BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G24560.1 Length=2504 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg472892 jgi|Araly1|472892|fgenesh2_kg.1__2846__AT1G24560.1 3694 0.0 > Ahg472892 jgi|Araly1|472892|fgenesh2_kg.1__2846__AT1G24560.1 Length=2346 Score = 3694 bits (2000), Expect = 0.0 Identities = 2237/2352 (95%), Gaps = 14/2352 (1%) Strand=Plus/Plus Query 154 CCTCCTTGGCGAAGCAATTGCGTCAATTCCTTGCACGCCACTATTA-CGACTACGAAAAT 212 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||||| ||||| Sbjct 1 CCTCCTTGGCGAAGCAATTGCGTCAATCCCTTGCACGCTACTGTTATAAACTACAAAAAT 60 Query 213 CTAGATCGGAGAGAAGACTAAATTATCTTCACTGATCGCACGGTGAGATGGCTAACGGAG 272 |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 61 CTAGATCGGAGAGAAGGCTAAATCGTCTTCACTGATCG-ACGGTGAGATGGCTAACGGAC 119 Query 273 CCGAT---GA-G--GATGCTGTCCTCAGCGATGTCGAGTCCGATGAACCAGCGCCTGTTG 326 ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 CCGATGAGGACGCCGATGCTGTCCTCAGCGATGTCGAGTCCGATGAACCAGCGCCTGTTG 179 Query 327 TTTTAAAGGATTCGCCGCGGGAAGAAGCATCGGATGAGAGGATAACGGAGCTAATAGCGG 386 ||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||| Sbjct 180 TTTTAAAGGATTCTCCCCGGGAAGAAGCATCTGAGGAGAGGATAACGGAGCTTATCGCGG 239 Query 387 AGCTTGATCGAGAGAAGAAAGCTCGAGAAGCGGCTGAGAGTTCGAAATCGGAGCTTCAGG 446 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 AGCTCGATCGAGAGAAGAAAGCTCGAGAAGCGGCTGAGAGTTCGAAATCGGAGCTTCAGG 299 Query 447 TTTCGTTCAATCGGTTAAAAGCTCTTGCTGTA-GAGGCAATCAAGAAGCGCGACGAGTCT 505 | |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||| Sbjct 300 TCTCGTTCAATCGGTTAAAATCTCTTGCT-CACGAGGCAATAAAGAAGCGTGACGAGTCT 358 Query 506 AAGCGAGAACGTGATGAAGCATTGAAGGAGAAGGAGAATCTAACAAATGAGCTTGAGAAT 565 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| Sbjct 359 AAGCGAGAACGAGATGAAGCATTGAAGGAGAAGGAGAATTTAACAAAGGAGCTTGAGAAT 418 Query 566 GTTAATAAAGGTAAGGATGAGATGTCGAAGAAACTTGATGAGGCTTTGAGATCTAGAGAT 625 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| Sbjct 419 GTTAATAAAGGTAAGGATGAGATGTCGAAGAAACTTGATGATGCTGTGAGATCTAGAGAT 478 Query 626 GGTTTAAAAGCAGAGATTGAGAATTCCTCGCATATGTTGGTTTCTGGGATTGAGAAGATA 685 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 GGTTTAAAAGCAGAGATTGAGAATTCCTCGCATATGTTGGTTTCTGGGATTGAGAAGATA 538 Query 686 TCTGGTAAAGTTAGCAGCTTTAAGAATTTTTCAAATGGTGGTCTTCCCAAGTCTCAGAAA 745 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| Sbjct 539 TCTGCTAAAGTTAGCAGCTTTAAGAATTTTTCAAATGGAGGTCTTCCTAAGTCTCAGAAA 598 Query 746 TATACAGGTTTGACTTCTGTAGCTTATGGAGTTATTAAGCGTACTAATGAAATCGTGGAA 805 || |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 599 TACACAGGTCTGGCTTCTGTAGCTTATGGAGTTATTAAGCGTACTAATGAAATTGTGGAA 658 Query 806 GAGCTTGTTAGGCAGATTGATACGACTGCAAAGTCGAGGAATGAAGCTAGGGAGCAGATG 865 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| Sbjct 659 GAGCTTGTTAGGCAGATTGATACGACTGCCAAGTCCAGAAATGAAGCTAGAGAGCAGATG 718 Query 866 