BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G22930.1
Length=3851
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg921319 jgi|Araly1|921319|scaffold_102600.1 5336 0.0
> Ahg921319 jgi|Araly1|921319|scaffold_102600.1
Length=3434
Score = 5336 bits (2889), Expect = 0.0
Identities = 3267/3450 (95%), Gaps = 24/3450 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 163 TTTACTGATTGATCGAAAGTATGGAGGAAGATCGTGGGGAAGCGATCGTTTTAGATATTT 222
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1 TTTACTGATTGATCGAAAGTATGGAGGAAGATCGAGGGGAAGCGATCGTTTTGGATATCT 60
Query 223 CGCCGGA-GATTAATAATACTCCGGCGGTAATGATGAGAGTTCCACGGAGGATTCGTGAG 281
||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CGCCGGAGGA-GATTAATACTCCGGCGG---TGATGAGAGTTCCACGGAGGATTCGTGAG 116
Query 282 AGGCTTTTGTCTGACTGTAGTAATAAGAAGACAGTATCTTCTGTTCAAGATATTGAAGAC 341
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 AGGCTTTTGTCTGACTGTAG---TAAGAAGACAGTATCTTCTGTTCAAGATATTGAAGAC 173
Query 342 AAGCTTCTTCATGCCCATCTACGAAGACAGCAATTTTATCATAACGTTTCGAGAAAGGCT 401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 AAGCTTCTTCATGCCCATCTACGAAGACAGCAATTTTATCATAACGTTTCGAGAAAGGCT 233
Query 402 CGTGCTAAACCTAGAAGTCCTTCACGATCATCTGATGAAGAACTTGGCCAACGAATCGAA 461
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 234 CGTGCGAAACCTAGAAGCCCTTCACGATCATCTGATGAAGAACTTGGCCAACGGATCGAA 293
Query 462 GCAAGACTTCTGGCTGCTGAACAAAAAAGGTTGGAGATTCTTGCGAAGGCACAGATGCGT 521
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 294 GCAAGACTTCTTGCTGCTGAACAAAAAAGGTTGGAGATTCTTGCGAAAGCACAGATGCGT 353
Query 522 TTGGCGAAGTTAGATGAGTTAAGACAAGCAGCGAAAACAAGTGTGGAGATACGGTCGGAG 581
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 TTAGCGAAGTTAGATGAGTTAAGACAAGCAGCGAAAACAAGTGTGGAGATACGGTCGGAG 413
Query 582 AGGGAACGTGTGAAGCTTGGAACTCAAGTGGAGTCTCGTGTTCAAAAGGCTGAAGCTAAT 641
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 414 AGGGAACGTGTGAAGCTTGGAACTCAGGTGGAGTCTCGTGTTCAAAAAGCTGAAGCTAAT 473
Query 642 AGAATGAAGATTCTCAAGGCGTCTCATCAGAAAAGGGCTTGTGCTAAAGAGAGAACGTCA 701
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 AGAATGAAGATTCTCAAGGCATCACATCAGAAAAGGGCTTGTGCTAAAGAGAGAACGTCT 533
Query 702 CAGTCTATGATGAGGAGGATGGCTAGAGAGAGTAAGTATAAGGAAAGAGTTCGTGCTTCG 761
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 CAGTCTATGATGAGAAGGATGGCGAGAGAGAGTAAGTATAAGGAAAGAGTTCGTGCTTCG 593
Query 762 ATTAATCAGAAACGTGTAGCTGCTGAGAAGAAACGTCTTGGGTTGCTTGAAGCTGAGAAG 821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 ATTAATCAGAAACGTGTAGCTGCTGAGAAGAAACGTCTTGGGTTGCTTGAAGCTGAGAAG 653
Query 822 AAGAAAGCACGTGCTCGTGTCCAACAAGTACGTCATGTTGCCAACTCTGTTTCTAATCAG 881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 AAGAAAGCACGTGCTCGTGTCCAACAAGTACGTCATGTTGCCAACTCTGTTTCTAATCAG 713
Query 882 CGTGAGATAGAGAGAAGTAAAATGAGGGATAAACTTGAAGACAAATTGCAAAGAGCAAAG 941
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 CGTGAGATTGAGAGAAGTAAAATGAGGGATAAACTTGAAGACAAATTGCAAAGAGCAAAG 773
Query 942 AGATATAGATCGGAGTTTCTTCGTCAGAGAAGAAGACAACGTGATTCCATTAGTCTCTAT 1001
