BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G17210.1 Length=3348 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg471924 jgi|Araly1|471924|fgenesh2_kg.1__1878__AT1G17210.1 5317 0.0 > Ahg471924 jgi|Araly1|471924|fgenesh2_kg.1__1878__AT1G17210.1 Length=3233 Score = 5317 bits (2879), Expect = 0.0 Identities = 3103/3210 (97%), Gaps = 20/3210 (1%) Strand=Plus/Plus Query 77 GTGTGTGTCGTTGACGAAGGAGGATGAAGGAAGAGGATGTGAGCTCGCAGAACGTAAACC 136 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GTGTGTGTCGTTGACGAAGGAGGATGAAGGAAGAAGATGTGAGCTCGCAGAACGTAAACC 60 Query 137 CTAGAAGTAATCGGAACAGTGTAGCCTCAGCTTCTGCTTCCGCCTCTGCTACTCCCGTTG 196 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CTAGAAGTAATCGGAACAGTGTAGCTTCAGCTTCTGCTTCCGCCTCTGCTACTCCCGTTG 120 Query 197 ATAGGTTCCGACGACGTGCTAGATCGCCTTCTCCTCCTCAAACTGCTGCTGCTAGCTCTG 256 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 ATAGGTTCCGACGACGTGCTAGATCGCCTTCTCCTCCTCAAACTGCTGCTGCTAGCTCTG 180 Query 257 CAGGGGCATCATCTCCAGCTGTTCTGGTAAACGCTGGCAGTGTTGACTGGACAGGTCATG 316 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| Sbjct 181 CAGGGGCATCATCTCCTGCTGTTCTGGTAAACGCTGGCAGTGTGGACTGGTCAGGTCATG 240 Query 317 GACTGGCATTATCAGTGCGTTCGTGTAGAACATGGGATAGAGGAGATTTACTTCGACGTC 376 | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| Sbjct 241 GGCTGGCATTATCAGTGCGTTCGTGTAGAACTTGGGATAGAGGAGATTTGCTTAGACGTC 300 Query 377 TTGCCACTTTCAAGCCTTCAAATTGGCTTGGGAAGCCCAAAACAGCTAGTTCTTTGGCTT 436 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 301 TTGCCACTTTCAAGCCTTCAAATTGGCTTGGGAAGCCTAAAACAGCTAGCTCTTTGGCTT 360 Query 437 GTGCTCAGAAAGGCTGGGTTAGTGTTGATCTGGACAAACTTCAATGTGAATACTGTGGGT 496 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 361 GTGCTCAGAAAGGCTGGGTTAGTGTTGATCTGGACAAACTTCAATGCGAATACTGTGGGT 420 Query 497 CCATTCTACAATACTCCCCTCCACAAGATTCGTTGAATCCTCCCGAAGCTGATACCACCG 556 |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| Sbjct 421 CCATTCTACATTACTCTCCTCCACAAGATTCGTTGAATCATCCCGAAGCTGATACTACCC 480 Query 557 GAGAAAAATTCTCTAAGCAGCTTGATGATGCACATGAGAGCTCTTGTCCTTGGGTAGGAA 616 ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 GAGAAGAATTCTCTAAACAGCTTGATGATGCACATGAGAGCTCTTGTCCTTGGGTAGGAA 540 Query 617 AAAGTTGTTCAGAAAGCTTAGTTCAGTTTCCTCCAACTCCTCCATCAGCCTTGATTGGAG 676 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 541 AAAGTTGTTCAGAAAGCTTAGTTCAGTTTCCTCCAACTCCTCCATCAGCCTTGATTGGAG 600 Query 677 GTTACAAGGATCGTTGTGATGGGCTCCTACAATTCTATTCTCTACCAATTGTTTCGCCAT 736 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 GTTACAAGGATCGTTGTGATGGGCTCCTACAATTCTATTCTCTACCAATTGTTTCGCCAT 660 Query 737 CTGCAATTGACCAGATGCGTGCTTCAAGACGACCACAAATTGACCGCCTTTTGGCACATG 796 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 661 CTGCAATTGACCAGATGCGTGCTTCAAGACGACCACAAATTGACCGCCTTTTGGCACATG 720 Query 797 CCAATGATGATCTCAGTTTCAGAATGGACAATATATCAGCTGCAGAAACGTACAAAGAAG 856 |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||| Sbjct 721 CCAATGATGACCTCAGTTTCAGAATGGATAATATCTCAGCTGCAGAAACGTCCAAAGAAG 780 Query 857 AGGCTTTCAGTAATTACTCTCGCGCTCAAAAGCTGATAAGCCTATGTGGATGGGAGCCTA 916 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 781 AGGCTTTCAGTAATTACTCTCGCGCTCAAAAGCTGATAAGCCTATGTGGATGGGAGCCTA 840 Query 917 GATGGCTTCCAAATATCCAAGATTGTGAAGAACATTCTGCCCAATCAGCTAGAAATGGGT 976 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 841 GATGGCTTCCAAATATCCAAGATTGTGAAGAACATTCTGCCCAGTCAGCTAGAAATGGGT 900 Query 977 GCCCTTCTGGACCGGCTAGAAATCAAAGTCGTCTGCAAGATCCTGGTCCAAGCAGGAAAC 1036 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 GCCCTTCTGGACCGGCTAGAAATCAAAGTCGTCTACAAGATCCTGGTCCAAGCAGGAAAC 960 Query 1037 AATTCTCGGCTTCATCCCGAAAAGCCTCTGGAAATTATGAAGTTTTGGGTCCAGAATATA 1096 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 961 AATTCTCGGCTTCATCCCGAAAAGCCTCTGGAAATTATGAAGTTTTGGGTCCAGAATATA 1020 Query 1097 AGTCAGAATCCAGATTACCTTTACTGGATTGTAGTTTATGTGGTGTAACCGTCAGAATTT 1156 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1021 AGTCAGAATCCAGATTACCTTTACTGGATTGTAGTTTATGTGGTGTAACCGTCAGAATTT 1080 Query 1157 GTGATTTCATGACCACTTCTCGGCCGGTTCCGTTTGCTGCTATAAATGCCAATCTTCCTG 1216 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1081 GTGATTTCATGACCACTTCTCGGCCGGTTCCGTTTGCTGCTATAAATGCCAATCTTCCTG 1140 Query 1217 AAACGAGTAAGAAAATGGGAGTGACACGTGGCACTAGCGCAACAAGTGGAATCAATGGAT 1276 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1141 AAACGAGTAAGAAAATGGGAGTGACACGTGGCACTAGCGCAACAAGTGGAATCAATGGAT 1200 Query 1277 GGTTTGCTAATGAAGGCATGGGACAGCAGCAAAATGAAGATGTTGACGAGGCTGAAACTT 1336 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1201 GGTTTGCTAATGAAGGCATGGAACAGCAGCAAAATGAAGATGTTGACGAGGCTGAAACTT 1260 Query 1337 CAGTTAAGAGAAGATTAGTATCAAATGTAGGTCTAAGCTTTTATCAAAATGCAGCTGGTG 1396 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1261 CAGTTAAGAGAAGATTAGTATCAAATGTAGGCCTAAGCTTTTATCAAACTGCAGCTGGTG 1320 Query 1397 CATCATCCTCTGCGCAGCTGAACATGTCTGTGACCCGTGATAATTACCAATTTAGTGATA 1456 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1321 CATCATCCTCTGCGCAGCTGAACATGTCTGTGACGCGTGATAATTACCAGTTTAGTGATA 1380 Query 1457 GAGGAAAGGAAGTGTTGTGGAGGCAGCCTTCAGGAAGTGAGGTTGGTGATCGTGCTGCTT 1516 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 GAGGAAAGGAAGTGTTGTGGAGGCAGCCTTCAGGAAGTGAGGTTGGTGATCGTGCTGCTT 1440 Query 1517 CATATGAATCACGAGGGCCTAGTACTCGTAAACGGAGCCTGGATGATGGTGGAAGCACTG 1576 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1441 CATATGAATCACGAGGGCCTAGTACTCGTAAACGGAGCCTGGATGATGGTGGAAGCACTG 1500 Query 1577 TTGATAGGCCTTATCTACGAATACAACGTGCAGATAGTGTTGAAGGCACTGTTGTCGACC 1636 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||| Sbjct 1501 TTGATAGGCCTTATCTACGAATACAAAATGCAGATAGTGTTGAAGGGACTGTTGTTGACC 1560 Query 1637 GTGACGGTGACGAGGTTAATGATGATTCAGCAGGGCCTTCAAAGCGTACCCGAGGTTCTG 1696 