BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G19920.1
Length=1801
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472217 jgi|Araly1|472217|fgenesh2_kg.1__2171__AT1G19920.1 2649 0.0
Ahg342057 jgi|Araly1|342057|fgenesh1_pg.C_scaffold_3001820 586 2e-166
Ahg359747 jgi|Araly1|359747|fgenesh1_pg.C_scaffold_862000001 575 4e-163
> Ahg472217 jgi|Araly1|472217|fgenesh2_kg.1__2171__AT1G19920.1
Length=1782
Score = 2649 bits (1434), Expect = 0.0
Identities = 1614/1701 (95%), Gaps = 11/1701 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 AAAAAGCAAAGGAGCCAAAAGTGGAATAACGTGTGGATCTTCTTCTTCCTCCTCCAACAT 61
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1 AAAAAGCAAAGGAGCCAAAAGTGGAATAACGTGTGGATCTTCTTCTTCTTCCTCCAACAT 60
Query 62 GTTCCTCCTAATCTCACCTTCACTGTTCACTCTCTACTCTCCACTTCTCTCGCTTTTGTC 121
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 GTTCGTCCAAATCTCACCTTCACTGTTCACTCTCTACTCTCCACTTCTCTCGCTTTTTTC 120
Query 122 CCAAAGTAGCTA---TCTTCAACAAGATTCATGTCTCTTATGATCAGA---TCCTCTTAC 175
|||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 121 CCAAAGTAGCTATCTTCTTCACCAAGATCCATGTCTCTTCTGATCAGATCCTCCTCTTAT 180
Query 176 GTTTCTCACATCACTCTCTTCCAACCTAGAAACTCAAAACCATCCTCTTTCACCAACCAA 235
||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 181 GTTTCTCACCTCACTCTCTTCCAACCTAGAAATTCAAAACCATCCTCTTTCACCAATCAA 240
Query 236 ATCTCCTTCCTTTCCTC-TTCTAATAACAACCCTTTTCTCAATTTGGTCTATAAACGAAA 294
||||||||| |||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCTCCTTCGTTTCTTCTTTC-AATCACAACCCTTTTCTCAATTTGGTCTATAAACGAAA 299
Query 295 CCTAACAATGCAATCTGTTTCGAAAATGACTGTTAAGAGCTCGTTGATTGATCCCGACGG 354
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 300 CCCAACAATGCAATCTGTTTCGAAAATGACTGTTAAGAGCTCATTGATTGATCCCGACGG 359
Query 355 TGGTGAATTGGTGGAATTGATTGTACCGGAAACTGAGATTGGAGTGAAGAAAGCTGAATC 414
||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| ||||| |||||||||
Sbjct 360 TGGTGAATTGGTGGAATTGATTGTACCGGAATCTGAAATCGGAGCGAAGAGAGCTGAATC 419
Query 415 AGAGACGATGCCTAAAGTGAAGCTGAATCAGATTGATCTTGAGTGGGTTCATGTGATTAG 474
|||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 AGAGACGATGCCGAAAGTGAAGCTGACGAAGATTGATCTTGAGTGGGTTCATGTGATTAG 479
Query 475 TGAAGGTTGGGCTAGTCCTTTAAAAGGGTTCATGAGAGAAGATGAGTATTTGCAAAGTTT 534
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 480 TGAAGGCTGGGCTAGTCCTTTAAAAGGGTTCATGAGAGAAGATGAGTATCTACAAAGTTT 539
Query 535 GCATTTTAATTCTCTTAGGTTAAAAAATGGGACTTTTGTGAACATGTCTCTTCCTATTGT 594
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 540 GCATTTTAATTCTCTTAGATTAAAAAATGGGACTTTTGTGAATATGTCTCTTCCTATTGT 599
Query 595 TCTTGCTATTGATGATGATACTAAGGAACAGATCGGATCATCTGAGAATGTTGCTCTTGT 654
||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 600 TCTTGCTATTGATGAAGAGACTAAGGAACAAATCGGATCATCCAAGAATGTTGCTCTTGT 659
Query 655 TTGCCCTCAAGGAGATATCATTGGTTCTCTCCGAAGTGTGGAGATTTACAAACACAATAA 714
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 660 TAGCCCTCAAGGAGATATCATTGGTTCTCTTCGAAGTGTAGAGATATACAAACACAACAA 719
Query 715 GGAAGAAAGGATAGCTAGAACTTGGGGAACTACTTCTCCAGGATTGCCTTATGTGGAAGA 774
|||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GGAAGAGAGGATAGCTCGGACTTGGGGAACTACTACTCCAGGATTGCCTTATGTGGAAGA 779
