BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G19720.1
Length=3069
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg335224 jgi|Araly1|335224|fgenesh1_pg.C_scaffold_1001789 4200 0.0
> Ahg335224 jgi|Araly1|335224|fgenesh1_pg.C_scaffold_1001789
Length=4473
Score = 4200 bits (2274), Expect = 0.0
Identities = 2482/2586 (96%), Gaps = 0/2586 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 102 ATGGAAAAGCTCTTCGTACCATCATTTCCCAAAACTTTTTTGAATTATCAGACTCCAGCT 161
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAAAAGCTCTTCGTACCATCATTTCCCAAAACTTTTTTGAATTATCAGACTCCAGCA 60
Query 162 AAAGTAGAGAATTCGCCTGAACTTCATCCAAAATCCAGAAAGAAAAACCTATCATTCACC 221
||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 61 AAAGTGGAGAATTCGCCTGAAGTTCATCCAAAATCCAGAAAGAAGAATCTATCATTCACC 120
Query 222 AAGAAGAAAGAACCCAATATCATTCCCGACGAGCAATTCGATTACTTGTGTAGAAACGGA 281
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 AAGAAGAAAGAACCCAATATCATTCCCGACGAGCAATTGGATTACTTGTGTAGAAATGGA 180
Query 282 AGTTTGCTCGAAGCTGAGAAAGCTCTGGACTCGTTGTTTCAACAAGGTTCCAAGGTAAAA 341
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGTCTGCTCGAAGCTGAGAAAGCTCTGGACTCTTTGTTTCAACAAGGTTCCAAGGTAAAA 240
Query 342 CGAAGCACTTACCTCAAATTGTTGGAATCGTGTATTGATTCTGGTTCTATCCATTTGGGT 401
||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CGAAGCACTTACCTCAACTTGTTGGAGTCGTGCATTGATTCTGGTTCTATCCATTTGGGT 300
Query 402 CGTATCCTTCATGCTCGGTTTGGTTTGTTTACTGAACCTGACGTCTTTGTGGAGACGAAG 461
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CGTATCCTTCATGCTCGGTTTGGTCTGTTTCCTGAACCTGACGTCTTTGTGGAGACGAAG 360
Query 462 CTGTTGAGCATGTATGCTAAATGTGGGTGTATTGCTGATGCACGTAAGGTGTTTGATTCA 521
||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTGTTGAGCATGTATGCTAAATGCGGGTGTCTTGTTGATGCCCGTAAGGTGTTTGATTCA 420
Query 522 ATGCGTGAGAGAAATCTGTTTACATGGTCTGCTATGATTGGTGCTTACTCGAGGGAGAAT 581
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATGCGTGAGAGAAATCTGTATACATGGTCTGCTATGATTGGTGCTTACTCGAGGGAGAAT 480
Query 582 CGGTGGAGAGAGGTGGCGAAGCTCTTTCGTTTGATGATGAAAGATGGTGTTTTGCCTGAT 641
|||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 481 CGGTGGAGAGAGGTCTCTAAGCTCTTTCGTTTGATGATGGAAGACGGTGTTTTGCCTGAT 540
Query 642 GATTTCTTGTTTCCTAAGATATTACAGGGATGTGCTAATTGTGGAGATGTTGAGGCTGGG 701
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 541 GATTTCTTGTTTCCCAAGATTTTACAGGGATGTGCGAATTGTGGAGATGTTGAGACTGGG 600
Query 702 AAGGTGATTCATTCGGTGGTTATAAAACTCGGGATGAGTTCGTGTCTTCGTGTTAGTAAC 761
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 601 AAGTTGATTCATTCGGTGGTTATAAAACTCGGGATGAGTTCGTGTCTTCGTGTTAGCAAC 660
Query 762 TCGATTTTAGCTGTGTATGCGAAATGTGGTGAATTGGATTTCGCTACCAAGTTTTTTAGA 821
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TCTATTTTAGCTGTGTATGCGAAATGCGGTGAATTGGATTTCGCTACCAAGTTTTTTAGA 720
Query 822 CGTATGAGGGAGAGAGATGTGATTGCTTGGAACTCAGTACTGTTAGCTTACTGCCAAAAT 881
|| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CGCATGAAGGAGAGAGATGTGGTTGCTTGGAACTCAGTACTGTTAGCTTACTGCCAAAAT 780
Query 882 GGTAAACATGAAGAAGCTGTAGAATTGGTTAAAGAGATGGAAAAGGAAGGAATTTCTCCT 941
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GGTAAACATGAAGAAGCTGTAGAATTGGTTGAAGAGATGGAAAAGGAAGGAATTTCTCCA 840
