BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G12420.1 Length=1858 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg471392 jgi|Araly1|471392|fgenesh2_kg.1__1346__AT1G12420.1 2723 0.0 Ahg922676 jgi|Araly1|922676|scaffold_103957.1 521 6e-147 > Ahg471392 jgi|Araly1|471392|fgenesh2_kg.1__1346__AT1G12420.1 Length=1805 Score = 2723 bits (1474), Expect = 0.0 Identities = 1731/1847 (94%), Gaps = 50/1847 (3%) Strand=Plus/Plus Query 1 TGGAAGGATTATGTGAAAGCGTGCTTTGTCTATCATTCTagagagagagagagagagaaa 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | Sbjct 1 TGGAAGGATTATGTGAAAGCGTGCTTTGTCTATCA-TCT----AGAGAGAGAGAGAG--A 53 Query 61 aaaaGTAACAGTTTCTCAGACCAATAAAAACGGCACCGTTCATTTAGACAGAAACGCTGG 120 |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 54 AAAAGTAACAGTTTTTCGGAGCAATAAAAACGGCACCGTTCATTTAGAGAGAAACGCTGG 113 Query 121 TGAAGAGAGATTTTAGATGTGTTAATTTTGCTGGAATTCTTTagaagaagaagaagaaga 180 || | | ||||||| | | | || | | || |||||| |||||||| Sbjct 114 TG-A-ATAGATTTT--A---G---A---TG-T-G------TT---AGAAGACGAAGAAGA 149 Query 181 aACAGAGGTTGAAAACGACGGCGTATTAGTTTGTATCAGAGATGGCGATGAAGGGTTATT 240 | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 150 ACCAGAGGTTGAAAACGACGGCGTATTAGTTTGTATTAGAGATGGCGATGAAGGGTTATT 209 Query 241 TGGATGAGTATGAAAAGCTTGTTATTAGGATGAACACTCCAAGGGTCGTTATCGACAATG 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 210 TGGATGAGTATGAAAAGCTTGTTATTAGGATGAACACTCCGAGGGTCGTTATCGACAATG 269 Query 301 GTGTTTGTTCTTCAGCGACAATCGTCAAGGTTGATAGTTCAAGAAGAAATGGGATATTGT 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 270 GTGTTTGTTCTTCAGCGACAATCGTCAAGGTTGATAGTTCAAGAAGAAATGGGATACTGT 329 Query 361 TAGAAGCTGTACAAATTCTCACAGATTTGAATCTCTCCATTAAAAAAGCTTACATTTCTT 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 330 TAGAAGCTGTACAAATTCTCACAGATTTGAATCTCTCCATTAAAAAAGCTTACATTTCTT 389 Query 421 CTGATGGAACATGGAACATGGATGTTTTTCATGTCACTGACTTAAACGGAAACAAATTGA 480 ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 390 CTGATGGAAGATGGAACATGGATGTTTTTCATGTGACTGACTTAAACGGAAACAAATTGA 449 Query 481 ATGACCAGAGCGTCTTGAGATACATTGAACAGTCGATCGAGACGGTTTACTATGGAGAAA 540 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 450 ATGACCAGAGCGTCTTGAGATACATTGAACAGTCGATTGAGACGGTTTACTATGGAGAAA 509 Query 541 ACATTGAAGTAAACGGTTTAACAGCTTTGGAGTTAACCGGAACAGACCGAATCGGTTTAC 600 |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 510 ACATTGAAGTAAACTGTTTAACAGCTTTAGAGTTAACCGGAACAGACCGAATCGGTTTAC 569 Query 601 TATCTGAGATGTTTGCGGTTCTCTCTGATCTCAACTGTGATGTGGTTGACGCTAAGCTAT 660 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 570 TGTCTGAGATGTTTGCGGTTCTCTCTGATCTCAACTGTGATGTGGTTGACGCTAAGCTAT 629 Query 661 GGACACATAACGGTAGAGTTGCTTCTGTGATCTATCTCAAAGATTGTATCTCAGGAGCTC 720 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||| Sbjct 630 