BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G16540.1
Length=2758
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg471852 jgi|Araly1|471852|fgenesh2_kg.1__1806__AT1G16540.1 4145 0.0
Ahg943527 jgi|Araly1|943527|scaffold_604071.1 610 2e-173
Ahg943525 jgi|Araly1|943525|scaffold_604069.1 106 1e-21
> Ahg471852 jgi|Araly1|471852|fgenesh2_kg.1__1806__AT1G16540.1
Length=2577
Score = 4145 bits (2244), Expect = 0.0
Identities = 2459/2563 (96%), Gaps = 14/2563 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGATTTTTCAGAGATTACCAGAGAGACAGCGAGAAACATTTCTTTCGGCGATGGAAGCAT 60
||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CGATTTTTCTGAGATTAACAGAGAGACAGAGAGACACTTTTCTTTCGGCGATGGAAGCAT 60
Query 61 TTCTTAAGGAATTCGGAGATTATTATGGATACCCAGATGGTCCCAAGAACATTC-AAGAG 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 61 TTCTTAAGGAATTCGGAGATTATTATGGATACCCAGATGGTCCCAAGAACA-TCAAAGAG 119
Query 120 ATCCGCGACACCGAATTCAAGAGATTAGATAAAGGTGTTGTATACTTGGATCATGCTGGT 179
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 ATCCGTGACACCGAATTCAAGAGATTAGATAAAGGTGTTGTATACTTGGATCATGCTGGT 179
Query 180 TCTACTTTGTATTCTGAGTTGCAGATGGAATATATTTTTAAGGACTTCACAAGCAATGTT 239
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 180 TCTACTTTGTATTCTGAGTTGCAGATGGAAAATATTTTTAAGGACTTTACAAGCAATGTT 239
Query 240 TTTGGAAATCCACATAGTCAAAGTGATATCAGTTCGGCCACCAGTGACCTTATAGCGGAT 299
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTTGGAAATCCACATAGTCAAAGTGATATCAGTTCGGCGACCAGTGACCTTATAGCGGAT 299
Query 300 GCTCGACATCAGGTGCTTGAATACTTTAATGCATCTCCTGAAGATTACAGTTGCTTATTC 359
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 300 GCTCGGCATCAGGTGCTTGAATACTTCAATGCATCTCCTGAAGATTACAGTTGCATATTC 359
Query 360 ACCTCCGGAGCCACAGCAGCGCTGAAGCTTGTCGGAGAGACTTTTCCGTGGACCCAAGAC 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 360 ACCTCCGGAGCCACAGCAGCGCTGAAGCTTGTCGGAGAGACATTTCCGTGGACCCAAGAC 419
Query 420 AGTAATTTTTTGTATACCATGGAGAATCACAACAGTGTACTTGGTATTAGGGAATATGCA 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AGTAATTTTTTGTATACCATGGAGAATCACAACAGTGTGCTTGGTATTAGGGAATATGCA 479
Query 480 TTAGCTCAAGGTGCTTCAGCATGTGCAGTGGATATTGAAGAGGCAGCTAACCAACCAGGC 539
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 480 TTAGCTCAAGGTGCTTCAGCATGTGCTGTGGATATTGAAGAGGTAGCTAACCAACCAGGC 539
Query 540 CAGCTTACAAATTCAGGACCATCTATCAAGGTAAAGCATCGTGCTGTGCAGATGAGAAAC 599
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 CAGCTCACAAATTCAGGACCATCTATCAAGGTAAAGCATCGTGCTGTGCAGATGAGAAAC 599
Query 600 ACTTCTAAACTCCAAAAGGAAGAGTCAAGAGGAAATGCCTATAATCTATTTGCTTTCCCC 659
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 ACTTCTAAAATCCAAAAGGAAGAGTCAAGAGGAAATGCCTATAATCTATTTGCTTTCCCC 659
Query 660 TCGGAGTGCAATTTTTCTGGCCTGAGGTTTAATCTAGATCTGGTGAAGTTGATGAAAGAA 719
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 660 TCGGAGTGCAATTTTTCTGGCCTGAGGTTTAATCTAAATCTGGTGAAGTTGATTAAAGAA 719
Query 720 AATACTGAGACCGTGCTACAAGGCTCCCCCTTTAGCAAGAGCAAGCGGTGGATGGTCTTG 779
||| |||| | | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AATCCTGAAATCATGCTACAAGGCTCTCCCTTTAGCAAGAGCAAGCGGTGGATGGTCTTG 779
Query 780 ATTGATGCTGCAAAGGGTTGTGCTACACTACCACCTGATTTATCGGAGTATCCTGCAGAT 839
