BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G27320.1 Length=3562 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg472928 jgi|Araly1|472928|fgenesh2_kg.1__2882__AT1G27320.1 5818 0.0 > Ahg472928 jgi|Araly1|472928|fgenesh2_kg.1__2882__AT1G27320.1 Length=3573 Score = 5818 bits (3150), Expect = 0.0 Identities = 3450/3589 (96%), Gaps = 43/3589 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAGTCTGTTCCATGTGCTAGGGTTTGGTGTCAAGATTGGGCATCTCTTCTGGATGCTA 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGAGTCTGTTCCATGTGCTAGGGTTTGGTGTCAAGATTGGGCATCTCTTCTGGATGCTA 60 Query 61 TGCTGCTGGTTTGTTTCTTGGTTCGTTGATAATGGGATCGAGG---ACAAGTCTGGTCTT 117 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 61 TGCTGCTGGTTTGTTTCTTGGTTCGTTGATAATGGGATCGAGGACAACAAGTCTGGTCTT 120 Query 118 TTAG-TTGGCTCTGTCGGTGATCTTGAGAAGACTAAGATGACTACGTTGAAGAAGAAGAA 176 || | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| Sbjct 121 TT-GATTGGCTCTGTCGGTGATCTTGAGAAGACGAAGATGACAACGATGAAGAAGAAGAA 179 Query 177 CAAGATGTGGTTCTGGAATAAGATCTCTAGCAGCGGACTCAAGATCCCGAGTTTCTCTTA 236 |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 180 TAAGATGTGGTTCTGGAATAAGATCTCCAGCAGTGGACTCAAGATCCCGAGTTTCTCTTA 239 Query 237 TCAGTTTCTTGGCTCTGTTAAATTCAACAAGGCGTGGTGGAGGAAGCTTGTGGTGGTTTG 296 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 240 TCAGTTTCTTGGCTCAGTTAAATTCAACAAGGCGTGGTGGAGGAAGCTTGTGGTGGTTTG 299 Query 297 GGTTGTCTTCTGGGTCTTGGTCTCTATTTGGACGTTTTGGTACTTTAGCTCGCAAGCTAT 356 ||||||||||||||| |||||||| || |||| ||| |||||||||||||| |||||||| Sbjct 300 GGTTGTCTTCTGGGTATTGGTCTCAATATGGATGTTCTGGTACTTTAGCTCTCAAGCTAT 359 Query 357 GGAGAAGAGGAAAGAGACGCTAGCTAGTATGTGTGATGAGAGAGCTCGTATGCTGCAGGA 416 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 GGAGAAGAGGAAAGAAACGCTAGCTAGTATGTGCGATGAGAGAGCTCGTATGCTGCAGGA 419 Query 417 TCAGTTCAACGTTAGCATGAATCATGTTCAAGCCATGTCTATCTTGATCTCAACCTTCCA 476 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 420 TCAGTTCAACGTTAGCATGAATCATGTTCAAGCCATGTCTATCTTGATCTCAACCTTTCA 479 Query 477 CCATGGCAAGATTCCTTCTGCTATCGATCAGAGAACATTCTCAGAGTACACTGATAGAAC 536 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 CCATGGCAAGATTCCTTCTGCTATCGATCAGAGAACATTCTCAGAGTACACTGATAGAAC 539 Query 537 TTCCTTTGAGAGGCCTCTTACTAGCGGGGTAGCTTATGCTATGAGGGTGCTCCATTCAGA 596 |||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 540 TTCCTTTGAGAGGCCTCTCACGAGCGGGGTCGCATATGCTATGAGGGTGCTCCATTCAGA 599 Query 597 GAGGGAAGAGTTCGAGAGGCAACAAGGTTGGACTATTAGGAAGATGTATTCTCTTGAACA 656 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 600 