BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G21650.3
Length=5532
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg313056 jgi|Araly1|313056|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001836 4294 0.0
> Ahg313056 jgi|Araly1|313056|fgenesh1_pm.C_scaffold_1001836
Length=4740
Score = 4294 bits (2325), Expect = 0.0
Identities = 2543/2643 (96%), Gaps = 35/2643 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2491 AGGGGAATTTGGGTCGTTTGAAGAGGAATGTACAAGATTTTACGAGCATGAATTATTGGG 2550
||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2129 AGGGGAATTTGGGTCGTTTAAAGAGGAATATACAGGATTTTACGAGCATGAATTATTGGG 2188
Query 2551 TTGTCCGGGACTACTACCGTCTGGTGGAATCTGTCAATTCCCTTGAACCACAGATTCAAA 2610
|||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 2189 TTGTGCGGGACTACTATCGTCTTGTGGAATCCGTCAATTCCCTTGAGCCACAGATGCAAA 2248
Query 2611 GCCTTTCCGATGAACAGGTTAAACTTAGTCTGAAAGCTAAAACTGCTGAATTTCGAGAAA 2670
|||||||||||| | | | || ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2249 GCCTTTCCGATG---A-G-----C--AG-CTGAAAGCTAAAACTGCAGAATTTCGAGAAA 2296
Query 2671 GATTAGCACGAGGGGAGTCCCTAGCAGATATGCAAGCTGAGGCATTTGCTGTTGTCCGTG 2730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2297 GATTAGCACGAGGGGAGTCCCTAGCAGATATGCAAGCTGAGGCATTTGCTGTTGTCCGTG 2356
Query 2731 AAGCTGCAAAGAGAACAATTGGAATGCGTCATTTTGACGTGCAGATAATTGGTGGAGGAG 2790
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2357 AAGCTGCTAAGAGAACAATTGGAATGCGTCATTTTGACGTGCAGATAATTGGTGGAGGAG 2416
Query 2791 TGCTTCATGATGGATCCATTGCGGAGATGAAGACAGGTGAAGGGAAAACACTAGTTTCTA 2850
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || |
Sbjct 2417 TGCTTCACGATGGATCCATTGCGGAGATGAAGACTGGTGAAGGGAAGACGCTAGTCTCCA 2476
Query 2851 CCTTAGCTGCATATCTTAATGCATTAACTGGTGAGGGCGTTCATGTGGTTACTGTGAATG 2910
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2477 CCTTAGCTGCATATCTTAATGCATTAACTGGTGAAGGCGTTCATGTGGTTACCGTGAATG 2536
Query 2911 ATTACCTGGCACAGCGTGATGCTGAATGGATGGGTCGTGTTCACCGCTTCTTAGGCCTTT 2970
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2537 ATTACCTGGCCCAGCGTGATGCTGAATGGATGGGTCGTGTTCACCGCTTCTTAGGCCTTT 2596
Query 2971 CAGTTGGTCTCATTCAGAGAGGGATGAAAGCTGAAGAGAGAAAATTCAACTATAGCTGTG 3030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2597 CAGTTGGTCTCATTCAGAGAGGGATGAAAGCTGAAGAGAGAAAATTCAACTATAGCTCTG 2656
Query 3031 ATATAACATACACCAATAACTCGGAGCTTGGATTTGATTATCTACGAGATAACCTTACTT 3090
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2657 ATATAACATACACCAATAACTCGGAGCTTGGATTTGATTATCTACGAGATAACCTTACTT 2716
Query 3091 CAAACCGTGAACAACTTGTTATGAGATGGCCAAAACCATTTCACTTTGCAATAGTTGATG 3150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2717 CAAACCGTGAACAACTTGTTATGAGATGGCCAAAACCATTTCACTTTGCAATAGTTGATG 2776
Query 3151 AAGTGGACTCAGTCCTCATTGATGAAGGCAGAAATCCTTTGCTAATTAGTGGTGAGGCTA 3210
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2777 AAGTGGATTCAGTCCTCATTGATGAAGGCAGAAATCCTTTGCTAATAAGTGGTGAGGCTA 2836
