BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G29400.1
Length=2880
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg912744 jgi|Araly1|912744|Al_scaffold_0001_2998 3936 0.0
> Ahg912744 jgi|Araly1|912744|Al_scaffold_0001_2998
Length=2400
Score = 3936 bits (2131), Expect = 0.0
Identities = 2313/2403 (96%), Gaps = 3/2403 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 125 ATGGATATTCCACATGAAGCAGAAGCTGGAGCTTGGGGGATTCTCCCTGGTTTTGGTCGT 184
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGGATATTCCACATGAAGCAGAAGCTGGAGCTTGGGGGATTCTCCCTGGATTTGGTCGT 60
Query 185 CACCATCATCCCTCCAGTGATGCTACTTTGTTCTCCAGTTCTTTACCTGTTTTCCCCCGT 244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 CACCATCATCCCTCCAGTGATGCTACTTTGTTCTCCAGTTCTTTACCTGTTTTTCCCCGT 120
Query 245 GGAAAACTGCAATTGAGTGATAACAGAGATGGTTTCTCACTGATAGACGATACGGCTGTT 304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 GGAAAACTGCAATTGAGTGATAACAGAGATGGTTTCTCACTGATAGATGATACGGCTGTT 180
Query 305 TCTCGCACAAACAAGTTTAACGAAAGTGCTGATGACTTTGAATCTCATTCCATTGGAAAC 364
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTCGCCCAAACAAGTTTAACGAAAGTGCTGATGACTTTGAATCTCATTCCATTGGAAAC 240
Query 365 CTGCTCCCTGATGAAGAGGATCTTTTGACAGGGATGATGGATGATCTTGACCTGGGGGAG 424
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 241 CTGCTCCCTGATGAAGAGGATCTTTTGACTGGGATGATGGATGATCTTGACCTGGGCGAC 300
Query 425 TTACCAGATGCTGATGATTATGATCTTTTTGGTAGTGGAGGAGGAATGGAACTTGACGCT 484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 301 TTACCAGATGCTGATGATTATGATCTTTTTGGTAGTGGAGGAGGAATGGAACTTGACACT 360
Query 485 GATTTTCGAGACAACTTGAGTATGAGTGGTCCTCCAAGGCTATCACTTTCAAGTCTTGGT 544
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 361 GATTTTCGAGACAACTTGAGCATGAGTGGTCCTCCAAGGTTATCCCTTTCAAGTCTTGGT 420
Query 545 GGAAATGCAATTCCGCAATTCAATATTCCAAATGGTGCAGGAACAGTTGCTGGTGAGCAT 604
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 421 GGAAATGCGATTCCGCAATTCAATATTCCAAATGGTGCGGGAACAGTTGCTGGTGAGCAT 480
Query 605 CCTTATGGTGAACATCCCTCGAGAACATTGTTTGTCCGGAATATTAACAGCAATGTAGAA 664
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CCTTATGGTGAACATCCCTCGAGAACTTTGTTTGTCCGGAATATTAACAGCAATGTAGAG 540
Query 665 GACTCTGAACTCACAGCTCTCTTTGAGCAATACGGTGATATTAGAACGCTCTATACCACT 724
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 541 GACTCTGAACTCACAGCTCTCTTTGAGCAATACGGTGACATTAGAACGCTCTATACTACT 600
Query 725 TGTAAGCATAGGGGATTTGTCATGATATCTTATTATGACATTCGTTCTGCTCGAATGGCT 784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TGTAAGCATAGGGGATTTGTCATGATATCTTATTATGACATTCGTTCTGCTCGAATGGCT 660
Query 785 ATGAGGTCTTTACAGAATAAGCCATTAAGACGTAGAAAATTGGACATTCACTTCTCAATT 844
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATGCGGTCTTTACAGAATAAGCCATTAAGACGGAGAAAATTAGACATTCACTTCTCAATT 720
Query 845 CCAAAGGATAATCCATCTGAGAAAGATATGAATCAGGGGACATTAGTGGTGTTTAACCTG 904
