BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G15780.1
Length=4338
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471776 jgi|Araly1|471776|fgenesh2_kg.1__1730__AT1G15780.1 6647 0.0
Ahg471775 jgi|Araly1|471775|fgenesh2_kg.1__1729__AT1G15770.1 281 2e-74
Ahg920485 jgi|Araly1|920485|scaffold_101766.1 241 4e-62
> Ahg471776 jgi|Araly1|471776|fgenesh2_kg.1__1730__AT1G15780.1
Length=4169
Score = 6647 bits (3599), Expect = 0.0
Identities = 3959/4129 (96%), Gaps = 40/4129 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 68 ATGGATAATAACAATTGGAGGCCTTCTCTTCCAAACGGAGAGCCTGCCATGGA-TACAGG 126
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||
Sbjct 1 ATGGATAATAACAACTGGAGGCCTTCTCTTCCAAACGGAGAACCTGCCATGGACT-CAGC 59
Query 127 TGACTGGAGAACGCAATTGCCACCTGATTCTCGTCAGAAGATCGTCAACAAGATAATGGA 186
|||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TGACTGGAGAACTCAATTGCCTCCTGATTCACGTCAGAAGATCGTCAACAAGATAATGGA 119
Query 187 AACACTAAAGAAGCACCTTCCATTTTCCGGACCAGAGGGAATTAACGAGCTCAGGAGAAT 246
||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 AACACTAAAGAAGCACCTTCCGTTTTCTGGACCGGAGGGAATTAACGAGCTCAGGAGAAT 179
Query 247 TGCAGCTAGATTCGAGGAGAAAATTTTCAGCGGTGCTCTTAACCAGACTGATTACCTTCG 306
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 TGCAGCCAGATTCGAGGAGAAAATTTTCAGCGGTGCTGTTAACCAGACTGATTACCTTCG 239
Query 307 GAAAATATCAATGAAGATGCTGACAATGGAGACTAAATCACAAAATGCAGCTGGTTCTTC 366
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 240 GAAAATATCAATGAAGATGCTGACAATGGAGACTAAATCACAAAATGCTGCTGGTTCTTC 299
Query 367 CGCAGCTATCCCTGCCGCTAATAATGGCACATCCATAGATTCGATACCCACCAATCAAGG 426
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CGCATCTATCCCTGCCGCTAATAATGGCACATCCATAGATTCGATACCCACCAATCAAGG 359
Query 427 CCAACTTCTTCCAGGATCGTTATCAACCAATCAATCTCAAGCACCTCAGCCGTTGCTGTC 486
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 360 TCATCTTCTTCCAGGATCGTTACCAACCAATCAATCTCAAGCACCTCAGCCGTTACTGTC 419
Query 487 CCAAACCATGCAGAATAATA-CTGCCTCTGGAATGACGGGTTCTACTGCTTTACCATCTT 545
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 CCAAACCATGCAGAATAATAGC-GCCTCTGGAATGACGGGTTCTACTGCTTTACCATCTT 478
Query 546 CCATGCCACCTGTTTCTTCCATAACCAATAATAACACCACAAGCGTTGTGAACCAGAATG 605
||||||| || |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 479 CCATGCCGCCGGTTTCTTCCATAGCCAATAATAACGTCACAAGCGTTGTAAACCAGAATG 538
Query 606 CCAATATGCAAAATGTAGCTGGAATGTTGCAAGATTCATCTGGGCAGCATGGCCTTTCCT 665
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 CCAATATGCAAAATGTAGCTGGAATGTTGCAAGATTCATCTGGGCAGCATGGCCTTTCCT 598
Query 666 CGAACATGTTTTCAGGACCCCAAAGGCAGATGCTGGGTAGGCCACATGCTATGTCTTCAC 725
|||| |||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 CGAATATGTTTTCTGGATCCCAAAGGCAGATGCTTGGAAGGCCACATGCTATGTCTTCAC 658
Query 726 AGCAACAACAGCAGCCATATCTTTACCAGCAGCAGCTACAGCAGCAACTTCTCAAGCAGA 785
