BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G30000.1
Length=2344
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg922050 jgi|Araly1|922050|scaffold_103331.1 3169 0.0
> Ahg922050 jgi|Araly1|922050|scaffold_103331.1
Length=1914
Score = 3169 bits (1716), Expect = 0.0
Identities = 1852/1918 (97%), Gaps = 7/1918 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 126 AATTAGAACGGGGGGATCTGAGCATGTCGAAATCTCTACCATATTCAGTTAAAGATATTC 185
|||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AATTAG-AC-GGAGGATCTGAGCATGTCGAAATCTCTACCATATTCAGTTAAAGATATTC 58
Query 186 ATTACGACAATGCCAAGTTCAGACATCGATCTCCTTTAAAGGTTTTTTCTCAAAGCTTGC 245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 ATTACGACAATGCCAAGTTCAGACATCGATCTCCTTTGAAGGTTTTTTCTCAAAGCTTGC 118
Query 246 TTACTCTTAGTACAAAACGCAACTACGCTAGCTGTAGCACGGGGAAGTTCCTTATATTAA 305
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 119 TTACTCTTAGTACAAAACGCAACTACGCCAGCTGTAGCACAGGGAAGTTCCTAATATTAA 178
Query 306 TACTGTTCTTTGGAGTAGCATGTCTAATGCTGATGAGTAAGAGTCCAAATGAATCTGGTC 365
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 179 TACTGTTCTTTGGAGTAGCATGTCTAATGCTTATGAGTAAGAGTCCGAATGAATCTGTTC 238
Query 366 TTAATGAGAAAGGAAAGGTCACTTTTGTTGGGGGACTTAGGCTAGGGGGACTTTTGAGAA 425
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 239 TTAATGAAAAAGGAAAGGTTACTTTTGTTGGGGGACTTAGGCTAGGGAGACTCTTGAGAA 298
Query 426 AGCCACCTAGGCTTCCACCTCGTTTATCACCTGACGAAGGACAATTAAGAGGAAGTTCCA 485
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 299 AGCCACCTAGGCTTCCTCCTCGTTTATCACCTGACGAAGGACAATTAAGAGGTAGTTCCA 358
Query 486 CTAATGGCTCAACTATTTCAAATT-CTGACCCAAAATGGGCAGCTAGGCAGCAAAGTGTA 544
|||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 359 CTAATGGCTCTACGGTTTCAAATTAC-GACCCAAAATGGGCAGCCAGGCAGCAAAGTGTG 417
Query 545 AAAGAGGCTTTTGACCATGCATGGTCTGGCTATAGAAAGTACGCCATGGGTTATGACGAG 604
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 AAGGAGGCTTTTGACCATGCATGGTCTGGCTATAGAAAGTACGCCATGGGTTATGACGAG 477
Query 605 CTAATGCCTATTAGCCAGAAAGGTGTGGATGGTTTAGGAGGATTAGGTGCCACTGTTGTG 664
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 478 CTTATGCCTATTAGCCAGAAAGGTGTGGATGGCTTAGGAGGACTGGGTGCCACTGTTGTG 537
Query 665 GATGCTCTTGATACAGCCATGATAATGGGTCTTGATAATATCGTCTCTGAAGCAGGATCA 724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GATGCTCTTGATACAGCCATGATAATGGGTCTTGATAATATCGTCTCTGAAGCAGGATCA 597
Query 725 TGGGTTGAGACTCATCTCTTGGAGAGAATCAGTCAAAAAGGTCAAGTTAATTTGTTTGAA 784
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TGGGTTGAGACTCATCTCTTGGAGAGAATCATTCAAAAAGGTCAAGTTAATTTGTTTGAA 657
Query 785 ACTACAATACGTGTCTTAGGTGGGCTTCTAAGTGCATACCATTTGAGTGGAGGAGAGCAG 844
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 658 ACTACAATACGTGTCTTGGGTGGGCTTCTAAGTGCATACCATCTGAGTGGAGGAGAGCAG 717
Query 845 GGTACGGTGAACATGACCCATGTTGGACCGAAACCAGTCATCTATCTAAATATTGCTAAG 904
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GGTACGATGAACATGACCCATAATGGACCGAAACCAGTTATCTATCTAAATATTGCTAAG 777
Query 905 GATTTGGCTGACCGTCTACTTTCGGCTTTTACCTCCAGCCCTACTCCAGTTCCCTTTTGT 964
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GATTTGGCTGACCGGCTACTTTCAGCTTTTACCTCCAGCCCTACTCCAGTTCCCTTTTGT 837
Query 965 GATGTCATATTGCATGAATCGACTGCTCATCCAGCTCCAGGAGGAGCGAGCAGTACAGCA 1024
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GATGTGATATTGCATGAATCGACCGCTCATCCAGCTCCAGGAGGAGCGAGCAGTACAGCA 897
Query 1025 GAAGTTGCCTCTGTACAGCTTGAATTTAACTACCTCAGTTCTATTTCTGGTGATCCAAAG 1084