Query 942 GGGTTAGTTACTTGGAACATACTGATTGGGGGTTATAACCAGCTAGGGAAATGTGATGCT 1001
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GGGTTAGTTACTTGGAACATATTGATTGGGGGTTATAACCAGCTAGGGAAATGTGATGCT 900
Query 1002 GCAATGGATTTGATGCAGAAGATGGAGACTTTTGGTATAACTGCTGATGTGTTTACGTGG 1061
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 901 GCCATGGATTTGATGCAGAAGATGGAGAATTTTGGTATAACTGCTGACGTGTTTACGTGG 960
Query 1062 ACAGCTATGATTTCGGGTTTGATTCATAATGGGATGAGATATCAGGCATTAGATATGTTT 1121
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 ACTGCTATGATTTCGGGTTTGATTCATAATGGGATGAGATATCAGGCATTAGATATGTTT 1020
Query 1122 AGGAAGATGTTTTTAGCGGGTGTAGTGCCAAATGCAGTCACTATTATGAGTGCTGTGTCT 1181
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AGGAAGATGTTTTTAGCGGGTGTAGTGCCGAATGCAGTCACTATTATGAGTGCTGTGTCT 1080
Query 1182 GCTTGTTCATGTTTGAAAGTTATAAACCAGGGCTCAGAAGTTCATTCTATTGCTGTGAAG 1241
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1081 GCTTGTTCATATTTGAAAGTTATAAACCTGGGCTCAGAAGTTCACTCTATTGCTGTGAAG 1140
Query 1242 ATGGGATTTATCGATGATGTGCTTGTGGGCAATTCTCTGGTTGATATGTATTCAAAGTGT 1301
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 ATGGGGTTTATCGACGATGTGCTTGTGGGCAATTCTCTGGTTGATATGTATTCAAAGTGT 1200
Query 1302 GGAAAACTGGAAGATGCAAGGAAAGTTTTTGATTCGGTAAAGAATAAGGATGTATATACT 1361
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGAAAACTGGAAGATGCAAGGAAAGTTTTTGATTCGGTAAAGAATAAGGATGTATATACT 1260
Query 1362 TGGAACTCAATGATAACAGGGTATTGCCAAGCAGGCTATTGTGGGAAGGCTTATGAGTTG 1421
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1261 TGGAACTCAATGATAACAGGGTATTGCCAAGCAGGCTATTGTGGGAAGGCTTATGAATTG 1320
Query 1422 TTTACGAGGATGCAAGATGCAAATTTAAGACCAAATATTATCACATGGAACACAATGATC 1481
||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1321 TTTACAAGGATGCAAGATGCAAATGTAAGACCAAATATTATCACATGGAACACGATGATC 1380
Query 1482 TCAGGATATATTAAGAATGGAGACGAGGGTGAGGCTATGGACTTATTTCAGAGGATGGAA 1541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TCAGGATATATTAAGAATGGAGACGAGGGTGAGGCTATGGACTTATTTCAGAGGATGGAA 1440
Query 1542 AAAGATGGAAAAGTTCAGCGGAATACTGCAACATGGAATCTAATTATTGCAGGTTACATA 1601
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1441 AAAGATGGAAAAGTTCAGCGAAATACTGCAACATGGAACCTAATTATTGCGGGTTACATA 1500
Query 1602 CAAAACGGaaaaaaaGACGAGGCCTTGGAACTTTTTCGAAAAATGCAGTTTTCTCGCTTC 1661
|||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 CAAAACGGAAAAAAGGACGAGGCCTTGGAAATTTTTCGGAAAATGCAGTTTTCTCGCTTC 1560
Query 1662 ATGCCAAATTCAGTTACCATTCTAAGTCTCTTACCAGCGTGTGCTAATCTTCTTGGGGCA 1721
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||
Sbjct 1561 ATGCCAAATTCGGTTACCATTCTAAGTCTTTTACCCGCTTGTGCTAATCTTCTTGGGACA 1620
Query 1722 AAAATGGTAAGAGAGATACACGGTTGCGTATTGCGGAGAAATCTTGATGCTATTCATGCC 1781
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1621 AAAATGGTAAGAGAGATACACGGTTGTGTATTGCGGAGAAACCTAGATGCTATTCATGCC 1680
Query 1782 GTTAAAAACGCTTTAACAGATACTTATGCTAAGTCAGGGGATATAGAATACTCAAGAACC 1841
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1681 GTTAAAAACGCTTTAACAGATACTTATGCTAAGTCAGGGGATATAGGATATTCAAGAACC 1740
Query 1842 ATCTTCCTGGGTATGGAAACGAAAGACATCATAACTTGGAACTCGCTGATTGGAGGTTAT 1901
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ATCTTCATGGGTATGGAAACGAAAGACATCATAACTTGGAACTCGCTGATTGGAGGTTAT 1800