GACCAACGGAATTATGAGATAGCTATTGAGGTTTCTCAGTTGGAATCTGCGATCAGTAAT 925 |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 719 GACCAACGGAATTACGAGATAGCTATTGAAGTTTCTCAGCTGGAATCTGCGATCAGTAAT 778 Query 926 TTAAGATTAGAGGTTGCGGAAAAGGCTTCGATTGTTGATGATTTAGAGAGGGGTGTGAGT 985 ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 779 TTACGATTAGAGGTTGCAGAGAAGGCTTCGATTGTTGATGATTTAGAGAGGAGTGTGAGT 838 Query 986 GAGAAAGAGAAGAGGATTGCTGAACTTGAGAAAGGTAATTTAGAGAAGGTCAGTTTGCTG 1045 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| Sbjct 839 GAGAAAGACAAGAGGATTGCTGAACTTGAGAAAGGTAATTTAGAGAAGGTAAGTGTGCTG 898 Query 1046 GAAGGTGAAGTTGTGGAGCTGAAACAGTTGGTTGATGAGTATGATGGGAAGTTGAAGACT 1105 |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 899 GAAGGTGAGGTTGTGGAGCTGAAACAGTTAGTTGATGAGTATGATGGGAAGTTGAAGACT 958 Query 1106 ATGGAACTGAAGATGGTAGCTCAACGTCCTTTGTTGATGGATCAGCTTAATCTTGTGTCA 1165 ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 959 ATGGAACTGAAGATGGTTGCTCAGCGTCCTTTGTTGATGGATCAGCTGAATCTTGTGTCA 1018 Query 1166 AGGATCCATGACCAGCTTTACGAGGTTGTAAGGATAGTTGACGGGAATAGTTCAGAACAG 1225 ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1019 AGGATTCATGACCAACTTTACGAGGTTTTAAGGATAGTTGACGGAAATAGTTCAGAACAG 1078 Query 1226 TCAGATTTGTCTGAGTCTTTCTTTATGCCTCAAGAGACAGAGATGGAGGAGAACATTCGA 1285 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1079 TCGGATTTGTCTGAGTCTTTCTTTATGCCTCAAGAGACAGAGATGGAGGAGAACATTCGA 1138 Query 1286 GCTTCTTTAGCAGGTATGGAATCCATCTTCGAACTGACCAAAGTGGTTTCTGGGAAAGCA 1345 ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || Sbjct 1139 GCTTCATTAGCAGGTATGGAATCCATCTTTGAACTGACCAAGGTGGTTTCTGGGAAAACA 1198 Query 1346 CAGAGTTTGGTGGAAGAGAAGAGCCATGAACTGAAGAATTTGAATGAAACTGTGGGTCTA 1405 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1199 CAGAGTTTGGTGGAAGAGAAGAGCCATGAACTGAAGAATTTGAATGAAACTTTGGGTCTA 1258 Query 1406 TTAGTTAAGGAAAAAGAACATATTGGTACTTTACTGAGGAGCGCTTTGTCCAAAAGGGTG 1465 ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1259 TTAGTTAAGGAGAAGGAACATATTGGTACTTTACTGAGGAGCGCTTTGTCCAAAAGGATG 1318 Query 1466 ATAGGAGAGCAGCCATCTCAAAAAAGAGAATTGTTTCAAGCTGCAGAGAATGGTTTGAGG 1525 ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1319 ATAGGAGAGCAGCCAGCCCAAAAAAGAGAATTGTTTCAAGCTGCAGAGAATGGTTTGAGG 1378 Query 1526 GATGGTGGTACTGATTCTAAATTTGCTAAACTCTTAAAGGATGGGAAGGTTCAGGACTCT 1585 |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1379 GATGCTGGTACTGATTCCAAATTCGCTAAACTCTTAAAGGATGGGAAGGTTCAGGACTCT 1438 Query 1586 CGTAGTGATAATACTCATGACCATAGTAAAGAAGACAATGAAATATACTCCCTGGCCAGC 1645 ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1439 CGTAGTGATAATACTGATGACCATAGTACAGAAGACAACGAAATATACTCCCTGGCCAGC 1498 Query 1646 ACATTGGAGAATATTGTCAAGGCATCTCAGCTCGAGATCGTCGAACTGCAGCACTTGTTG 1705 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1499 ACATTGGAGAATATTGTCAAGGCATCTCAGCTCGAGATCGTCGAACTGCAGCACTTGTTG 1558 Query 