Query 3211 ACGAAAATGCCGCACGATATCCAGTTGCTGCTAAAGTGGCTGAACTTCTCGTAAAGGATA 3270
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2837 ACGAAAATGCCGCACGATATCCAGTTGCTGCTAAAGTGGCGGAACTTCTCGTAAAGGATA 2896
Query 3271 GTCATTACAAAGTTGAACTGAAAGAAAACTCAGTGGAACTCACAGAAGAAGGCATATCTC 3330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2897 GTCATTACAAAGTTGAACTGAAAGAAAACTCAGTGGAACTCACAGAAGAAGGCATATCTC 2956
Query 3331 TTGCTGAAATGGCTCTTGAGACGGGTGATTTATGGGACGAAAATGATCCATGGGCAAGGT 3390
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2957 TTGCTGAAATGGCTCTTGAGACGAGTGATTTATGGGATGAAAATGATCCATGGACAAGGT 3016
Query 3391 TTGTTATGAATGCTTTGAAAGCTAAAGAATTTTACAAGCGGGATGTCCAATATATTGTGA 3450
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3017 TTGTTATGAATGCTTTAAAAGCTAAAGAATTTTACAAGCGGGATGTCCAATATATTGTGA 3076
Query 3451 GAGATGGGAAAGCACTTATAATCAATGAGTTGACTGGAAGAGTTGAAGACAAAAGGAGAT 3510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3077 GAGATGGGAAAGCACTTATAATCAATGAGTTGACTGGAAGAGTTGAAGACAAAAGGAGAT 3136
Query 3511 GGTCTGAAGGAGTTCACCAGGCTGTGGAGGCTAAAGAAGGTCTAGAAATTCAGGCTGATT 3570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3137 GGTCTGAAGGAGTTCACCAGGCTGTGGAGGCTAAAGAAGGTCTAGAAATTCAGGCTGATT 3196
Query 3571 CAATTGTTGTGGCTCAAATCACCTATCAGTCGCTCTTTAAACTCTATCCAAAGCTCTCCG 3630
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3197 CAATTGTTGTGGCTCAAATCACCTATCAATCACTCTTTAAACTCTACCCAAAGCTCTCCG 3256
Query 3631 GGATGACTGGGACAGCAAAAACAGAAGAAAAAGAATTTTTGAAAATGTTTCAGATACCTG 3690
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3257 GGATGACTGGGACAGCCAAAACAGAAGAAAAAGAATTTTTGAAGATGTTTCAGATACCTG 3316
Query 3691 TTATTGAAGTTCCTACAAATTTGTCAAATATTCGAATCGATCTACCAATACAAGCTTTCG 3750
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3317 TTATTGAAGTTCCTACAAATTTGTCAAATATTCGAATCGATCTACCAATACAAGCTTTCG 3376
Query 3751 CGACTGCTCGGGGTAAATGGGAACATGTTCGTCGAGAAGTTGAAGATATGTTTGGACAAG 3810
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3377 CTACTGCTCGGGGTAAATGGGAACATGTTCGTCGAGAAGTTGAAGATATGTTTGGACAAG 3436
Query 3811 GTCGACCTGTTTTAGTAGGAACAACAAGTGTAGAGAATTCTGAATATTTATCAGAACTGC 3870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3437 GTCGACCTGTTTTAGTAGGAACAACAAGTGTAGAGAATTCTGAATATTTATCAGAACTGC 3496
Query 3871 TGAAAGAATGGGGTATACCTCACAATGTCCTGAATGCACGACCCAAGTATGCTGCCAGGG 3930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3497 TGAAAGAATGGGGTATACCTCACAATGTCCTGAATGCACGACCCAAGTATGCTGCCAGGG 3556
Query 3931 AAGCTGATTTTATAGCCCAAGCAGGAAGAAAATATGCCATCACCATTTCCACAAATATGG 3990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3557 AAGCTGATTTTATAGCCCAAGCAGGAAGAAAATATGCCATCACCATTTCTACAAATATGG 3616
Query 3991 CTGGTAGGGGTACTGACATTATTCTGGGAGGAAATCCGAAGATGCTTGCAAGGGAAATCA 4050
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3617 CTGGTAGGGGTACTGACATTATTCTGGGAGGAAATCCGAAGATGCTTGCAAGGGAAATCA 3676