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 721 CCTAAGGATAATCCATCTGAGAAAGATATGAATCAGGGGACATTAGTGGTTTTTAACCTG 780
Query 905 GATCCTTCAATTTCTAATGATGACTTACATGGAATTTTTGGTGCTCATGGCGAGATCAAA 964
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 781 GATCCCTCAATTTCTAATGATGACTTACATGGAATTTTTGGTGTTCATGGCGAGATCAAA 840
Query 965 GAGATAAGAGAAACACCACATAAGAGGCATCACAAATTCGTCGAGTTTTATGATGTCCGC 1024
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 841 GAGATAAGGGAAACACCACATAAGAGGCATCACAAATTCGTTGAGTTTTATGATGTCCGA 900
Query 1025 GGTGCTGAAGCAGCATTGAAGGCATTAAACAGGTGTGAGATTGCAGGAAAACGTATAAAG 1084
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GGTGCTGAAGCCGCATTGAAGGCATTAAACAGGTGTGAGATTGCAGGAAAACGTATAAAG 960
Query 1085 GTTGAACCTAGTCGCCCTGGAGGAGCTCGTCGAAGCCTGATGTTGCAACTTAACCAAGAT 1144
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GTTGAACCTAGTCGCCCTGGAGGAGCTCGTCGAAGCCTGATGTTGCAACTTAACCAAGAA 1020
Query 1145 CTTGAGAACGATGATTTGCACTACCTACCGATGATTGGTTCACCCATGGCAAACTCTCCC 1204
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CTTGAGAACGATGATTTGCATTACCTACCAATGATTGGTTCACCCATGGCAAACTCTCCC 1080
Query 1205 CCAATGCAAGGTAACTGGCCGCTGAACAGTCCCGTGGAAGGTAGTCCGCTTCAAAGTGTA 1264
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CCAATGCAAGGTAACTGGATGCTGAACAGTCCCGTGGAAGGTAGTCCGCTTCAAAGTGTA 1140
Query 1265 CTTAGCAGGTCACCTGTTTTTGGCTTAAGTCCTACAAGGAACGGCCACTTGTCTGGTTTG 1324
||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 CTTAGTAGGTCACCTGTTTATGGGTTAAGTCCTACAAGGAACGGCCACTTGTCTGGTTTG 1200
Query 1325 GCTTCTGCTCTAAATTCACAAGGACCAAGCTCGAAGCTTGCACCCATTGGCAGGGGTCAA 1384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GCTTCTGCTCTAAATTCACAAGGACCAAGCTCGAAGCTTGCACCCATTGGCAGGGGTCAA 1260
Query 1385 ATTGGTAGCAACGGCTTCCAACAGTCATCACATTTATTCCAAGAGCCTAAGATGGATAAT 1444
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1261 AGTGGTAGCAACGGCTTCCAACAGTCATCACATTTATTCCAAGAGCCTAAGCTGGAGAAG 1320
Query 1445 AAGTACACAGGAAATCTCTCTCCTTCAGGTCCTTTGATCTCAAATGGAGGTGGAATTGAG 1504
||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1321 AAGTACACAGGAAATATCTCTCCTTCTGGTCCTTTGATCTCAAATGGTGGTGGAATTGAG 1380
Query 1505 ACGTTGTCGGGTTCAGAGTTTCTCTGGGGAAGTCCTAACGCACGCTCTGAACCTTCAAGT 1564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ACGTTGTCGGGTTCAGAGTTTCTCTGGGGAAGTCCTAACTCACGCTCTGAACCTTCAAGT 1440
Query 1565 TCCTCGGTTTGGTCAACATCATCCACTGGGAATCCACTCTTCTCAACTCGAGTAGACCGA 1624
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 1441 TCCTCGGTTTGGTCAACATCATCAACTGGGAATCCACTCTTCTCAGCTCGGGTAGACCGA 1500
Query 1625 TCTGTTCCATTTCCACATCAGCATCAAAATCAAAGTCGTAGCCATCATCACTTCCATGTT 1684
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TCTGTTCCATTTCCGCATCAGCATCAAAATCAAAGTCGTAGCCATCATCACTTCCATGTT 1560
Query 1685 GGGTCTGCACCATCTGGTGTTCCTCTAGAAAAGCATTTTGGATTCGTCCCAGAGTCTTCA 1744
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 GGGTCTGCACCATCTGGTGTTCCTCTAGAAAAGCATTTTGGATTCGTCCCAGAGTCTTCA 1620