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 AGATATAGATCAGAGTTTCTTCGTCAGAGAAGAAGACAACGTGATTCCATTAGTCTCTAT 833
Query 1002 TGCGATATGATGCAGGAAGATGCTGATCTTCTTTCTAGAAAGCTGTCAAGGTGTTGGAGG 1061
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 834 TGCGATATGATGCAGGAAGATGCTGATCTTCTCTCTAGAAAGCTGTCAAGGTGTTGGAAG 893
Query 1062 TGCTTTGTAAGGCAGAAGAGGACAACTTTGGATTTGGCGAAAGCTTATGATGGTTTGAAG 1121
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 TGTTTTGTGAGGCAGAAGAGGACAACTTTGGATTTGGCGAAAGCTTATGATGGTTTGAAG 953
Query 1122 ATTAACGAGTCATTACCGTTTGAGCAGCTTGCGATGCTACTTGAATCGC-TGAACACTCT 1180
|||| ||| ||| | || ||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || |||||
Sbjct 954 ATTAGCGACTCACTGCCATTTGAGCAGCTTGCGGTGCTAATTGAATCGCCT-AATACTCT 1012
Query 1181 TAAAACGGTTAAATCTTTGCTTGATCGCCTTGAAATTCGCTTAGAAGCTTCTAAGAATGT 1240
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 TAAAACGGTTAAATCTTTGCTTGATCGCCTTGAAGTTCGCTTAGAAGCTTCTAAGAATGT 1072
Query 1241 TACCA-CGGTTTCTCAACCGTCCATATTGGATAATATTGATCACCTTCTTAAAAGAGTTG 1299
||||| || || ||||| |||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||||||
Sbjct 1073 TACCATCGCTT-CTCAATCGTCCATATTGGATAACATTGATCATCTACTTAGAAGAGTTG 1131
Query 1300 CCACACCAAGGAGAAAGGCTACGCCGAGTACTCTGAGGAGCAGAAAGGGAAAGAAGGTTT 1359
|||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1132 CCACCCCAAGGAGAAAGGTTACGCCAAGTACTTTGAGGAGCAGAAAAGGAAAGAAGGTTT 1191
Query 1360 CTTCTGTTAGGAATGTGGCTGGGACATCAGTGAAGATGTCTAGGTATCCTGTCAGAGTTG 1419
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192 CTTCTGTTAGGAACGTGGCTGGGACATCAGCGAAGATGTCTAGGTATCCTGTCAGAGTTG 1251
Query 1420 TTCTTTCTGCCTTTATGATACTCGGCCATCCAGATGCTGTTTTTAATGGTCAAGGTGATC 1479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 TTCTTTCTGCCTTTATGATACTCGGCCATCCAGATGCAGTTTTTAATGGTCAAGGTGATC 1311
Query 1480 AAGAGGCTGCTCTCAATAACGCGGCTAAAGGGTTTGTGAGGGAGCTTAAGTTATTGATAA 1539
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1312 AAGAGGCTGCTCTCAATAACGCGGCTAAAGGATTTGTGAGAGAGCTTAAGTTATTGATAA 1371
Query 1540 ACGTTATTCAAGAGGGTCCTGTTCAGGTTTCGGGTGGAGAATCAAAACAT-CGGACCTTA 1598
| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1372 ATGTTATTCAAGAGGGCCCTGTTCAGGTTTCTGGTGGAGAATCAAAAC-TGCGGACCTTG 1430
Query 1599 AGATCTCAGTTGGACTTATTCGATAAGGCTTGGTGCTCCTTTTTGAACTCATTTGTGATT 1658
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1431 AGATCTCAGTTGGACTTATTCGATAAGGCGTGGTGCTCCTTTTTGAATTCATTTGTGATT 1490
Query 1659 TGGAAAGTCAAGGATGCTCGGTTGTTGGAAGATGACCTGGTTAGAGCAGCTTGTCAGCTT 1718
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1491 TGGAAAGTTAAGGATGCTCGGTTGTTGGAAGATGACTTGGTAAGAGCAGCTTGTCAGCTT 1550
Query 1719 GAGCTTTCTATGATTCAAAAATGCAAGCTAACTCCAGAAGGGGTTGACACTATGCTCACT 1778
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1551 GAGCTTTCCATGATTCAAAAATGCAAGCTAACTCCAGAAGGGGAAGAAACTATGCTCACT 1610
Query 1779 CATGATAAGAAAGCAATTCAAATGCAGGTAACACAAGATCAAGAACTCCTAACAGAGAAA 1838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 CATGATAAGAAAGCAATTCAAATGCAGGTAACACAAGATCAAGAACTCCTAACAGAGAAA 1670
Query 1839 GTACGACACCTGAGTGGAGTTGCAGGAGTTGAGCGCATGGAAAGTGCGTTGTTGGAAACA 1898
