BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G28320.1 Length=2437 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg473044 jgi|Araly1|473044|fgenesh2_kg.1__2998__AT1G28320.1 3858 0.0 Ahg930031 jgi|Araly1|930031|scaffold_302488.1 333 4e-90 Ahg931304 jgi|Araly1|931304|scaffold_303761.1 315 1e-84 Ahg923350 jgi|Araly1|923350|scaffold_104631.1 169 1e-40 > Ahg473044 jgi|Araly1|473044|fgenesh2_kg.1__2998__AT1G28320.1 Length=2386 Score = 3858 bits (2089), Expect = 0.0 Identities = 2295/2392 (96%), Gaps = 24/2392 (1%) Strand=Plus/Plus Query 43 CCCAAAAACTTAAAAGATCCAAACTTCGAACAATTTTGGTGTCTGCTATACAGAATCCAA 102 ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 CCCGAAAACTAAAAAGATCCAAACTTC-TGCAATTTTGGTGTCTGCTATACAGAATCCAA 59 Query 103 ATCCACCTTC-TCCGATTAAAAATC-CCTTCTCTTTCGATCATGGATGTGTCTAAAGTTG 160 ||||||| || ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||| | Sbjct 60 ATCCACCATCTTCCGATTGAAAA-CGCCTTCTCTTTCGATCATGGATGTGTCGAAAGTCG 118 Query 161 TCAGCTTTTCCCGGAATTTCGCCGTCTTGGTCAAAGTCGAAGGCCCTGATCCAAAGGGAT 220 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 119 TCAGCTTTTCCCGGAATTTCGCCGTCTTGGTCAAAGTCGAAGGCCCTGATCCAAAGGGAT 178 Query 221 TGAAGATGAGGAAGCATGCTTTTCATCAATACCATTCTGGCAATGCAACACTTTCAGCTT 280 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 179 TGAAGATGAGGAAGCATGCTTTTCATCAATACCATTCTGGCAATGCAACACTTTCAGCTT 238 Query 281 CTGGGATCTTGCTTCCAAGAGATAt-ttttttGAGTGGTGAGGTCGCTGCTAAGGTTCTG 339 ||||||||||| |||||||| |||| || || ||||||||||| | |||||||||||| Sbjct 239 CTGGGATCTTGTTTCCAAGAAATATCTTCAGTG-GTGGTGAGGTCACGGCTAAGGTTCTG 297 Query 340 TTTGAAGCTGGTCAGGACATGGCCCTGGTTTTGACCGTTGCATCTGTTGTTGAGCCATTC 399 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 298 TTTGAAGCTGGTCAGGACATGGCCCTGGTTTTGACTGTTGCATCTGTTGTAGAGCCATTC 357 Query 400 TTAACATTAGGTCACAGAACTAGTAGTAGTATCTCTCAGGATCCGGTGAAGCTTATTCCG 459 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 358 TTAACATTAGGTCACAGAACTAGTAGTAGTATCTCTCAGGATCCGGTGAAGCTTATTCCG 417 Query 460 GGTGCTATGATTGAGATTATGGTGGAGGGTCAGCTAAAGTCAGAAAAGGAAGCTCCTTTT 519 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 418 GGTGCTCGGATTGAGATTATGGTGGAGGGTCAGCTAAAGTCAGGAAAGGAAGCTCCTTTT 477 Query 520 TGGGTTCCTGCGCAACTTCTTTCGCTGGTTGATGTCCCTGTATCTTCTGCTGCACTTCAA 579 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 478 TGGGTTCCTGCGCAACTTCTTTCGCTGGTTGATGTCCCTGTATCTTCTGCTGCACTCCAA 537 Query 580 TCTCTTATTGAAGCTTCTTCTGGTTCGAAAGATTCTGGATGGGATATTGGTTGGTCTTTG 639 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 538 TCTCTTATTGAAGCTTCTTCCGGTTCGAAAGATTCTGGATGGGATGTTGGTTGGTCTTTG 597 Query 640 GTTTCTGCTGCTAATGGTTCTCAGCCTTCAATCAATATTGAACATTACAGCAAGCCCTTG 699 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 598 GTTTCTGCTGCTAATGGTTCTCAGCCTTCAACCAATATTGAACATTACAGAAAGCCCTTG 657 Query 700 ATGCAACTTGATGAGCCACACAACGCTAACTTCATGGCCAAGTCTGCCACTCGAATGGCT 759 ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 