1706 GAAGCATCAAGGGAAGAGACTAGTTCTCTTAGAAAACAATTGGACACTCAGACAAAGGAG 1765 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1559 GAAGAATCAAGGGAAGAGACTAGTTCTCTTAGAAAACAATTGGACACTCAGACAAAGGAG 1618 Query 1766 CTTAACCAGAGAATGCGCCAAATAGAAGAACTTAAAGAAAAGGAGAGGATAGCAAACGAA 1825 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1619 CTTAACCAGAGAATGCGCCAAATAGAAGAACTTAAAGAAAAAGAGAGGATAGCAAACGAA 1678 Query 1826 AACGTTGAAGGGCTTATGACTGACATTGCTGCTGCTGAAGAAGAAATAACAAGATGGAAA 1885 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1679 AACGTTGAAGGACTTATGACTGACATTGCTGCTGCGGAAGAAGAAATAACAAGATGGAAA 1738 Query 1886 GTAGCAGCCGAGCAGGAGGCTGCTGCTGGTGGAGCTGTTGAACAAGACTTCACGTCACAG 1945 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1739 GTAGCAGCCGAGCAGGAGGCTGCTGCTGGTGGAGCTGTTGAACAAGACTTCACATCACAG 1798 Query 1946 CTGTATGTGCTAAAAGAAGAACTTGAAGAGGCAAAGCAAGCAATAATAGAATCAGAAAAG 2005 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1799 CTGTATGTGCTAAAAGAAGAACTTGAAGAGGCAAAGCAAGCAATAATAGAATCAGAAAAG 1858 Query 2006 AAACTAAAGTTTAAGGAAGAGACGGCAGCAGCAGCAATGGGTGCAAGGGATGCAGCAGAG 2065 |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 AAACTAAAGTTTAAGGAAGAGACGGCTGCTGCAGCCATGGGTGCAAGGGATGCAGCAGAG 1918 Query 2066 AGATCTCTGAGACTCGCAGACAATAGGGCGACTAAGTTGAGGGAAAGAATCCAAGAACTA 2125 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1919 AGATCTCTGAGACTCGCAGACAATAGGGCTACTAAGTTGAGGGAAAGAATCCAAGAGCTA 1978 Query 2126 AACCGTAAAGTTGAAGAATTAGAAACCCATCGAGATATGAATACTTCAAACAGAGCTAGA 2185 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1979 AACCGTAAAGTTGAAGAATTAGAAACCCATCGGGATATGAATACTTCAAACAGAGCTAGA 2038 Query 2186 TATGCGTGTTGGCCATGGCAACTTCTCGGGATTGATTTTGTGGGAAGTCGAAGAATTGAG 2245 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2039 TATGCGTGTTGGCCATGGCAACTTCTCGGGATTGATTTTGTGGGAGGTCGAAGAATTGAG 2098 Query 2246 TCGGGACAAGAAAGTGCGAACGAGATGGAACTCGCTGAACCTCTACTATGAGAAAAACCG 2305 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 2099 TCAGGACAAGAAAGTGCGAACGAGATGGAACTCGCTGAACCTCTACTATGAGAAA--CCG 2156 Query 2306 GTACTGTATACCAAAACCATACTCTCTGTATTTGTTTTTGATTTTTATGTATATACCACC 2365 |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2157 GTACTG-ATACCAATACCATACTCTCTGTATTTGTATTTGATTTTTGTGTATATACCACC 2215 Query 2366 TGAAAAATGTTTTTAAAAGCTTTAACACGTTCTCATGTTGTAATGTTTGAGTTAAAGAAG 2425 ||||||| || ||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2216 TGAAAAAAGTCTTTCAAAGCTTTAACATGTTTTCATGTTGTAATGTTTGAGTAAAAGAAG 2275 Query 2426 TTTAATTTGGAGGCTTGGCGAAAAGTAAGATGTTTCCCACACCCAAACAGTGATCAATAA 2485 ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||||| Sbjct 2276 TTTAATTTGGAGGCTTGGCGAAAAGTAGGGTGTTTCCCACACCCAA-CAGTGAACAATAA 2334 Query 2486 AATATAAAACTT 2497 | ||| |||||| Sbjct 2335 ATTATGAAACTT 2346 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 94387627110 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5