GAGGGAAGAATTCGAGAGGCAACAAGGTTGGACTATTAGGAGGATGTATACTCTTGAACA 659 Query 657 AAACCCAGTTCACAAGGATGACTATGACCTGGAAGCTTTGGAACCATCCCCTGTCCAAGA 716 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 660 AAACCCAGTTCACAAGGATGACTATGACCTGGAAGCTTTAGAACCATCCCCTGTTCAAGA 719 Query 717 AGAGTACGCTCCAGTCATCTTTGCTCAGGACACTGTTTCTCACGTTGTTTCTCTCGATAT 776 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 720 GGAGTATGCTCCAGTCATCTTTGCTCAGGACACTGTTTCTCACGTGGTTTCTCTCGATAT 779 Query 777 GCTGTCTGGGAAAGAAGATCGTGAAAACGTTTTGCGGGCCAGGAGTTCAGGTAAAGGGGT 836 |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 GCTGTCTGGGAAAGAAGATCGTGAAAACGTCTTACGGGCCAGGAGTTCAGGTAAAGGGGT 839 Query 837 TTTGACAGCTCCTTTCCCATTGATAAAGACAAATAGACTTGGGGTGATCCTGACATTTGC 896 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 TTTGACAGCTCCTTTCCCATTGATAAAGACAAATAGACTTGGGGTGATCCTGACATTTGC 899 Query 897 AGTGTACAAGAGAGATCTCCCCTCCAATGCAACGCCAAAAGAGAGAATTGAGGCTACTAA 956 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 AGTCTACAAGAGAGATCTCCCCTCCAATGCAACGCCAAAAGAGAGAATTGAGGCTACTAA 959 Query 957 CGGGTATCTCGGGGGAGTGTTTGACATTGAGTCCCTGGTAGAAAACTTGCTTCAACAGCT 1016 |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 960 TGGGTATCTTGGTGGAGTGTTTGACATTGAGTCCCTGGTGGAAAACTTGCTTCACCAGCT 1019 Query 1017 GGCTAGCAAGCAAACGATTCTTGTCAATGTGTACGATATCACCAATCACTCTCAACCGAT 1076 ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 GGCTAGCAAGCAAACTATTCTTGTCAATGTATACGATACCACCAATCACTCTCAACCGAT 1079 Query 1077 TAGCATGTATGGTACAAATGTGTCGGCTGATGGGTTGGAACGTGTTAGTCCACTAATCTT 1136 ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 TAGCATGTATGGTTCAGATGTGTCGGCTGATGGGTTGGAACGTGTTAGTCCACTAATCTT 1139 Query 1137 TGGCGATCCATTGAGAAAGCATGAGATGCGTTGCAGATTTAAGCAGAAACCACCATGGCC 1196 ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 TGGTGATCCATTTAGAAAGCATGAAATGCGTTGCAGATTTAAGCAGAAACCACCATGGCC 1199 Query 1197 AGTGCTATCAATGGTGACATCATTCGGTATCCTTGTGATTGCGTTACTTGTTGCACATAT 1256 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1200 AGTGCTATCAATGGTGACATCATTCGGTATCCTTGTGATTGCGTTGCTTGTTGCACATAT 1259 Query 1257 AATCCACGCAACCGTTAGTCGAATACACAAAGTTGAAGAAGATTGTGATAAAATGAAGCA 1316 |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 AATCCATGCAACCGTGAGTCGAATACACAAAGTTGAAGAAGATTGTGATAAAATGAAGCA 1319 Query 1317 GCTCAAGAAAAAGGCTGAAGCAGCAGATGTTGCAAAGTCACAGTTCCTTGCCACTGTTTC 1376 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 GCTCAAGAAAAAGGCTGAAGCAGCAGATGTTGCAAAGTCACAGTTCCTTGCCACTGTTTC 1379 Query 1377 ACATGAAATCAGAACTCCAATGAATGGTGTTCTAGGAATGTTGCATATGCTTATGGACAC 1436 