Query 1745 AAGGACGCTTTGTTCATGAACACTGTTGGTCTTCAAGGAATGAGTGGAATGGGTCTCAAC 1804
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 AAGGACACTTTGTTCATGAACACTGTTGGTTTTCAAGGAATGAGTGGAATGGGTCTCAAC 1680
Query 1805 GGTGGAAGTTTCTCTTCCAAAATGGCAAATAATGGGATCATTAACTCTGGAAGCATGGCC 1864
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1681 GGTGGAAGTTTCTCGTCAAAAATGGCAAATAATGGGATCATTAACCCTGTAAGCATGGCC 1740
Query 1865 GAAAACGGTTTTTCAAGTTACAGAATGATGTCTTCACCGAGATTCAGCCCCATGTTCTTA 1924
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 GAAAACGGTTTTTCAAGTTACAGAATGATGTCTTCACCAAGATTCAGCCCCATGTTCTTA 1800
Query 1925 AGCAGCGGTCTAAACCCAGGGCGGTTCGCCTCTGGCTTTGACAGTTTGTATGAAAATGGT 1984
||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 1801 AGCAGTGGTCTAAACCCAGGACGGTTCACCTCTGGCTTCGACGGTTTGTATGAAAATGGA 1860
Query 1985 AGGCCTCGTAGAGTTGAGAACAATTCGAACCAGGTTGAGAGCAGGAAACAGTTTCAACTT 2044
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AGGCCTCGTAGAGTCGAGAACAATTCGAACCAGGTTGAGAGCAGGAAACAGTTTCAACTT 1920
Query 2045 GATTTGGAGAAAATTCTTAATGGAGAGGATTCTCGGACTACCTTGATGATTAAAAACATT 2104
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 GATTTGGACAAAATTCTTAATGGAGAGGATTCTCGGACTACCTTGATGATTAAAAACATA 1980
Query 2105 CCAAACAAATACACCTCGAAGATGTTGTTAGCTGCAATCGATGAAAAGAACCAAGGAACT 2164
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 CCAAACAAATACACCTCAAAGATGTTGTTAGCTGCAATTGATGAAAAGAACCAAGGAACT 2040
Query 2165 TACAACTTTCTCTATTTGCCCATTGATTTCAAGAACAAATGCAATGTGGGCTATGCATTC 2224
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2041 TACAACTTTCTCTATTTGCCCATTGATTTCAAGAACAAATGCAATGTTGGCTATGCATTC 2100
Query 2225 ATCAACATGCTCAATCCAGAACTCATCATTCCATTTTATGAGGCTTTTAATGGGAAGAAG 2284
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2101 ATCAACATGCTCACTCCAGAACTCATCATTCCTTTTTACGAGGCTTTTAACGGGAAGAAG 2160
Query 2285 TGGGAGAAGTTCAACAGTGAGAAAGTAGCTTCATTGGCATATGCTCGGATACAAGGAAAA 2344
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 TGGGAGAAGTTCAACAGTGAGAAAGTAGCTTCATTGGCATATGCTCGGATACAAGGAAAA 2220
Query 2345 TCTGCCCTTATAGCCCATTTTCAGAACTCAAGCTTGATGAATGAAGATATGCGTTGTCGT 2404
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2221 TCTGCCCTTATAGCTCATTTTCAGAACTCAAGCTTGATGAATGAAGATATGCGCTGCCGT 2280
Query 2405 CCAATTATCTTCGACACTCCCAACAATCCAGAGTCTGTTGAACAGGTTGTTGATGAGGAA 2464
|||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2281 CCAATTATCTTCGATGCTCCTAACAATCCAGACTCTGTTGAACAGGTTGTCGTTGAGGAA 2340
Query 2465 TCTAAGAATATGGACCTCCTCGACTCTCAGCTCAGTGATGATGATGGCAGAGAGAGAAGC 2524
|||||||| |||| || || |||||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||
Sbjct 2341 ACTAAGAATGTGGATCTTCTTGACTCTGAGCTCAGTGATGATG--G-CAGAGAGAAAAGC 2397
Query 2525 TGA 2527
|||
Sbjct 2398 TGA 2400
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108709559230
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5