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 AGCAACAACAGCAGCCATATCTTTATCAGCAGCAGCTACAGCAGCAACTTCTCAAGCAGA 718
Query 786 ACTTCCAGTCAGGGAATGTTCCCAATCCCAATTCGCTTTTGCCATCACACATTCAACAAC 845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 ACTTCCAGTCAGGGAATGTTCCCAATCCCAATTCGCTTTTGCCATCACACATTCAACAAC 778
Query 846 AGCAGCAAAATGTGCTGCAGCCTAATCAACTGCATTCATCTCAACAACCTGGTGTTCCAA 905
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 779 AGCAACAAAATGTGCTGCAGCCAAATCAACTGCATTCGTCTCAACAACCAGGTGTTCCAA 838
Query 906 CATCTGCGACTCAGCCCTCCACTGTGAACTCAGCTCCTCTCCAAGGTCTCCACACCAATC 965
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 839 CATCTGCTACGCAGCCCTCCACTGTGAACTCAGCTCCTCTCCAGGGTCTCCACACAAATC 898
Query 966 AGCAATCAAGTCCGCAATTGTCTTCTCAGCAGACGACACAATCTATGCTTCGTCAGCATC 1025
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 AGCAATCAAGTCCGCAATTGTCTTCTCAGCAGACGACACAATCTATGCTTCGTCAGCATC 958
Query 1026 AATCGTCGATGCTAAGGCAACATCCGCAATCACAACAAGCCTCTGGTATCCATCAGCAGC 1085
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 959 AATCGTCGATGCTAAGGCAACATCCGCAATCACAACAAGCCTCTGGCATCCATCAGCAGC 1018
Query 1086 AATCTTCATTGCCGCAACAATCAATTTCTCCTCTACAGCAGCAGCCTACACAATTAATGC 1145
|| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||
Sbjct 1019 AAACTTCATTGCCGCAGCAATCAATTTCTCCTCTACAACAGCAGCAAACACAAATAATGC 1078
Query 1146 GGCAACAAGCTGCAAATAGCTCAGGCATCCAACAGAAGCAGATGATGGGGCAGCATGTTG 1205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GGCAACAAGCTGCAAATAGCTCAGGCATCCAACAGAAGCAGATGATGGGGCAGCATGTTG 1138
Query 1206 TTGGGGATATGCAGCAGCAACATCAGCAAAGGTTACTGAACCAACAAAATAATGTTATGA 1265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1139 TTGGGGATATGCAGCAGCAACATCAGCAAAGGTTACTGAACCAACAAAATAATATTATGA 1198
Query 1266 ACATacaacagcagcagtcgcagcagcaaccactgcagcag---c--ca-cag------c 1313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| |
Sbjct 1199 ACATACAACAGCAGCAGTCGCAGCAGCAACCACTGCAGCAGCCACTGCAGCAGCCACAAC 1258
Query 1314 aacagcagaaacagcagccaccggcccagcagcagTTGATGTCTCAACAAAACAGCCTCC 1373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 AACAGCAGAAACAGCAGCCACCGGCCCAGCAGCAGTTGATGTCTCAACAAAACAGCCTCC 1318
Query 1374 AGGCAACGCATCAG-AACCCACTGGGCACTCAAAGCAATGTTGCAGGATTGCAGCAACCA 1432
|||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 AGGCAACGCATCAGCAA-CCACTGGGCCCTCAAAGCAATGTTGCAGGATTGCAGCAACCA 1377
Query 1433 CAACAACAGATGCTCAATTCCCAGGTTGGCAATTCGAGTTTGCAGAATAACCAGCACTCG 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 CAACAACAGATGCTCAATTCCCAGGTTGGCAATTCGAGTTTGCAGAATAACCAGCACTCG 1437
Query 1493 GTGCACATGTTATCACAACCAACGGTTGGGCTGCAACGAACACATCAGGCTGGCCATGGC 1552
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 GTGCATATGTTATCACAACCAACGGTTGGGCTGCAAAGAACACATCAGGCTGGCCATGGC 1497