Query 1902 GTTTTACATGGTAGCTATGGTCCAGCTCTTGCTCTTTTTAATCAAATGAAGACACAGGGG 1961
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GTTTTACATGGTAGCTATGGTCCAGCTCTTGAACTTTTTAATCAAATGAAGACACAGGGG 1860
Query 1962 ATTACGCCGAACAGGGGAACGCTTTCGAGTATTATTCTTGCGCACGGTCTAATGGGAAAT 2021
|||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1861 ATTAAGCCGAATAGGGGAACTCTTTCGAGTATTATTCTTGCACACGGTCTAATGGGAAAT 1920
Query 2022 GTAGACGAAGGAAAGAAAGTTTTCTACAGCATTGCGAATGATTACCATATTATTCCTGCT 2081
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GTAGACGAAGGAAAGAAAGTCTTCTACAGCATTGCGAATGATTACCATATTATTCCTGCT 1980
Query 2082 CTGGAACATTGTTCTGCTATGGTATATTTGTATGGACGAGCCAACAGACTTGAAGAAGCT 2141
|||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 CTGGAACACTGTTCTGCTATGGTATCTTTGTATGGACGATCCAACAGACTTGAAGAAGCT 2040
Query 2142 CTGCAGTTTATCCAGGAGATGAATATTCAATCAGAGACACCCATCTGGGAAAGCTTCTTA 2201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CTGCAGTTTATCCAGGAGATGAATATTCAATCAGAGACACCCATCTGGGAAAGCTTCTTA 2100
Query 2202 ACTGGCTGCAGGATTCATGGTGATATTGACATGGCAATCCATGCCGCAGAGAACTTATTC 2261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 ACTGGCTGCAGGATTCATGGTGATATTGACATGGCAATCCATGCCGCAGAGAACTTATTC 2160
Query 2262 TCCTTGGAACCTGAAAATACAGCCACTGAAAGTATTGTTTCGCAGATCTATGCATTAGGT 2321
|||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 TCCTTGGAACCTGAAAATACGGTCACTGAAAATATTGTTTCGCAGATCTATGCATTAGGT 2220
Query 2322 GCAAAACTTGGGAGATCATTAGAAGGAAATAAACCGAGGAGAGATAACCTGTTGAAGAAA 2381
|||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2221 GCAAAACTTGGGAGGTCATTAGAAGGAAAGAAGCCGAGGAGAGATAACTTGCTGAAGAAA 2280
Query 2382 CCTCTCGGGCAGAGCTGGATTGAAGTCAGAAATTTAATTCACACATTCACGACAGGTGAT 2441
||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 CCTCTTGGGCAGAGCTGGATTGAAGTCAAAAATTTAATTCACACATTCACGACAGGTGAT 2340
Query 2442 CAGTCGAAATTATGTACTGATGTGCTGTATCCCTTGGTGGAAAAAATGAGTAGGCTGGAT 2501
||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2341 CAGTCGAAATTATGTACTGATCTTCTGTATCCCTGGGTGGAAAAAATGTGTAGGCTGGAT 2400
Query 2502 AATAGAAGTGACCAATATAATGGAGAACTTTGGATTGAGGAAGAAGGAAGGGAAGAAACT 2561
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2401 AATAGAAGTGACCAATATAATGGAGAACTTTTGATCGAGGAAGAAGGAAGGGAAGAAATT 2460
Query 2562 TGTGGAATCCACAGTGAAAAATTTGCCATGGCGTTTGGTCTCATTTCGTCATCCGGTGCA 2621
||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 2461 TGTGGAATCCATAGCGAAAAAATTGCCATGGCGTTTGGTCTCATTTCCTCATCCCGTGCA 2520
Query 2622 TCTAAGACGACGATAAGGATCTTGAAAAATCTTAGGATGTGCCGAGACTGCCATGATACT 2681
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2521 CCTAAGGCGACGATAAGGATCTTGAAAAATCTTAGGATGTGCCGAGACTGCCATAATACT 2580
Query 2682 GCAAAG 2687
||||||
Sbjct 2581 GCAAAG 2586
Score = 126 bits (68), Expect = 8e-28
Identities = 68/68 (100%), Gaps = 0/68 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2727 GACACAAGATGCTTGCACCACTTTAAGAATGGAGATTGTTCCTGTAAAGATTATTGGTAG 2786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2586 GACACAAGATGCTTGCACCACTTTAAGAATGGAGATTGTTCCTGTAAAGATTATTGGTAG 2645
Query 2787 AGTGATTA 2794
||||||||
Sbjct 2646 AGTGATTA 2653
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115908615535
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5