BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G25540.1
Length=3052
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg472815 jgi|Araly1|472815|fgenesh2_kg.1__2769__AT1G25540.1 4381 0.0
> Ahg472815 jgi|Araly1|472815|fgenesh2_kg.1__2769__AT1G25540.1
Length=2932
Score = 4381 bits (2372), Expect = 0.0
Identities = 2745/2919 (94%), Gaps = 50/2919 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 152 AAATTCCAAGGGGAGAGAGACTGAATTTTCTTTTGATTCACGTAACAACAACGCTCAGAG 211
||||||||| || |||||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 45 AAATTCCAA--GGCGAGAGACTGAATTTGCGTTTGATTCACGT--C-ACAACGCTCAGAG 99
Query 212 ACTATGTCGTCGGAGGTGAAACAGCTGATCGTCGTTGCTGAAGGCACCGCCGCTTTGGGT 271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 100 ACTATGTCGTCGGAGGTGAAACAGCTGATCGTCGTTGCTGAAGGCACCGCCGCTTTGGGT 159
Query 272 CCTTATTGGCAAACCATCGTCTCCGACTATCTCGAGAAAATCATCAGGTCTTTCTGTGGC 331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 160 CCTTATTGGCAAACCATCGTCTCCGACTATCTCGAGAAAATCATCAGGTCTTTCTGTGGC 219
Query 332 AGTGAGTTAAATGGAGAGAGGAACCCTGTTTCTACTGTTGAGCTATCACTGGTGATCTTC 391
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 220 AGTGACTTAAATGGAGAGAGGAACCCTGTTTCTACTGTTGAGCTATCACTGGTGATCTTC 279
Query 392 AATTCTCATGGTTCATATTGTGCTTGCTTGGTACAACGGAGTGGCTGGACAAGGGATGTT 451
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 280 AATTCTCATGGTTCATACTGTGCTTGCTTGGTACAACGGAGTGGCTGGACCAGAGATGTT 339
Query 452 GATATTTTCTTGCATTGGCTTTCTTCCATACAATTTGGTGGTGGTGGTTTCAATGAGGTT 511
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 340 GATATTTTCTTGCATTGGCTTTCGTCCATACAATTTGGTGGTGGTGGTTTCAATGAGGTT 399
Query 512 GCCACAGCTGAAGGGCTTGCCGAAGCATTGATGATGTTTTCTCCTCCTTCAGGCCAAGCT 571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 400 GCCACAGCTGAAGGGCTTGCCGAAGCATTGATGATGTTTTCTCCTCCTTCAGGCCAAGCT 459
Query 572 CAACCAAGTAACGATCTGAAAAGACACTGTATCCTAATCACAGCCAGCAATCCTCACATA 631
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 460 CAACCAAGTAACGATCTGAAAAGACACTGTATCCTAATCACAGCCAGCAACCCTCACACA 519
Query 632 TTGCCAACACCTGTATATCGTCCACGATTGCAAAATGTGGAACGGAATGAGAATGGTGAT 691
|||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 520 TTGCCAACACCTGTATTTCGCCCACGATTGCAAAGTATGGAACGGAATGAAAATGGTGAT 579
Query 692 GCGCAAGCTGAGAGTCGATTATCAGATGCTGAGACAGTGGCTTCATATTTTGCTAAGTGT 751
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 580 GCGCAAGCTGAAAGTCGATTATCAGATGCTGAGACAGTGGCTTCATATTTTGCTAAGTGT 639
Query 752 TCTGTTTCTTTGTCTGTTGTATGTCCAAAGCAGCTTCCAACA-ATTAGAGCACTATACAA 810
|||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 640 TCTGCTTCTTTGTCTGTTGTGTGTCCAAAGCAGCTTCCAA-AGATTAGAGCACTATACAA 698