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1671 GTACGGCACCTGAGTGGAGTTGCAGGAGTTGAGCGCATGGAAAATGCGTTGTCAGAAACA 1730
Query 1899 CGAACAAAGTACTTTCAGGCGAAGGAGGATGGAAGCCCTATGGCTAATCAGCTCGCACAT 1958
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1731 CGAACAAAGTACTTTCAAGCGAAGGAGAATGGAAGCCCTATGGCTAATCAGCTCGCATGT 1790
Query 1959 TTCTTTTCTCCAAGCCCAGCTTCATCTCCAGTTCAGTCTGTGTCTAGTTCCAGCAGCAGA 2018
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 TTCTTTTCTCCAAGCCCAGCTTCGTCTCCAGTTCAGTCTGTGTCTAGTTCCAGCAGCAGA 1850
Query 2019 AGTAAAGATAGCATAGGTGTTGAAGGATCAAATCGTGTTAATCGTTCTTTATTGAAGGAT 2078
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 1851 AGTAAAGATAGCATAGGTGTTGAAGGATCAAAACGTGTTAGTCGTTCTTTATTTAAGGAT 1910
Query 2079 GATACTCCACCCTCATCTGGACCCTCTAGAGTCAGTAATGGCACTGTGGACGAGGTTTCA 2138
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 1911 GATACTCCACCCTCATCTGGACCCTCTAGAGCCAGTAATGACACTGTGGATGAGGTTTCA 1970
Query 2139 AATCAGAATGAGTTGATGGTGAATGAGTTCCTGCATGATGGGAACCTCAACTTTCCTGGT 2198
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||
Sbjct 1971 AAACAGAATGAGTTGATGGTGAATGAGTTCCTGCACGATTGGAATTTCAAGTTTCCTGGT 2030
Query 2199 GGATCCACTGTCAAGGATGAAGAGGACAATCTTAAGAGAAGGATAAAGGAGACTATGGAG 2258
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 GGATCCACTGTCAAGGATGAAGAGGATAATCTTAAGAGAAGGATAAAGGAGACTATGGAG 2090
Query 2259 AGAGCTTTCTGGGATAATGTCATGGAATCCATGAAATTGGAGAAGCCAGACTATAGCTGC 2318
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||
Sbjct 2091 AGAGCTTTCTGGGATAGTGTCATGGAATCCATCAAATTGGAAAAACCAGACTATAGTTGC 2150
Query 2319 ATCTCTAACCTTATGAAAGAAGTGAGTGACGAACTTTGCCAGATGGTACCAGATAGCTGG 2378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2151 ATCTCTAACCTTATGAAAGAAGTGAGTGACGAACTTTGCCAAATGGTACCAGATAGCTGG 2210
Query 2379 AAAGTAGAAATAACTGAAACTATTGATCTGGACATTCTCTCACAGTTGCTCAACTCCGGC 2438
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2211 AAAGTAGAAATAACTGAAACTATTGATTTGGACATTCTCTCACAGTTGCTTAACTCCGGC 2270
Query 2439 ACCTTGGATATCGATTACCTTGGAAAGATGCTTGAGTTTGCGTTGGCTACTCTGCGGAAA 2498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2271 ACCTTGGATATCGATTACCTTGGAAAGATGCTTGAGTTTGCATTGGCTACTCTGCGGAAA 2330
Query 2499 CTCTCTGCCCCAGCTAATGACCGTGAGAATGAAAGCACCCACCGGGATTTACTCAAGGAA 2558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||| ||||
Sbjct 2331 CTCTCTGCCCCAGCTAATGACCGTGAGAATGAAAGCACCCATCAGAATCTACTCATGGAA 2390
Query 2559 CTTCACAGGTTGTGTGAAGCTGAAGATGAGTCTGGTAACTTCCGTGCTGTTGCAATAGTC 2618
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||
Sbjct 2391 CTTCACAGGTTGTGTGAAGCTAAAGATGAGTCTGGTAACTTGCATGCTGTTGCGATAGTC 2450
Query 2619 AAGGGGATCCGCTTCATTCTTGAGCAAATTCAGGAACTTAAGCGAGAGATAGGCATAGGT 2678
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2451 AAGGGGATCCGCTTCATTCTTGAGCAGATTCAGGATCTTAAGCGAGAGATAGGCATAGGT 2510
Query 2679 CGCATAGCAATCATGAAACCCTTTTTGCAAGGACCAGCAGGCTTTGATTACCTTACAAAA 2738
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2511 CGCATAACAATCATGAAACCCTTTTTGCAAGGGCCAGCAGGCTTTGATTACCTGACCCAA 2570
Query 2739 GCATTTGAAAAGCGTTATGGACCTCCCACTCAAGCCTACGAATCACTACCAGTGACACGA 2798
