BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G22770.1 Length=4136 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg921302 jgi|Araly1|921302|scaffold_102583.1 5928 0.0 > Ahg921302 jgi|Araly1|921302|scaffold_102583.1 Length=3568 Score = 5928 bits (3210), Expect = 0.0 Identities = 3440/3553 (97%), Gaps = 7/3553 (0%) Strand=Plus/Plus Query 342 CTGGATGGCTAGTTCA---TCTTCATCTGAGAGATGGATCGATGGTCTTCAGTTCTCTTC 398 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 17 CTGGATGGCTAGTTCATCTTCTTCATCTGAGAGATGGATTGATGGTCTACAGTTCTCTTC 76 Query 399 CTTGTTATGGCCTCCGCCACGAGATCCTCAACAACATAAGGATCAAGTCGTTGCTTATGT 458 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 77 CTTGTTATGGCCTCCGCCACGAGATCCTCAACAACATAAGGATCAAGTCGTTGCTTATGT 136 Query 459 TGAATATTTTGGTCAATTTACATCAGAGCAATTCCCAGATGACATTGCTGAGTTGGTCCG 518 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 137 CGAATATTTTGGTCAATTTACATCAGAGCAATTCCCAGATGACATCGCTGAGTTGGTCCG 196 Query 519 GCATCAGTATCCATCAACTGAGAAGCGACTTTTAGACGATGTGCTGGCGATGTTTGTCCT 578 ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 197 GCATCAGTATCCATCAACTGAGAAGCGGCTTTTGGACGATGTGCTGGCCATGTTTGTCCT 256 Query 579 TCATCATCCGGAGCATGGTCATGCAGTCATTCTTCCAATCATTTCATGTCTTATTGATGG 638 |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 257 CCATCATCCCGAGCATGGTCATGCAGTAATTCTTCCAATCATTTCATGTCTTATTGATGG 316 Query 639 CTCGTTGGTGTACAGCAAGGAAGCTCATCCGTTTGCCTCTTTCATATCTTTAGTTTGCCC 698 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 317 CTCGTTGGTGTACTGCAAGGAAGCTCATCCGTTTGCCTCTTTCATATCTTTAGTTTGCCC 376 Query 699 AAGTAGTGAGAATGACTATTCGGAGCAATGGGCTTTGGCATGTGGAGAAATCCTTCGCAT 758 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 377 AAGTAGTGAGAATGACTATTCGGAGCAATGGGCTTTGGCATGCGGAGAAATCCTTCGCAT 436 Query 759 TTTGACTCATTACAACCGTCCCATTTATAAAACTGAGCAGCAAAATGGAGATACAGAGAG 818 ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| Sbjct 437 TTTGACTCATTACAATCGTCCCATATATAAGACTGAGCAACAAAATGGAGAAACCGAGAG 496 Query 819 AAATTGTCTGAGCAAAGCTACAACTAGTGGTTCTCCGACTTCAGAGCCTAAGGCTGGATC 878 ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 497 AAATTGTTTGAGCAAAGCTACAACAAGTGGTTCTCCGACTTCAGAGCCTAAGGCTGTATC 556 Query 879 ACCAACACAGCATGAAAGGAAACCTTTAAGGCCTTTGTCTCCATGGATCAGTGATATACT 938 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 557 ACCAACACAGCATGAAAGGAAACCTTTAAGGCCTTTGTCTCCATGGATCAGTGATATACT 616 Query 939 ACTTGCTGCTCCTCTTGGTATAAGAAGTGACTATTTCCGATGGTGTAGTGGTGTAATGGG 998 |||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 617 ACTTGCTGCTCCCCTGGGTATAAGAAGTGACTACTTCCGATGGTGTAGTGGTGTAATGGG 676 Query 999 TAAATATGCTGCTGGAGAGCTCAAGCCGCCAACCATTGCTTCTCGAGGATCTGGTAAACA 1058 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 677 TAAATATGCTGCTGGAGAGCTCAAGCCGCCAACCATTGCTTCTCGAGGATCTGGTAAACA 736 Query 1059 TCCTCAACTGATGCCTTCAACCCCAAGATGGGCTGTTGCTAATGGAGCTGGTGTCATACT 1118 ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 737 TCCTCAACTGATGCCTTCAACGCCAAGATGGGCAGTTGCTAACGGAGCTGGTGTCATACT 796 Query 1119 GAGTGTTTGTGATGATGAAGTTGCTCGATATGAGACTGCTACGCTGACAGCGGTCGCTGT 1178 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 797 GAGTGTTTGTGATGATGAAGTTGCTCGATATGAGACTGCCACGCTGACAGCGGTTGCTGT 