Query 811 TGCGGGAAAGCCCAATCAACAAAGTGCGGACTTGTCAATTGACACGGCTAAGAACACATT 870
||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 699 TGCGGGAAAGCTCAATCCACAAAGTGCTGACTTGTCGATTGACACGGCTAAGAACACATT 758
Query 871 CTATCTTGTCCTGATCTCGGAGAATTTTGTGGAGGCATGTGCTGCCTTAAGTCATTCTGC 930
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 759 CTATCTTGTCCTAATCTCAGAGAATTTTGTGGAGGCACGTGCTGCCTTAAGTCATTCTGC 818
Query 931 TACAAATTTGCCACAGACTCAGAGCCCTGTGAAAGTGGACAGGGCCACTGTTGCTCCATC 990
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 819 TACAAATTTGCCACAGACCCAGAGCCCTGTGAAAGTGGACCGGGCCACTGTTGCTCCATC 878
Query 991 TATTCCAGTCACTGGGCAACCTCCAGCTCCTGTGTCATCAGCCAATGGACCTATTCAGAA 1050
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 879 TCTTCCAGTCACTGGGCAACCTCCAGCTCCTGTGACATCAGCCAATGGACCTATTCAGAA 938
Query 1051 TCGGCAACCAGTTTCTGTTGGACCAGTTCCAACTGCTACTGTGAAAGTTGAGCCTAGCAC 1110
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 939 TCGGCAACCAGTTTCTGTTGGACCAGTGCCAACTGCTACTGTGAAAGTTGAGCCTAGCAC 998
Query 1111 CGTAACTTCTATGGCACCAGTTCCTAGTTTTCCCCATATCCCGGCTGTAGCTCGGCCTGC 1170
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 999 CGTAACTTCTATGGCACCAGTTCCTAATTTTCCCCATATCCCGTCTGTAGCTCGGCCTGC 1058
Query 1171 TACACAAGCAATTCCTTCGATTCAAACATCTTCAGCATCACCAGTTTCTCAGGATATGGT 1230
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1059 TACACAACCAATTCCTTCAATTCAAACATCTTCAGCATCACCAGTTTCTCAAGATATGGT 1118
Query 1231 CAGCAACGCCGAGAATGCACCAGATATTAAGCCTGTGGTGGTCAGTGGAATGACGCCACC 1290
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1119 CACCAACGCTGAGAATGCACCAGATATTAAGCCTGTGGTGGTGGGTGGAATGACGCCACC 1178
Query 1291 ATTGCGTACTGGTCCTCCTGGTGGAGCCAATGTAAATCTGCTTAATAATCTTTCTCAAGT 1350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 ATTGCGTACTGGTCCTCCTGGTGGAGCCAATGTAAATCTGCTTAATAATCTTTCTCAAGT 1238
Query 1351 CCGACAAGTCATGAGCTCTGCAGCTCTGGCAGGTGCAGCCTCATCGGTTGGGCAAAGTGC 1410
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1239 TCGACAAGTCATGAGCTCTGCAGCTCTGGCAGGTGCAGCCTCATCGGCTGGGCAAAGTGC 1298
Query 1411 GGTTGCAATGCATATGTCAAATATGATATCAACAGGAATGGCTACATCTTTGCCTCCTTC 1470
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1299 GGTTGCAATGCATATGTCAAATATGATATCAACAGGAATGGCTACATCTTTGCCTCCTTC 1358
Query 1471 ACAAACTGTGTTTTCAACTGGACAGCAGGGAATTACTTCAATGGCTGGTTCGGGTGCACT 1530
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1359 ACAAACTGTGTTTTCAACTGGACAGCAGGGAATTACTTCAATGGCTGGTTCAGGTGCACT 1418
Query 1531 AATGGGATCTGCACAAACGGGACAAAGCCCGGGTCCTAATAATGCCTTTAGTCCTCAAAC 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 AATGGGATCTGCACAAACGGGACAAAGCCCGGGTCCTAATAATGCCTTTAGTCCTCAAAC 1478