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 780 ATCGATGCTGCAAAGGGTTGTGCTACACTACCACCTGATTTATTGGAGTATCCTGCAGAT 839
Query 840 TTTGTTGTTCTGTCATTCTACAAGTTATTTGGTTATCCTACTGGGCTTGGCGCTCTCCTT 899
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TTTGTTGTTGTGTCATTCTACAAGTTATTTGGTTATCCTACTGGGCTTGGCGCTCTCCTT 899
Query 900 GTACGGAATGATGCAGCCAAATTGCTCAAAAAGACTTATTTTAGTGGAGGCACTGTTGCT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 900 GTACGGAATGATGCAGCCAAATTGCTCAAAAAGACTTATTTTAGTGGGGGCACTGTTGCT 959
Query 960 GCTTCAATTGCTGACATCGACTTTGTAAAAAGAAGGGAAAGGGTGGAGGAGTTTTTTGAG 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCTTCAATTGCTGACATCGACTTTGTAAAAAGAAGGGAAAGGGTGGAGGAGTTTTTTGAG 1019
Query 1020 GATGGTTCTGCTTCATTCCTGAGCATAGCAGCCATCCGTCATGGCTTCAAATTACTCAAG 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 GATGGTTCTGCTTCATTCCTGAGCATAGCAGCCATCCGTCATGGCTTCAAATTACTCAAG 1079
Query 1080 TCGCTTACACCTTCTGCAATTTGGATGCACACAACGTCACTTTCCATATATGTGAAAAAG 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TCGCTTACACCTTCTGCAATTTGGATGCACACAACGTCACTTTCCATATATGTGAAAAAG 1139
Query 1140 AAGCTTCAGGCTTTACGACATGGAAACGGGGCTGCTGTATGTGTTCTGTATGGCAGTGAA 1199
|| ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AAACTTCAGGCTTTACAACATGGAATTGGGGCTGGTGTATGTGTTCTGTATGGCAGTGAA 1199
Query 1200 AATCTGGAGTTATCTTCACATAAATCAGGCCCAACGGTTACATTCAACTTGAAAAGACCT 1259
|||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1200 AATCTGAAGTTATCTTCGCATAGATCAGGCCCAACGGTTACATTTAACTTGAAAAGACCT 1259
Query 1260 GATGGCTCTTGGTTTGGCTACTTGGAGGTGGAGAAGCTTGCTTCTTTATCTGGAATTCAG 1319
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GATGGCTCTTGGTTTGGCTACTTGGAGGTGGAAAAACTTGCTTCTTTATCTGGAATTCAG 1319
Query 1320 TTACGGACAGGATGTTTTTGCAATCCTGGCGCATGTGCAAAGTATCTCGAGTTATCCCAT 1379
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 1320 TTACGGACAGGATGTTTTTGCAATCCTGGCGCATGTGCAAAGTATCTCGACTTGTCTCAT 1379
Query 1380 TCTGAGCTACGGTCTAATGTAGAGGCTGGGCATATTTGCTGGGATGACAATGATGTGATA 1439
||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1380 TCTGATTTATTGTCTAATGTGGAGGCTGGGCATATTTGCTGGGACGACAATGATGTGATA 1439
Query 1440 AATGGAAAACCAACAGGGGCTGTTAGGGTTTCGTTTGGTTATATGTCAACCTTTGAAGAT 1499
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1440 AATGGAAAACCAACAGGGGCTGTTCGGGTTTCGTTTGGTTACATGTCAACCTTTGAAGAG 1499
Query 1500 GCCAAGAAATTTATTGATTTCATCATAAGTTCATTTGCTTCACCTCCAAAGAAGACTGGG 1559
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1500 GCCCAGAAATTTATTGATTTCATCATAAGTTCATTTGTTTCACCTCCAAAGAAGATTGGG 1559
Query 1560 AATGGAACCGTCGTCAGTGGAAGGTTTCCTCAACTTCCTAGTGAAGACCTTGAAAGTAAA 1619
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1560 AATGGAACTGTCGTCAGTGGAAGGTTTTCTCAACTTCCTAGTGAAGAACTTGAAAGTAAA 1619
Query 1620 GAATCTTTTCCAAGCCACTACCTTAAGTCAATTACTGTATACCCGATCAAGTCATGTGCT 1679
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1620 GAATCTTTTCAAAGTCACTACCTTAAGTCAATTACTATATACCCCATCAAGTCATGTGCT 1679
Query 1680 GGATTTTCTGTGATACGTTGGCCACTTTGCAGAACAGGCCTGCTGCATGATCGAGAATGG 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GGATTTTCTGTGATACGTTGGCCACTTTGCAGAACAGGCCTGCTGCATGATCGAGAATGG 1739
Query 1740 ATGGTTCAGGGTCTGACCGGTGAAATTCTTACCCAAAAGAAGGTGCCTGAGATGTCTCTT 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1740 ATGGTTCAGGGTCTGACCGGTGAAATTCTTACCCAAAAGAAGGTGCCTGAAATGTCTCTT 1799
