BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: halleri_transcript_ahg.fa
           32,672 sequences; 38,939,717 total letters



Query= AT1G30000.1

Length=2344
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  Ahg922050 jgi|Araly1|922050|scaffold_103331.1                       3169    0.0  


> Ahg922050 jgi|Araly1|922050|scaffold_103331.1
Length=1914

 Score = 3169 bits (1716),  Expect = 0.0
 Identities = 1852/1918 (97%), Gaps = 7/1918 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  126   AATTAGAACGGGGGGATCTGAGCATGTCGAAATCTCTACCATATTCAGTTAAAGATATTC  185
             |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1     AATTAG-AC-GGAGGATCTGAGCATGTCGAAATCTCTACCATATTCAGTTAAAGATATTC  58

Query  186   ATTACGACAATGCCAAGTTCAGACATCGATCTCCTTTAAAGGTTTTTTCTCAAAGCTTGC  245
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct  59    ATTACGACAATGCCAAGTTCAGACATCGATCTCCTTTGAAGGTTTTTTCTCAAAGCTTGC  118

Query  246   TTACTCTTAGTACAAAACGCAACTACGCTAGCTGTAGCACGGGGAAGTTCCTTATATTAA  305
             |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct  119   TTACTCTTAGTACAAAACGCAACTACGCCAGCTGTAGCACAGGGAAGTTCCTAATATTAA  178

Query  306   TACTGTTCTTTGGAGTAGCATGTCTAATGCTGATGAGTAAGAGTCCAAATGAATCTGGTC  365
             ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct  179   TACTGTTCTTTGGAGTAGCATGTCTAATGCTTATGAGTAAGAGTCCGAATGAATCTGTTC  238

Query  366   TTAATGAGAAAGGAAAGGTCACTTTTGTTGGGGGACTTAGGCTAGGGGGACTTTTGAGAA  425
             ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct  239   TTAATGAAAAAGGAAAGGTTACTTTTGTTGGGGGACTTAGGCTAGGGAGACTCTTGAGAA  298

Query  426   AGCCACCTAGGCTTCCACCTCGTTTATCACCTGACGAAGGACAATTAAGAGGAAGTTCCA  485
             |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct  299   AGCCACCTAGGCTTCCTCCTCGTTTATCACCTGACGAAGGACAATTAAGAGGTAGTTCCA  358

Query  486   CTAATGGCTCAACTATTTCAAATT-CTGACCCAAAATGGGCAGCTAGGCAGCAAAGTGTA  544
             |||||||||| ||  ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| 
Sbjct  359   CTAATGGCTCTACGGTTTCAAATTAC-GACCCAAAATGGGCAGCCAGGCAGCAAAGTGTG  417

Query  545   AAAGAGGCTTTTGACCATGCATGGTCTGGCTATAGAAAGTACGCCATGGGTTATGACGAG  604
             || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  418   AAGGAGGCTTTTGACCATGCATGGTCTGGCTATAGAAAGTACGCCATGGGTTATGACGAG  477

Query  605   CTAATGCCTATTAGCCAGAAAGGTGTGGATGGTTTAGGAGGATTAGGTGCCACTGTTGTG  664
             || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct  478   CTTATGCCTATTAGCCAGAAAGGTGTGGATGGCTTAGGAGGACTGGGTGCCACTGTTGTG  537

Query  665   GATGCTCTTGATACAGCCATGATAATGGGTCTTGATAATATCGTCTCTGAAGCAGGATCA  724
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  538   GATGCTCTTGATACAGCCATGATAATGGGTCTTGATAATATCGTCTCTGAAGCAGGATCA  597

Query  725   TGGGTTGAGACTCATCTCTTGGAGAGAATCAGTCAAAAAGGTCAAGTTAATTTGTTTGAA  784
             ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  598   TGGGTTGAGACTCATCTCTTGGAGAGAATCATTCAAAAAGGTCAAGTTAATTTGTTTGAA  657

Query  785   ACTACAATACGTGTCTTAGGTGGGCTTCTAAGTGCATACCATTTGAGTGGAGGAGAGCAG  844
             ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct  658   ACTACAATACGTGTCTTGGGTGGGCTTCTAAGTGCATACCATCTGAGTGGAGGAGAGCAG  717

Query  845   GGTACGGTGAACATGACCCATGTTGGACCGAAACCAGTCATCTATCTAAATATTGCTAAG  904
             |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  718   GGTACGATGAACATGACCCATAATGGACCGAAACCAGTTATCTATCTAAATATTGCTAAG  777

Query  905   GATTTGGCTGACCGTCTACTTTCGGCTTTTACCTCCAGCCCTACTCCAGTTCCCTTTTGT  964
             |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  778   GATTTGGCTGACCGGCTACTTTCAGCTTTTACCTCCAGCCCTACTCCAGTTCCCTTTTGT  837

Query  965   GATGTCATATTGCATGAATCGACTGCTCATCCAGCTCCAGGAGGAGCGAGCAGTACAGCA  1024
             ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  838   GATGTGATATTGCATGAATCGACCGCTCATCCAGCTCCAGGAGGAGCGAGCAGTACAGCA  897

Query  1025  GAAGTTGCCTCTGTACAGCTTGAATTTAACTACCTCAGTTCTATTTCTGGTGATCCAAAG  1084
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct  898   GAAGTTGCCTCTGTACAGCTTGAATTTAACTACCTCAGTGCTATTTCTGGTGATCCAAAG  957