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 898 GAAGTTGCCTCTGTACAGCTTGAATTTAACTACCTCAGTGCTATTTCTGGTGATCCAAAG 957
Query 1085 TATAGTACAGAGGCCATGAAGGTCTTAGCTCATATAAAAACACTTCCAAAGACAGAAGGT 1144
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 958 TATAGTACAGAAGCCATGAAGGTCTTAGCTCATATAAAAACTCTTCCAAAGACAGAAGGT 1017
Query 1145 CTTGTTCCAATCTATATCAGCCCTCAAACAGGTGACTTTGTTGGTGAGAATATCAGGTTG 1204
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 CTTGTTCCAATCTACATCAGCCCTCAAACAGGTGACTTTGTTGGTGAGAATATCAGGTTG 1077
Query 1205 GGATCTCGTGGTGATAGCTACTATGAGTATTTAATTAAGGTGTGGCTTCAGCAAGGAGCT 1264
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GGATCTCGTGGTGATAGCTACTATGAGTATTTAATTAAGGTGTGGCTTCAGCAAGGAGCC 1137
Query 1265 AAGTTGAATAGTAATTTCACATATTTGCATGATATGTACATTGAGGCAATGAAAGGAGTC 1324
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 AAGTTGAACAGTAATTTCACATATTTGCATGATATGTACATTGAGGCAATGAAAGGAGTC 1197
Query 1325 AGGCATTTGCTTGTGCAAAATTCAATTCCAAAAGGTCTGGTCTTTGTAGGGGAGTTACCT 1384
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 AGGCATTTGCTTGTGCGCAATTCAATTCCAAAAGGTCTGGTCTTTGTAGGGGAGTTACCT 1257
Query 1385 TACGGGTCTAAGGGAGAATTCAGTCCAAAAATGGATCATTTGGTATGCTTCTTGCCTGGT 1444
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TACGGGTCTAAGGGAGAATTCAGTCCCAAAATGGATCATCTGGTATGCTTCTTGCCTGGT 1317
Query 1445 ACTCTTGCTCTCGGTGCTACCAAGGGCCTCACAAAGGAACAAGCCCTGAAGGAAAATCTT 1504
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 ACTCTTGCTCTCGGTGCTACCAAGGGCCTCACAAAGGAACAAGCCCTGAAGGAAAATCTT 1377
Query 1505 TTGTCCTTTGAGGACCTAGAAAATCTGAAACTTGCAGAAGATTTAGCGAAAACATGCTTT 1564
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1378 TTATCCTTTGAGGACCTAGAAAATCTGAAACTTGCGGAAGATTTAGCAAAAACATGCTTT 1437
Query 1565 GAGATGTATGAAGTAACTGCCACTGGCCTTGCTCCAGAAATTGCTTACTTTCACACAAAG 1624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 GAGATGTATGAAGTAACTGCCACTGGCCTTGCTCCAGAAATTGCTTACTTTCACACAAAG 1497
Query 1625 GATTACACTGAGGATGGTCTTGATGGTGGGAATAAGAGTTCTATGTATGCAAATGACATA 1684
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GATTACTCTGAGGATGGTCTTGATGGTGGGAATAAGAGTTCAATGTATGCAAATGACATA 1557
Query 1685 ATCATTAAGCCCGCTGATCGACATAATCTACTGCGCCCTGAAACTGTTGAATCACTCTTT 1744
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 ATCATAAAGCCCGCTGATCGACATAATCTACTGCGCCCCGAAACTGTTGAATCACTCTTT 1617
Query 1745 GTCCTCTATCGTATCACAAAAGATACAAAATACCGAGATCAAGGTTGGCAAATTTTTGAA 1804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1618 GTCCTCTATCGTATCACAAAAGATACAAAATACCGAGATCAAGGTTGGCAAATCTTTGAA 1677
Query 1805 GCTTTTGAAAAGTACACAAAGGTGAAATCAGGTGGATACACATCATTGGATGATGTAACA 1864
|| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 GCATTTGAGAAGTACACGAAGGTGAAATCAGGTGGATACACATCATTGGATGATGTAACA 1737
Query 1865 GAAGTGCCTCCTCATAGAAGAGATAAGATGGAGACATTTTTCCTTGGTGAAACATTGAAG 1924
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 GAAGTGCCTCCTCATAGGAGAGATAAGATGGAGACATTTTTCCTTGGTGAAACATTGAAG 1797
Query 1925 TACTTATACTTGCTCTTTGGAGATGACTCAGTGATACCATTGGATAAGTTTGTTTTCAAC 1984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 TACTTATACTTGCTCTTTGGAGATGACTCAGTGATACCATTGGATAAGTTTGTTTTCAAC 1857
Query 1985 ACTGAAGCTCATCCATTACCAATAAGAAGAAACACCTGAAGGCTTAGTTTTGAAGACT 2042
||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1858 ACTGAAGCTCATCCATTGCCAATAAGAA-A--CACCTGAAGGATTAGTTTTGAAGACT 1912
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88293187910
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5