Query 1553 TTGTATTCTTCTCAGGGACAACAGTCACAAAATCAGCCATCACAACAGCAGATGATGCCA 1612
|||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TTGTTTTCTTCTCAGGGCCAACAGTCACAAAATCAGCCATCCCAACAGCAGATGATGCCA 1557
Query 1613 CAGCTTCAATCGCATCATCAGCAGCTGGGTTTGCAACAACAACCTAATCTGCTACAACAG 1672
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 CAGCTTCAATCGCATCATCAGCAGCTAGGTTTGCAACAACAACCTAATCTGCTACAACAG 1617
Query 1673 GATGTGCAACAAAGGCTACAAGCTTCAGGCCAAGTCACTGGTTCCCTGCTTCCACCTCAA 1732
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 GATGTGCAACAAAGGCTACAAGCTTCAGGCCAAGTCACAGGTTCCCTGCTTCCACCTCAA 1677
Query 1733 AATGTTGTGGACCAACAGAGACAACTATATCAATCCCAAAGAACCCTTCCGGAGATGCCA 1792
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 AATGTTGTGGACCAACAGAGACAACTATATCAATCCCAAAGAACCCTTCCGGAGATGCCA 1737
Query 1793 TCATCATCGCTGGATTCGACAGCACAGACGGAAAGTGCAAATGGAGGTGATTGGCAAGAG 1852
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 TCATCATCGCTGGATTCGACGGCACAGACGGAAAGTGCAAATGGAGGTGATTGGCAAGAG 1797
Query 1853 GAGGTTTACCAAAAGATCAAATCTATGAAAGAGACTTACTTACCAGATCTGAATGAAATC 1912
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GAGGTTTATCAAAAGATCAAATCTATGAAAGAGACGTATTTACCAGATCTGAATGAAATC 1857
Query 1913 TACCAGAGAGTTGCAGCAAAGTTGCAGCAAGATTCTATGCCACAGCAACAAAGATCAGAT 1972
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 TACCAGAGAGTTGCAGCTAAGTTGCAGCAAGATTCTGTTCCACAGCAACAAAGATCAGAT 1917
Query 1973 CAGCTTGAGAAACTGAGACAATTCAAAACAATGTTGGAGCGAATGATACAATTTCTATCT 2032
||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1918 CAGTTTGAGAAATTGAAACAATTCAAAACAATGTTGGAGCGAATGATTCAATTTCTATCT 1977
Query 2033 GTTTCAAAGAGCAACATCATGCCCGCATTAAAAGATAAGGTGGCTTATTATGAGAAGCAG 2092
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 GTTTCAAAGAGCAATATCATGCCCGCATTAAAGGATAAGGTGGCTTATTATGAGAAGCAG 2037
Query 2093 ATTATAGGTTTCTTAAATATGCACAGGCCGAGGAAGCCAGTACAGCAAGGGCAGCTTCCG 2152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 ATTATAGGTTTCTTAAATATGCACAGGCCGAGGAAGCCAGTACAGCAAGGGCAGCTTCCG 2097
Query 2153 CAATCTCAGATGCAGCCTATGCAGCAACCACAATCTCAGACAGTTCAAGATCAATCCCAT 2212
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2098 CAATCTCAGATGCAGCCTATGCAGCAACCGCAATCTCAGACAGTTCAAGATCAATCTCAT 2157
Query 2213 GATAACCAAACAAATCCGCAGATGCAATCAATGAGCATGCAGGGTGCTGGGCCAAGGGCA 2272
|||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 GATAACCAAACAAATCAGCAAATGCAATCAATGAGCATGCAGGGTGCTGGGCCAAGGGCA 2217
Query 2273 CAACAGAGTAGTATGACAAATATGCAGAGCAATGTTCTATCATCTCGTCCTGGAGTTTCA 2332
|||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2218 CAACAGAGTAGTCTGCCAAATATGCAGAACAATGTTCTATCATCTCGTCCCGGAGTTTCA 2277
Query 2333 GCTCCACAGCAGAACATTCCCAGTTCCATACCGGCTTCTAGTTTAGAATCAGGCCAAGGA 2392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 GCTCCACAGCAGAACATTCCCAGTTCCATACCGGCTTCTAGTTTAGAATCAGGCCAAGGA 2337
