BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G11330.2
Length=2950
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471269 jgi|Araly1|471269|fgenesh2_kg.1__1223__AT1G11330.1 4313 0.0
> Ahg471269 jgi|Araly1|471269|fgenesh2_kg.1__1223__AT1G11330.1
Length=2881
Score = 4313 bits (2335), Expect = 0.0
Identities = 2672/2831 (94%), Gaps = 38/2831 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 132 ACACCAAAAACAAATCTTCGTTGAAACATAAAACTTTTACATCATTTTCTAAGTCAAGTC 191
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2 ACACCAGAAACAAATCTTTGTTGAAACATAAAAC--TTACATCATTTTCTTAGTCAAGTC 59
Query 192 TTCTCATAGAGAC-A-GAA-A-A--A-GAC--TACTAATTTA-C-CTCTCGTGTAGG-AA 239
|||||||||||| | || | | | || |||||||||| | ||||| |||||| ||
Sbjct 60 CTCTCATAGAGACAACAAATAGACTACTACTTTACTAATTTACCTCTCTCTTGTAGGAAA 119
Query 240 AACAAAGCAAAACTGGAGTCATTCTCTGTTTCAAAGAGTTATGGTGGTTTCAGTGACCAT 299
||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 120 AACAAAGCAAAACTGGAATCA-T-TCTGTTTCACAGAGTTATGGTGGTTTCAGTGAACAT 177
Query 300 ACGTCGTC-G-TT-TTGTTCTTC-T--TCTACTTGCATGCACTTGTTTGTTGTCTCGGAG 353
|||||||| | || ||||||||| | |||||| |||| |||||| |||||||||| ||
Sbjct 178 ACGTCGTCGGTTTGTTGTTCTTCTTCGTCTACTCGCATTCACTTGCTTGTTGTCTCCTAG 237
Query 354 ACTCTGTTTTGGTGAGGACAGAATCACTTTCTCAAGTCCTATCAAAGACTCAGAGTCAGA 413
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||| | |||||
Sbjct 238 ACTCTGTTCTGGTGAGGACAGAATCACGTTCTCAACTCCGATCAAAGA--C----TCAGA 291
Query 414 GACCCTTCTATGCAAAAGTGGTATTTTCAGGTTTGGTTTCTTCACTCCTGTTAATTCCAC 473
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 GACCCTTCTCTGCAAAAGTGGTATTTTCAGGTTTGGTTTCTTCACTCCTGTTAATTCCAC 351
Query 474 TACTCGGTTACGTTATGTTGGGATTTGGTACGAAAAGATTCCAATCCAAACTGTGGTTTG 533
| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 352 TTCTCGGTTACGTTACGTTGGGATTTGGTACGACAAGATTCCACTCCAAACTGTGGTTTG 411
Query 534 GGTTGCTAACAAAGACTCTCCCATCAACGACACTTCCGGTGTTATCTCGATCTATCAA-G 592
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 412 GGTTGCTAACAAAGACGCTCCTATCAACGACACTTCCGGTGTTATCTCGATCTAT-AACG 470
Query 593 ATGGAAATCTCGCGGTTACCGATGGTCGAAATCGCCTTGTATGGTCGACGAATGTCTCAG 652
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 471 ATGGAAATCTCGCGGTTACCGATGGTCGAAAGCGCCTTGTATGGTCGACGAACGTCTCAG 530
Query 653 TACCAGTAGCTCCAAATGCTACTTGGGTTCAGCTTATGGATTCTGGGAATCTTATGTTAC 712
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 531 TACCAGTAGCTCCTAATGCTACTTGGGTTCAGCTAATGGATTCCGGGAATCTTATGTTAC 590
Query 713 AAGACAACAGAAACAATGGTGAGATTCTTTGGGAGAGTTTCAAGCATCCTTATGATTCTT 772
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 591 AAGATAACAGAAACAATGGTGAGATTCTATGGGAGAGTTTTAAGCATCCTTATGATTCTT 650
Query 773 TCATGCCAAGAATGACTCTTGGCACCGACGGTAGAACTGGAGGTAACCTAAAGCTTACTT 832
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||
Sbjct 651 TCATGCCAAGAATGACTCTTGGCACCGACGGTAGAACTGGTGGGAATCTAAAGCTTACTT 710
Query 833 CTTGGACAAGCCACGATGATCCTTCAACAGGAAACTACACAGCTGGTATTGCTCCTTTCA 892
||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 711 CTTGGACAAGCCATGATGATCCTTCAACAGGGAACTACACTGCTGGTATTGCTCCTTTCA 770
Query 893 CGTTTCCTGAGCTTCTTATCTGGAAGAACAATGTCCCAACGTGGCGTAGCGGACCGTGGA 952
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 771 CGTTTCCTGAGCTTCTTATCTGGAAGAACGATGTTCCAACATGGCGTAGCGGACCGTGGA 830
Query 953 ACGGTCAGGTTTTCATCGGTTTACCGAATATGGATTCACTTCTGTTTCTTGATGGGTTTA 1012
