BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G12470.1 Length=3236 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg334537 jgi|Araly1|334537|fgenesh1_pg.C_scaffold_1001102 3766 0.0 > Ahg334537 jgi|Araly1|334537|fgenesh1_pg.C_scaffold_1001102 Length=3021 Score = 3766 bits (2039), Expect = 0.0 Identities = 2209/2292 (96%), Gaps = 7/2292 (0%) Strand=Plus/Plus Query 759 TGAACTACATTTCTTTATAAAGCAACGAAGAGCGGTGCATTTTGCATGG-TTATCAGGGA 817 ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | Sbjct 732 TGAGCTACATTTCTATATAAAGCAACGAAGAGCGGTGCATTTTGCATGGCTT-TCAGGAA 790 Query 818 CAGGAATTTATCATGGTGGCCTAAATTTTGGAGCTCAGCACAGTTATCCAAATGGCGATG 877 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 791 CAGGAATTTATCATGGTGGCCTAAATTTTGGAGCTCAGCACAGTTATCCAAATGGTGATG 850 Query 878 AGAACTTTGTGGAGAACAAAGCACTCTTGGACTACTCAAAACTGAGTGATGGAACTGAAG 937 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 851 AGAACTTTGTGGAGAACAAAGCACTCTTGGACTACTCAAAACTGAGTGATGGCACTGAAG 910 Query 938 CAGTCAAGCCTGGTTCGATGGCACTCTCTGAGTATCATTTCTTGCTTCTTATTGGGAATA 997 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 911 CAGTCAAGCCTGGTTCGATGGCACTCTCTGAATATCATTTCTTGCTTCTTATTGGGAATA 970 Query 998 AGGTTAAGGTTGTCAATCGGATAAGTGAACAAATCATTGAAGAGCTCCAGTTTGATATCA 1057 ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 971 AGGTTAAGGTTGTGAATCGCATAAGTGAACAAATCATTGAAGAGCTCCAGTTTGATATAA 1030 Query 1058 CCTCAGATTCAGTT-TCAAGGGGCATAATTGGACTTTGCAGTGATGCCTCTGCTAACGTT 1116 | |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1031 CGTCAGATTCAGTTAT-GAGGGGCATAATTGGACTTTGCAGTGATGCCTCTGCTGGCGTT 1089 Query 1117 TTCTATGCATATGATCAAAATTCGATATTCCAGGTTTCTGTGATTGACGAAGGACGAGAT 1176 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1090 TTCTATGCATATGATCAAAATTCGATATTCCAGGTTTCTGTGATTGACGAAGGCCGAGAT 1149 Query 1177 ATGTGGAAGGTTTACCTGGACTTGAAAGTCTATGCTGCAGCTTTAGCAAACTGTCGTGAC 1236 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1150 ATGTGGAAGGTTTACCTGGACTTGAAAGTCTATGCTGCAGCTTTAGCAAACTGTCGTGAC 1209 Query 1237 CCTCTCCAGAGAGACCAAGTTTATTTAGTTCAGGCAGAATCTGCATTCACCGACAAGGAA 1296 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| Sbjct 1210 CCTCTCCAGAGAGACCAAGTTTATTTAGTTCAGGCAGAAGCTGCATTCACCAATAAGGAA 1269 Query 1297 TATCTGCGAGCAGCATCATTCTACGCCAAAATCAATTATGTAATATCTTTTGAGGAGGTC 1356 |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1270 TATCTGCGAGCAGCATCATTCTACGCGAAAGTCAATTATGTAATATCTTTTGAGGAGGTC 1329 Query 1357 ACTTTGAAGTTTATTAGTATCAACGAACCGGAAGCTTTGAGGACGTTCTTGTTGCATAAG 1416 |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||||||| Sbjct 1330 ACTTTGAAGTTTATTAGTATAAACGAACCAGAAGCTTTAAGAACATTCTTGTTGCATAAG 1389 Query 1417 CTTGATAATCTTTCAAAGGATGATAAATGCCAAATAACGATGATATCAACATGGGCAACT 1476 