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1380 ACATGAAATCAGAACTCCAATGAATGGTGTTCTAGGAATGTTGCATATGCTTATGGACAC 1439 Query 1437 AGAGTTAGATGTTACGCAACAGGATTATGTTAGGACCGCACAGGCAAGTGGAAAAGCTTT 1496 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1440 AGAGTTAGATGTTACGCAACAGGATTATGTTAGGACCGCACAGGCAAGTGGAAAAGCTTT 1499 Query 1497 AGTCTCGCTAATAAATGAGGTTTTGGACCAAGCAAAGATTGAATCTGGAAAGCTTGAACT 1556 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1500 AGTCTCGCTAATAAATGAGGTTTTGGACCAAGCAAAGATTGAATCTGGAAAGCTTGAGCT 1559 Query 1557 TGAGGAGGTGCGGTTTGATTTGAGAGGAATATTAGATGATGTCCTGTCACTCTTCTCTAG 1616 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1560 TGAGGAGGTGCGGTTTGATTTGAGAGGAATATTAGATGATGTCCTGTCACTCTTCTCGAG 1619 Query 1617 CAAGTCCCAACAAAAGGGGGTGGAGTTGGCAGTATACATATCTGATCGTGTTCCAGATAT 1676 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1620 CAAGTCCCAACAAAAGGGGGTAGAGTTGGCAGTATACATATCTGATCGTGTTCCAGATAT 1679 Query 1677 GTTAATTGGTGATCCTGGGAGGTTTCGACAAATACTCACAAATCTTATGGGTAATTCCAT 1736 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1680 GTTAATTGGTGATCCTGGGAGGTTTCGACAAATACTCACAAATCTTATGGGTAATTCCAT 1739 Query 1737 TAAGTTCACTGAGAAAGGACACATCTTTGTAACTGTTCATTTGGTGGATGAGCTATTTGA 1796 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1740 TAAGTTCACTGAGAAAGGACACATCTTTGTAACTGTCCATTTGGTGGAGGAGCTATTTGA 1799 Query 1797 ATCTATCGATGGAGAGACAGCATCATCTCCGGAAAGTACACTGAGTGGGCTTCCAGTTGC 1856 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1800 ATCTATCGATGGAGAGACAGCATCGTCTCCGGAAAGTACACTGAGCGGGCTTCCAGTTGC 1859 Query 1857 AGACCGGCAGAGGAGCTGGGAAAACTTTAAAGCTTTCAGCTCCAACGGGCATCGGAGCTT 1916 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||| Sbjct 1860 AGACCGGCAGAGGAGCTGGGAAAACTTTAAAGCTTTC---TCCAATGAGCACCGGAGCTT 1916 Query 1917 TGAACCATCTCCCCCTGATATAAACCTAATCGTCTCAGTTGAGGATACTGGCGTAGGGAT 1976 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1917 TGAACCATCTCCCCCTGATATCAACCTAATCGTCTCAGTTGAGGATACTGGTGTAGGGAT 1976 Query 1977 CCCTGTAGAAGCGCAGTCCCGTATTTTTACGCCTTTCATGCAAGTCGGACCATCCATATC 2036 ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1977 ACCTTTAGAAGCGCAGTCCCGAATTTTTACGCCTTTCATGCAAGTCGGACCATCCATATC 2036 Query 2037 CAGGACGCATGGAGGCACAGGAATTGGACTTAGCATAAGCAAATGTCTAGTTGGACTGAT 2096 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2037 CAGGACGCATGGAGGCACAGGAATTGGGCTTAGCATAAGCAAATGTCTAGTTGGACTGAT 2096 Query 2097 GAAGGGAGAAATTGGATTCTCGAGTACTCCCAAGGTTGGGTCCACATTCACATTTACTGC 2156 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| Sbjct 2097 GAAGGGAGAAATTGGATTCTCGAGTACTCCCAAGGTCGGGTCCACGTTCACATTTACTGC 