BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G30330.2 Length=3827 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg473256 jgi|Araly1|473256|fgenesh2_kg.1__3210__AT1G30330.2 3134 0.0 > Ahg473256 jgi|Araly1|473256|fgenesh2_kg.1__3210__AT1G30330.2 Length=2977 Score = 3134 bits (1697), Expect = 0.0 Identities = 1892/1986 (95%), Gaps = 14/1986 (1%) Strand=Plus/Plus Query 717 ATGAGATTATCTTCAGCTGGGTTTAATCCTCAACCTCATGAAGTTACAGGAGAGAAAAGA 776 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGAGATTATCTTCAGCTGGGTTTAATCCTCAACCTCATGAAGTTACAGGAGAGAAAAGA 60 Query 777 GTTCTTAATTCTGAGCTCTGGCATGCTTGTGCTGGTCCTCTTGTCTCACTACCTCCTGTT 836 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GTTCTTAATTCTGAGCTCTGGCATGCTTGTGCTGGTCCTCTTGTCTCACTACCTCCTGTT 120 Query 837 GGAAGCAGAGTTGTGTATTTTCCTCAAGGTCACAGTGAACAGGTTGCTGCTTCGACCAAC 896 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 121 GGAAGCAGAGTTGTGTATTTCCCTCAAGGTCACAGTGAACAGGTTGCTGCTTCGACTAAC 180 Query 897 AAAGAAGTAGATGCTCATATACCAAATTATCCGAGCTTGCATCCGCAGCTTATCTGTCAG 956 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 AAAGAAGTAGATGCTCATATACCAAATTACCCGAGTTTGCATCCGCAGCTTATCTGTCAG 240 Query 957 CTTCATAATGTTACAATGCATGCTGATGTGGAGACTGATGAAGTCTATGCACAGATGACT 1016 ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 CTTCACAATGTCACAATGCATGCTGATGTGGAGACTGATGAAGTCTATGCACAGATGACT 300 Query 1017 TTGCAACCGTTGAATGCGCAAGAGCAAAAAGATCCTTACCTTCCCGCGGAATTAGGTGTC 1076 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||| Sbjct 301 TTGCAACCGTTGAATGCGCAAGAGCAAAAAGATCCCTACCTTCCGGCAGAATTAGGTGTC 360 Query 1077 CCAAGTAGACAGCCTACAAACTATTTCTGTAAAACTCTGACTGCTAGTGATACAAGCACT 1136 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CCGAGTAGACAGCCTACAAACTATTTCTGTAAAACTCTGACTGCTAGTGATACAAGCACT 420 Query 1137 CACGGAGGTTTTTCTGTACCTCGCCGAGCTGCTGAGAAAGTTTTCCCTCCCTTGGATTAC 1196 || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 421 CATGGAGGTTTCTCTGTACCTCGTCGAGCTGCTGAGAAAGTTTTCCCTCCCTTGGACTAC 480 Query 1197 TCGCAGCAGCCACCAGCTCAAGAGTTAATGGCGAGGGATCTGCATGATAATGAATGGAAG 1256 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 TCGCAGCAGCCTCCAGCTCAAGAGTTAATGGCGAGGGATCTGCATGATAATGAATGGAAG 540 Query 1257 TTCAGGCATATTTTCCGAGGCCAACCAAAGAGACATCTCCTTACCACGGGTTGGAGCGTA 1316 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 541 TTCAGGCATATTTTCCGAGGCCAACCAAAGAGACATCTCCTTACTACGGGTTGGAGCGTA 600 Query 1317 TTTGTGAGTGCTAAAAGGCTTGTTGCTGGTGACTCTGTTCTTTTCATCTGGAACGATAAG 1376 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 TTCGTGAGTGCTAAAAGGCTTGTTGCCGGTGACTCTGTTCTTTTCATCTGGAACGATAAG 660 Query 1377 AATCAATTACTTCTTGGTATAAGACGAGCCAACCGACCACAAACTGTCATGCCTTCATCT 1436 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 