Query 775 ATATATTACTCCATCTGGAAACTGGCTGATTGGTGGTGATTTAGAAGTTTTTGAA-CCGA 833
||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 780 ATACATTACTCCATCTGGAAACTGGTTAATTGGTGGTGATTTAGAAGTTTTT-AAGCCGA 838
Query 834 TTAAGTATAACGATGGGCTTGATCATTACAGGCTCTCTCCTAAACAGCTTAGGGAAGAGT 893
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TTAAGTATAATGATGGGCTTGATCATTATAGGCTATCTCCTAAACAGCTTAGGGAAGAGT 898
Query 894 TTGATAATCGTCAAGCAGATGCTGTTTTTGCGTTTCAGTTAAGGAATCCTGTGCACAATG 953
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 899 TTGATAATCGTCAAGCGGATGCTGTTTTTGCGTTTCAGTTAAGGAATCCGGTGCACAATG 958
Query 954 GACATGCTCTGTTGATGAATGATACACGGAAAAGGCTTTTGGAAATGGGGTACAAGAACC 1013
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 959 GACATGCTCTGTTGATGAATGATACCCGGAAAAGGCTTTTGGAAATGGGTTACAAGAACC 1018
Query 1014 CTGTTCTCTTGCTTCATCCTTTAGGAGGTTTCACTAAAGCTGATGATGTTCCTCTTGATG 1073
|| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CTATTCTCTTACTTCATCCTTTAGGAGGTTTCACAAAAGCTGATGATGTTCCTCTTGATG 1078
Query 1074 TTAGAATGGAACAACATAGCAAGGTTCTAGAAGATGGAGTTCTTGACCCGAAGACTACTA 1133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TTAGAATGGAACAACATAGCAAGGTTCTAGAAGATGGAGTTCTTGACCCGAAGACTACTA 1138
Query 1134 TTGTCTCGATCTTTCCGTCACCGATGCACTATGCTGGTCCAACTGAAGTTCAATGGCACG 1193
|||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TTGTCTCGATATTTCCATCACCGATGCACTATGCTGGTCCAACTGAAGTTCAATGGCACG 1198
Query 1194 CCAAGGCAAGGATTAACGCTGGTGCTAATTTCTACATTGTAGGTCGTGATCCTGCAGGAA 1253
|||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 CCAAGGCAAGAATTAACGCCGGTGCTAATTTCTACATTGTAGGTCGTGATCCTGCAGGAA 1258
Query 1254 TGGGCCACCCTACTGAGAAGAGAGATCTATATGATCCTGATCATGGAAAGAGAGTCTTAA 1313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1259 TGGGCCACCCTACTGAGAAGAGAGATCTATATGATCCTGATCATGGAAAGAAAGTCTTAA 1318
Query 1314 GCATGGCCCCTGGACTTGAGAAACTCAATATTCTTCCATTTAGGGTTGCAGCTTACGATA 1373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GCATGGCCCCTGGACTTGAGAAACTCAATATTCTTCCATTTAGGGTTGCAGCTTACGATA 1378
Query 1374 CAATCGAGAAGAAGATGGCGTTTTTCGATCCTTCTCGTGCAAAAGAGTTTCTTTTCATTT 1433
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 CAATCGAGAAGAAGATGGCGTTTTTCGATCCCTCTCGTGCAAAAGAGTTTCTTTTCATTT 1438
Query 1434 CTGGAACAAAGATGCGAACTTATGCAAGAACAGGGGAGAATCCTCCAGATGGATTTATGT 1493
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1439 CTGGAACAAAGATGCGAACCTATGCAAGAACAGGGGAGAATCCTCCAGATGGGTTTATGT 1498
Query 1494 GTCCGAGTGGATGGAATGTTCTTGTCAAATACTATGAGAGCTTGCAAGAGAGCGAAGCAA 1553
|||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1499 GTCCAAGCGGATGGAATGTTCTTGTCAGATACTATGAGAGCTTGCAAGAAAGCGAAGCCA 1558
Query 1554 AACAACAAGCCGTTGTTTCAGCCTAAAGAATCCAGTTGCATCTCTTTCAGAATTGAAACT 1613
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||
Sbjct 1559 AACAACAAGCCGTTGTTTCAGCCTAAAGAATCCAATTGCATCTCTTTCAAAACTGAAGCT 1618
Query 1614 CCTTAGTGATCTATATGAGGCTTTTGTTTCACCTTTCATTGTTTTGTTTAAATTACTACC 1673
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1619 CCTTAGTGATCTATATAAGGCTTTTGTTTCACCTTTCATTGTTTTGTTTAAACTACTACC 1678
Query 1674 CTTGGATCCATGTTTTTGTCT 1694
||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 -TTGGATCCATGTTTTTGTCT 1698