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 1390 CTTGATAATCTTTCAAAGGAGGATAAATGCCAAATTACCATGATATCAACATGGGCAACT 1449 Query 1477 GAGCTATATCTGGACAAGATAAATCGGCTGCTTTTGGAAGATGACACTGCTATAGAAAAT 1536 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1450 GAGCTGTATCTGGACAAGATAAATCGGCTGCTTTTGGAAGATGACACTGCTATAGAAAAT 1509 Query 1537 CGTGACTCGGAGTATCACTCAGTCATTCAAGAATTCCGTGCTTTCATGAGCGATTGCAAG 1596 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1510 CGCGACTCGGAGTATCACTCAGTCATTCAAGAATTCCGTGCTTTCATGAGCGATTGCAAG 1569 Query 1597 GATGAATTGGACGAGGCAACCACAGTGAAAATTCTGGAGAGTTATGGTCGGGTTGAGGAA 1656 |||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1570 GATGTATTGGATGAGGCAACCACAATGAAACTTCTGGAAAGTTATGGTCGGGTTGAGGAA 1629 Query 1657 TTGGTATATTTTGCAAACTTGAAGGAGCAGTATGAAATTGTAGTTCTCCATTATATTCAG 1716 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1630 TTGGTATATTTTGCAAACTTGAAGGAGCAGTATGAAATTGTAGTTCACCATTATATTCAG 1689 Query 1717 CAAGGGGAAGCAAAGAAAGCATTGGAAGTGCTCCAAAAATCTTCAGTTTCAGTTGAACTC 1776 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1690 CAAGGTGAAGCAAAGAAAGCATTGGAAGTGCTCCAAAAATCTTCAGTTTCAGTTGAACTT 1749 Query 1777 CAGTATCAATTTGCGCCAGAACTTATTATGCTTGACGCATATGAAACCGTGGAATCATGG 1836 |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1750 CAGTATAAATTTGCTCCAGAACTTATTATGCTTGACGCATATGAAACCGTGGAAGCATGG 1809 Query 1837 ATGGCCAACAAAAATCTTAATCCAAGGAGATTAATTACTGCAATGATGCGTTACTCGAGC 1896 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1810 ATGGCCAACAAAAATCTTAATCCAAGGAGATTAATTACTGCAATGATGCGTTACTCTAGC 1869 Query 1897 GGACCTCATGCAAAGAACGAGACACATGAGGTCATCAAATATCTTGAGTTTTGCGTCCAC 1956 | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1870 GAACCTCATGCAAAGAACGAGACACATGAAGTCATCAAATATCTTGAGTTTTGCGTCCAC 1929 Query 1957 CGTCTGCATAACGAGGATCCAGGGATTCACAGTTTACTTCTCTCATTATATGCCAAGCAG 2016 ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1930 CGTCTGCATAACGAGGATCCAGGGATTCACAATCTGCTTCTCTCATTATATGCCAAGCAG 1989 Query 2017 GAAGATGACGGTGCCCTCCTCCGTTTTCTGCAATGCAAATTTGGGAAAGGACGAGAGAAT 2076 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1990 GAAGATGACAGTGCCCTCCTCCGTTTTCTGCAATGCAAATTTGGGAAAGGACGGGAGAAC 2049 Query 2077 GGTCCCGAATTTTTCTATGATCCCAAATATGCATTGCGCCTATGTCTCAAGGAAAGGAGA 2136 ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2050 GGTCCCGAATTTTTCTACGATCCCAAATATGCGTTGCGCCTATGTCTCAAGGAAAAGAGA 2109 Query 2137 ACCCGTGCCTGTGTCCATATATACAGCATGATGTCTATGCATGAAGAGGCAGTAGCCCTT 2196 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2110 ACCCGTGCCTGTGTCCATATATACAGCATGATGTCTATGCATGAAGAGGCAGTAGCCCTT 2169 Query 2197 GCTCTTCAGATTGATCCGGAACTTGCTATGGCTGAGGCTGATAAGGTCGAAGATGATGAA 2256 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2170 GCTCTTCAGATTGATCCAGAACTTGCTATGGCTGAGGCTGATAAGGTTGAAGATGATGAA 