Query 2393 AATACCTTGAACAATGGACAGCAGGTTGCCATGGGATCTATGCAACAAAATACTTCTCAA 2452
||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 AATGCCTTGAATAATGGCCAGCAGGTTGCCATGGGATCCATGCAACAAAATACTTCTCAA 2397
Query 2453 CTAGTAAATAACAGTTCTGCCTCTGCTCAAAGTGGGTTGAGCACACTGCAGTCGAATGTG 2512
| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2398 CAAGTTAATAACAGTTCTGCCTCTGCTCAAAGTGGGTTAAGCACACTGCAGTCTAATGTA 2457
Query 2513 AATCAACCCCAGTTAAGTTCCAGTTTGCTTCAGCATCAGCACCTCAAGCAACAGCAAGAT 2572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 AATCAACCCCAGTTAAGTTCCAGTTTGCTTCAGCATCAGCACCTCAAGCAACAGCAAGAT 2517
Query 2573 CAACAAATG-C--AGC---TCAaacagcaatttcaacagcgccagatgcaacagcaacag 2626
||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 CAACAAATGACGCAGCAGCTCAAACAGCAATTTCAACAGCGCCAGATGCAACAGCAACAG 2577
Query 2627 ttgcaagcaagacagcaacagcaacagcaacagttgcaagcaagacagcaagcggcacaa 2686
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 TTGCAAGCAAGACATCAACAGCAACAGCAACAGTTGCAAGCAAGACAGCAAGCGGCACAA 2637
Query 2687 ttacagcagATGAATGATATGAATGATTTAACATCGAGGCAGGGGATGAATGTCAGTCGT 2746
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 TTACAGCAGATGAATGATATGAATGATTTAACATCAAGGCAGGGGATGAATGTCAGTCGT 2697
Query 2747 GGGATGTTTCAGCAACATTCTATGCAGGGTCAGCGTGCGAATTATCCTCTTCAACAGTTA 2806
|||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2698 GGGATGTTCCAGCAACATTCTCTGCAGGGTCAGCGTGCTACTTATCCTCTTCAACAGTTA 2757
Query 2807 AAACCAGGAGCTGTTTCGTCGCCTCAACTTCTGCAAGGTGCATCTCCTCAGATGTCACAA 2866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 AAACCAGGAGCTGTTTCGTCGCCTCAACTTCTGCAAGGTGCATCTCCTCAGATGTCACAA 2817
Query 2867 CA---TTTGTCTCCTCAGGTTGACCAGAAAAAT-----A-CTGTCAACAAGATGGGAACT 2917
|| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 CAACATTTGTCTCCTCAGGTTGACCAGAAAAATCTGTCAACTGTCAACAAGATGGGAACT 2877
Query 2918 CCATTGCAACCTGCAAATTCCCCTTTTGTTGTCCCATCTCCTTCTTCAACCCCCTTGGCT 2977
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2878 CCATTGCAACCTGCAAATTCCCCTTTTGTTGTCCCATCTCCTTC---AACCCCCTTGGCT 2934
Query 2978 CCGTCCCCTATGCAAGTTGACTCTGAGAAACCTGGTTCTTCTTCGTTGTCAATGGGAAAT 3037
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2935 CCATCCCCTATGCAAGTTGACTCTGAGAAACCTGGTGCTTCTTCGTTGTCAATGGGAAAT 2994
Query 3038 ATTGCACGCCAACAAGCAACCGGCATGCAAGGTGTAGTTCAGTCCCTAGCAATTGGCACT 3097
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2995 ATTGCACGCCAACAAGCAACTGGCATGCAAGGTGTAGTTCAGTCCCTAGCAATTGGCACT 3054
Query 3098 CCAGGGATCTCTGCCTCTCCTCTCCTTCAGGAGTTTACTAGTCCTGATGGGAATATTTTA 3157
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3055 CCAGGGATCTCTGCCTCTCCTCTCCTTCAGGAGTTTACTAGTCCTGATGGAAATATTTTA 3114
Query 3158 AATTCTTCGACAATTACATCTGGAAAACCGAGTGCTACTGAGCTGCCTATTGAACGCCTT 3217
||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3115 AATCCTTTGGCAATTACATCTGGAAAACCGAGTGCTACTGAGCTGCCTATTGAACGCCTT 3174