ATGCAACTTGATGAGCCACTCAATGCTAACTTCATGGCCAAGTCTGCCACTCGAATGGCT 717 Query 760 ATTCTAGGAGTCCCCTTAAGTTTACTGGGTCAACCAAGCATGAATTTTGCTTCATCAAGT 819 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 718 CTTCTAGGAGTCCCCTTAAGTTTACTGGGTCAGCCAAACATGAATTTTGCTTCATCAAGT 777 Query 820 AGCAAGGGTGATACACTTGTAGCACTAGGCTCTCCCTTTGGAATCCTTTCACCTGTTAAC 879 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 AGCAAGGGTGATACACTTGTAGCACTAGGTTCTCCTTTTGGAATCCTTTCACCTGTTAAC 837 Query 880 TTTTTTAACAGCGTATCAACTGGTTCCATTGCGAATAGCTATCCTTCTGGATCCCTAAAG 939 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 TTTTTTAACAGTGTATCAACTGGTTCCATTGCGAATTGCTATCCTTCTGGATCCCTAAAG 897 Query 940 AAGTCACTGATGATAGCTGATGTTCGATGTCTCCCTGGAATGGAAGGGGCTCCGGTGTTT 999 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 898 AAGTCACTGATGATAGCTGATGTTCGATGTCTCCCTGGAATGGAAGGGGCTCCGGTGTTT 957 Query 1000 GCTAAGAATGGGCACTTAATTGGCATTTTGATTAGACCACTAAGGCAAAAGAATAGCGGC 1059 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 GATAAGAATGGGCACTTAATTGGCATTTTGATTAGACCACTAAGGCAAAAGAATAGCGGC 1017 Query 1060 GTTGAAATTCAGCTGGTGGTTCCATGGGGAGCAATCACAACTGCTTGCAGCCACTTGCTG 1119 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 GTTGAAATTCAGCTGGTGGTTCCATGGGGAGCAATCACAACTGCTTGCAGCCACTTGCTG 1077 Query 1120 CTTGAGGAACCATCTGTAGAAGGAAAAGCAAGTCAGTGGGGGAGCGAAGTC-CTAAGTGT 1178 |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||| | |||| ||| Sbjct 1078 CTTGAGGAACCATCTGAAGCAGGAAAAGCAAGTCAGTGGGGGAGTGAAG-CACTAAATGT 1136 Query 1179 TAAATCAGATGCTAGTATTCCTGCACAAGTGGCTATTGAGAAGGCGATGGAATCAGTTTG 1238 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1137 TAAATCAGATACTAGTATTCCTGCACAAGTGGCTATTGAGAAGGCGATGGAATCAGTTTG 1196 Query 1239 TCTTATTACGGTCAATGATGGTGTTTGGGCTTCTGGTATTATTCTTAACGAACATGGTCT 1298 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1197 TCTTATTACAGTCAATGATGGTGTTTGGGCATCTGGTATTATTCTTAACGAACATGGTCT 1256 Query 1299 CATACTAACAAATGCTCACCTGCTTGAGCCGTGGAGGTATGGAAAAGGTGGTGTATATGG 1358 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1257 CATACTAACAAATGCTCACCTGCTTGAGCCGTGGAGGTATGGAAAAGGTGGTGTATATGG 1316 Query 1359 TGAAGGA--------T--TT-AAA-CCCTATGTCTTAGGAGCCGAGGAATTTTCTTCCAC 1406 ||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1317 TGAAGGAAACGACGCTGGTTTAAAACCCTATGTCTTAGGAGCCGAGGAGTTTTCTTCCAC 1376 Query 1407 GGGAAGTAAATTTTGGGAACAGAAGAGTCAAACATTGCCACGGAAAGCTCCA-CGAAATC 1465 |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 1377 GGGAGGTAAAGTTTGGGAACAGAAGAGTCAAACATTGCCACGGAAAGCTCCAGC-AAATC 1435 Query 1466 ATTATTCGTCTGTTGGAGAGAACATCAGGGAATACAAACACAATTTCCTTCAGACTGGGC 1525 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1436 TTTATTCGTCTGTTGGAGAGAACATTAGGGAATACAAACACAATTTCCTTCAGACTGGGC 1495 Query 1526 ATAGAGACATACGTGTGCGTTTGTGTCACCTAGATTCTTGGACTTGGTGTCCTGCAAACG 1585 ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1496 ATAGAGATATACGTGTACGATTGTGTCACCTAGATTCTTGGACTTGGTGTACTGCAAACG 1555 Query 1586 