2156 Query 2157 TGTATTTTCCAATGGGATGCAACCAGCTGAAAGAAAGAATGAC----A-A-CAA---CCA 2207 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||| ||| Sbjct 2157 TGTATTTTCCAATGGGATGCAACCAACTGAAAGAAAGAATGACCCGCAGAACAATAACCA 2216 Query 2208 GCCCATATTCTCGGAATTCCGGGGCATGAAAGCTGTGGTTGTGGACCATAGGCCTGCAAG 2267 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2217 GCCCATATTCTCGGAATTTCGGGGCATGAAAGCTGTGGTTGTGGACCATAGGCCTGCTAG 2276 Query 2268 GGCAAAAGTCTCGTGGTACCATTTTCAGCGTCTTGGAATTCGAGTCGAAGTAGTTCCACG 2327 |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||| Sbjct 2277 GGCAAAAGTCTCGTGGTACCATTTTCAGCGCCTGGGAATTCGAGTTGAAGTAGTTTCACG 2336 Query 2328 TGTTGAACAGGCTCTACATTATCTGAAGATTGGTACTACCACTGTGAATATGATACTCAT 2387 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2337 TGTTGAACAGGCTCTACGTTATCTGAAGATTGGTACTACCACTGTGAATATGATACTCAT 2396 Query 2388 AGAGCAAGAAATATGGAATAGGGAAGCAGATGAT-TTCATTAAAAAGCTACAGAAAGACC 2446 |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2397 AGAGCAAGAAATATGGAATAGGGAAGCAGATG-TGTTCATTAAAAAGCTGCAGAAAGACC 2455 Query 2447 CTCTTTTCCTTTCTCCTAAGTTGATTTTGTTAGCAAACTCAGTAGAATCGTCAATATCAG 2506 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2456 CTCTTTTCCTTTCTCCTAAGTTGATTTTGTTAGCAAACTCAGTAGAATCGTCAATATCAG 2515 Query 2507 AGGCTTTATGCACCGGTATAGATCCTCCAATAGTGATAGTGAAACCATTGAGGGCGAGTA 2566 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2516 AGGCTTTATGCACCGGTATAGATCCTCCAATAGTGATAGTGAAACCATTGAGGGCGAGTA 2575 Query 2567 TGCTAGCAGCAACTTTGCAGAGGGGATTGGGTATTGGAATCAGAGAACCACCTCAACACA 2626 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2576 TGCTAGCAGCAACTTTGCAGAGGGGATTGGGTATTGGAATCAGAGAACCACCTCAGCACA 2635 Query 2627 AGGGACCTCCTGCTTTGATTCTCAGGAATCTTCTCCTTGGTAGAAAAATTTTAATCGTGG 2686 |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2636 AGGGACCTCCTGCTTTGATTTTGAGGAATCTTCTCCTTGGTAGAAAAATTTTAATCGTGG 2695 Query 2687 ATGATAACAACGTAAACCTCAGAGTGGCAGCGGGAGCTCTGAAAAAGTACGGAGCTGATG 2746 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 2696 ATGATAACAACGTAAACCTCAGAGTGGCAGCGGGAGCTCTGAAAAAATATGGAGCTGATG 2755 Query 2747 TGGTCTGCGCTGAGAGTGGGATAAAGGCAATCTCATTGCTTAAGCCACCTCACGAGTTTG 2806 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2756 TGGTCTGCGCTGAGAGTGGGATAAAGGCAATCTCATTGCTTAAGCCACCTCACGAGTTTG 2815 Query 2807 ATGCTTGCTTCATGGACATTCAGATGCCAGAAATGGATGGATTTGAAGCTACAAGGAGAA 2866 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2816 ATGCTTGCTTCATGGACATTCAGATGCCAGAAATGGATGGATTTGAAGCTACGAGGAGAA 2875 Query 2867 TACGAGATATGGAAGAGGAGATGAACAAGAGAATAAAGAATGGGGAGGCTTTGATAGTAG 