Query 3218 ATTAGAGCCGTGAAGTCCATCTCACCACAAGCCCTTTCTTCTGCAGTAAGTGACATCGGA 3277
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3175 ATTAGAGCCGTGAAGTCCATCTCACCACAAGCGCTTTCTTCTGCAGTAAGTGACATCGGA 3234
Query 3278 TCTGTTGTAAGCATGGTTGATCGGATAGCTGGTTCAGCACCAGGAAACGGTTCAAGAGCT 3337
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3235 TCGGTTGTAAGCATGGTTGATAGGATAGCTGGTTCAGCACCAGGAAACGGTTCAAGAGCT 3294
Query 3338 TCCGTTGGTGAAGACTTGGTTGCAATGACTAAGTGCCGTCTCCAAGCAAGAAACTTCATG 3397
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3295 TCAGTTGGTGAGGACTTGGTTGCAATGACTAAGTGTCGTCTCCAAGCAAGAAACTTCATG 3354
Query 3398 ACCCAAGAGGGAATGATGGCGACTAAGAAAATGAAGCGTCACACAACCGCAATGCCACTA 3457
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3355 ACGCAAGAGGGAATGATGGCGACCAAGAAAATGAAGCGTCACACAACCGCAATGCCACTA 3414
Query 3458 AGCGTTGCTTCACTGGGAGGAAGTGTTGGTGATAACTACAAGCAGTTTGCTGGTTCAGAA 3517
|| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3415 AGTGTTGCTTCGCTGGGAGGAAGCGTTGGTGATAACTACAAGCAGTTTGCTGGTTCAGAA 3474
Query 3518 ACATCCGATCTAGAATCTACTGCGACTTCGGATGGCAAGAAGGCAAGAACTGAGACCGAG 3577
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3475 ACATCAGATCTAGAATCTACTGCGACTTCTGATGGCAAGAAGGCAAGAACTGAGACCGAG 3534
Query 3578 CATGCCCTTTTGGAGGAAATAAAGGAAATAAACCAGCGGCTGATAGATACAGTTGTTGAG 3637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3535 CATGCCCTTTTGGAGGAAATAAAGGAAATAAACCAGCGGCTGATAGATACAGTTGTTGAG 3594
Query 3638 ATAAGTGATGATGAAGATGCTGCTGATCCTAGTGAG-GTTGCAATATCAAGCATAGGGTG 3696
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 3595 ATAAGTGATGATGAAGATGCTGCTGATCGTAGTGAGAGA-GCAATATCAAGCATAGGGTG 3653
Query 3697 TGAAGGAACAACAGTTAGATTCTCGTTTATAGCTGTTTCTCTCAGCCCAGCCTTGAAGGC 3756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3654 TGAAGGAACAACAGTTAGATTCTCGTTTATAGCTGTTTCTCTCAGCCCAGCCTTGAAGGC 3713
Query 3757 TCATCTCTCATCAACACAAATGTCTCCTATTCAACCATTGCGTCTGCTGGTTCCTTGTAG 3816
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3714 TCATCTTTCATCAACACAAATGTCTCCTATTCAACCATTGCGTCTGCTGGTTCCTTGTAG 3773
Query 3817 CTACCCCAATGGCTCTCCATCTCTTCTAGATAAACTCCCGGTCGAAACCAGCAAAGAAAA 3876
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3774 CTACCCCAATGGCTCTCCTTCTCTTCTGGATAAACTCCCGGTCGAAACCAGCAAAGAAAA 3833
Query 3877 CGAGGACCTGTCGTCCAAAGCTATGGCAAGGTTCAACATATTGCTAAGAAGTTTGTCACA 3936
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3834 TGAGGACCTCTCGTCCAAAGCTATGGCAAGGTTCAACATATTGCTAAGAAGTTTGTCACA 3893
Query 3937 GCCGATGTCGCTCAAAGACATAGCCAAGACATGGGACGCCTGTGCTCGGGCAGTGATCTG 3996
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3894 GCCAATGTCGCTCAAAGACATAGCCAAGACATGGGACGCCTGTGCTCGGGCTGTGATCTG 3953
Query 3997 TGAGTACGCACAGCAATTTGGCGGTGGAACTTTCAGCTCAAAATACGGCACTTGGGAGAA 4056