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1561 GTGACGGTGATGAGGTTAATGATGATTCAGCAGGGCCTTCAAAGCGAACCCGAGGTTCTG 1620 Query 1697 ATGCGCATGAAGCTTATCCTTTCTTGTATGGGCGAGATTTATCAGTAGGGGGGCCAAGTC 1756 ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1621 ATGTGCATGAAGCTTATCCTTTCATGTATGGGCGAGATTTATCAGTAGGGGGGCCAAGTC 1680 Query 1757 ACTCACTGGATGCTGAAAACGAGAGGGAAGTAAATAGAAGTGACCCATTTAGTGAAGGAA 1816 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1681 ACTCACTGGATGCTGAAAACGAGAGGGAAGTAAATAGAAGTGACCCATTTAGCGAAGGAA 1740 Query 1817 ATGAACAAGTTATGGCTTTTCCAGGTGCCAGAGACTCCACACGTGCTTCCTCTGTCATTG 1876 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1741 ATGAACAAGCTATGGCTTTTCCAGGTGCCAGAGACTCCACACGTGCTTCCTCTGTCATTG 1800 Query 1877 CAATGGATACAATTTGCCACAGTGCCAATGACGATTCTATGGAAAGTGTGGAAAACCATC 1936 | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1801 CGATGGATACAATTTGCCATAGTGCCAATGATGATTCTATGGAAAGTGTGGAAAACCATC 1860 Query 1937 CAGGGGATTTTGATGACATAAATTATCCCTCTGTGGCGACAGCTCAAAGTGCTGACTTCA 1996 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1861 CAGGGGATTTTGATGACATAAATTACCCCTCTGTGGCGACAGCTCAAAGTGCTGACTTCA 1920 Query 1997 ATGATCCTTCGGAACTGAATTTCAGCAATCAAGCTCAGCAGAGTGCATGCTTCCAACCAG 2056 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1921 ATGATCCTTCGGAACTGAATTTCAGCAATCACGCTCAGCAGAGTGCATGCTTCCAACCAG 1980 Query 2057 CTCCTGTTCGGTTTAATGCTGAACAAGGCATTAGCAGCATAAATGACGGTGAGGAAGTAC 2116 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1981 CTCCTGTTCGGTTTAATGCTGAACCAGGCATTAGCAGCATAAATGACGGTGAGGAAGTAC 2040 Query 2117 TCAACACAGAGACTGTCACTGCCCAGGGAAGAGATGGACCAAGTTTAGGTGTCAGTGGGG 2176 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2041 TGAACACAGAGACTGTCACTGCCCAGGGAAGAGATGGACCAAGTGTAGGTGTCAGTGGGG 2100 Query 2177 GTAGTGTCGGAATGGGTGCAAGTCACGAGGCAGAAATACACGGAGCTGACGTTTCAGTCC 2236 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2101 GTAGTGTCGGAATGGGTGCAAGTCATGAGGCAGAAATACACGGAGCTGACGTTTCAGTTC 2160 Query 2237 ATAGGGGAGATAGCGTTGTGGGAGACATGGAACCAGTTGCAGAAGTCATAGAGAATCTAG 2296 |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2161 ATAGAGGAGATAGCGTTGTGGGAGACATGGAGCCAGTTGCAGAAGTCATAGAGAATCTAG 2220 Query 2297 GACAAAGCGGTGAATTCGCACCAGACCAAGGCCTTACTGATGATTTTGTTCCTGCAGAAA 2356 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2221 GACAAAGCGGTGAATTCGCACCAGACCAAGGCCTTACTGATGATTTTGTTCCTGCAGAAA 2280 Query 2357 TGGATCGAGAAGGTAGGCTTGGGGATAGTCAAGATAGGGTGTCTCAGTCTGTTGTAAGGG 2416 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2281 TGGATCGAGAAGGTAGGCTTGGGGATAGTCAAGATAGGGTGTCTCAGTCTGTTGTAAGGG 2340 Query 2417 CGGATAGTGGTTCTAAAATAGTTGATTCATTGAAGGCTGAATCTGTTGAAAGTGGTGAAA 2476 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2341 CGGATAGTGGTTCTAAAATAGTTGATTCATTGAAGGCTGAATCAGTTGAAAGTGGTGAAA 2400 Query 2477 AGATGAGTAACATAAATGTGTTGATCAACGATGACAGTGTTCATCCATCTTTGTCTTGCA 2536 