661 AATCAATTACTTCTTGGTATAAGACGAGCCAACCGACCGCAAACTGTCATGCCTTCCTCT 720 Query 1437 GTTTTGTCAAGTGACAGTATGCATTTAGGCCTTCTTGCTGCAGCAGCTCATGCTGCCGCT 1496 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 721 GTTCTGTCAAGTGACAGTATGCATTTAGGCCTTCTCGCTGCAGCAGCTCATGCTGCCGCC 780 Query 1497 ACAAACAGCCGATTCACCATCTTCTATAACCCGAGGGCGAGTCCATCAGAGTTTGTTATA 1556 || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 781 ACTAACAGCCGATTCACCATATTCTATAACCCGAGGGCGAGTCCATCAGAGTTCGTTATA 840 Query 1557 CCCCTGGCTAAGTATGTGAAAGCGGTTTATCACACTCGCGTCTCTGTTGGTATGCGGTTT 1616 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 841 CCCCTGGCTAAGTATGTGAAAGCTGTTTATCACACTCGCGTCTCTGTTGGCATGCGGTTT 900 Query 1617 AGGATGCTGTTTGAAACTGAAGAATCTAGTGTTCGTCGGTACATGGGTACAATAACTGGC 1676 ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 901 AGGATGCTGTTTGAAACCGAAGAATCAAGTGTTCGTCGGTACATGGGTACAATAACTGGC 960 Query 1677 ATTTGTGATCTAGATCCTACTCGTTGGGCTAATTCGCATTGGCGATCTGTCAAGGTTGGG 1736 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 961 ATTTGTGATCTAGATCCTACTCGTTGGGCTAATTCGCATTGGCGGTCTGTCAAGGTTGGG 1020 Query 1737 TGGGACGAATCTACTGCAGGAGAGAGACAGCCAAGGGTTTCATTGTGGGAGATTGAGCCT 1796 |||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1021 TGGGACGAGTCTACTGCAGGAGAGAGGCAACCGAGGGTTTCCTTGTGGGAGATTGAGCCT 1080 Query 1797 TTAACAACATTCCCTATGTATCCATCTCCTTTTCCTCTCAGGCTTAAACGGCCGTGGCCT 1856 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 1081 TTAACAACATTCCCTATGTATCCATCTCCTTTTCCTCTCAGGCTGAAACGTCCGTGGCCT 1140 Query 1857 CCTGGTCTCCCATCTTTCCATGGCCTTAAAGAAGATGATATGGGTATGAGTATGAGTTCA 1916 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1141 CCTGGTCTCCCATCTTTCCATGGCCTTAAAGAAGATGACATGGGTATGAGTATGAGTTCG 1200 Query 1917 CCGCTTATGTGGGATCGAGGACTCCAATCTCTAAACTTTCAAGGTATGGGAGTAAACCCG 1976 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1201 CCGCTTATGTGGGATCGAGGACTCCAGTCTCTAAACTTTCAAGGTATGGGAGGAAACCCG 1260 Query 1977 TGGATGCAGCCGAGACTTGATACGTCGGGCTTGCTTGGTATGCAAAATGATGTGTACCAA 2036 ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1261 TGGATGCAGCCAAGACTTGATTCTTCGGGTTTGCTTGGTATGCAAAACGATGTGTACCAA 1320 Query 2037 GCAATGGCTGCAGCTGCCCTTCAAGACATGAGAGGCATTGATCCTGCAAAAGCTGCTGCT 2096 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1321 GCAATGGCTGCAGCTGCCCTTCAAGACATGAGAGGCATTGATCCCGCAAAAGCTGCTGCT 1380 Query 2097 TCACTTCTTCAGTTCCAAAATTCGCCGGGGTTCTCAATGCAATCTCCGTCCTTAGTgcag 2156 ||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1381 TCACTTCTTCAGTTCCAAAATTCTTCAGGATTCTCAATGCAATCTCCGTCCTTAGTGCAG 1440 Query 2157 ccgcagatgctgcagcagcaactctctcagcagcagcaacaact-ctctcagcagcagca 2215 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||| Sbjct 1441 