BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G15130.1 Length=2823 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg471702 jgi|Araly1|471702|fgenesh2_kg.1__1656__AT1G15130.1 4351 0.0 > Ahg471702 jgi|Araly1|471702|fgenesh2_kg.1__1656__AT1G15130.1 Length=2771 Score = 4351 bits (2356), Expect = 0.0 Identities = 2667/2811 (95%), Gaps = 45/2811 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 AAGGAAACCAAAAATCGAAGAAAATTAGAAAAATCGGAAGAGCGATCGAAGAGGATTTTG 60 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 AAGGAAACCAAGAATCGAAGAAAATTAGAAAAATCGGAAGAGCGATC------------- 47 Query 61 AACCGCCATGGCTTCTTCTTCGCTCTCTAATCTGATGCTCGCCATTCATGAGAAGAAGAC 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 48 AACCGCCATGGCTTCTTCTTCGCTCTCTAATCTGATGCTCGCCATTCATGAGAAGAAGAC 107 Query 121 GAGCTCCGTTGATCTCTACCGTCCTCTCCGCAACTACGTTACTTTCACCTACTCTGAGCG 180 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 108 AAACTCCGTTGATCTCTACCGTCCTCTCCGCAACTACGTTACTTTCACCTACTCTGAGCG 167 Query 181 CGAGGCTCAGCTTATAGACGACGATCTCGAGACCTTGAAGCAGCTCCGATCCGATATAGA 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 168 CGAGGCTCAGCTTATAGACGACGATCTCGAGACCCTGAAGCAGCTCCGATCCGATTTAGA 227 Query 241 ACGCGTTTCC-GATCCTTCTCCAG-CTGCTCGGCGAGACCTTCTCATCTCCTATTACAAA 298 ||||| |||| ||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 228 ACGCG-TTCCTGATCCCTCTCC-GTCCGCTCGGCGAGACCTTCTCATCTCCTATTACAAA 285 Query 299 GTTCTTTGTCTTGTGGAGACGCGATTTCCAATTTCCCCTGACAAGGATCATGTCAACGCC 358 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 286 GTTCTTTGTCTTGTGGAGACGCGATTTCCAATTTCCCCTGACAAGGATCATGTCAACGCC 345 Query 359 GTCTCTTTCGTATGGTACGATGCTTTCAAGCAAAAGCATAAAGCTACTCAGCAGAACATT 418 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 346 GTCTCTTTCTTATGGTACGATGCTTTCAAGCAAAAGCACAAAGCTACTCAGCAGAACATT 405 Query 419 CAT-TTGGAGAAAGCAGCTGTTCTATTCAATCTTGGTGCTAGCTACAGCCAGATTGGACT 477 ||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 406 CATCTT-GAGAAAGCCGCTGTTCTCTTCAATCTTGGTGCTACCTACAGCCAGATTGGACT 464 Query 478 CGGTCATGACCGCACCACCGTCGATGGGCGTCGTCAGGCTTCACATGCGTTCATGGCTGC 537 ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 465 CGGTCATGATCGAACCACCGTGGATGGGCGTCGTCAGGCCTCACATGCGTTCATCGCTGC 524 Query 538 AGCAGGGGCGTTCGCTCACTTGAGGGATAACGAGTCCATTAAGGCGACGATCGGGCCGAG 597 |||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 525 AGCAGGGGCGTTCGCTTACTTGAAGGAGAACGAGTCCACTAAGGCGACGATCGGGCAGAG 584 Query 598 CACTACCGTGGATGTGTCGGTTGAGTGTGTTGGAATGTTGGAACGGTTGATGGTGGCGCA 657 | | ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 585 CGCCACCGTGGATGTGTCGGTGGAGTGCGTGGGAATGTTGGAACGGTTGATGCTGGCGCA 644 Query 658 GGCGCAGGAATGTGTCTTTGAAAATACCATTGCTAAAGGAAGTACTCCTGGTGTCTCTGC 717 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| Sbjct 645 GGCTCAGGAATGTGTCTTTGAAAATACCATTGCTAAAGGAAGCACTCCTGGTGTTTGTGC 704 Query 718 TAAAATTGCTAGGCAGGTTGGCATATTTTATGAGGAGGCTTTATCTGCGCTAATCATTTC 777 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| ||| Sbjct 705 TAAAATTGCTAGGCAGGTTGGCATATATTATGAGGAAGCTTTAGCTGCGCTAATCACTTC 764 Query 778 GCCATTGAAGGATCATTTCGACAAAGGCTGGATTTCTCATGTGCAGCTGAAAGCAGCACT 837 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 765 GCCATTGAAGGATCATTTCGACAAAGGCTGGATTTCTCATGTGCAGCTCAAAGCAGCACT 824 Query 838 CTTCTATGGTGAAGCTTGCTTTAGATATGGAAAAGAGTTGCACGAGAAAGAGGAAATTGC 897 ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 