TGGTCTATATTTGCAAGGAACAATTAGATATTGCCTTACTGCAGCTAGAATATGTCCCTG 1645 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1556 TGGTCTATATTTGCAAGGAACAATTAGATATTGCTTTACTGCAGCTAGAATATGTCCCTG 1615 Query 1646 GAAAGCTCCAACCTATTACTGCCAATTTTTCTTCTCCTCCTTTGGGTACAACAGCGCATG 1705 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 GAAAGCTCCAACCTATTGCTGCCAATTTTTCTTCTCCTCCTTTGGGTACAACAGCGCATG 1675 Query 1706 TTGTTGGACATGGACTCTTCGGACCAAGATGTGGGCTTTCTCCTTCTATTTGTTCTGGAG 1765 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1676 TTGTTGGACATGGACTCTTCGGACCAAGATGTGGGCTTTCTCCTTCTATTTGTTCTGGAG 1735 Query 1766 TTGTAGCAAAGGTAGTTCACGCAAAGAGGAGATTGAATACGCAATCCATTTCT-CAAGAA 1824 ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| Sbjct 1736 TTGTAGCAAAGGTAGTTTACGCGAAGAGGAGATTGAATACGCAATCCATTT-TGCAAGAA 1794 Query 1825 GTCGCAGAGTTCCCCGCTATGCTCGAAACAACAGCTGCTGTGCATCCTGGTGGCAGTGGT 1884 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1795 GTCGCAGAGTTCCCCGCTATGCTCGAAACAACAGCTGCTGTGCATCCTGGTGGTAGTGGT 1854 Query 1885 GGTGCTGTTCTCAATTCAAGTGGCCATATGATTGGACTTGTTACCAGCAACGCAAGACAT 1944 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1855 GGTGCTGTTCTCAATTCAAGTGGCCATATGATTGGACTTGTTACCAGCAACGCAAGACAT 1914 Query 1945 GGAGCGGGGACTGTTATACCGCATCTCAACTTCAGCATCCCATGTGCAGTCTTGGCACCA 2004 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1915 GGAGCGGGGACTGTTATACCGCATCTCAACTTCAGCATCCCATGTGCAGTCTTGGCACCA 1974 Query 2005 ATCTTCAAGTTTGCAGAAGATATGCAGAACACAACGATCCTTCAAACACTTGATCAACCT 2064 ||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||| Sbjct 1975 ATCTTCAAGTTTGCAGAAGATATGCAGAACATAAAGCTCCTTCAAACACTTGATCAACCA 2034 Query 2065 AGCGAAGAACTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCACTATCACCAAAGACTGAGCAG 2124 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2035 AGCGAAGAACTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCACTATCACCAAAGACTGAGCAG 2094 Query 2125 TCTCTACCCAATCTGCCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAACGAAAGGATCT 2184 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2095 TCTCTACCCAATCTACCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAAAGAAAGGATCT 2154 Query 2185 CAGTTTGCCAAGTTCATTGCAGAGACCCAAGACATGTTTGTAAAGCCGACCAAGCTTTCC 2244 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2155 CAGTTTGCCAAGTTCATTGCAGAGACCCAAGACATGTTTGTAAAGCCGACCAAGCTTTCC 2214 Query 2245 CGTGATGTGATCCCTAGCAAGTTATGACAAGATTGGCTTCTTTGCAGAATTTGTGCCTTC 2304 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| Sbjct 2215 CGTGATGTGATCCCTAGCAAGTTATGACAAGATTGGCTTCTTTGCAGAGTGTGCGCCTTC 2274 Query 2305 TTTTACTCCTTTTGCTGGAGTGGCAACTTTAACTTTTGTATAGATAGAGAAATTACAAAA 2364 |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2275 TTTTCCCCCTTTTGCTGGAGTGGCAACTTTAACTTTTGTATAGATAGAGAGATTACAATG 2334 Query 2365 TGTTGCTGCTGTTTCTGGATTATTCTGTTTGTAACATATATAAAACCTTATA 2416 ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2335 TGTTGCTGCTGTTTCTGGATTCTTCTGCTTGTAACATATGTAAAACCTTATA 