BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G11720.2 Length=3533 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg312200 jgi|Araly1|312200|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000980 4530 0.0 > Ahg312200 jgi|Araly1|312200|fgenesh1_pm.C_scaffold_1000980 Length=3063 Score = 4530 bits (2453), Expect = 0.0 Identities = 2709/2829 (96%), Gaps = 31/2829 (1%) Strand=Plus/Plus Query 525 GATGATGATTTGTTAGAACA-AAAGTTAAAACTTGAAAGAGAGAATCTTCGTAGGAAGGA 583 ||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 238 GATGATGCTTTGTTAGAA-AGAAAGTTAAAACTTGAAAGAGAGAATCTTCGTAGGAAGGA 296 Query 584 AATAGAAACGCTTGCAGCGGAAAATTTGGCGAGAGGTGATAGAATGTTTGTGTATCCCGT 643 ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 297 AATAGAAGCGCTTGCAGTAGAACATTTGGCGAGAGGTGATAGAATGTTTGTGTATCCCGT 356 Query 644 TATTGTGAAACCTGATGAAGACATAGAAGTGTTTCTCAACAGGAATCTGTCGACTCTGAA 703 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 357 TATTGTGAAACCCGATGAAGACATAGAAGTGTTTCTCAACAGGAATCTGTCAACTCTGAA 416 Query 704 TAACGAACCCGATGTTTTGATCATGGGGGCGTTTAACGAATGGAGATGGAAGTCTTTCAC 763 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 417 GAACGAACCAGATGTTTTGATCATGGGGGCGTTTAACGAATGGAGATGGAAGTCTTTCAC 476 Query 764 AAGGAGATTGGAAAAGACCTGGATCCATGAAGATTGGTTGTCATGTCTCCTTCATATCCC 823 ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 477 GAGGAGATTGGAAAAGACATGGATCCATGGAGATTGGTTGTCATGTCTCCTTCATATCCC 536 Query 824 CAAAGAAGCGTATAAGATGGACTTCGTGTTTTTCAATGGGCAAAGTGTATATGACAACAA 883 ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 537 CAAAGAAGCTTATAAGATGGACTTTGTGTTTTTCAATGGGCAAAGTGTATATGACAACAA 596 Query 884 TGACTCAAAAGATTTTTGTGTAGAGATAAAAGGTGGGATGGATAAAGTTGACTTTGAGAA 943 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 597 TGACTCAAAAGATTTCTGTGTAGAGATAAAAGGTGGGATGGATAAAGTTGACTTTGAGAA 656 Query 944 TTTTCTTCTAGAAGAGAAACTGCgagagcaagagaagttagccaaggaagaagctgagag 1003 |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 657 TTTTCTTCTAAAAGAGAAATTGCGAGAGCAAGAGAAGTTAGCCAAGGAAGAAGCTGAGAG 716 Query 1004 ggagaggcaaaaagaagagaagagaagaatcgaagctcaaaaggCTGCAATTGAAGCTGA 1063 |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 717 GGAGAGGCAAAAAGAAGAGAAGAGGAGAATTGAAGCTCAAAAGGCTGCAATTGAAGCTGA 776 Query 1064 TAGAGCACAAGCAAAGGCGGAGACTCAGAAGAGACGTGAATTGCTTCAACCGGCTATTAA 1123 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 777 TAGAGCACAAGCTAAGGCGGAGACTCAGAAGAGACGTGAATTGCTTCAACCGGCTATTAA 836 Query 1124 GAAAGCTGTAGTCTCGGCTGAGAATGTTTGGTACATTGAGCCGAGTGATTTCAAGGCTGA 1183 ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 837 GAAGGCTGTAATCTCGGCTGAGAATGTTTGGTACATTGAGCCGAGTGATTTCAAGGCTGA 896 Query 1184 AGATACAGTGAAGCTATATTACAATAAAAGGTCAGGTCCTCTGACTAATTCCAAAGAACT 1243 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 897 