Query 4051 TAGAAGATAGCATCCTTTCATATCTAACGAGTGAAGTTTTGGCTGATAATATTGACGATG 4110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3677 TAGAAGATAGCATCCTTTCATATCTAACGAGTGAAGTTTTGGCTGATAATATTGACGACA 3736
Query 4111 ATGAGTTATCACAGAAGGTATTGTCAAAAATAAAAGTAGGACCATCGTCATTAGCTTTGC 4170
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3737 ATGAGTTATCACAGAAGGTGTTGTCAAAAATAAAAGTGGGACCATCGTCCTTAGCTTTGC 3796
Query 4171 TAGCCAGAGCTTCTCTTATGGCAAAATATGTTGGCAAAAGTGAAAGTAAGAGCTGGACAA 4230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3797 TAGCCAGAGCTTCTCTTATGGCAAAATATGTTGGCAAAAGTGAAAGTAAGAGCTGGACAA 3856
Query 4231 GGAAAAAAGCAAAGTCCGTGGTCACAGAATCTTTGGAGAAAAGCCAGACCATGGATCCTA 4290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3857 GGAAAAAAGCAAAGTCCGTGGTCACAGAATCTTTGGAGAAAAGCCAGACCATGGATCCTA 3916
Query 4291 TGGAACTGCAGAATCTTATCAATGAGCAGTCAGAGATGTACCCATTAGGCCCTGCTATTG 4350
|| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3917 TGAAACTGCAGAATCTTGTCAATGAGCAGTCAGAAATGTACCCATTAGGCCCTGCTATTG 3976
Query 4351 CTCTGGCTTATCTGTCCGTCTTAAAGGACTGTGAGGCCCATTGTCTGCATGAAGGGTCTG 4410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3977 CTCTGGCTTATCTGTCCGTCTTAAAGGACTGTGAGGCCCATTGTCTGCATGAAGGATCTG 4036
Query 4411 AAGTGAAGAGGCTTGGAGGCCTTCATGTGATTGGGACTTCATTGCATGAGTCTCGGAGAA 4470
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 4037 AAGTGAAGAGGCTTGGAGGCCTTCATGTAATTGGGACTTCTTTGCATGAGTCTCGGAGGA 4096
Query 4471 TTGATAACCAGCTTCGTGGCAGAGCTGGAAGGCAAGGAGATCCTGGATCCACGCGGTTTA 4530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4097 TTGATAACCAGCTTCGTGGCAGAGCTGGAAGGCAAGGAGATCCTGGATCCACGCGGTTTA 4156
Query 4531 TGATAAGCTTGCAAGATGAGATGTTTCAGAAGTTTAATTTTGATACTGAGTGGGCTGTGA 4590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4157 TGATAAGCTTGCAAGATGAGATGTTTCAGAAGTTTAATTTTGACACTGAGTGGGCTGTGA 4216
Query 4591 GACTTATATCAAAGATTACAAACGATGAAGACTTACCAATTGAAGGTGACACAATAGTAA 4650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4217 GACTTATATCAAAGATTACAAACGATGAAGACTTACCAATTGAAGGTGACACAATAGTAA 4276
Query 4651 AACAGCTTCTAGCTCTCCAGATCAACGCAGAGAAATACTTCTTTGGCATAAGAAAAAGCC 4710
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4277 AACAGCTTCTAGCTCTCCAGATCAACGCAGAGAAATACTTCTTTGGAATAAGAAAAAGCC 4336
Query 4711 TGGTCGAGTTTGACGAAGTGCTAGAGGTTCAAAGGAAGCATGTCTATGACTTAAGGCAAC 4770
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 4337 TGGTCGAGTTTGACGAAGTGCTAGAGGTTCAAAGGAAGCATGTCTATGACCTAAGGCAAC 4396
Query 4771 TGCTGTTGACGGGTGAAAACGAAAGTTGCTCTCAGCATATATTCCAGTACATGCAAGCTG 4830
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4397 TGCTTTTGACGGGTGAAAACGAAAGTTGCTCTCAGCATATATTCCAGTACATGCAAGCTG 4456
Query 4831 TTGTAGATGAAATCGTTGTTGGGAATTCTAATCCGCAGAAGCATCCAAGATACTGGAGCT 4890
|||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4457 TTGTAGATGAAATCGTCGTTGGAAATGCTAATCCACAGAAGCATCCAAGATACTGGAGCT 4516