Query 1800 ATAAAAACCTTTATCGACCTTGAGGAAGGACTACTGTCTGTAGAATCTTCTCGCTGCGAA 1859
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1800 ATAAGGACCTTTATCGACCTTGAGGAAGGACTGCTGTCTGTAGAATCTTCTCGCTGCAAA 1859
Query 1860 GACAAGTTGCACATCAGAATCAAGTCTGATTCATATAACCCGAGGAACGATGAGTTTGAT 1919
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 1860 GACAAGTTGCACATCAGAATCAAGTCTGATTCATATAATCCGAGGAGCGATGAGTTTGAT 1919
Query 1920 TCACATGCCAACATACTTGAAAACCGTAATGAGGAAACTAGAATCAATCGTTGGTTCACC 1979
|||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1920 TCACATGCCAACATGCTTGGAAACCATAATGAGGAAACTAGAATCAATCATTGGTTCAGC 1979
Query 1980 AATGCCATTGGTCGACAATGCAAGTTGCTACGGTATTCTAGCTCTACTTCCAAAGACTGC 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 AATGCCATTGGTCGACAATGCAAGTTGCTACGGTATTCTAGCTCTACTTCCAAAGACTGC 2039
Query 2040 TTGAACAGAAACAAGAGTCCTGGTTTGTGCAGAGATTTGGAAAGCAATATCAACTTTGCT 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TTGAACAGAAACAAGAGTCCTGGTTTGTGCAGAGATTTGGAAAGCAATATCAACTTTGCT 2099
Query 2100 AATGAAGCTCAGTTCTTGTTAATCTCCGAGGAGAGTGTTGCTGACCTAAACAGAAGATTA 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 AATGAAGCTCAGTTCTTGTTAATCTCCGAGGAGAGTGTTGCTGACCTAAACAGAAGATTA 2159
Query 2160 GAAGCAAAAGACGAGGATTACAAACGGGCTCATGAAAAACTCAATCCACATAGGTTCAGA 2219
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||
Sbjct 2160 GAAGCAAAAGACGAGGATTACAAACGGGCTTATGAGAAACTCAATCCATATAGATTCAGA 2219
Query 2220 CCAAATCTGGTTATATCTGGAGGTGAACCATACGGGGAAGATAAATGGAAAACTGTCAAG 2279
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2220 CCAAATCTGGTTATATCTGGAGGTGAACCATACGCAGAAGATAAATGGAGAACTGTCAAG 2279
Query 2280 ATAGGAGACAAT-CATTTCACA-T-----CATTGGGCGGTTGTAACCGGTGCCAGATGAT 2332
|||||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 ATAGGAGACAATAC-TTTCACAGTAAGTTCATTGGGCGGTTGTAACCGGTGCCAGATGAT 2338
Query 2333 AAACATAAGTAATGAAG-CTGGACTAGTGAAGAAATCCAATGAGCCCTTAACAACTTTAG 2391
||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 AAACATAAGTAATGA-GTCTGGACAAGTGAAGAAATCCAATGAGCCCTTAACAACTTTAG 2397
Query 2392 CTTCATATAGGAGAGTAAAGGGAAAGATCTTGTTTGGAACGCTTTTGAGATACGAGATTG 2451
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2398 CTTCATATAGGAGAGTAAAGGGAAAGATCTTGTTTGGAACTCTTCTGAGATACGAGATTG 2457
Query 2452 ATGAGAAAAGACAATGTTGGATTGGAGTTGGGGAAGAAGTTAATCCAGATATTGAATAAG 2511
||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2458 ATGAGAAAACACAATGTTGGGTTGGAGCTGGGGAAGAAGTAAATCCAGATATTGAATAGG 2517
Query 2512 TTCAAGCTTGTGTGT--ATTATCGTCTACTATACATAAAAATA 2552
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 TTCAAGCTTGTGTGTGTATTATTGTCTACTATACATAAAAATA 2560
> Ahg943527 jgi|Araly1|943527|scaffold_604071.1
Length=930
Score = 610 bits (330), Expect = 2e-173
Identities = 361/376 (96%), Gaps = 2/376 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 256 GTCAAAGTGATATCAGTTCGGCCACCAGTGACCTTATAGCGGATGCTCGACATCAGGTGC 315
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 54 GTCAAAGTGATATCAGTTCGGCAACCAGTGACCTTATAGCGGATGCTCGGCATCAGGTGC 113
Query 316 TTGAATACTTTAATGCATCTCCTGAAGATTACAGTTGCTTATTCACCTCCGGAGCCACAG 375