GGACACATAATGGTAGAGTTGCTTCTGTGATCTATCTCAGAGATGGTAGCTCTGGAGCTC 689 Query 721 CGATTCTCGATTCTCACCGGATATCAAAGATCGAAGGACGGTTAAAGAACGTTTTGAATG 780 ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 690 CGATTCTTGATTCTCAACGGATATCAAAGATCGAGGGACGGTTAAAGAACGTTTTGAATG 749 Query 781 GCGATAACGATGTTAACTCTGCTGCAAAGACTTGTGTTACTGTGGATTCGATGATGCATA 840 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | Sbjct 750 GTGATAACGATGTTAACTCTGCTGCAAAGACTTGTGTTTCTGTGGATTCGATGATGCACA 809 Query 841 TCGAACGTAGACTTCATCAGCTTATGTTTGAAGATAGAGACTACGAGAGGAGATCTAAGA 900 | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || | Sbjct 810 TAGAACGTAGACTTCATCAGCTAATGTTTGAAGATAGAGACTATGAGAGGAGATCCAATA 869 Query 901 AACATGAGAGATCTCCAATGGTGGTTGTGACGGTTCAGAATTGGGCTGAGAGGGGTTACT 960 |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 870 AACAGGAGAGATCTCCAACGGTGGTTGTGACGGTTCAGAATTGGGCTGAGAGGAGTTACT 929 Query 961 CTGTCGTTAATGTTCATTGTCGGGACCGGACCAAGCTTCTATTCGATGTGGTTTGTACGT 1020 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 930 CTGTCGTTAATGTTCATTGTCGGGACCGGACCAAGCTTCTATTCGATGTGGTTTGTACGT 989 Query 1021 TAACCGATATGGAATATGCTGTGTTTCATGCTACTATCAACACAGCTGAAGACCAAGCTC 1080 ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 990 TAACCGATATGGAATATGCCGTGTTCCACGCTACTATCAACACGGCTGAAGACCAAGCTC 1049 Query 1081 ACTTGGAATTCTATATCCGGCATAAGGATGGATCACCGATAAGTTCGGAAGCAGAGAGGC 1140 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1050 ACTTGGAATTCTATATCCGGCATAAAGATGGATCACCGATAAGTTCGGAGGCAGAGAGGC 1109 Query 1141 AACGAGTGATTCAATGCTTAGAGGCTGCAGTTGAAAGAAGAGCACTAGAGGGAGTGAGAT 1200 ||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1110 AACGAGTGATTTTATGCTTAGAAGCTGCAGTCGAAAGAAGAGCACTAGAGGGAGTGAGAT 1169 Query 1201 TAGAGCTGAGGCATCCGGACAAACAAGGTTTACTAGCGGAAGTAACGCGGACATTCAGAG 1260 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 1170 TAGAGCTGAGGCATCCGGACAAACAAGGCTTACTAGCTGAAGTAACTCGGACATTCAGAG 1229 Query 1261 AAAACGGTCTGAATGTTACAAGAACAGAGATATCAACGAGTAGCGACATGGCTACAAACA 1320 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1230 AAAACGGTCTGAATGTTACAAGAACAGAGATATCAACGAGTAGCGAGATGGCTACAAACA 1289 Query 1321 TATTCTATGTAACTGATGCAAATGGAGACGAACCGGACTTCAAATTGATTGAATCGGTTA 1380 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1290 TATTCTATGTAACTGATGCAAATGGAGACGAACCAGACTTCAAATTGATTGAATCGGTTA 1349 Query 1381 GGGAGAAAATCGGTTTGGAGTGTTTGAGAGTGAAGGAGATGCCAACAATGTATCATAAGA 1440 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| Sbjct 1350 GGGAGAAAATCGGTTTGGAGTGTTTAAGAGTGAAGGAAATGCCAACAATGAATCATAAGA 1409 Query 1441 AGGGAGATGGAGAAGAACAACAACAAACCAAAGCAGTGTTGGTTTCACTTGGAAGTTTGG 1500 |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1410 AGGGAGATGGAGAAGAACAACAG-A--CCAAAGCAGTGTTGGTTTCACTTGGGAGTTTGG 1466 Query 1501 TTTGGAGAAATCTATTCAACTTTGGTCTTATCAAATCATGTTCTTAAATCTTTCAAATCT 