BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G27340.1
Length=1853
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg921768 jgi|Araly1|921768|scaffold_103049.1 2326 0.0
> Ahg921768 jgi|Araly1|921768|scaffold_103049.1
Length=1433
Score = 2326 bits (1259), Expect = 0.0
Identities = 1383/1441 (96%), Gaps = 16/1441 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 205 CTCT-CT-TTGTTTGGGGCATGGAAGAAGAGCTTGCCATGCTTAGACAGCTCATCGGTCA 262
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 CTCTCCTCTTGTTTGGGGCATGGAAGAAGAGCTTGCCATGCTTAGACAGCTCATCGGTCA 62
Query 263 GCTTCAAGAGCTCTTGCACAACGGctctcctcctcctccttcttcttcttcatctctgtc 322
|||||||||||||||||||||||| || |||||||| | | | ||||||| | || |
Sbjct 63 GCTTCAAGAGCTCTTGCACAACGG--CT-CTCCTCCT-C-T-TACTTCTTC-T-TC--T- 111
Query 323 gtcttcttctccGTCATTTTTGGTTCTCCACCATCCTCAGTATCAGAACGGATGGTGTTT 382
| |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 112 -TATTCTTCTCCGTCGTTTTTAGTTCTCAACCATCCTCAGTATCAGAACGGATGGTGTTT 170
Query 383 GCCCTGTATTGAGGATACTTCTGCTGATGATTGTTGTGATATTGTAATGGCTGGTGGAAA 442
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 171 GCCCTGTATTGAGGAAACTTCTGCTGATGATTGTTGTGATATTGTAATGGCTGCTGGAAA 230
Query 443 GAGGCCTGGGATCTTCAAGATGTTAGAAACTGTCAAGCCTCCCGTCAAACGAACTCGAAA 502
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 231 GAGGCCTGGGATCTTCAAGATGTTAGAAACTGTCAAGCCTCCCGTCAAGCGAACTCGAAA 290
Query 503 AGAACGGACTCAAGGGAAATCATGTACGGAAGTAGATGAGATAAGTGGGAACATGGATCA 562
||| |||| ||||||||||| |||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 291 AGACCGGAATCAAGGGAAATTATGTACAGAAGGAGATGACATAAGTGGAAACATGGATCA 350
Query 563 AGAAATATGGCAGGAATTCCCTCAAGATCTCTTTGAAGAC-GTTGTTTCCAGACTACCAA 621
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||
Sbjct 351 AGAAATCTGGCAGGAATTTCCTCAAGATCTCTTTGAAG-CTGTTGTTTCCAGGCTACCAA 409
Query 622 TGGCTACTTTTTTCCAGTTCCGTGCAGTTTGCCGTAAATGGAATGCTCTTATTGATTCAG 681
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 410 TTGCTACATTTTTCCAGTTCCGTGCAGTTTGCCGTAAATGGAATGCTCTTATTGAGTCAG 469
Query 682 ATAGCTTCTCCAGATGCTTCACTGAGCTTCCTCAGACCATCCCATGGTTCTACACCATAA 741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 470 ATAGCTTCTCCAGATGCTTCACTGAGCTTCCTCAGACCATCCCATGGTTCTATACCATAA 529
Query 742 CCCACGAGAATGTCAACTCAGGACAAGTGTACGACCCTTCTTTGAAGAAATGGCACCATC 801
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 530 CCCACGAGAATGTCAACTCGGGACAAGTGTACGACCCTTCTTTGAAGAAATGGCACCATC 589
Query 802 CGATTATCCCAGCACTACCCAAGAAGAGTATTGTTTTGCCAATGGCTTCTGCAGGAGGTC 861
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 CAATTATCCCAGCACTACCCAAGAAGAGTATTGTTTTGCCAATGGCTTCTGCAGGAGGTC 649