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 114 TTGAATACTTCAATGCATCTCCTGAAGATTACAGTTGCATATTCACCTCCGGAGCCACAG 173
Query 376 CAGCGCTGAAGCTTGTCGGAGAGACTTTTCCGTGGACCCAAGACAGTAATTTTTTGTATA 435
|||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 174 CAGCGCTGAAGCTTGTTGGAGAGACATTTCCTTGGACCCAAGACCGTAATTTTTTGTATA 233
Query 436 CCATGGAGAATCACAACAGTGTACTTGGTATTAGGGAATATGCATTAGCTCAAGGTGCTT 495
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 234 CCATGGAGAATCACAACAGTGTGCTTGGTATTAGGGAATATGCATTAGCTCAAGGTGCTT 293
Query 496 CAGCATGTGCAGTGGATATTGAAGAGGCAGCTAACCAACCAGGCCAGCTTACAAATTCAG 555
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 294 CAGCATGTGCAGTGGATACTGAAGAGGTAGCTAACCAACCAGGCCAGCTCACAAATTCAG 353
Query 556 GACCATCTATCAAGGTAAAGCATCGTGCTGTGCAGATGAGAAACACTTCTAAACTCCAAA 615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 354 GACCATCTATCAAGGTAAAGCATCGTGCTGTGCAGATGAGAAACACTTCTAAAATCCAAA 413
Query 616 AGGAAGAGTC-AAGAG 630
||||||| || |||||
Sbjct 414 AGGAAGA-TCCAAGAG 428
Score = 455 bits (246), Expect = 8e-127
Identities = 246/246 (100%), Gaps = 0/246 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 861 AAGTTATTTGGTTATCCTACTGGGCTTGGCGCTCTCCTTGTACGGAATGATGCAGCCAAA 920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 662 AAGTTATTTGGTTATCCTACTGGGCTTGGCGCTCTCCTTGTACGGAATGATGCAGCCAAA 721
Query 921 TTGCTCAAAAAGACTTATTTTAGTGGAGGCACTGTTGCTGCTTCAATTGCTGACATCGAC 980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 TTGCTCAAAAAGACTTATTTTAGTGGAGGCACTGTTGCTGCTTCAATTGCTGACATCGAC 781
Query 981 TTTGTAAAAAGAAGGGAAAGGGTGGAGGAGTTTTTTGAGGATGGTTCTGCTTCATTCCTG 1040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 TTTGTAAAAAGAAGGGAAAGGGTGGAGGAGTTTTTTGAGGATGGTTCTGCTTCATTCCTG 841
Query 1041 AGCATAGCAGCCATCCGTCATGGCTTCAAATTACTCAAGTCGCTTACACCTTCTGCAATT 1100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 AGCATAGCAGCCATCCGTCATGGCTTCAAATTACTCAAGTCGCTTACACCTTCTGCAATT 901
Query 1101 TGGATG 1106
||||||
Sbjct 902 TGGATG 907
Score = 265 bits (143), Expect = 2e-69
Identities = 163/173 (94%), Gaps = 0/173 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 695 AGATCTGGTGAAGTTGATGAAAGAAAATACTGAGACCGTGCTACAAGGCTCCCCCTTTAG 754
|||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 427 AGATCTGGTGAAGTTGATTAAAGAAAATCCTGAAACCATGCTACAAGGCTCTCCCTTTAG 486
Query 755 CAAGAGCAAGCGGTGGATGGTCTTGATTGATGCTGCAAAGGGTTGTGCTACACTACCACC 814
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 487 CAAGAGCAACCGGTGGATGGTCTTGATTGATGCTGCAAAGGGTTGTGCTACACTACCACC 546
Query 815 TGATTTATCGGAGTATCCTGCAGATTTTGTTGTTCTGTCATTCTACAAGTTAT 867
|||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 547 TGATTTATTGAAGTATCCTGCAGATTTTGTTGTTGTGTCATTCTACAAGGTAT 599
> Ahg943525 jgi|Araly1|943525|scaffold_604069.1
Length=203
Score = 106 bits (57), Expect = 1e-21
Identities = 61/63 (97%), Gaps = 0/63 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1143 CTTCAGGCTTTACGACATGGAAACGGGGCTGCTGTATGTGTTCTGTATGGCAGTGAAAAT 1202
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 76 CTTCAGGCTTTACAACATGGAAACGGGGCTGGTGTATGTGTTCTGTATGGCAGTGAAAAT 135
Query 1203 CTG 1205
|||
Sbjct 136 CTG 138
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104062549340
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5