2229 Query 2257 GACTTGAGAAAGAAGCTGTGGCTGATGGTTGCAAAGCATGTCGTCAAGCAGGAAAAGGGA 2316 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2230 GACTTGAGAAAGAAGCTGTGGCTGATGGTTGCAAAGCATGTTGTCAAGCAGGAAAAGGGA 2289 Query 2317 GCTAAAAGGGAAAACATACGAAAAGCTATTGCCTTTCTCAAGGAAACTGATGGCCTTCTA 2376 |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2290 GCTAAAAGGGAAAACATAAGGAAAGCTATTGCCTTTCTCAAGGAAACTGATGGCCTTCTA 2349 Query 2377 AAGATTGAAGATATTTTGCCTTTCTTTCCGGACTTTGCCTTAATTGATGACTTCAAGGAA 2436 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2350 AAGATTGAAGATATTTTGCCTTTCTTTCCGGACTTTGCCTTAATTGATGACTTCAAGGAA 2409 Query 2437 GCGATTTGCTCATCTCTCGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAACTGAAAGAGGAGATG 2496 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2410 GCGATTTGCTCATCTCTCGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAATTGAAAGAGGAGATG 2469 Query 2497 AATGATGCCACACGTGGTGCAGATAACATTAGAAATGATATTAGTGCGCTAACTCAAAGA 2556 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2470 AATGATGCCACACGTGGTGCAGATAACATTAGAAATGATATTAGTGCGCTAACTCAAAGA 2529 Query 2557 TATGCCGTTATTGACCGCGACGAGGAATGTGGGGTTTGTAAACGTAAAATCTTGATGATG 2616 ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2530 TATGCTGTAATTGACCGCGACGAGGAATGCGGGGTTTGTAAACGTAAAATCTTGATGATG 2589 Query 2617 AGCGGTGATTTCAGAATGGCCCAGGGATATTCTTCAGCGGGACCATTGGCTCCTTTTTAT 2676 | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2590 ACCGGGGATTTCAGAATGGCCCAGGGACATTCTTCAGCGGGACCATTGGCTCCTTTTTAT 2649 Query 2677 GTCTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCACAGTGCCTGATCACACACGTCACAAGCTGT 2736 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2650 GTCTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCACAGTGCCTGATCACACACGTCACAAGCTGT 2709 Query 2737 GCACACGAAGAGCAAGCCGAGCATATACTCGATCTGCAGAAGCAACTGACATTGCTTGGA 2796 ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 2710 GCACATGAAGAACAAGCCGAGCACATACTCGATCTGCAGAAGCAGCTCACATTGCTTGGT 2769 Query 2797 AGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAACCGATCTGATGAACCCATAACAAGCACAACA 2856 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2770 AGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAATCGATCTGATGAACCCATAACTAGCACAACT 2829 Query 2857 ACTGCAGACAAGCTTCGATCAGAGCTAGATGATGCTATTGCCAGCGAATGCCCGTTCTGT 2916 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2830 ACTGCAGACAAGCTTCGATCAGAGCTAGATGATGCTATTGCCAGCGAATGCCCGTTCTGT 2889 Query 2917 GGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGCCTTTTATTAAACCTGAGGATTCACAGTAT 2976 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || Sbjct 2890 GGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGCCTTTTATTAAACCAGAGGATTCACAGCAT 2949 Query 2977 