> Ahg342057 jgi|Araly1|342057|fgenesh1_pg.C_scaffold_3001820
Length=399
Score = 586 bits (317), Expect = 2e-166
Identities = 363/386 (94%), Gaps = 0/386 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 320 ATGACTGTTAAGAGCTCGTTGATTGATCCCGACGGTGGTGAATTGGTGGAATTGATTGTA 379
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACTGTTAAGAGCTCATTGATTGATCCCGACGGTGGTGAATTGGTGGAATTGATTGTA 60
Query 380 CCGGAAACTGAGATTGGAGTGAAGAAAGCTGAATCAGAGACGATGCCTAAAGTGAAGCTG 439
|||||| |||| || |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 CCGGAATCTGAAATCGGAGCGAAGAGAGCTGAATCAGAGACGATGCCGAAAGTGAAGCTG 120
Query 440 AATCAGATTGATCTTGAGTGGGTTCATGTGATTAGTGAAGGTTGGGCTAGTCCTTTAAAA 499
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACGAAGATTGATCTTGAGTGGGTTCATGTGATTAGTGAAGGCTGGGCTAGTCCTTTAAAA 180
Query 500 GGGTTCATGAGAGAAGATGAGTATTTGCAAAGTTTGCATTTTAATTCTCTTAGGTTAAAA 559
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 GGGTTCATGAGAGAAGATGAGTATCTACAAAGTTTGCATTTTAATTCTCTTAGATTAAAA 240
Query 560 AATGGGACTTTTGTGAACATGTCTCTTCCTATTGTTCTTGCTATTGATGATGATACTAAG 619
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 241 AATGGGACTTTTGTGAATATGTCTCTTCCTATTGTTCTTGCTATTGATGAAGAGACTAAG 300
Query 620 GAACAGATCGGATCATCTGAGAATGTTGCTCTTGTTTGCCCTCAAGGAGATATCATTGGT 679
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAACAAATCGGATCATCCAAGAATGTTGCTCTTGTTAGCCCTCAAGGAGATATCATTGGT 360
Query 680 TCTCTCCGAAGTGTGGAGATTTACAA 705
||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 361 TCTCTTCGAAGTGTGGAGATATACAA 386
> Ahg359747 jgi|Araly1|359747|fgenesh1_pg.C_scaffold_862000001
Length=399
Score = 575 bits (311), Expect = 4e-163
Identities = 361/386 (94%), Gaps = 0/386 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 320 ATGACTGTTAAGAGCTCGTTGATTGATCCCGACGGTGGTGAATTGGTGGAATTGATTGTA 379
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGACTATTAAGAGCTCATTGATTGATCCCGACGGTGGTGAATTGGTGGAATTGATTGTA 60
Query 380 CCGGAAACTGAGATTGGAGTGAAGAAAGCTGAATCAGAGACGATGCCTAAAGTGAAGCTG 439
|||||| |||| || |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 CCGGAATCTGAAATCGGAGCGAAGAGAGCTGAATCAGAGACGATGCCGAAAGTGAAGCTG 120
Query 440 AATCAGATTGATCTTGAGTGGGTTCATGTGATTAGTGAAGGTTGGGCTAGTCCTTTAAAA 499
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACGAAGATTGATCTTGAGTGGGTTCATGTGATTAGTGAAGGCTGGGCTAGTCCTTTAAAA 180
Query 500 GGGTTCATGAGAGAAGATGAGTATTTGCAAAGTTTGCATTTTAATTCTCTTAGGTTAAAA 559
|||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 GGGTTCATGACAGAAGATGAGTATCTACAAAGTTTGCATTTTAATTCTCTTAGATTAAAA 240
Query 560 AATGGGACTTTTGTGAACATGTCTCTTCCTATTGTTCTTGCTATTGATGATGATACTAAG 619
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 241 AATGGGACTTTTGTGAATATGTCTCTTCCTATTGTTCTTGCTATTGATGAAGAGACTAAG 300
Query 620 GAACAGATCGGATCATCTGAGAATGTTGCTCTTGTTTGCCCTCAAGGAGATATCATTGGT 679
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAACAAATCGGATCATCCAAGAATGTTGCTCTTGTTAGCCCTCAAGGAGATATCATTGGT 360
Query 680 TCTCTCCGAAGTGTGGAGATTTACAA 705
||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 361 TCTCTTCGAAGTGTGGAGATATACAA 386
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67610184875
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5