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2571 GCTTTTGAAAAGCGTTATGGATCTCCCACTCAAGCCTACAAATCACTACCAGTGACACGA 2630
Query 2799 AGGTGGATATCAACTCTTTTGTCTAGCAAAGAAGAGTGGGAAGAACACAACAATACGCTT 2858
|||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||
Sbjct 2631 AGGTGGATATCAACTCTTTTGTCTTGCAAAGACGAGTGGGAAGAGCACAGCAATACGCTT 2690
Query 2859 TCAGCCTTGAATGTGGTTGAGAGATCCTCCATGGGTATTTCTCTCAAAACGGGTGGAAGC 2918
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2691 TCAGCCTTGAATGTGGTTGAGAGATCCTCCATGGGAATTTCTCTCAAAACGGGTGGAAGT 2750
Query 2919 TTTCTATCCCCAGTCAATACCACGTCCAAGTCAACTGTTATGGACACTGCAG--G-TCAA 2975
||| ||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||
Sbjct 2751 TTTTTATCCTCGGTCAATACCATGTCCAAGTCAACTGTTACGGACACTGCAGAAGGTCAA 2810
Query 2976 CTATCAGAATGCAAGGGAGAAAGAGTTGATTTGGCAGTGAGGCTTGGGTTGTTGAAGCTG 3035
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2811 CTATCAGAATGCAAGGGAGAAAGAGTTGATTTGGCAGTGAGGCTTGGATTGTTGAAGCTG 2870
Query 3036 GTGAATCAGGTAGCTGGTTTAACACCAGAAGTTCTACCGGAAACTTTTCAGCTCAACCTC 3095
|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2871 GTGAGTCAGGTATCTGGTTTAACACCAGAAGTTCTACCAGAAACTTTTCAGCTCAACCTC 2930
Query 3096 TTTCGCGTGAGGGATATTCAAGCTGAAATTCAGAATATAATTGTGGTAACCACAAGCTTG 3155
| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 2931 TCTCGCGTGAGGGATATTCAATCAGAAATTCAGAAGATAGTTGTAGTAACCACAAGCTTA 2990
Query 3156 CTCATTTGGCGTCAAATGCTTGCAAAGAGCGAAAGCGAAACAGAAAGTATGGCAAAGAAA 3215
|||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2991 CTCATTTGGCGTCAGATGCTTGTGAAGAGCGAAACCGAAACCGAAAGCATGGCAAAGAAA 3050
Query 3216 TTGTTGGAGTTGTTAGATGGGAAGGAAGGAGCAGGACTAACGGAGATAATCGAAACAACA 3275
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 3051 TTGTTGGAGTTGTTAGATGGGAAGGAAGAAGCAGGACTAATGGAGATCATCGAAACAACG 3110
Query 3276 Atgagtgaagaagatggagagaagaagaagatgatgagaggattattggggaagagtttg 3335
|||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3111 ATGAGTGAAGAAGATGTAGAGAAAAAGAAGATGATGAGAGGATTATTGGGGAAGAGTTTG 3170
Query 3336 ggagaagGTAACACAGTGTATGAGAGAGTTACAAGTTGTATATACAAAGCGGCTCGAGGA 3395
|||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3171 GGAGAAAGTAACACAGTGTATCAAAGAGTTACAGGTTGTATATATAAAGCGGCTCGAGGA 3230
Query 3396 GCTTTATTGGCTGGGAATGGAGAAAATGGGAAGAGAATGGTTGAAACAGAGATGAAGAAA 3455
|||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3231 GCTTTATTAGCCGGGAATGGTGAAAATGGGAAGAGAATGGTGGAAACAGAGATGAAGAAA 3290
Query 3456 GTAGGAGGAGGTGGAGGATTGAAAGAAAGGGTTTTAGAGACAGCTCGAGCCCTTGGTGTT 3515
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3291 GTAGGAGGAGGAGGAGGATTGAAAGAAAGGGTTTTAGAAACAGCTCGAGCCCTTGGTGTT 3350
Query 3516 GTAGCTTGTGTCTCAGTCAGAGTTCATGGTCCATGGTTGACTCAGCTCATGCCA-CAACA 3574
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||
Sbjct 3351 GTAGCTTGTGTCTCGGTCAGAGTTCATGGTCCATGGTTGACTCATCTCATGC-AGCAACA 3409
Query 3575 TTGAACCAAACCAAACCACTCGGTAAACTT 3604
|||||||| | | |||||||||||||||
Sbjct 3410 TTGAACCA--C-A--CCACTCGGTAAACTT 3434
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 145532159152
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5