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 ACGGGCAGGTTTTCATTGGTTTACCGAATATGGATTCACTTCTGTTTCTTGATGGGTTTA 890
Query 1013 ATCTTAACAGTGATAATCAAGGAACGATCTCAATGTCTTATGCTAATGATTCGTTCATGT 1072
||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 891 ATCTTAATAGTGATAATCAAGGGACGATTTCAATGTCTTATGCTAATGATTCGTTCATGT 950
Query 1073 ATCACTTTAACTTGGATCCTGAAGGAATTATTTATCAGAAAGATTGGAGTACTTCTATGA 1132
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 951 ATCACTTTAACTTGGATCCTGAAGGAATTATTTATCAGAAAGATTGGAGTACCTCTATGA 1010
Query 1133 GAACTTGGAGGATAGGTGTAAAGTTTCCATACACAGACTGTGATGCATACGGTAGATGTG 1192
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 GAACTTGGAGGATTGGTGTAAAGTTTCCATACACAGACTGTGATGCATACGGTAGATGTG 1070
Query 1193 GTCGATTCGGGAGCTGCCATGCCGGGGAAAACCCGCCTTGTAAATGTGTTAAAGGGTTTG 1252
|||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1071 GTCGATACGGGAGCTGCCGTGCCGGGGAAAATCCGCCTTGTAAATGCGTTAAAGGGTTTG 1130
Query 1253 TTCCAAAGAATAACACAGAGTGGAATGGTGGTAATTGGAGTAATGGATGTATGAGAAAAG 1312
| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1131 TACCAAAGAATAACACCGAGTGGAATGGTGGGAACTGGAGTAATGGATGTGTGAGAAAAG 1190
Query 1313 CTCCATTGCAGTGTGAAAGACAGAGAAATGTAAGTAATGGTGGTGGTGGAGGAAAAGCAG 1372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1191 CTCCATTGCAGTGTGAAAGACAGAGAAATGTAAGTAACGGTGGTGGTGGTGGAAAAGCAG 1250
Query 1373 ATGGTTTTTTGAAACTGCAGAAGATGAAAGTACCAATCTCTGCGGAACGGTCTGAAGCTA 1432
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 ATGGGTTTTTGAAACTGCAGAAGATGAAAGTGCCAATCTATGCGGAACGGTCTGAAGCTA 1310
Query 1433 GTGAACAAGTTTGTCCTAAAGTATGCTTAGATAACTGTTCTTGCACAGCTTATGCATATG 1492
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1311 ATGAACAAGTTTGTCCTAAAGTCTGTTTAGATAACTGTTCTTGCACGGCTTATGCTTATG 1370
Query 1493 ATAGAGGAATTGGATGCATGCTTTGGAGTGGTGATTTAGTTGATATGCAATCATTTTTGG 1552
| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 ACAGAGGAATCGGTTGCATGCTTTGGAGTGGTGATTTAGTTGATATGCAATCATTTTTGG 1430
Query 1553 GAAGTGGCATTGATCTTTTTATTCGTGTTGCTCATTCAGAACTCAAAACACATAGCAATC 1612
|||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1431 GAAGTGGCATTGATCTCTTTATTCGAGTTGCGCATTCAGAACTCAAAACACAAAGCAATC 1490
Query 1613 TAGCAGTTATGATCGCAGCACCTGTGATAGGCGTTATGTTAATTGCTGCGGTCTGCGTTC 1672
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1491 TAGCAATTATGATCGCAGCACCTGTGATAGGCGTTGTGTTAATTGCTGCGGTCTGTGTTC 1550
Query 1673 TTTTAGCATGCCGGAAATACAAAAAGCGTCCAGCTCCAGCGAAAGATAGAAGTGCAGAGC 1732
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 TTTTAGCATGCCGGAAATTCAGAAAGCGTCCAGCTCCAGCGAAAGATAGAAGTGCAGAGC 1610
Query 1733 TAATGTTTAAGAGAATGGAAGCACTTACAAGTGATAATGAGTCTGCTTCTAACCAAATCA 1792
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1611 TAATGTTTAAGAGAATGGAAGCACTTACAAGTGATAATGAGTCTGCTTCTAACCAAATAA 1670
Query 1793 AGCTCAAGGAGCTTCCACTCTTTGAGTTTCAAGTGTTAGCTACATCAACTGATAGCTTCT 1852
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1671 AGCTCAAGGAGCTTCCACTCTTTGAGTTTCAAGTGTTAGCTACAGCAACCGATAGCTTCT 1730
Query 1853 CTCTAAGAAACAAGCTCGGGCAAGGCGGGTTTGGTCCTGTTTACAAGGGAAAATTACCTG 1912
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1731 CTCTAAGAAACAAGCTCGGGCAAGGCGGATTTGGTCCTGTTTACAAGGGAAAATTACCAG 1790
Query 1913 AAGGACAAGAAATTGCAGTGAAGAGGCTCTCACGGAAATCAGGTCAAGGACTAGAGGAAC 1972
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1791 AAGGACAAGAAATTGCAGTCAAGAGGCTCTCAAGGAAATCAGGACAAGGACTAGAGGAAC 1850
Query 1973 TTATGAACGAAGTGGTTGTGATATCTAAGTTGCAACATCGGAATCTAGTGAAGTTACTTG 2032