Query 1591 AACGTCAAATGTCGCTTCAAACCTTGGTGTTTCACAACCAATGCAAGGGATGAACCAAGG 1650
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479 AACGTCAAATGTTGCTTCAAACCTTGGTGTTTCACAACCAATGCAAGGGATGAACCAAGG 1538
Query 1651 AAGTCATTCTGGAGCAATGATGCAAGGTGGAATTTCCATGAACCAAAACATGATGAGTGG 1710
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1539 AAGTCATTCTGGAGCAATGATGCAAGGTGGCATTTCCATGAACCAAAACATTATGAGTGG 1598
Query 1711 TCTTGGTCAAGGAAATGTCTCCTCTGGAACAGGTGGAATGATGCCTACTCCAGGAGTTGG 1770
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 TCTCGGTCAAGGAAATGTCTCCTCTGGAACTGGTGGAATGATGCCTACTCCAGGAGTTGG 1658
Query 1771 CCAACAAGCGCAATCAGGAATACAACAACTTGGTGGCAGTAACAGCTCAGCTCCTAATAT 1830
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1659 CCAACAAGCGCAATCAGGAATACAACAACTTGGTGGAAGTAACAGCTCAGCTCCTAATAT 1718
Query 1831 GCAGCTATCACAGCCATCATCGGGGGCTATGCAGACTTCACAATCCAAATATGTGAAAGT 1890
|||| | |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1719 GCAGTTGTCACAGCCCTCATCGGGGGCTCTACAGACTTCACAATCCAAATATGTAAAAGT 1778
Query 1891 CTGGGAGGGAAATTTATCTGGGCAAAGGCAAGGGCAGCCTGTTCTTATCACCAGACTTGA 1950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 CTGGGAGGGAAATTTATCTGGGCAAAGGCAAGGGCAGCCTGTTCTTATCACCAGACTTGA 1838
Query 1951 GGGTTACCGAAGTGCTTCTGCCTCTGATTCGTTGGCAGCAAACTGGCCACCAACTATGCA 2010
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1839 GGGTTACCGAAGTGCTTCTGCCTCTGATTCGTTGGCAGCAAATTGGCCACCAACTATGCA 1898
Query 2011 GATTGTTCGTCTCATATCCCAGGACCATATGAATAACAAGCAATATGTTGGCAAAGCTGA 2070
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1899 GATTGTTCGTCTCATTTCCCAGGATCATATGAATAACAAGCAATATGTTGGCAAAGCTGA 1958
Query 2071 CTTCCTTGTGTTTCGGGCCATGAGTCAACATGGGTTCTTAGGACAACTTCAGGATAAAAA 2130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1959 CTTCCTTGTGTTTCGGGCCATGAGTCAACATGGGTTCTTAGGACAACTTCAGGATAAAAA 2018
Query 2131 GCTTTGTGCAGTCATCCAGTTGCCATCACAGACGCTTCTTCTCTCTGTCTCTGACAAGGC 2190
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2019 GCTTTGTGCAGTCATCCAGTTGCCATCGCAGACGCTTCTTCTCTCTGTCTCTGACAAGGC 2078
Query 2191 TTGCCGCTTGATTGGAATGCTTTTCCCAGGGGATATGGTTGTGTTTAaaccacaaattcc 2250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2079 TTGCCGCTTGATTGGAATGCTTTTCCCAGGGGATATGGTTGTGTTTAAACCACAAATTCC 2138
Query 2251 aaatcagcaacagcagcagcaacaacaactccaccagcaacaacaacaacaacagcagat 2310
||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 2139 AAATCCGCAACAGCAGCAGCAACAACAGCTCCAACAGCAGCACCAGCAACAACAGCAGAT 2198
Query 2311 ccagcagcagcagcaacaacaacaacacctccaacagcaacagatgccacaactccagca 2370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2199 CCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAACACCTCCAACAGCAACAGATGCCACAACTCCAGCA 2258