Query 4891 TGGCCAAGTTATTGAAAGAGTTCATGGCTATTTCGGGAAACCTACTGGATGAGTCATTTT 4950
|||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4517 TGGCCAAGCTATTGAAAGAGTTTATGGCTATTTCGGGAAACCTACTGGATGA---A---- 4569
Query 4951 CTGGGATCACAGAAGAGACCATGTTACAGTCCCTTGAAAACCTGCATGAG-GGAAGTTCA 5009
| | | | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 4570 --G--A--A-A-------CCATGTTACAGTCCCTTGAAAACCTGCATGAGAGGAT-TTCA 4614
Query 5010 ATAGAAATGGAAGACTTGTCCCTTCCGCACCTGCCAAAACCTCCAAACGCTTTCAGAGGA 5069
||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 4615 ATAGATATGGAAGACTTGTACCTTCCGCACCTGCCAAAACCTCCTAACGCTTTCAGGGGA 4674
Query 5070 ATTCGCAGGAAGAATTCTTCACTAAGACGTTGGCTTGATATCTGCTCCGATAATTTGACG 5129
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 4675 ATCCGCAGAAAGAATTCTTCACTAAGACGTTGGCTTGATATCTGCTCAGATAATTTGACG 4734
Query 5130 GGG 5132
|||
Sbjct 4735 GGG 4737
Score = 2416 bits (1308), Expect = 0.0
Identities = 1509/1607 (94%), Gaps = 10/1607 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 78 ATGGAGGAACCGGAGTGTCCGGTGTGTCTACAGTCTTACGACGGCGAGTCTACTGTCCCG 137
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGGAGGCACCGGAGTGTCCGGTGTGTCTACAGTCTTTCGACGGCGAGTCTACAGTCCCG 60
Query 138 CGCGTACTCGCCTGCGGACACACGGCGTGCGAAGAATGCTTAACAAATCTACCCAAGAAG 197
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 CGTGTACTCGCCTGCGGACACACGGCGTGCGAAGAATGCTTAACGAATCTACCCAAGAAG 120
Query 198 TTTCCGGACACAATCCGATGTCCTGCTTGCACCGTTCTCGTCAAGTTTCCACCTCAAGGA 257
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 TTTCCGAACACAATCCGATGTCCTGCTTGCACCGTTCTCGTCAAGTTTCCTCCTCAAGGA 180
Query 258 CCATCAGCTCTCCCCAAAAACATTGATCTTCTCAGATTGTTCCCTTCGATTTCGAAGCTT 317
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||
Sbjct 181 CCATCAGCTCTCCCCAAAAACATCGATCTTCTCAGATTTTTCCCTTCTATTTCGAAGATT 240
Query 318 AAGCTGGAACCTGGCCGGAATTTTGAAAAAGTCGTTGAATTTGTCACTCGATCATGGTCC 377
|||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 241 AAGCTGGAACCTGGTCGGAATTGTAAAAAAGCCGTTGAATTTGTCATTCGATCATGGTCC 300
Query 378 GACGACTTTTACGCCACTTGGAAGGATCGGATTCTAGTGCACGACGCCGTTTCCGTGGAA 437
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GACGACTTTTACGCCACTTGGAAGGATCGGATCCTAGTGCACGACGCCGTTTCCGTGGAA 360
Query 438 ATTAGGGAGAGTGAAAGTAGTGATTTTGATTCATCTTCGCGTTTATGTGGAAGTCTGAGG 497
|||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATTAGGGAGAGTGAAAGTAGTGATTTTGCTTCAGCTTCGCTTTTATGTGGAAGTCTGAGG 420
Query 498 GATGATTCGAAGGTGAGTCTTTTACGGGTTGCTTCGTTCGAGCATGGTGATTGTGATTCT 557
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 421 GATGATTTGAAGGTGAGTCTTTTACGGGTTGCTTCGTTCGAGCATGATGATTGTGATTCT 480
Query 558 GTCCTCAAGTATAGTTATGTCCAGAGGATGATGAGTTGTCTGTGGGGTATGCGAGAGGAG 617
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 481 GTTCTCAAGTATAGTTATGTCCAGAGGATGATGAGTTGTCTGTGGGGGATGAGAGAGGAG 540
