BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G15690.1 Length=2772 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg920472 jgi|Araly1|920472|scaffold_101753.1 3873 0.0 > Ahg920472 jgi|Araly1|920472|scaffold_101753.1 Length=2353 Score = 3873 bits (2097), Expect = 0.0 Identities = 2273/2359 (96%), Gaps = 8/2359 (0%) Strand=Plus/Plus Query 102 tttCTCTTATACGGAGGAGAGAAGATGGTGGCGCCTGCTTTGTTACCGGAGCTCTGGACG 161 |||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1 TTTCTCTTAT-CGGA-G-GAG-AGATGGTGGCGCCTGCTTTATTACCGGAGCTCTGGACG 56 Query 162 GAGATCCTTGTACCGATTTGTGCGGTGATTGGTATCGCCTTTTCGCTTTTCCAATGGTAC 221 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 57 GAGATCCTTGTACCGATTTGTGCGGTGATTGGTATCGCGTTTTCGCTTTTCCAATGGTAC 116 Query 222 GTTGTATCTCGCGTGAAACTCACCTCTGACCTCGGCGCATCGTCTTCCGGTGGAGCTAAC 281 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 117 GTTGTATCTCGCGTGAAACTCACCACTGACCTCGGCGCATCGTCTTCTGGTGGAGCTAAC 176 Query 282 AATGGGAAGAATGGATACGGTGATTATCTAATCGAGGAAGAGGAAGGTGTTAATGACCAG 341 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 177 AATGGGAAGAATGGATACGGTGATTATCTAATCGAGGAAGAGGAAGGTGTTAATGACCAG 236 Query 342 AGTGTTGTCGCTAAGTGCGCTGAGATTCAGACTGCTATTTCCGAAGGTGCAACTTCATTC 401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 237 AGTGTTGTCGCTAAGTGCGCTGAGATTCAGACTGCTATATCTGAAGGTGCAACTTCATTC 296 Query 402 CTATTCACGGAGTACAAATATGTTGGTGTCTTCATGATTTTCTTTGCTGCTGTTATCTTT 461 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 297 CTGTTCACGGAGTACAAATATGTTGGTGTCTTCATGATTTTCTTTGCTGCTGTTATCTTT 356 Query 462 GTTTTCCTCGGCTCTGTTGAGGGATTCAGCACTGATAACAAGCCTTGTACTTACGACACC 521 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 357 GTTTTCCTCGGCTCTGTTGAGGGATTCAGCACTGATAACAAGCCTTGTACTTACGACACC 416 Query 522 ACCAGAACCTGCAAGCCTGCATTGGCTACTGCAGCTTTCAGTACCATTGCTTTCGTGCTT 581 |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 417 ACCAGAACTTGCAAGCCTGCATTGGCTACTGCTGGTTTCAGTACCATTGCTTTCGTGCTT 476 Query 582 GGTGCTGTTACCTCTGTTCTATCTGGTTTCCTTGGGATGAAGATTGCTACATACGCTAAT 641 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 477 GGTGCTGTTACCTCTGTTCTCTCTGGTTTCCTTGGGATGAAGATTGCTACATACGCTAAT 536 Query 642 GCTAGGACCACTTTGGAGGCGAGGAAAGGTGTTGGAAAGGCGTTCATTGTTGCATTCAGG 701 ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 537 GCTAGAACCACCTTGGAAGCGAGGAAAGGTGTTGGAAAGGCGTTCATTGTTGCATTCAGG 596 Query 702 TCTGGTGCTGTGATGGGTTTCCTTCTTGCAGCGAGTGGTCTATTGGTGCTTTACATTACT 761 ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 597 TCTGGTGCTGTGATGGGATTCCTGCTTGCAGCGAGTGGTTTGTTGGTGCTTTACATTACT 656 Query 762 ATCAATGTGTTCAAGATCTATTACGGAGATGACTGGGAAGGTCTTTTTGAGGCTATTACT 821 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 657 ATCAATGTGTTCAAGATCTATTATGGAGATGACTGGGAAGGTCTGTTTGAGGCTATTACT 716 Query 822 GGTTATGGTCTTGGTGGGTCTTCCATGGCTCTCTTTGGCCGTGTTGGTGGTGGGATCTAC 881 ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 717 GGTTACGGGCTTGGTGGGTCTTCCATGGCTCTCTTTGGCCGTGTTGGTGGTGGGATCTAC 776 Query 882 ACTAAGGCTGCTGATGTCGGCGCTGACCTTGTCGGTAAAATTGAGAGGAATATTCCAGAG 941 |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 777 ACTAAGGCAGCTGATGTTGGCGCTGACCTTGTCGGTAAAATTGAGAGGAATATTCCTGAG 836 Query 942 GATGATCCAAGAAACCCAGCTGTCATTGCTGATAATGTCGGTGACAATGTTGGTGACATT 1001 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 837 GATGATCCAAGAAACCCTGCTGTCATTGCTGATAATGTCGGTGACAATGTTGGTGACATT 896 Query 1002 GCTGGTATGGGATCTGATCTCTTTGGATCATATGCTGAAGCATCATGCGCTGCTCTTGTT 1061 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 897 GCTGGTATGGGATCTGATCTCTTTGGGTCATATGCTGAAGCATCATGTGCTGCTCTTGTT 956 Query 1062 GTTGCCTCGATCTCATC-TTTCGGAATCAACCACGACTTCACTGCCATGTGCTACCCATT 1120 ||||| || ||||| || ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 957 GTTGCTTCCATCTCTTCGTTT-GGAATCAACCACGATTTCACTGCCATGTGCTACCCATT 1015 Query 1121 GCTCATCAGTTCAATGGGAATCTTGGTTTGTTTGATCACAACTCTCTTTGCCACTGACTT 1180 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || Sbjct 1016 GCTCATCAGTTCAATGGGGATCTTGGTTTGTTTGATCACAACTCTCTTCGCCACCGATTT 1075 Query 1181 CTTTGAGATTAAGCTTGTCAAGGAGATTGAACCAGCATTGAAGAACCAGCTCATTATCTC 1240 ||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| Sbjct 1076 CTTTGAGATCAAGGTTGTTAAGGAGATTGAACCGGCATTGAAGAATCAGCTCATCATCTC 1135 Query 1241 AACTGTTATTATGACTGTTGGTATTGCTATTGTGTCATGGGTTGGCTTACCGACCTCCTT 1300 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1136 AACTGTTATTATGACTGTTGGAATTGCTATTGTGTCATGGGTTGGCTTGCCGACCTCCTT 1195 Query 1301 TACCATCTTCAACTTTGGAACACAAAAAGTTGTCAAGAACTGGCAGCTATTCCTTTGTGT 1360 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1196 CACCATTTTCAACTTTGGAACACAAAAAGTTGTCAAGAACTGGCAGCTATTCCTGTGTGT 1255 Query 1361 TTGTGTTGGTCTTTGGGCTGGACTCATTATTGGTTTCGTCACTGAGTACTACACTAGTAA 1420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || Sbjct 1256 TTGTGTTGGTCTTTGGGCTGGACTCATTATTGGTTTCGTCACCGAATACTACACTAGCAA 1315 Query 1421 CGCCTACAGCCCTGTGCAAGATGTTGCAGATTCATGCAGAACTGGTGCAGCTACCAATGT 1480 ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1316 CGCATACAGCCCCGTGCAAGATGTTGCAGATTCATGCAGAACTGGTGCAGCTACCAATGT 1375 Query 1481 TATCTTCGGCCTTGCTCTTGGTTACAAATCCGTCATTATTCCAATCTTTGCTATTGCTAT 1540 ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1376 TATATTCGGACTTGCTCTTGGTTACAAATCCGTCATTATTCCAATCTTTGCAATTGCTAT 1435 Query 1541 CAGTATATTCGTTAGCTTCAGCTTTGCTGCTATGTATGGTGTTGCTGTTGCTGCTCTTGG 1600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1436 CAGTATATTCGTTAGCTTCAGCTTTGCTGCTATGTATGGTGTTGCTGTTGCTGCTCTTGG 1495 Query 1601 TATGCTCAGTACCATTGCCACTGGTTTGGCAATTGATGCTTATGGTCCCATCAGTGACAA 1660 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1496 CATGCTCAGTACCATTGCCACTGGTTTGGCAATTGATGCTTACGGTCCCATCAGTGACAA 1555 Query 1661 