Query 2371 acaacaacaacaacaccagcagcaacagcaacagcagcatca-attgtcacagctccaac 2429
|||||||||||||| | || | ||| ||||| | || | || |||| ||||| |
Sbjct 2259 GCAACAACAACAACA--A-CA-C--CAG---CAGCA--A-CAGA-TGCCACAACTCCAGC 2305
Query 2430 atcatcagcagcaaca-acaacaacagcagcaacaacagcagcagcatcaattgacacag 2488
| || |||||||| || | ||||| ||||| || |||||||| | | ||| |
Sbjct 2306 AGCAGCAGCAGCATCAGTTGTC-ACAGCTCCAACATCATCAGCAGCAGC-A---ACA-A- 2358
Query 2489 cttcaacaccatcatcagcagcagcagcagGCGTCGCCGC-T-GA-ATCA-GAT--GCAG 2542
| ||||| || || ||||||||||| || | | | || | | | || || ||||
Sbjct 2359 CAACAACAGCAGCAACAGCAGCAGCATCAATTGACACAGCTTCAACACCACCATCAGCAG 2418
Query 2543 CAGCAGACTTCGCCGCTCAATCAGATGCAGCAACAGACTTCGCCTCTGAATCAGATGCAG 2602
|||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 2419 CAGCAGACGTCGCCGCTGAATCAGATGCAGCAGCAGACCTCGCCACTGAATCAGATGCAG 2478
Query 2603 CAGCAACAGCAGCCTCAACAGATGGTAATGGGTGGTCAAGCTTTTGCACAAGCCCCTGGA 2662
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||
Sbjct 2479 CAGCAACAGCAGCCTCAACAGATGGTAATGGGTGGTCAAGCTTTTGCTCAAGCCGCGGGA 2538
Query 2663 AGATCACAACAAGGTGGTGGTGGAGGGCAGCCTAACATGCCTGGAGCTGGCTTCATGGGA 2722
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2539 AGATCACAACAAGGTGGTGGAGGAGGACAGCCTAACATGCCGGGAGCTGGCTTCATGGGA 2598
Query 2723 TAAATAAAAATATCAGCTTCAGTGCTAATTAATTAGAT---TT-ATCATAACTTAACATT 2778
|||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | || |||||||||||| |||
Sbjct 2599 TAAATAAAGATATCATCTTCAGTGCTAATTAATTAGTTAGATTCATCATAACTTAAAATT 2658
Query 2779 CTTTCTTTCTTCTTTGGTCAACTCGATCGTCGCCATGGTTTTAGACTCTGTTTAGTTGTC 2838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2659 CTTTCTTTCTTCTTTGGTCAACTCGATCGTCGCCATGGTTTTAGACTCTGTTTAGTTCTC 2718
Query 2839 C-T--T-TCT--GTTCTTTTGAGCCTGAAAATGGCATGTCCTATTCTGTATGGGTCTGAC 2892
| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2719 CCTCCTCTCTCTGTTCTTTTGAGCCTGAAAATGGCATGTCCTATT----ATGGGTCTGAC 2774
Query 2893 CATTTAGCTACGGCACCAAACTATTTTGTCATTTTCTTAAGATAAATAGaaaaaaaGTGG 2952
||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| | ||||| ||||
Sbjct 2775 CATTTAGCTGCGGCACCAAACTATTTTGTTATGTTCTTTAGATAAAGACAAAAAC-GTGG 2833
Query 2953 ATGATTTCTATTTTGTTGGTGTTTCTATATGCTGATAATAACTTGTTATCTAGCTTTTTA 3012
|||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 2834 ATGATTTCTATTTTGTTGTTGTTTCTACAGGCTGATAAGAACTTTTTATCTAGCTTTTTA 2893
Query 3013 TTTGATTGACAAGGAAATAAAGGATCAAACCCATTTCAT 3051
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2894 TTTGATTGACAAGGAAATAAAGGATCAAAACCATTTCAT 2932
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115261081370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5