Query 618 GAAAGAGATGAGCTTGATGCGATCATCTCTGTTAAACAGAGAGGTGTTTCTAAAGTTTTT 677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 541 GAAAGAGATGAGCTTGATGCGATCATCTCTGTTAAACAAAGAGGTGTTTCTATAGTTTTT 600
Query 678 GGCTTGTGGGGTGATTTGAAGAATGGTGTTTTGTATTTAGTGGGTGAAAAGCTCATTGGA 737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 601 GGCTTGTGGGGTGATTTGAAGAATGGTGTTTTGTATTTAGTGGGTGAGAAGCTCACTGGA 660
Query 738 -TTTTCGTTGGAGGAGTTTGATAGCCT--C-GAAGATGAGACTTTACGTTTAGGAATAAT 793
|||| ||| ||||||||||||||| | |||||| | |||| ||||||| ||||||
Sbjct 661 CTTTT-GTT---GGAGTTTGATAGCCTCACTGAAGATTATACTTCGCGTTTAGCAATAAT 716
Query 794 TGGTATGCAAATATGTGAGGCACTACTTAATTTGCATAAGGAAGGGTTGATCACAGGCTG 853
||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 TGGCATGCAAATATGTGAGGCACTACTCAATTTGCACAAGGAAGGGTTGATCACAGGCTG 776
Query 854 TTTGAGTGTTTCTTGTGTGAAGTTTGACGAATATGAGAATGCTTATGTTGATTTGATTGA 913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TTTGAGTGTTTCTTGTGTGAAGTTTGACGAATATGAGAATGCTTATGTTGATTTGATTGA 836
Query 914 GTTGATTGAAACTGGAAGGAATGTGTATCGAATTATCGCTGAAGAAACTAGCTCTTTGAG 973
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 837 GTTGATTGAAACTGGAAGGAATGTGTATCAAATTATCGCCGAAGAAACTAGCTCTTTTAG 896
Query 974 AAAACCAGTTGGTGCTTCGGAAATGGGTTTGATTTTTGTTGGGTTACAACAGAAGGGGAT 1033
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||
Sbjct 897 CAAACCAGTTGGGGCTTCGGAAATGGGTTTGATTTTGGTTGGATTACTACAAAAGGGGAT 956
Query 1034 TTTTATT-AGCTCAGAGGTGTTGTTTGAATTTTTGAAAGAACAGAATATGTTAATAAAAA 1092
|||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 957 TTTT-TTGAGCTCAGAGGTGTTGTTTGAATTGTTGAAAGAACGGAATATGTTGATAAAAG 1015
Query 1093 ATACCAGCTCAAAATCTTTTGTTTCACATAACTCTGATGTTTGGCCAGTGTGTTTTCTTC 1152
|| || ||||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1016 ATTCCGGCTCAAAGTCGTTGGTTTCATATAACTCTGATGTTTGGCCAGTTTGTTTTCTTG 1075
Query 1153 TCCTCAAGCTTCGTCTTGGAAAACGGTGTACCGAGGAGTTTATTGAAAGTGTGAATTGTG 1212
||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1076 TCCTCAAGCTTCGTCTTGGAAAACGGTTTATGGAGGAGCTTATTGAAAGTGTAAATTGTG 1135
Query 1213 TGGATGGAAAAGGCTGTGAAGAGGGTATTGAGGATATCTTGGTGCTATACACAGGTATTA 1272
|||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 TGGATGCAAAAGGATGTGAAGAGGGTATTGAGGATCTCTTGGTGCTATACACAGGTATTA 1195
Query 1273 CGGAGAAACTAAGTTTGGAATCTGAACTCCAAGGGAAGTTTAAATCGATGGTTGAAATTC 1332
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1196 CGGAGAAAGTAAGTCTGGAATCTGAACTCCAAGGGAAGTTTAAAACGATGGTTGAAATTC 1255
Query 1333 TTCGTCAATGTTGCTGTCTTGATCCTCAGGCACGTCCCGTTTTGACTGATCTATGGAAAT 1392
|||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TTCGCCAATGTTGCTGTCTTAATCCTCAGGCACGTCCCGTTTTGACTGATCTATGGAAAT 1315
Query 1393 GCATCAGGGAGCTGGTCATGAAACCTAGGTTCAATTCTATGAGTAGATTGCATAAGACGA 1452
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1316 GCATCAGGGAGCTGGTGGTGAAACCTAGGTTTAATTCTATGAGTGGATTGCATAAGACGA 1375
Query 1453 TTTATGGGAAAAGGAAACAGTTCTGTTTGGCTCAAAGTGAATTATGTCGCCTGGTAGAAG 1512