825 CTTCTATAGTGAAGCTTGCTTTAGGTATGGAAAAGAGTTGCACGAGAAAGAGGAAATTGC 884 Query 898 AGAAGAAATTGCACGGCTGAGGAGTGGAGCCAGCCGTTTGGCAGAAGCAAAGAAGTCTTC 957 ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 885 AGAAGAAATCGCACGGCTGAGGAGCGGAGCCAGTCGTTTGGCAGAAGCAAAGAAGTCTTC 944 Query 958 AAGGGGAGCTCCTGCTCAGCTTATAGAAGCGATGAACACACTAGAGTCTAGCATTAATGG 1017 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 945 AAGGGGAGCTCCTGCTCAGCTTATAGAAGCGATGAACACACTAGAATCGAGCATTAATGC 1004 Query 1018 CAATTTGGATAGGGCTGTCAAGGAAAACGACAGAGTGTACCTCATGAGAGTTCCTTCTCC 1077 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1005 CAATTTGGATAGGGCTGTCAAGGAAAACGACAGAGTGTACCTCATGAGAGTTCCTTCTCC 1064 Query 1078 TTCTTCTTTGTCTCCACTTCCCGCCTTCTCAATGGTTAAGCCAATGAACATGACTGATAT 1137 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1065 TTCTTCTTTGTCTCCACTTCCCACCTTCTCAATGGTTAAGCCAATGAACATGACTGAGAT 1124 Query 1138 TTTGGATGCAAGCAAGGAAAAAATGTTTTCAATCCTTGTTCCAGACAGCAGTGCAAAGGC 1197 |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1125 ATTGGATGCAAGCAAGGAAAAGATGTTTGCAATCCTTGTTCCAGACAGCAGTGCAAAGGC 1184 Query 1198 TCTCTCTAGATACACTGAGATGGTCGATGATGTAATTAGAACTCAGGCGGAGAGATTACA 1257 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1185 TCTCTCTAGATACACTGAGATGGTCGATGATGTAATTAGAACTCAGGCGGAGAGATTACA 1244 Query 1258 GCAAGCTAGCGAACTAACTCGAGTTAGGCTCAAAGAGATGGATCTTCCAGATTCTATTCT 1317 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1245 GCAAGCTAGTGAACTAACTCGAGTTAGGCTCAAAGAGATGGATCTTCCAGATTCTATTCT 1304 Query 1318 CGCTGTGGATGGTAATTCAGCTCTTCCTGTTGATCTTAAAGAAGATGTAGAAGCTGTTCA 1377 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1305 TGCTGTGGATGGTAATTCAGCTCTTCCTGTTGATCTTAAAGAAGATGTAGAAGCTGTTCA 1364 Query 1378 GATCAGTGGTGGTCCAGCTGGCTTGGAAGCTGAACTGCAGCAACTTAGAGATTTGAAGAG 1437 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1365 GATCAGTGGTGGTCCAGCTGGCTTGGAAGCTGAACTGCAGCAACTTCGAGATTTGAAGAG 1424 Query 1438 GGTTAATCAGGAACTGTTGGTGCACACTGAAGAGCTTTTGCAGAAAGAAGCAACTGAAGA 1497 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1425 GGTTAATCAGGAACTGTTGGTGCACACCGAAGAGCTTTTGCAGAAAGAAGCAACTGAAGA 1484 Query 1498 TTCTCAGTTCAGAAGTCAATTTGGGACTCGGTGGACTAGGCCTCAATCTAGCACACTGAC 1557 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1485 CTCTCAGTTCAGAAGTCAATTTGGGACTCGGTGGACTAGGCCTCAATCTAGCACACTGAC 1544 Query 1558 AAAGAACTTGCAGGATAGGCTAAATCGGTTTGCAGCCAATTTGAAACAAGCTGGCGAAAG 1617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1545 AAAGAACTTGCAGGATAGGCTAAATCGGTTTGCAGCCAATTTGAAACAAGCTGGAGAAAG 1604 Query 1618 TGATGTTAAGATTGAGCGATCAGTGAGAGATAACTCCGCCCTCATGTCTATTCTTGATCG 1677 |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1605 TGATGTGAAGATTGAGCGATCAGTGAGAGATAATTCCGCCCTCATGTCTATTCTTGATCG 1664 Query 1678 ACGGCCGATAGAGTCTGCTGTCCCAACTCTTGCTAGGCCAATAATGTCTCTGGACGCAAC 1737 |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1665 ACGGCCAATAGAGTCTGCTGTCCCAACTCTAGCTAGGCCAATAATGTCTCTGGACGCAAC 1724 Query 1738 AGAGGATGCTATTGTGGGAACTTTGAAGCAGAGTCTGAGGCAACTGGAAAATCTTGGTGC 1797 ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1725 AGAGGATGCAATTGTGGGAACTCTGAAGCAGAGTCTGAGGCAACTGGAAAATCTTGGTGC 1784 Query 1798 TCAGCGGGCAGGTCTTGAAGACATGCTCAAAGAGATGAAGAGAAAGGATGACATACTGCC 1857 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1785 TCAGCGGGCTGGTCTTGAAGACATGCTCAAAGAGATGAAAAGAAAAGATGACATACTGCC 1844 Query 1858 