856 Query 1179 CCCTGCACTTCTTCTTCCTCCGCCAACGACATCCTTAGATGAGCATCTAGTTGCTGGCCT 1238 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 857 CCCTGCACTTCTTCTTCCTCCCCCAACGACATCCTTAGATGAGCATCTAGTTGCTGGCCT 916 Query 1239 TCCAGCTCTTGAACCATATGCACGTTTGTTTCATAGATACTATGCCATTGCAACTCCAAG 1298 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 917 TCCAGCTCTTGAACCATATGCACGTTTGTTTCATAGATATTATGCCATTGCAACTCCAAG 976 Query 1299 TGCTACGCAGAGACTTCTTCTTGGACTCTTAGAAGCACCACCGTCGTGGGCTCCAGATGC 1358 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 977 TGCTACTCAGAGACTTCTTCTTGGACTCTTAGAAGCACCACCGTCGTGGGCTCCAGATGC 1036 Query 1359 ACTTGATGCTGCTGTACAGCTTGTGGAACTCCTTCGAGCTGCTGAAGATTATGCATCTGG 1418 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1037 ACTTGATGCTGCTGTACAGCTTGTGGAACTCCTTCGAGCTGCTGAAGATTATGCATCTGG 1096 Query 1419 TGTAAGGCTACCCAGGAACTGGATGCATTTGCACTTCTTGCGGGCTATAGGAATTGCTAT 1478 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| Sbjct 1097 TGTAAGGCTACCCAGGAACTGGATGCATTTGCACTTCTTGCGGGCAATCGGGATTGCTAT 1156 Query 1479 GTCTATGAGGGCAGGTGTTGCTGCTGATGCTGCAGCCGCTTTGCTTTTCCGCATACTCTC 1538 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1157 GTCTATGAGGGCAGGTGTTGCTGCTGATGCTGCAGCCGCTTTGCTTTTCCGCATACTCTC 1216 Query 1539 ACAGCCGGCACTGCTTTTTCCTCCGCTAAGTCAAGTTGAGGGAGTAGAAATTCAGCACGC 1598 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1217 ACAGCCAGCACTGCTTTTTCCTCCGCTAAGTCAAGTTGAGGGAGTAGAAATTCAACACGC 1276 Query 1599 GCCTATTGGTGGCTACAGTTCAAATTACAGAAAACAGATAGAAGTTCCTGCAGCAGAAGC 1658 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1277 GCCTATTGGTGGCTACAGTTCAAATTACAGGAAACAGATAGAAGTTCCTGCAGCAGAAGC 1336 Query 1659 AACCATTGAAGCCACTGCCCAAGGAATTGCCTCAATGCTTTGTGCTCATGGTCCTGAAGT 1718 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1337 AACCATTGAAGCCACTGCCCAAGGAATTGCCTCAATGCTCTGTGCTCATGGTCCTGAAGT 1396 Query 1719 TGAGTGGAGAATTTGCACTATATGGGAAGCTGCTTATGGTTTGATCCCTTTAAATTCTTC 1778 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| Sbjct 1397 TGAATGGAGAATTTGCACTATATGGGAAGCTGCTTATGGATTGATCCCTCTAAATTCTTC 1456 Query 1779 GGCGGTTGATCTTCCCGAAATCATAGTTGCTACCCCACTGCAACCTCCTATCTTGTCATG 1838 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1457 AGCGGTTGATCTTCCTGAAATCATAGTTGCTACCCCACTGCAACCTCCTATCTTGTCATG 1516 Query 1839 GAATTTATACATTCCACTCCTCAAAGTACTTGAATATCTTCCACGGGGGAGTCCTTCGGA 1898 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1517 GAATCTATACATTCCACTCCTCAAAGTACTTGAATATCTTCCACGGGGGAGTCCTTCGGA 1576 Query 1899 AGCATGCTTGATGAAAATATTTGTTGCCACTGTGGAAACAATACTCAGTAGAACTTTTCC 1958 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1577 AGCATGCTTGATGAAAATATTTGTTGCCACAGTGGAAACAATACTCAGTAGAACTTTTCC 1636 Query 1959 GCCTGAATCTTCCAGGGAACTA-ACCAGAAAAGCTAGATCGAGTTTTACCACAAGATCAG 2017 ||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1637 GCCTGAATCATCCAGGGAAC-ATACCAGAAAAGCTAGATCGAGTTTTACCACAAGATCAG 1695 Query 2018 CGACCAAAAATCTTGCTATGTCTGAGCTTCGTGCTATGGTCCATGCTCTCTTTTTAGAAT 2077 |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1696 CGACCAAAAACCTTGCTATGGCTGAGCTTCGTGCTATGGTCCATGCTCTCTTTTTAGAAT 1755 Query 2078 CATGCGCTGGTGTGGAATTAGCTTCACGCCTACTTTTTGTTGTGTTGACTGTATGTGTTA 