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1376 TTTCTGGGAAAAGGAAAGAGTTCTGTTTGGCTCAAAGTGAATTATGTCGTCGGGTAGAAG 1435
Query 1513 TGGAATCCAAAGAAGTGGACAAAGAGTTGCCTGGAATGAAAATTGGCGATGAAGCAGAGG 1572
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1436 TGGAATCCAAAGAACTGGACGAAGAGTTGCCTGGAATGAAAACTGGCGATGAAGCAGAGG 1495
Query 1573 AGGGTAAGGTTGACATAGATTTTCCGGGGAGAGTCTCAGAAGGAAAGGTGAGATCTAAAG 1632
||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1496 AGGGTAAGGTTGACATAGATTTTGCTAGGAGACTCTCAGAAGGAAAGGTGAAATCTAAAG 1555
Query 1633 ACATGCGGGGACACCAAGACTCTGTCACAGGTTTAGCCGTTGGAGGT 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1556 ACATGCGGGGACACCAAGACTCTGTCACAGGTTTAGCGGTTGGAGGT 1602
Score = 701 bits (379), Expect = 0.0
Identities = 401/412 (97%), Gaps = 0/412 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1760 AGGTCATCAGGATAAAGTAATGGCCTTGATACACATCGAGGGAACAGAACCAGTATGTGT 1819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 AGGTCATCAGGATAAAGTAATGGCCTTGATACACATCGAGGGAACAGAACCAGTATGTGT 1658
Query 1820 TAGTGGCGATGGTGGAGGAGGTATCTTTGTATGGAGCACTACTTTTCCTCTGGAAGAACA 1879
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 1659 CAGTGGCGACGGTGGAGGAGGTATCTTTGTATGGAGCACTACTTTCCCTCTGAAAGAACA 1718
Query 1880 GCCGCTAAGAAAGTGGTATGAGCCAAAAGACTGGCGATATACTGGCATTCATGCATTGGC 1939
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719 GCCACTAAGAAAGTGGTACGAGCCAAAAGACTGGCGTTATACTGGCATTCATGCATTGGC 1778
Query 1940 ATACTCAGAATATGGGCATGTGTACACTGGCAGTGGAGATAACACTATCAAAGCTTGGTC 1999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 ATACTCAGAATATGGGCATGTGTACACTGGCAGTGGAGATAACACTATCAAAGCTTGGTC 1838
Query 2000 ACTGCAAGATGGAAGCCTGCTTTGCACTATGAGTGGTCATAAATCTGTAGTCTCAACGCT 2059
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839 ACTGCAAGATGGAAGCCTGGTTTGCACTATGAGTGGCCATAAATCTGTAGTCTCAACGCT 1898
Query 2060 TGTTGTGGTAAATGGAGTACTATACAGTGGAAGTTGGGATGGAACCGTTCGTTTGTGGAG 2119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1899 TGTTGTGGTAAATGGAGTACTATACAGTGGAAGTTGGGATGGAACCGTTCGTTTGTGGAG 1958
Query 2120 TCTAAGTGACAACAGTTTGTTGACAGTGTTGGGGGAAGAGACTCCAGGTATT 2171
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1959 TCTAAGTGACCACAGTTTGTTGACAGTGTTGGGTGAAGAGACTCCAGGTATT 2010
Score = 191 bits (103), Expect = 5e-47
Identities = 115/121 (95%), Gaps = 0/121 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2244 ATATGGAGGGATGATACATTGATGAAGTCAATGAAAATACAGAATGGCGCAATCCTCAGC 2303
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2011 ATATGGAGGGATGATACATTGATGAAGTCAATGCAGATACAGAGTGGCGCAATCCTCACC 2070
Query 2304 ATTGCCGTGAATGGTAAATGGCTATTCACTGGAGGTTGGGACAAAACCATCAATGTACAG 2363
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071 ATTACCGTGAACGGTAAATGGCTATTCACTGGAGGTTGGGACAAAACCATCAATGTACAG 2130
Query 2364 G 2364
|
Sbjct 2131 G 2131
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 209506939365
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5