Query 862 TAGTGTGCTTCCTCGACATTGGTCATAGGAACTTCTACGTGAGCAACCCGCTTACCAAGT 921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 650 TAGTGTGCTTCCTCGACATTGGTCATAGGAACTTCTATGTGAGCAACCCGCTGACCAAGT 709
Query 922 CTTTCAGGGAGTTGCCTGCTAGGTCGTTCAAGGTCTGGTCTCGTGTTGCGGTAGGAATGA 981
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 710 CTTTCAGAGAGTTGCCTGCTAGGTCGTTCAAGGTTTGGTCTCGTGTTGCAGTAGGAATGA 769
Query 982 CTCTGAATGGAAACTCCACCAGTCATGGGTATAAGGTCTTGTGGGTTGGATGTGAAGGAG 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 770 CTCTGAATGGAAACTCCACCAGTCATGGGTATAAGGTCTTGTGGGTTGGATGTGAAGGAG 829
Query 1042 AGTACGAAGTCTATGATTCCCTGAGTAATGTGTGGACCAAACGAGGGACCATCCCGTCCA 1101
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 830 AGTACGAAGTGTATGATTCCCTGAGTAATGTGTGGACCAAACGAGGGACCATCCCGTCCA 889
Query 1102 ACATAAAGCTCCCGGTGTTGCTCAACTTTAAGTCACAGCCAGTGGCTATCCACAGCACAC 1161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 890 ACATAAAGCTCCCGGTGTTGCTCAACTTTAAGTCACAGCCAGTGGCTATCCACAGCACAC 949
Query 1162 TTTACTTCATGTTAACAGATCCCGAAGGGATATTGTCCTATGACATGGTCTCTGGGAAAT 1221
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 950 TTTACTTCATGTTAACAGATCCCGAAGGGATATTGTCCTATGACATGGTCTCTGGGAAGT 1009
Query 1222 GGAAACAGTTCATTATACCTGGCCCACCAGACCTGAGCGATCACACGCTGGCTGCGTGCG 1281
|||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1010 GGAAGCAGTTCATCATACCGGGCCCACCAGACCTGAGCGATCACACGCTGGCTGTGTGCG 1069
Query 1282 GAGAGCGGTTGATGCTGGTGGGTCTACTGACTAAAAACGCTGCCACTTGCGTTTGCATAT 1341
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070 GAGAGCGATTGATGCTGGTGGGTCTTCTGACTAAAAACGCTGCCACTTGCGTTTGCATAT 1129
Query 1342 GGGAGCTGCAGAAGATGACACTGTTGTGGAAGGAGGTTGACAGAATGCCAAACATATGGT 1401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1130 GGGAGCTGCAGAAGATGACACTGTTGTGGAAGGAGGTTGACAGAATGCCAAACATATGGT 1189
Query 1402 GCTTGGAGTTTTACGGAAAGCACATTAGGATGAATTGTCTGGGCAACAAAGGTTGTCTGA 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1190 GCTTGGAGTTTTACGGAAAGCACATTAGGATGAATTGTCTGGGCAACAAAGGTTGTCTGA 1249
Query 1462 TATTATTGTCCTTGAGGTCCAGACAGATGAACCGTCTGATAACCTACAATGCTGTGACTA 1521
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1250 TATTATTGTCCTTGAGGTCCAGACAGATGAACCGTCTGATAACCTACAATGCTGTTACAA 1309
Query 1522 GGGAATGGACCAAGGTCCCTGGCTGCACCGTTCCTCGTGGGAGGAAAAGACTTTGGATCG 1581
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1310 GGGAATGGGCCAAGGTCCCTGGCTGCACCGTTCCTCGTGGGAGAAAAAGACTTTGGATCG 1369
Query 1582 CTTGCGGAACAGCGTTTCATCCCTCCCCTACAGCTAGGGCTTGATCATCTTTTCTCCTGG 1641
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1370 CTTGCGGAACAGCGTTTCATCCCTCCCCTACAGCTAGGGCTTGATCATCTTTTCTCTTGG 1429
Query 1642 T 1642
|
Sbjct 1430 T 1430
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 69590877615
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5