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1467 TTTGGAGAAATCTATTCAACTTTGGTCTTATCAAATCATGTTCTTAAATCATTCAAATCT 1526 Query 1561 TGGGTTGACCGAACCACCGGTTCGATGAAATTCATCCTTTGAGAGGCACGCGGATTTTGT 1620 | |||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1527 TTGGTTAACCGAACCAC-G-----ATGAAATTCATCCTTTGAGAGGCACGCGGACTTTGT 1580 Query 1621 TTAAGAAGTCTGCTTGCCTTGGAAAGGATAAACCTTTTGATTCG-TGTGGTTTGATAGGT 1679 ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||| || || ||||||| | ||||| Sbjct 1581 TTAAGAAGTCTGCGTGCCTTAGAAAGGATAAACTTTTTTAT-CGGTGTGGTTGG-TAGGT 1638 Query 1680 TAAATTTTAAGTTAGGTGATGGTTTGGTCATGTCATGTTATTGTAAATATAGAAAAAGAG 1739 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1639 TAAATTTTAAGTTAGGTGATGGTTTGGTCATGTCATGTTATTGTAAATAGAGAAAAAGAG 1698 Query 1740 GAGAGGGATGATTAGAAATTCAGAAATTGCTTACtttttttt-t------ATTGTGGGGT 1792 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| Sbjct 1699 GAGAGGGATGATTAGAAATTCAGAAATTGCTTACTTTTTTTTCTTTTTTTATTGTGGGGT 1758 Query 1793 TTTAGATGAAAGAAGAGGTTGTACAAAAGTTTCTAAGATTAATTATT 1839 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1759 TTTAGATGATAGAAGAGGTTGTACAAAAGTTTCTAAGATTAATTATT 1805 > Ahg922676 jgi|Araly1|922676|scaffold_103957.1 Length=382 Score = 521 bits (282), Expect = 6e-147 Identities = 349/382 (91%), Gaps = 1/382 (0%) Strand=Plus/Plus Query 589 GAATCGGTTTACTATCTGAGATGTTTGCGGTTCTCTCTGATCTCAACTGTGATGTGGTTG 648 |||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| |||| Sbjct 1 GAATCGCTTTACTATCTGAGATGTTTGCCGTCCTCTCTGATCTAAATTGTGATGTTGTTG 60 Query 649 ACGCTAAGCTATGGACACATAACGGTAGAGTTGCTTCTGTGATCTATCTCAAAGATTGTA 708 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| Sbjct 61 ACGCTAAGCTATGGACACATAATGGTAGAGTTGCTTATGTGATCTATCTCATAGATGGTA 120 Query 709 TCTCAGGAGCTCCGATTCTCGATTCTCACCGGATATCAAAGATCGAAGGACGGTTAAAGA 768 |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| Sbjct 121 GCTCAGGAGCTCCGATTCTTGATTCTCAGCGGATATCCAAGATCGAAGGATGGTTAAAGA 180 Query 769 ACGTTTTGAATGGCGATAACGATGTTAACTCTGCTGCAAAGACTTGTGTTACTGTGGATT 828 |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 181 ACGTTTTGAATGTTGATAACGATGTTAACTCCGCTGCAAAGACTTGTGTTTCTATGGATT 240 Query 829 CGATGATGCATATCGAACGTAGACTTCATCAGCTTATGTTTGAAGATAGAGACTACGAGA 888 | |||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 CAATGATGCACATAGAACATAGACTTCATCAGCTTATGTTTGAAGATAGAGACTACGAGA 300 Query 889 GGAGATCTAAGAAACATGAGAGATCTCCAATGGTGGTTGTGAC-GGTTCAGAATTGGGCT 947 ||||||| | |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 301 GGAGATCCGATAAACCGGAGAGATCTGCAATGGTGGTTGTGATTGGTTCAGAATTGGGCT 360 Query 948 GAGAGGGGTTACTCTGTCGTTA 969 |||| ||||||||||||||||| Sbjct 361 GAGATGGGTTACTCTGTCGTTA 382 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 69781328840 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5