Query  1085  TATAGTACAGAGGCCATGAAGGTCTTAGCTCATATAAAAACACTTCCAAAGACAGAAGGT  1144
             ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  958   TATAGTACAGAAGCCATGAAGGTCTTAGCTCATATAAAAACTCTTCCAAAGACAGAAGGT  1017

Query  1145  CTTGTTCCAATCTATATCAGCCCTCAAACAGGTGACTTTGTTGGTGAGAATATCAGGTTG  1204
             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1018  CTTGTTCCAATCTACATCAGCCCTCAAACAGGTGACTTTGTTGGTGAGAATATCAGGTTG  1077

Query  1205  GGATCTCGTGGTGATAGCTACTATGAGTATTTAATTAAGGTGTGGCTTCAGCAAGGAGCT  1264
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  1078  GGATCTCGTGGTGATAGCTACTATGAGTATTTAATTAAGGTGTGGCTTCAGCAAGGAGCC  1137

Query  1265  AAGTTGAATAGTAATTTCACATATTTGCATGATATGTACATTGAGGCAATGAAAGGAGTC  1324
             |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1138  AAGTTGAACAGTAATTTCACATATTTGCATGATATGTACATTGAGGCAATGAAAGGAGTC  1197

Query  1325  AGGCATTTGCTTGTGCAAAATTCAATTCCAAAAGGTCTGGTCTTTGTAGGGGAGTTACCT  1384
             ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1198  AGGCATTTGCTTGTGCGCAATTCAATTCCAAAAGGTCTGGTCTTTGTAGGGGAGTTACCT  1257

Query  1385  TACGGGTCTAAGGGAGAATTCAGTCCAAAAATGGATCATTTGGTATGCTTCTTGCCTGGT  1444
             |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct  1258  TACGGGTCTAAGGGAGAATTCAGTCCCAAAATGGATCATCTGGTATGCTTCTTGCCTGGT  1317

Query  1445  ACTCTTGCTCTCGGTGCTACCAAGGGCCTCACAAAGGAACAAGCCCTGAAGGAAAATCTT  1504
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1318  ACTCTTGCTCTCGGTGCTACCAAGGGCCTCACAAAGGAACAAGCCCTGAAGGAAAATCTT  1377

Query  1505  TTGTCCTTTGAGGACCTAGAAAATCTGAAACTTGCAGAAGATTTAGCGAAAACATGCTTT  1564
             || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  1378  TTATCCTTTGAGGACCTAGAAAATCTGAAACTTGCGGAAGATTTAGCAAAAACATGCTTT  1437

Query  1565  GAGATGTATGAAGTAACTGCCACTGGCCTTGCTCCAGAAATTGCTTACTTTCACACAAAG  1624
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1438  GAGATGTATGAAGTAACTGCCACTGGCCTTGCTCCAGAAATTGCTTACTTTCACACAAAG  1497

Query  1625  GATTACACTGAGGATGGTCTTGATGGTGGGAATAAGAGTTCTATGTATGCAAATGACATA  1684
             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  1498  GATTACTCTGAGGATGGTCTTGATGGTGGGAATAAGAGTTCAATGTATGCAAATGACATA  1557

Query  1685  ATCATTAAGCCCGCTGATCGACATAATCTACTGCGCCCTGAAACTGTTGAATCACTCTTT  1744
             ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  1558  ATCATAAAGCCCGCTGATCGACATAATCTACTGCGCCCCGAAACTGTTGAATCACTCTTT  1617

Query  1745  GTCCTCTATCGTATCACAAAAGATACAAAATACCGAGATCAAGGTTGGCAAATTTTTGAA  1804
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct  1618  GTCCTCTATCGTATCACAAAAGATACAAAATACCGAGATCAAGGTTGGCAAATCTTTGAA  1677

Query  1805  GCTTTTGAAAAGTACACAAAGGTGAAATCAGGTGGATACACATCATTGGATGATGTAACA  1864
             || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1678  GCATTTGAGAAGTACACGAAGGTGAAATCAGGTGGATACACATCATTGGATGATGTAACA  1737

Query  1865  GAAGTGCCTCCTCATAGAAGAGATAAGATGGAGACATTTTTCCTTGGTGAAACATTGAAG  1924
             ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1738  GAAGTGCCTCCTCATAGGAGAGATAAGATGGAGACATTTTTCCTTGGTGAAACATTGAAG  1797

Query  1925  TACTTATACTTGCTCTTTGGAGATGACTCAGTGATACCATTGGATAAGTTTGTTTTCAAC  1984
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1798  TACTTATACTTGCTCTTTGGAGATGACTCAGTGATACCATTGGATAAGTTTGTTTTCAAC  1857

Query  1985  ACTGAAGCTCATCCATTACCAATAAGAAGAAACACCTGAAGGCTTAGTTTTGAAGACT  2042
             ||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct  1858  ACTGAAGCTCATCCATTGCCAATAAGAA-A--CACCTGAAGGATTAGTTTTGAAGACT  1912



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 88293187910


  Database: halleri_transcript_ahg.fa
    Posted date:  Sep 25, 2014  2:02 AM
  Number of letters in database: 38,939,717
  Number of sequences in database:  32,672



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5