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 TTATGAACGAAGTGGTTGTGATATCGAAGTTGCAACATCGGAATCTAGTGAAGTTACTTG 1910
Query 2033 GATGTTGTATTGAAGGTGAAGAAAGAATGTTAGTATATGAATATATGCCAAAGAAAAGCT 2092
||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 GATGTTGCATTGAAGGTGAAGAAAGAATGTTAGTCTACGAATATATGCCAAAGAAAAGCT 1970
Query 2093 TGGATGCATATCTTTTTGACCCAATGAAGCAAAAGATTCTTGATTGGAAGACTCGGTTCA 2152
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1971 TGGATGCATATCTATTTGACCCAATGAAGCAAAATATTCTTGATTGGAAGACTAGGTTCA 2030
Query 2153 ACATAATGGAAGGAATTTGCAGAGGTCTTTTGTACCTTCACAGAGATTCAAGACTAAAGA 2212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 ACATAATGGAAGGAATTTGCAGAGGTCTTTTGTACCTTCACAGAGATTCAAGACTAAAGA 2090
Query 2213 TCATACACAGAGATTTAAAAGCCAGCAACATTTTGTTAGATGAGAATCTAAACCCCAAGA 2272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2091 TCATACACAGAGATTTAAAAGCCAGCAACATTTTGTTAGATGAGAATCTAAACCCGAAGA 2150
Query 2273 TATCTGATTTTGGACTTGCAAGAATTTTCCGAGCGAATGAAGATGAAGCTAACACAAGAA 2332
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 TATCTGATTTCGGACTTGCAAGAATTTTCCGGGCGAATGAAGATGAAGCTAACACAAGAA 2210
Query 2333 GGGTTGTTGGAACATACGGCTATATGTCACCGGAGTATGCAATGGAAGGTTTCTTTTCAG 2392
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211 GGGTTGTTGGAACATACGGCTATATGTCACCGGAATATGCAATGGAAGGTTTCTTTTCAG 2270
Query 2393 AAAAATCAGATGTTTTCAGCTTGGGGGTTATATTTCTCGAGATCATAAGTGGGAGAAGAA 2452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2271 AAAAATCAGATGTTTTCAGCTTGGGGGTTATATTTCTAGAGATCATAAGTGGAAGAAGAA 2330
Query 2453 ACTCTAGTTCTCACAAGGAAGAGAATAATCTCAACCTTTTGGCTTATGCTTGGAAGCTGT 2512
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 2331 ACTCTAGTTCTCACAAGGAAGAGAATAATCTGAACCTTTTGGCTCATGCGTGGAAGCTGT 2390
Query 2513 GGAACGACGGTGAGGCTGCTTCTCTAGCAGATCCAGCCGTCTTTGATAAGTGTTTCGAGA 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2391 GGAACGACGGTGAGGCTGCTTCTCTAGCAGATCCAGCCGTCTTTGATAAGTGTTTCGAGA 2450
Query 2573 AAGAGATAGAGAAATGTGTTCATATTGGACTGTTATGTGTGCAAGAAGTTGCAAACGATA 2632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2451 AAGAGATAGAGAAATGTGTTCATATTGGACTGTTATGTGTGCAAGAAGTTGCAAACGATA 2510
Query 2633 GACCAAATGTTTCAAACGTGATATGGATGCTAACTACCGAGAACATGAGCCTCGCCGATC 2692
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2511 GACCAAATGTTTCAAACGTGATATGGATGCTAACTACCGAGAACATGAACCTTGCCGATA 2570
Query 2693 CGAAGCAGCCAGCGTTTATAGTAAGAAGAGGAGCTTCTGAGGCTGAATCTTCTGACCAGA 2752
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2571 CTAAGCAGCCAGCGTTTATAGTAAGAAGAGGAGCTTCTGAGGCTGAATCTTCAGACCAGA 2630
Query 2753 GTAGTCAAAAGGTATCTATCAATGATGTGAGCCTCACAGCTGTAACAGGACGTTAACCTC 2812
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2631 GTAGTCAAAAGGTATCTATCAATGATGTGAGTCTCACAGCTGTAACAGGACGTTAAGCTC 2690
Query 2813 ACCACCACGCCAATCTCAGTCTGTTTATATACATAATAGTATGTAATATACACGTTTTGA 2872
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2691 ACCACCAAGCCAATCTCTGTCTGTTTATATACATA-TAATATGTAATATATACGTTTTGA 2749
Query 2873 GAAACTC----C-TATGTTTACAAATTTTGTTAT-CTGCGTCTGTGCAATGGTTAGATTA 2926
||||||| | |||||||||||||||||| || |||||| ||| |||||||||| |||
Sbjct 2750 GAAACTCATGTCATATGTTTACAAATTTTGTCATTCTGCGTTTGTTCAATGGTTAGTTTA 2809
Query 2927 CTGAAATAAGA 2937
|||| |||||
Sbjct 2810 ATGAA-TAAGA 2819
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111375876380
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5