2137 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1756 CATGCGCTGGTGTGGAATTAGCTTCACGCCTTCTTTTTGTTGTGTTGACTGTATGTGTTA 1815 Query 2138 GCCATGAAGCACAGTCTAGTGGTAGCAAGAGACCGAGAAGTGAATATGCTAGTACTACTG 2197 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 1816 GCCATGAAGCACAGTCTAGTGGTAGCAAGAGACCGAGAAGTGAATATGCTAGCACTACCG 1875 Query 2198 AAAATATTGAGGCGAATCAACCTGTATCTAACAATCAAACTGCTAACCGTAAAAGTAGGA 2257 ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1876 AAAATGTCGAGGCGAATCAACCTGTATCTGACAATCAAACTGCTAACCGTAAAAGTAGGA 1935 Query 2258 ATGTCAAGGGACAGGGACCTGTGGCAGCATTTGATTCATACGTTCTTGCTGCTGTTTGTG 2317 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1936 ATGTCAAGGGACAGGGACCTGTTGCAGCATTTGATTCATACGTTCTTGCTGCTGTTTGTG 1995 Query 2318 CTCTTGCCTGTGAGGTTCAGCTGTATCCTATGATCTCTGGTGGGGGGAACTTTTCCAATT 2377 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1996 CTCTTGCCTGTGAGGTTCAGCTGTATCCTATGATCTCTGGAGGGGGGAACTTTTCCAATT 2055 Query 2378 CTGCCGTGGCTGGAACTATTACAAAGCCTGTAAAGATAAATGGGTCATCTAAAGAGTATG 2437 ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2056 CTGCCGTGGCTCGAACTATTACAAAGCCTGTAAAAATAAATGGGTCATCTAACGAGTATG 2115 Query 2438 GAGCTGGGATTGACTCGGCAATTAGTCATACGCGCCGAATTTTGGCAATCCTAGAGGCAC 2497 |||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2116 GAGCTGGGGTTGACTCGGCAATTAATCATACACGCCGAATTTTGGCAATTCTAGAGGCAC 2175 Query 2498 TCTTTTCATTAAAACCATCTTCTGTGGGGACTCCATGGAGTTACAGTTCTAGTGAGATAG 2557 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2176 TCTTTTCATTAAAACCATCTTCTGTAGGGACTCCATGGAGTTACAGTTCTAGTGAGATAG 2235 Query 2558 TTGCTGCGGCCATGGTTGCAGCTCATATTTCCGAACTGTTCAGACGTTCAAAGGCCTTGA 2617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2236 TTGCTGCGGCCATGGTTGCAGCTCATATTTCCGAACTGTTCAGACGTTCAAAGGCCTTGA 2295 Query 2618 CGCATGCATTGTCTGGGTTGATGAGATGTAAGTGGGATAAGGAAATTCATAAAAGAGCAT 2677 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2296 CGCATGCGTTGTCTGGGTTGATGAGATGTAAGTGGGACAAGGAAATTCATAAAAGAGCAT 2355 Query 2678 CATCATTATATAACCTCATAGATGTTCACAGCAAAGTTGTTGCCTCCATTGTTGACAAAG 2737 ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| Sbjct 2356 CATCATTGTATAACCTCATTGATGTTCACAGCAAAGTTGTTGCATCTATTGTTGACAAAG 2415 Query 2738 CTGAACCCTTGGAAGCCTACCTTAAGAATACACCGGTTCAGAAGGATTCTGTGACCTGTT 2797 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2416 CTGAACCCTTAGAAGCCTACCTTAAGAATACACCGGTTCAGAAGGATTCTCTGACCTGTT 2475 Query 2798 TAAACTGGAAACAAGAGAACACATGTGCAAGCACCACATGCTTTGATACAGCGGTGACAT 2857 | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2476 TGAACTGGAAACAACAGAACACATGTGCAAGCACCACATGCTTTGATACAGCGGTGACAT 2535 Query 2858 CCGCCTCAAGGACTGAAATGAATCCAAGAGGAAACCATAAGTATGCTAGACATTCAGATG 2917 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2536 CCGCCTCAAGGACTGAAATGAATCCAAGAGGAAACCATAAGTATGCTAGACATTCAGATG 2595 Query 2918 AAGGCTCAGGGAGACCCTCAGAGAAGGGTATCAAAGATTTCCTCTTGGATGCTTCTGATC 2977 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2596 AAGGCTCAGGGAGACCCTCAGAGAAGGGTATCAAAGATTTCCTCTTGGATGCTTCTGATC 2655 Query 2978 TTGCGAATTTCCTCACAGCTGATAGACTCGCAGGGTTCTATTGTGGTACACAAAAGCTTT 3037 | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2656 