TCTACTTCATGGGACCTCCGATCAG-A--GACCAACTTAGCAAACCAGAGGACCATTTCT 3033 ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2950 TCTACTTCATGGGACCTCCGACCAGCACAGACCAACTTAGCAAACCAGAGGACCATTTCT 3009 Query 3034 TTGCCTGTTTGA 3045 |||||||||||| Sbjct 3010 TTGCCTGTTTGA 3021 Score = 1112 bits (602), Expect = 0.0 Identities = 652/677 (96%), Gaps = 0/677 (0%) Strand=Plus/Plus Query 79 ATGGATCAAGGAAGGCAAGTGTTTTCAGTAGATCTTCTCGAGAGATATGCGACAAAGAAT 138 ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1 ATGGATCAAGGAAGGCAAGCGTTTTCAGTTGATCTTCTCGAGAGATATGCCACAAAGAAT 60 Query 139 CGTGGCATGATTACATGTATGGCTGCTGGGAATGATGTAATTGTTCTTGGAACAAGTAAA 198 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CGTGGCATGATTACATGTATGGCTGCTGGGAATGATGTAATTGTTCTTGGAACAAGTAAA 120 Query 199 GGATGGATTATCCGGTATGATTTCGGAGTTGGGAGTTCTAATGATATTGATCTCGCTGTT 258 |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 121 GGATGGATTATCCGCCATGATTTCGGAGTTGGGGGTTCTTCTGATATTGATCTCGCTGTT 180 Query 259 GGTCGAACTGGGGAGCAATCAATTCACAAGGTTTTTGTTGATCCTGGTGGTAGTCATTGC 318 ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GGTCGGACTGGGGAGCAATCGATTCACAAGGTTTTTGTTGATCCTGGTGGTAGTCATTGC 240 Query 319 ATTGCTACAGTCACTGGTGTTGGAGGAGCTGAAACTTTTTATACTCATGCAAAGTGGCTT 378 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 241 ATTGCTACAGTGACTGGTGTTGGAGGAGCTGAAACTTTTTATACTCATGCAAAGTGGCCT 300 Query 379 AAGCCGCGTGTGTTGAGCCGTTTGAAAGGTTTGCTCGTTAATGCCGTGGCTTGGAATAGA 438 ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||| Sbjct 301 AAGCCGCGTGTGTTGAGCCGTTTGAAAGGTTTGGTGGTTAACGCTGTGGCTTGGAATAGA 360 Query 439 CAGCAGATAACTGAAGTTTCTACTAAGGAGATCATTCTGGGCACTCAGGATGGGCAGCTG 498 || |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CAACAGATAACAGAAGTTTCTACTAAGGAGATCATTGTGGGCACTCAGGATGGGCAGCTG 420 Query 499 TTTGAGATGGCCGTGGATGAGAAGGATAAGAGAGAGAAGTACATCAAGTTTTTGTTTGAA 558 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 421 TTTGAGATGGCCGTGGATGAGAAGGACAAGAGAGAGAAGTACATCAAGTTTTTGTTTGAA 480 Query 559 TTAGAAGAACTTCCTGAAGCCTTCAAGGCTTTGCAGATGGAAACGGCCAACATAAGCAGT 618 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 CTAGAAGAACTTCCCGAAGCCTTCAAGGCTTTGCAGATGGAAACGGCCAACATAAGCAGT 540 Query 619 GGGATGAGGTACTATGTGATGGCTGTAACCCCTACTCGACTCTACTCGTTTACAGGGATT 678 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 GGGATGAGGTACTATGTGATGGCTGTAACACCTACTCGACTCTACTCGTTTACAGGGATT 600 Query 679 GGAACATTAGAATCTGTTTTTGCTAGTTATAAAGAACGAGCAGTTCATTTTATGGAACTT 738 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 601 GGAACATTAGAATCTGTTTTTGCTAGTTATAAAGAACGTGCAGTCCATTTTATGGAACTT 660 Query 739 CCTGGTGAAATACCAAA 755 ||||||||||||||||| Sbjct 661 CCTGGTGAAATACCAAA 677 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 122126751757 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5