAGGGTGCATGATTGAGATGGGTGATATC 1439 Query 1510 GTTTATGAACCTCCAAGAGATGGACCTACATTATGGGAAATCGGTATCCCTGACCGAAAA 1569 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 GTTTATGAACCTCCAAGAGATGGACCTACACTATGGGAAATCGGTATCCCTGACCGAAAA 1499 Query 1570 GCTTCTGAGTTCTTTATCCCAGATCCTGATCCCACTCTTGTAAACAGGGTGTTAGTCCAT 1629 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1500 GCTTCTGAGTTCTTTATCCCAGATCCTGATCTCACTCTTGTAAACAGGGTGTTAGTCCAT 1559 Query 1630 CACCAAGACAGGTTCAGGCAATATGGGTTATGGAAGAAATACACAGATATGTATCCAAAT 1689 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| Sbjct 1560 GACCAAGACAGGTTCAGGCAATATGGGTTATGGAAGAGATACACAGATTTGTATCCAAAT 1619 Query 1690 GATGACCTTGTTTACACTGTCGGTGTGAGTGATTACCGCAGAGACTGGTTCTTTGCTCAT 1749 |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1620 GATGACCTTGTTTACACTGTCGGTGTAAGCGATTACCGCAGAGACTGGTTCTTTGCTCAT 1679 Query 1750 GTTCCCAGGAAGAAAGGAGATGTGCATGAAGGAACAACTTGGCAGATTATATTTAATCTT 1809 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1680 GTTCCCAGGAAGAAAGGAGATGTGCATGAAGGAACAACTTGGCAGATTAGGTTTAATCTT 1739 Query 1810 GAAAACATCGATCAAAAGGCCAATTACAAACTGCGAGTCGCCATAGCATCTGCAACCTTA 1869 |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1740 GAAAACATTGATCAAAAGGCAAATTACAAACTGCAAGTCGCCATAGCATCTGCAACCTTA 1799 Query 1870 GCCGAGTTGCAGATTCGAATCAATGATGCGGAAGCAATCCGCCCTCTCTTCACAACCGGA 1929 |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1800 GCCGAGTTGCAGATTCGAGTCAATAATGCGGAAGCAATCCGCCCTCTCTTCACAACCGGA 1859 Query 1930 CTCATTGGGAGAGACAACTCAATAGCGAGGCACGGGATCCACGGGGTTTACATGCTGTAT 1989 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1860 CTCATTGGGAGAGACAACTCAATAGCGAGGCACGGGATCCACGGGGTTTACATGCTGTAT 1919 Query 1990 GCGGTGAACATACCGGGTAACCGGCTTGTGCAAGGTGATAATACTATATTCCTGAAACAG 2049 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1920 GCGGTGAACATACCGGGTAACCGGCTTGTACAAGGTGATAACACTATATTCCTGAAACAG 1979 Query 2050 CCAAGATGCAATGGTCCCTTTCAAGGGATAATGTATGACTACATTCGTCTTGAAGGCCCT 2109 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1980 CCAAGATGCAATGGTCCCTTTCAAGGGATAATGTATGACTACATTCGTCTTGAAGGCCCT 2039 Query 2110 CCTTCTTAGCTTAGAATGATATGTGATATC 2139 |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2040 CCTTCTTAGCTTAGAATGATATGTGATATC 2069 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 84103260960 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5