AGATACAGTGAAGCTATATTACAATAAAACGTCAGGTCCTCTGGCTAATTCCAAAGAACT 956 Query 1244 GTGGTTACATGGAGGGTTTAATAATTGGGTTGATGGATTATCTATCGTTGTAAAGCTTGT 1303 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 957 CTGGTTACATGGAGGGTTTAATAATTGGGTTGATGGATTATCTATCGTTGTAAAGCTTGT 1016 Query 1304 TAATGCTGAGTT--A--A--A-G-------GA-T-G---T--TGATCCAAAGAGCGGAAA 1342 | |||||||||| | | | | || | | | |||| ||||||||||||| Sbjct 1017 TGATGCTGAGTTAAAGGATGATGATCCAAAGAGTGGAAATGATGATTCAAAGAGCGGAAA 1076 Query 1343 TTGGTGGTTCGCTGAAGTTGTAGTGCCTGGCGGTGCACTAGTCATTGACTGGGTCTTTGC 1402 ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1077 TTGGTGGTTCGCTGAAGTTGTAGTGCCTGCCAGTGCTCTAGTCATTGACTGGGTCTTTGC 1136 Query 1403 TGATGGACCACCTAAAGGAGCGTTTCTGTATGACAATAATGGTTACCAAGACTTCCACGC 1462 ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1137 TGATGGACCGCCTAAAGGAGCGGTTCTGTATGACAATAATTTTTACCAAGACTTCCACGC 1196 Query 1463 ACTTGTTCCTC-AAAAACTTCCTGAAGAACTTTACTGGTTAGAGGAAGAAAATATGATTT 1521 ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1197 ACTTGTTCCTCGAAAAAC-TCCTGAAGAACTTTACTGGTTAGAGGAAGAAAATATGATTT 1255 Query 1522 TTAGAAAACTTCAGGAGGATAGGCGGTTAAAAGAGGAAGTTATGCGTGCCAAGATGGAAA 1581 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256 TTAGAAAACTTCAGGAGGAGAGGCGGTTAAAAGAGGAAGTTATGCGTGCCAAGATGGAAA 1315 Query 1582 AAACAGCTCGCTTGAAAGCTGAAACTAAGGAAAGAACACTGAAAAAGTTTCTGCTATCCC 1641 | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1316 AGACAGCTCGCTTGAAAGCCGAAACTAAGGAAAGAACACTTAAAAAGTTTCTGCTATCCC 1375 Query 1642 AGAAAGACGTGGTTTACACCGAGCCTCTAGAGATTCAAGCAGGAAACCCTGTGACTGTAT 1701 ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1376 AGAAAGACGTGGTTTACACTGAGCCTGTAGAGATTCAAGCAGGAAACCCTGTGACTGTTT 1435 Query 1702 TGTACAATCCTGCAAACACGGTTTTGAATGGAAAACCTGAAGTTTGGTTTAGAGGCTCTT 1761 | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1436 TATACAATCCTGCAAACACGGTTTTGAATGGAAAGCCTGAAGTTTGGTTTAGAGGCTCTT 1495 Query 1762 TTAATCGTTGGACTCACCGCTTGGGCCCTTTGCCACCTCAGAAAATGGAAGCAACAGATG 1821 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1496 TTAATCGTTGGACTCACCGCTTGGGCCCTTTGCCACCTCAGAAAATGGAAGCAGCAGATG 1555 Query 1822 ATGAAAGCTCACATGTGAAGACTACGGCTAAGGTCCCATTGGATGCTTACATGATGGACT 1881 ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1556 ATGGAAGCTCACACATGAAGACTACGGCTAAGGTCCCATTGGATGCTTACATGATGGACT 1615 Query 1882 TTGTGTTCTCTGAGAAAGAGGATGGCGGAATATTTGATAACAAAAATGGTCTGGATTACC 1941 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 TTGTGTTCTCTGAGAAAGAGGATGGCGGAATATTCGATAACAAAAATGGTCTGGATTACC 1675 Query 1942 ATTTACCAGTCGTGGGAGGTATTTCAAAGGAACCACCATTGCACATTGTTCATATTGCTG 2001 ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1676 ATTTACCGGTTGTGGGAGGTATTTCAAAGGAACCACCATTGCACATTGTTCATATTGCTG 1735 Query 2002 TTGAAATGGCACCCATCGCAAAGGTTGGTGGCCTAGGTGATGTTGTCACTAGTCTATCTC 2061 |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1736 TTGAAATGGCACCCATCGCAAAGGTTGGAGGTCTAGGTGATGTCGTCACTAGTCTATCTC 1795 Query 2062 GCGCTGTTCAAGAATTAAACCATAATGTGGATAT-AGTTTTTCCAAAGTATGATTGCATA 2120 ||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| || Sbjct 1796 GCGCTGTTCAAGAATTAAACCATAATGTGGACATCA-TTTTTCCAAAGTATGATTGCTTA 1854 Query 2121 AAGCACAATTTTGTGAAGGACTTGCAATTTAACAGAAGCTATCACTGGGGAGGAACTGAA 2180 |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1855 AAGCACAACTTTGTGAAGGACTTGCAATTCAACAGAAGCTATCACTGGGGAGGAACCGAA 1914 Query 2181 ATAAAAGTTTGGCATGGAAAAGTAGAAGGCCTTTCGGTTTACTTCTTAGATCCACAAAAT 2240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1915 ATAAAAGTTTGGCATGGAAAAGTAGAAGGCCTTTCTGTTTACTTCTTAGATCCACAAAAT 1974 Query 2241 GGATTGTTTCAGCGAGGATGTGTTTACGGTTGTGCAGATGATGCAGGAAGATTCGGTTTC 2300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1975 GGATTGTTTCAGCGAGGATGTGTTTACGGTTGTGCAGATGATGCAGGAAGATTCGGTTTC 2034 Query 2301 TTCTGTCATGCGGCTCTTGAATTTCTTCTCCAAGGAGGTTTCCATCCAGACATTCTTCAC 2360 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2035 TTCTGTCATGCGGCTCTTGAATTTCTTCTCCAAGGAGGTTTCCATCCAGACATCCTTCAC 2094 Query 2361 TGTCATGACTGGTCTAGTGCTCCGGTTTCATGGTTATTCAAGGATCATTACAC-ACAGTA 2419 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | | || Sbjct 2095 TGTCACGACTGGTCTAGTGCTCCGGTTTCATGGTTATTCAAGGATCAATACACGA-ATTA 2153 Query 2420 CGGTTTAATTAAAACCCGTATTGTCTTCACAATTCATAATTTGGAATTTGGAGCGAATGC 2479 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2154 CGGTTTAATTAAAACCCGTGTTGTCTTCACAATTCATAATTTGGAATTTGGAGCAAATGC 2213 Query 2480 CATTGGTAAAGCAATGACATTTGCAGACAAAGCCACAACGGTTTCACCAACTTATGCTAA 2539 ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 2214 CATTGGTAAAGCAATGAAATTTGCAGACAAAGCTACAACGGTTTCGCCAACCTATGCTAA 2273 Query 2540 GGAAGTTGCTGGAAACTCTG-TAATCTCTGCACATTTATACAAATTTCACGGAATTATAA 2598 |||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||| Sbjct 2274 GGAAGTTGCTGGAAACTC-GCTAATCTCTCCTCATTTATACAAGTTTCACGGAATCATAA 2332 Query 2599 ACGGGATTGACCCAGATATATGGGATCCATATAACGATAACTTTATTCCCGTACCTTATA 2658 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2333 ACGGGATCGACCCAGATATATGGGATCCATATAACGATAACTTTATTCCCGTACCTTATA 2392 Query 2659 CTTCAGAGAACGTTGTAGAAGGCAAAAGAGCAGCCAAGGAAGAATTGCAAAACAGGCTTG 2718 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2393 CTTCAGAGAACGTTGTAGAAGGCAAAAGAGCAGCCAAGGAAGAATTGCAAAACAGGCTTG 2452 Query 2719 GACTAAAGAGTGCCGATTTTCCAGTAGTAGGAATTATTACGCGCTTAACACACCAGAAGG 2778 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2453 GACTAAAGAGTGCCGATCTTCCAGTAGTAGGAATTATTACGCGCTTAACACACCAGAAGG 2512 Query 2779 GAATACATTTGATCAAGCACGCTATTTGGCGTACCTTGGAACGGAATGGACAGGTTGTCT 2838 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2513 GAATACATTTGATCAAGCACGCTATTTGGCGTACCTTGGAACGGAATGGACAGGTTGTCT 