2926 |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2876 TACGGGATATGGAAGAGGAGATGAACAAGAGAATCAAGAATGGGGAGGCTTTGATAGTAG 2935 Query 2927 AGAACGGTAACAAAACAAGCTGGCATCTTCCGGTATTAGCAATGACGGCAGATGTGATCC 2986 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2936 AGAACGGTAACAAAACAAGCTGGCATCTTCCGGTATTAGCAATGACGGCAGATGTGATCC 2995 Query 2987 AAGCAACGCATGAGGAATGTCTGAAGTGTGGAATGGATGGGTATGTATCAAAACCATTTG 3046 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2996 AAGCAACGCATGAGGAATGTCTAAAGTGTGGAATGGATGGGTATGTATCAAAACCCTTTG 3055 Query 3047 AAGCAGAGCAGCTGTACAGGGAAGTTTCTCGCTTTTTCAATTCGCCTTCAGATACAGAAT 3106 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3056 AAGCAGAGCAGCTGTACAGGGAAGTTTCTCGCTTTTTCAATTCGCCTTCAGATACAGAAT 3115 Query 3107 CATAAGAGGAGATGGGGCTGGAAGAAGAACAGCGAAGGAAACACAAAAACTCGTGTCTCC 3166 |||||||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3116 CATAAGAGGAGAAGGG-CTGGAAGAAGAACGGCAAAGGAAACACAAAAACTCGTGTCTCC 3174 Query 3167 TATGCATCTTGAAGTAGTAGAAAA-ACAGATTGACGATTGCAAAAAGAGTGTATATAGAA 3225 ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3175 TATGCATCTTGAAGTAGTA-AAAACACAGATTGACGATTGCAAAA-GAGTGTATATAGAA 3232 Query 3226 AGGCCGGTGTGACCAGGCCAAGAACTTAGGACCAGTACTTTCTCCTGTAAA-tttttttt 3284 ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||| |||||||| Sbjct 3233 AGGCCGGTGTGACCAGGCCAAGAACATAG-ACCAGT--TT-CTCCTGTAAAGTTTTTTTT 3288 Query 3285 CTA-----CATTTTTCTCTGGTCTGATTGAGACA-A-CAAAACTTGTGGTATGTAGATGA 3337 | ||||||||||| ||||||||| |||| | |||||||| |||| ||||||||| Sbjct 3289 TTTTTTTTCATTTTTCTCTTGTCTGATTGGGACACAACAAAACTT-TGGTTTGTAGATGA 3347 Query 3338 GAGTAGCAGCTGGAATATATTCAGAGTTGCTTTGGACAGGGAAGAGAGCATCATAGTATG 3397 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| Sbjct 3348 GAGTAGCAGCTGGAATATATTCAGAGTTGCTTTGGACAGAGAAGAGAGCAGCATAGTATG 3407 Query 3398 TGTGTAAAA-GTGTGTGTGCATGATTTAGGATATTTCTTCTTGTATTAGAGAACAGTGCT 3456 ||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3408 TGTGTAAAAAGTGTGTGTGCATGATTTAGGAT-T--CTTCTTGTATTAGAGAACAGTGCA 3464 Query 3457 GCAGTTTCTTTGTTATCATCATGGTCCAAGATAGGGAAGTGGACATTACTACT--T-ATA 3513 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| Sbjct 3465 GCAGTTTCTTTGTTATCATCATGGTCCAAGATAGGGAAGTGGACATTACTACTACTTATA 3524 Query 3514 CATACACTGGCTTTGTGATATAAAGTTGAAGATAGCTTTTACTTTCTCT 3562 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3525 CATACACTGGCTTTGTGATATAAAGTTGAAGATAGCTTTTACTTTCTCT 3573 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 134533520555 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5