AAAGCTGATGACCATAACAGGCTCCTATGAAGATATGTTCAGGAAAGAGATATCAAAGTA 1917 ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1845 TAAGCTGATGACAATTACAGGCTCCTATGAAGATATGTTCAGGAAAGAGATATCCAAGTA 1904 Query 1918 TGACCACATTTGTGAAGATATTTCCCAAAACATTGAAGTTCAAGAACAATTATTGATGCA 1977 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1905 TGATCACATTTGTGAAGATATTTCCCAAAACATTGAAGTTCAAGAACAATTATTGATGCA 1964 Query 1978 AATTCAGGCTCAAAATGAAGAGTTTTCAACTATTTTCAATCTTGAAGATTATAAAGCATC 2037 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1965 AATTCAGGCTCAAAATGAAGAGTTTTCAACTCTTTTCAATCTTGAAGATTATAAAGCATC 2024 Query 2038 CAAGGAGAAGTGCTACAAGCAGATTCAAGCTGCAATAATGAAGTATCGAGAGATCAAGGA 2097 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2025 CAAGGAGAAGTGCTACAAGCAGATTCAAGCTGCTATAATGAAGTATCGAGAGATCAAGGA 2084 Query 2098 GAACATCAATGAGGGCCTGAAGTTCTATGTCACTCTCCAAGATGCAATCACGAATGTGAA 2157 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2085 GAACATCAATGAGGGCCTGAAGTTCTACGTCACTCTCCAAGATGCAATCACGAATGTGAA 2144 Query 2158 GCAGCAGTGCAGTGATTTTGTGATGACAAGGAGTATCCAGTGCCGAGATATGATTGAAGA 2217 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2145 GCAGCAGTGCAGTGATTTTGTAATGACAAGGAGTATCCAGTGCCGAGAAATGATTGAAGA 2204 Query 2218 TGTGCAACGACAGATGTCTGGTTTGAGTTTTCAGGATCATAGAAGCTCCGGCCCATACCC 2277 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2205 TGTGCAACGACAGATGTCTGGTCTGAGTTTTCAGGATCATAGAAGCTCCGGCCCATACCC 2264 Query 2278 ATCTGTGCATCAACCAACGGCTTCAAGTCCGCCTCCTCCACCAGAAACTCAGAATCCATC 2337 |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2265 ATCTGTGCATCAACCAGCTGCTTCAAGTCCGCCTCCTCCACCAGAAACTCAGAATCCATC 2324 Query 2338 TCATCCTCACCCACATGCACCATACTATAGACCGCCTGAGCAGATGTCAAGGCCTGGCTA 2397 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2325 TCATCCTCACCCACATGCACCATACTATAGACCGCCTGAGCAAATGTCAAGGCCTGGCTA 2384 Query 2398 CTCTATCCCACCCTACGGTCCACCTCCCCCATACCATACTCCTCATGGCCAGGCGCCACA 2457 | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||| Sbjct 2385 CACTATCCCACCCTACGGTCCACCTCCCCCGTACCATACTCCTCATGGCCAG-C-C-ACA 2441 Query 2458 ACCATACCCTCCTCAGGCACAGCAACAGCCTCATCCATCATGGCAACAAGGCTCTTACTA 2517 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2442 ACCATACCCTCCTCAGGCCCAGCAACAGCCTCATCCATCATGGCAACAAGGCTCGTACTA 2501 Query 2518 TGATCCGCAGGGACAGCAGCCTCGGCCTCCTTATCCCGGCCAGAGCCCATACCAACCTCC 2577 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2502 TGATCCGCAGGGACAACAGCCTCGGCCTCCTTATCCCGGCCAGAGCCCATACCCACCTCC 2561 Query 2578 TCACCAAGGTGGAGGATACTACAGGCAATGAGTTACTTTGGGAGCAATAAAATTCTGGTG 2637 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 2562 TCACCAAGGTGGCGGATACTACAGGCAATGAGTTACCTTGGGAGCAATAAA-T------- 2613 Query 2638 TTATATATCTATTGTTGTGTTTCCTGTGAGTACTTGATGTGTGTCTATCTCTTTGACATG 2697 || | ||||||||| |||||||||||||||| | || ||||||| ||||||| Sbjct 2614 --AT-T-------GTTGTGTTTACTGTGAGTACTTGATGGGCGTGTATCTCTCTGACATG 2663 Query 2698 TTTCTGTCA-TGAAATT-GAATATCTGGTTTGATAGTGACTCAAATTCTTTATTCAAAGT 2755 ||||| | | ||||||| |||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2664 TTTCT-TGAATGAAATTAGAATCT-TG-TTTAATAGTGACTCAAATTCTTTATTCAAAGT 2720 Query 2756 AGAGCCGATGTGATGGATGAGAGTTGTGTAAAGCACGTTATTCATATATAG 2806 |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2721 AGAGACGATGTGATGGATGAAAGTTGTGTAAAGCACACTATTCATATATAG 2771 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 106538415265 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5