2386 > Ahg930031 jgi|Araly1|930031|scaffold_302488.1 Length=245 Score = 333 bits (180), Expect = 4e-90 Identities = 225/246 (91%), Gaps = 6/246 (2%) Strand=Plus/Plus Query 2074 CTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCA---CTATCACCAAAGACTGAGCAGTCTCTA 2130 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1 CTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCACTGCTATCACCAAAGACTGAGCAGCCTCTA 60 Query 2131 CCCAATCTGCCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAACGAAAGGATCTCAGTTT 2190 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 61 TCCAATCTGCCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAAAGAAAGGATCTCAGTTT 120 Query 2191 GCCAAGTTCATTGCAGAGACCCAAGACATGTTTGTAAAGCCGACCAAGCTTTCCCGTGAT 2250 |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||| Sbjct 121 GCCAAGTTTATTGCAGAGACCAAAGACAAGTTTGTAAACCCGACCAAGCTTGCCCGAGAT 180 Query 2251 GTGATCCCTAGCAAGTTAT--GACAAGATTGGCTTCTTTGCAGAATTTGTGCCTTCTTTT 2308 |||||| |||||||||||| || || ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| Sbjct 181 GTGATCTCTAGCAAGTTATATGAGAAAATTGGCTACTTTGCATAGTTTGTGCCTTCTTTT 240 Query 2309 ACTCCT 2314 | |||| Sbjct 241 A-TCCT 245 > Ahg931304 jgi|Araly1|931304|scaffold_303761.1 Length=221 Score = 315 bits (170), Expect = 1e-84 Identities = 204/220 (93%), Gaps = 3/220 (1%) Strand=Plus/Plus Query 2074 CTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCA---CTATCACCAAAGACTGAGCAGTCTCTA 2130 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1 CTCTCATCCATTTGGGCTTTGATGCCATCACTGCTATCACCAAAGACTGAGCAGCCTCTA 60 Query 2131 CCCAATCTGCCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAACGAAAGGATCTCAGTTT 2190 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| Sbjct 61 TCCAATCTGCCTAAGTTACTCAAAGATGGTAATAACAAACAAAAGAAAGAATCTCAGTTT 120 Query 2191 GCCAAGTTCATTGCAGAGACCCAAGACATGTTTGTAAAGCCGACCAAGCTTTCCCGTGAT 2250 |||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 121 GCCAAGTTTATTGCAGATACCAAAGACAAGTTTGTAAACCCGACCAAGCTTTCCCGAGAT 180 Query 2251 GTGATCCCTAGCAAGTTATGACAAGATTGGCTTCTTTGCA 2290 |||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| Sbjct 181 GTGATCTCTAGCAAGTTATGAGAAAATTGGCTTCTTTGCA 220 > Ahg923350 jgi|Araly1|923350|scaffold_104631.1 Length=316 Score = 169 bits (91), Expect = 1e-40 Identities = 107/115 (93%), Gaps = 0/115 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2025 TATGCAGAACACAACGATCCTTCAAACACTTGATCAACCTAGCGAAGAACTCTCATCCAT 2084 ||||||||||| || |||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| Sbjct 200 TATGCAGAACATAAAGATCTTTCAAACACTTGATCAACGAAGCCAAGAACTCTCATCCAT 259 Query 2085 TTGGGCTTTGATGCCATCACTATCACCAAAGACTGAGCAGTCTCTACCCAATCTG 2139 |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 260 TTGGGCTTTGATGCCATCACTATCACCAAAGACTTAACAGTCTCTACCCAATCTG 314 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 91835580695 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5