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2401 AGATGAGTAACATAAATGTGTTGATCAACGATGACAGTGTTCATCCATCTTTGTCTTGCA 2460 Query 2537 ATGCGATAGTGTGTTCTGGTTATGAAGCATCTAAAGAAGAAGTGACCCAGACTTGGGAGT 2596 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2461 ATGCGATCGTGTGTTCTGGTTATGAAGCATCTAAAGAAGAAGTGACCCAGACTTGGGAGT 2520 Query 2597 CTCCCCTCAACGCTGGCTTTGCACTCCCCGGATCTAGTTACACTGCCAATGATCAAGGGC 2656 |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2521 CTCCGCTCAATGCTGGCTTTGCACTCCCCGGATCAAGTTACACTGCCAATGACCAAGGGC 2580 Query 2657 CACAAAACGGAGACAGCAATGATGATATTGTGGAGTTTGATCCAATAAAGTATCATAACT 2716 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2581 CACCAAACGGAGACAGCAATGATGATATTGTGGAGTTTGATCCAATAAAGTATCATAACT 2640 Query 2717 GTTACTGTCCTTGGGTTAATGAAAATGTGGCTGCTGCTGGATGTAGCAGCAATAGCTCGG 2776 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2641 GTTACTGTCCTTGGGTTAATGAAAATGTGGCTGCTGCTGGATGTAGCAGCAACAGCTCGG 2700 Query 2777 GTTCTTCAGGTTTTGCTGAGGCAGTTTGTGGGTGGCAACTAACTCTTGATGCCCTTGATT 2836 |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2701 GTTCTTCAAGTTTCGCTGAGGCAGTGTGTGGGTGGCAACTAACTCTTGATGCCCTTGATT 2760 Query 2837 CGTTCCAGTCGCTTGAAAACCCTCAAAACCAGACAATGGAATCAGAATCAGCTGCATCTC 2896 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2761 CGTTCCAGTCGCTTGAAAACCCTCAAAACCAGACAATGGAATCAGAATCCGCTGCATCTC 2820 Query 2897 TGTGCAAGGATGATCACCGAACTCCTTCCCAGAAGCTCTTGAAACGCCACTCTTTTATCA 2956 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2821 TGTGCAAGGATGATCACCGAACTCCTTCCCAGAAGCTCTTGAAACGCCACTCTTTTATCA 2880 Query 2957 GCAGCCATGGGAAAAAGTAAGAATAATTTGCTTGCGAATAAAAACAAAAGGGTACAATTG 3016 |||||||||||||||||||||| ||||| | | | |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2881 GCAGCCATGGGAAAAAGTAAGATTAATTAACGTCCAAATAAAAACAAAAGGGTACAATTG 2940 Query 3017 CAGAT------GAA---AT-CA-atatatatatat-T-GGTGTGGTGAAGCATATAAGCT 3063 ||||| || || || | || ||||||| | |||||||||||||||||||||| Sbjct 2941 CAGATTTTCTTGATCTCATACAGAAATCTATATATCTCGGTGTGGTGAAGCATATAAGCT 3000 Query 3064 TGAACAACACTT-GGTTAGGGCTCTTTAGCTTGGGTTTCCtttttttGCAGTACAAATAA 3122 |||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 3001 TGAACAACACTTTGGATAGGGCTCTTTAGCTTGG-TTTCCTTCTTTTGCAGTACAAATAA 3059 Query 3123 AGAAGTTACTATAATCTCTCTGATCTATAAACGTTGGGGTTTCTATGAATTTAAAGTAAA 3182 ||||||| || ||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||| Sbjct 3060 AGAAGTTTCTTTAATCTCTCTGATCTATAAACTTTCTTGTTTCTTTGAATTTAAAGTAAA 3119 Query 3183 AGTTTGTGTAGTAAGTAAAAGTTAAA-GACTGCCTAAACAAAGGTGATAGTGCTGAATCT 3241 ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 3120 AGTCTGTGTAGTAAGTAAA-GTTAAAAGACTGCCTAAACAAAGGTGATAGTATTGAATCT 3178 Query 3242 TGTTATTTAATAATCTTATAGACTCTTGTT 3271 ||| | |||||||||||| ||||||||| Sbjct 3179 TGTC-T--AATAATCTTATATACTCTTGTT 3205 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 126389199933 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5