TAGCAAATTTCCTCACAGCTGATAGACTCGCAGGGTTCTATTGTGGTACACAAAAGCTTT 2715 Query 3038 TGAGGTCAGTGCTTGCAGAGAAACCGGAGCTGTCTTTCTCCGTTGTTTCACTGTTATGGC 3097 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2716 TAAGGTCAGTGCTTGCAGAGAAACCGGAGCTGTCTTTCTCCGTTGTTTCACTGTTATGGC 2775 Query 3098 ACAAACTGATTGCTGCTCCTGAAATCCAGCCCACCGCAGAAAGCACCTCTGCGCAACAAG 3157 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2776 ACAAACTGATTGCTGCTCCTGAAATCCAGCCCACCGCAGAAAGCACCTCTGCGCAACAAG 2835 Query 3158 GATGGAGACAGGTTGTTGATGCGCTATGCAATGTCGTATCTGCAACGCCAGCGAAAGCAG 3217 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2836 GATGGAGACAGGTTGTTGATGCGCTATGCAATGTCGTATCTGCAACGCCAGCAAAAGCAG 2895 Query 3218 CAGCAGCAGTTGTCCTTCAGGCTGAAAGGGAGTTGCAGCCTTGGATCGCCAAAGATGATG 3277 | ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2896 CTGCAGCAGTTGTTCTTCAGGCTGAGAGGGAGTTACAGCCTTGGATCGCCAAAGATGATG 2955 Query 3278 AAGAAGGCCAAAAAATGTGGAAAATCAACCAACGGATAGTCAAAGTGTTGGTGGAACTCA 3337 ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2956 AAGAAGGTCAGAAAATGTGGAAAATCAACCAACGGATAGTCAAAGTGTTGGTGGAACTCA 3015 Query 3338 TGCGCAATCATGACAGGCCTGAGTCACTGGTGATTCTCGCAAGTGCATCAGATCTTCTTC 3397 |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| Sbjct 3016 TGCGCAATCATGACCGGCCTGAGTCACTGGTGATACTGGCAAGTGCATCAGATCTTCTTC 3075 Query 3398 TGCGGGCAACTGATGGAATGCTTGTTGATGGAGAAGCTTGTACATTACCTCAACTTGAGC 3457 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 3076 TGCGGGCAACTGATGGAATGCTTGTTGATGGGGAAGCTTGTACACTACCTCAACTTGAGC 3135 Query 3458 TACTTGAAGCCACGGCAAGAGCAATACAGCCGGTGCTAGCTTGGGGGCCATCTGGACTAG 3517 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 3136 TACTTGAAGCCACAGCAAGAGCAATACAGCCGGTGCTAGCTTGGGGACCATCTGGACTTG 3195 Query 3518 CAGTGGTCGACGGTTTATCCAATCTATTGAAGTGTCGTCTACCAGCAACAATACGGTGCC 3577 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3196 CAGTGGTCGACGGTTTATCCAATCTATTGAAGTGTCGTCTACCAGCAACAATACGGTGCC 3255 Query 3578 TTTCACACCCAAGTGCACACGTACGTGCCTTAAGCACGTCAGTACTACGTGATATCATGA 3637 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 3256 TTTCACACCCAAGTGCACACGTACGTGCCTTAAGCACGTCAGTACTACGTGACATCATGA 3315 Query 3638 ACCAAAGCTCCATACCCATCAAAGTAACTCCAAAACTGCCAACAACAGAGAAGAACGGAA 3697 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3316 ACCAAAGCTCCATACCCATCAAAGTAACTCCAAAACTGCCAACAACAGAGAAGAACGGAA 3375 Query 3698 TGAATAGTCCGTCCTATCGATTCTTCAACGCCGCCTCAATAGACTGGAAAGCCGATATCC 3757 |||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| Sbjct 3376 TGAACAGCCCGTCCTATCGATTCTTCAACGCCGCCACGATAGACTGGAAAGCCGATATCC 3435 Query 3758 AAAACTGTTTAAACTGGGAAGCTCACAGCTTGCTCTCCACAACTATGCCTACTCAGTTTC 3817 |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3436 AAAAATGCTTGAACTGGGAAGCTCACAGCTTGCTCTCCACAACTATGCCTACTCAGTTTC 3495 Query 3818 TCGACACTGCGGCTCGGGAACTCGGCTGTACTATATCCTTGTCCCAATAACGAGCACCCA 3877 ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 3496 TCGACACGGCAGCTCGAGAACTCGGCTGTACTATATCCTTGTCCCAATAACGAGCGCCCG 3555 Query 3878 C--TTTTGTTTTT 3888 | |||||||||| Sbjct 3556 CGCTTTTGTTTTT 3568 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 156378567457 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5