2572 Query 2839 TATTAGGTTCAGCTCCAGATCCTCGGATCCAAAATGATTTTGTAAACTTGGCAAACCAAT 2898 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2573 TGTTAGGTTCAGCTCCAGATCCTCGGATCCAAAATGATTTTGTAAACTTGGCAAACCAAT 2632 Query 2899 TACATTCTTCTCATGGTGACCGGGCTCGGCTTGTTCTAACCTACGATGAACCTCTTTCCC 2958 | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2633 TGCATTCTTCTCATGGTGACCGAGCTCGGCTTGTTCTAACCTACGATGAACCTCTTTCCC 2692 Query 2959 ATTTGATTTATGCTGGGGCTGACTTTATTCTTGTACCGTCGATATTTGAGCCATGTGGAC 3018 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 2693 ATTTGATTTACGCTGGGGCTGACTTTATTCTTGTACCGTCAATATTTGAGCCGTGTGGAC 2752 Query 3019 TGACACAGCTCATAGCCATGAGATACGGCGCTGTTCCTGTTGTTAGAAAAACTGGAGGAC 3078 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2753 TGACACAGCTCATAGCCATGAGATACGGTGCTGTTCCTGTTGTTAGAAAAACTGGAGGAC 2812 Query 3079 TCTTTGATACGGTTTTTGATGTTGACCACGATAAAGAAAGGGCACAAGCTCAAGTTCTAG 3138 ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2813 TCTTTGACACAGTATTTGATGTTGACCACGATAAAGAAAGGGCACAAGCTCAAGTTCTAG 2872 Query 3139 AACCTAATGGTTTCAGCTTCGACGGAGCTGATGCTCCTGGTGTTGATTATGCTCTCAATA 3198 |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2873 AACCTAATGGCTTCAGCTTCGACGGGGCTGATGCTCCTGGTGTTGATTATGCTCTCAATA 2932 Query 3199 GGGCGATATCGGCGTGGTACGATGGTAGAGAGTGGTTTAACTCGCTGTGCAAGACGGTGA 3258 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2933 GGGCGATATCGGCGTGGTACGATGGTAGAGAGTGGTTTAACTCGCTGTGCAAGACGGTGA 2992 Query 3259 TGGAGCAAGACTGGTCATGGAACCGTCCTGCACTTGAGTATCTTGAGCTCTATCACTCTG 3318 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 2993 TGGAGCAAGACTGGTCATGGAACCGTCCTGCACTTGAATATCTTGAGCTTTATCACTCTG 3052 Query 3319 CACGCAAGT 3327 ||||||||| Sbjct 3053 CACGCAAGT 3061 Score = 379 bits (205), Expect = 7e-104 Identities = 230/242 (95%), Gaps = 2/242 (1%) Strand=Plus/Plus Query 252 ATGGCTGCTTCAGGACCAAAAAGCTCAGGTCCCAGAGGTTTTGGGCGACGAA-CAACAGT 310 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||| Sbjct 1 ATGGCTGCTTCAGGACCAAAAAGCTCAGGTCCCAGAGGTTTTGGACGAC-AACCAACAGT 59 Query 311 AGGAAGTGCTCAGAAAAGAACTCAGAAGAAGAATGGTGAAAAAGATAGTAATGCCACTTC 370 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 60 AGGAAGTGCTCAGAAAAGAACTCAGAAGAAGAATGGTGAAAAAGATAGTAATGCCACTTC 119 Query 371 TACAGCAACAAACGAGGTTTCAGGGATTAGTAAGTTGCCCGCAGCTAAAGTGGATGTACA 430 ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 120 TACAGCAACAAACGAGGTTTCAGGGGTTACTAAGTTGCCCGAAGCTAAAGCGGATGTACA 179 Query 431 GAAGCAAAGCTCTGTTGTTTTGAATGAGAGAAATGTGTTAGATAGGTCGGATATTGAGGA 490 ||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 180 GAAACAAGGCTCTGTTGTTTTTAATGAGAGGAATGTGTTAGATAAGTCGGATATTGAGGA 239 Query 491 TG 492 || Sbjct 240 TG 241 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 133429850938 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5