TGCTGGTGGTATTGCTGAAATGGCTGGAATGAGCCACCGCATCCGTGAAAGAACTGATGC 1720 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1556 TGCTGGTGGTATTGCTGAAATGGCTGGTATGAGCCACCGCATCCGTGAAAGAACTGATGC 1615 Query 1721 TCTTGATGCCGCTGGAAACACCACTGCTGCTATTGGAAAGGGATTTGCCATTGGCTCTGC 1780 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 TCTTGATGCCGCTGGAAACACCACTGCTGCTATTGGAAAGGGATTTGCCATTGGCTCTGC 1675 Query 1781 TGCCCTAGTCTCCTTGGCTCTCTTTGGTGCCTTTGTGAGCCGTGCAGGGATCCACACCGT 1840 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1676 TGCCCTAGTCTCCTTGGCTCTGTTTGGTGCCTTTGTGAGCCGTGCAGGGATCCACACCGT 1735 Query 1841 AGATGTTTTGACCCCTAAAGTTATCATTGGGCTCCTTGTTGGTGCCATGCTTCCTTACTG 1900 |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1736 GGATGTTTTGACCCCTAAAGTTATCATTGGGCTGCTTGTTGGTGCCATGCTTCCTTACTG 1795 Query 1901 GTTCTCTGCCATGACAATGAAGAGTGTGGGAAGTGCAGCTCTTAAGATGGTTGAAGAAGT 1960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1796 GTTCTCTGCCATGACAATGAAGAGTGTGGGAAGTGCAGCTCTTAAGATGGTTGAAGAAGT 1855 Query 1961 TCGCAGGCAGTTCAACACCATCCCTGGACTTATGGAAGGAACCGCAAAACCAGACTACGC 2020 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1856 TCGCAGGCAGTTCAACACCATCCCTGGACTCATGGAAGGAACCGCAAAACCCGACTACGC 1915 Query 2021 CACATGTGTCAAGATCTCCACCGATGCTTCCATCAAGGAAATGATACCTCCTGGTTGCCT 2080 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1916 CACATGTGTCAAGATCTCCACCGATGCATCCATCAAGGAAATGATTCCTCCTGGTTGCCT 1975 Query 2081 TGTCATGCTCACACCTCTCATTGTTGGTTTCTTCTTTGGAGTTGAGACCCTCTCTGGTGT 2140 ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1976 TGTCATGCTTACACCTCTCATTGTTGGATTCTTCTTTGGGGTTGAGACCCTCTCTGGTGT 2035 Query 2141 CCTCGCCGGATCTCTTGTATCCGGTGTTCAGATCGCCATATCAGCATCTAACACTGGTGG 2200 |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2036 TCTCGCCGGCTCTCTTGTCTCTGGTGTTCAGATCGCCATATCAGCATCTAACACTGGTGG 2095 Query 2201 TGCCTGGGACAACGCCAAGAAATACATCGAGGCTGGTGTATCAGAGCACGCAAAGAGCCT 2260 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2096 TGCCTGGGACAACGCCAAGAAATACATTGAGGCTGGTGTATCAGAGCACGCAAAGAGCCT 2155 Query 2261 TGGACCAAAGGGTTCAGAGCCACACAAGGCAGCTGTGATTGGAGACACAATTGGAGACCC 2320 ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2156 TGGGCCAAAGGGATCAGAGCCACACAAGGCAGCTGTGATTGGAGACACAATTGGAGACCC 2215 Query 2321 ATTGAAGGATACTTCAGGACCTTCATTGAACATCCTCATCAAGCTCATGGCTGTTGAGTC 2380 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2216 ATTGAAGGATACTTCAGGACCTTCATTGAACATCCTCATCAAGCTCATGGCTGTTGAGTC 2275 Query 2381 TCTTGTCTTTGCTCCCTTCTTCGCCACTCACGGTGGTATCCTTTTCAAGTACTTCTAAAC 2440 ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2276 TCTCGTCTTTGCTCCCTTCTTTGCCACTCACGGTGGTATCCTTTTCAAGTACCTCTAAAC 2335 Query 2441 TCAATCCGAG-Ggaagaag 2458 |||||||||| ||| |||| Sbjct 2336 TCAATCCGAGTGGA-GAAG 2353 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 104595812770 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5