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3954 TGAGTACGCACAGCAATTTGGCGGTGGAACTTTCAGCTCAAAATACGGAACTTGGGAGAA 4013
Query 4057 ATATGTAGCAGCTTCCTGAATCTGACGGATCTCTCTCGTCTTCAATAGCAGCTCTGTGAT 4116
||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||
Sbjct 4014 ATATGTAGCAGCTTCATGAATCTGGCGGATCTCTCAAGTCCTCAACGGCAACTCTGTGAT 4073
Query 4117 TCACTTGCAGGTTCATGTCaaaactaaag-aaaaaaa-gccaaaaaGTT 4163
|||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||
Sbjct 4074 TCACTTGCAGTTTCATGTCAAAACTATTGGAAAAAAAAGCCAAAAAGTT 4122
> Ahg471775 jgi|Araly1|471775|fgenesh2_kg.1__1729__AT1G15770.1
Length=816
Score = 281 bits (152), Expect = 2e-74
Identities = 186/203 (92%), Gaps = 0/203 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3064 GCAAGGTGTAGTTCAGTCCCTAGCAATTGGCACTCCAGGGATCTCTGCCTCTCCTCTCCT 3123
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 405 GCAAGGTGTAGTTCAATCCCTTGCAATTGGCACTCCTGGGATCTCTGCCTCTCCTCTCCT 464
Query 3124 TCAGGAGTTTACTAGTCCTGATGGGAATATTTTAAATTCTTCGACAATTACATCTGGAAA 3183
||||||| |||||||||||||||| |||||| | || ||| ||||| ||| | ||||||
Sbjct 465 TCAGGAGCTTACTAGTCCTGATGGAAATATTAGATATCCTTTGACAAGTACTTGTGGAAA 524
Query 3184 ACCGAGTGCTACTGAGCTGCCTATTGAACGCCTTATTAGAGCCGTGAAGTCCATCTCACC 3243
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 525 ATCGAGTGCTACTGAGCTGCCTATTGAACGCCTTATTAGAGCTGTGAAATCCATCTCACC 584
Query 3244 ACAAGCCCTTTCTTCTGCAGTAA 3266
|||||| ||||||||||||||||
Sbjct 585 ACAAGCGCTTTCTTCTGCAGTAA 607
> Ahg920485 jgi|Araly1|920485|scaffold_101766.1
Length=601
Score = 241 bits (130), Expect = 4e-62
Identities = 229/276 (83%), Gaps = 10/276 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 115 CATGGATACAGGTGACTGGAGAACGCAATTGCCACCTGATTCTCG-TCAGAAGA-TCGTC 172
|||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||| || || | ||| | |||
Sbjct 24 CATGGACACAGGTGACTGGAAAACTCAATTTCCATCTGATTCACGCTC-G-AGAGTTGTC 81
Query 173 AACAAGATAATGGAAACACT-AAAGAAGCACCTTCCATTT-TCCGGACCAGAGGGAATTA 230
|| || ||||||||||| || | | ||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||
Sbjct 82 AATAAAATAATGGAAACTCTGATA-AAGCAACTTCCATTTAT-TGGAGCAGAGGGAATTA 139
Query 231 ACGAGCTCAGGAGAATTGCAGCT-AGATTCGAGGAGAAAATTTTCAGCGGTGCTCTTAAC 289
||||||| |||| |||||| | | ||||| ||||| ||||| |||||| |||| | ||
Sbjct 140 ACGAGCTGAGGAAAATTGCTG-TCAGATTTGAGGACAAAATATTCAGCAATGCTATCAAT 198
Query 290 CAGACTGATTACCTTCGGAAAATATCAATGAAGATGCTGACAATGGAGACTAAATCACAA 349
|||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 199 CAGACTGAGTACCTTCGTCAAATATCCCTGAAGATGCTGAGTATGGAGACTAAATCACAA 258
Query 350 AATGCAGCTGGTTCTTCCGCAGCTATCCCTGCCGCT 385
|||||||||||||||||| || || || |||||||
Sbjct 259 AATGCAGCTGGTTCTTCCTCATCTGTCTTTGCCGCT 294
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 164066197203
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5