CCGCAAATGCTGCAGCAGCAACTCTCTCAGCAGCAGCAGCAACAACTCTCT-CAGCAGCA 1499 Query 2216 gcagcagcaacagctctcc-caacagcagcagcaacagc---tctctcaacagcagcagc 2271 |||||| | | ||||| || ||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| Sbjct 1500 GCAGCA--A-CT-CTCTCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACTCTCTCAGCAGCAGCAGC 1555 Query 2272 agca---gctctctcaacagcagcagcaacaactctctcagcagcagcagcaacagGCGT 2328 | || ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || | Sbjct 1556 AACAACAGCTCTCTCAGCAGCAGCAACAACAGCTCTCTCAGCAGCAGCAGCAACATGCAT 1615 Query 2329 ATCTTGGCGTTCCTGAAACCCACCAGCCTCAGTCTCAGGCTCAATCACAGTCAAACAATC 2388 |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 ATCTCAGCGTTCCTGAAACCCACCAGCCTCAATCTCAGGCTCAATCACAGTCAAACAATC 1675 Query 2389 ATCTTTCTCAGCAGCAGCAGCAAGTAGTGGATAATCATAATCCGTCTGCGTCCAGTGCTG 2448 ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1676 ATCTTTCTCAGCAGCAGCAGCAAGTAGAGAATAATCACAATCCGTCTGCGTCCAGTGCTG 1735 Query 2449 CTGTTGTTTCCGCTATGTCTCAATTTGGTTCTGCTTCTCAGCCCAACACGTCACCACTCC 2508 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1736 CTGTTGTTTCCGCTATGTCTCAATTTGGTTCTGCTTCTCAGTCCAACACGTCACCACTCC 1795 Query 2509 AGTCCATGACCTCTCTGTGTCATCAGCAAAGCTTCTCCGATACCAACGGAGGAAACAATC 2568 |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1796 AGTCCATGACTTCTCTGTGTCATCAACAAAGCTTCTCCGACACCAACGGAGGAAACAATC 1855 Query 2569 CTATTTCTCCACTTCACACTCTTCTCAGTAACTTCTCTCAAGACGAATCTTCTCAACTGC 2628 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1856 CTATTTCTCCGCTTCACACTCTTCTCAGTAACTTCTCTCAAGACGAGTCTTCTCAACTGC 1915 Query 2629 TCCACCTCACTAGAACAAACTCTGCAATGACTTCATCCGGTTGGCCATCAAAGCGTCCTG 2688 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1916 TCAACCTCACTAGAACAAACTCTGCAATGACTTCATCCGGTTGGCCATCAAAGCGTCCTG 1975 Query 2689 CA-GTT 2693 || ||| Sbjct 1976 CATGTT 1981 Score = 1659 bits (898), Expect = 0.0 Identities = 965/996 (97%), Gaps = 9/996 (1%) Strand=Plus/Plus Query 2832 ATCGAGCAAGAAGGAAGCGCCTCAGACCCGCATAGCCATCTTCTCTTTGGAGTCAATATA 2891 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1984 ATCGAGCAAGAAGGAAGCGCCTCAGACCCGCATAGCCATCTTCTCTTTGGAGTCAACATA 2043 Query 2892 GATTCATCTTCTCTTTTGATGCCGAACGGAATGTCAAACCTTAGAAGCATTGGTATTGAA 2951 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2044 GATTCATCTTCTCTTTTGATGCCGAACGGAATGTCAAACCTTAGAAGCATTGGCATTGAA 2103 Query 2952 GGTGGTGACTCCACGACTTTACCCTTCACATCATCTAATTTCAACAATGATTTCTCGGGT 3011 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2104 GGTGGTGACTCCACGACTTTACCCTTCACATCATCTAATTTCAACAACGATTTCTCGGGT 2163 Query 3012 AATCTTGCAATGACAACACCTTCTAGTTGCATAGATGAATCGGGTTTTCTACAATCCTCA 3071 ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2164 AATCTTGCAATGACAACGCCTTCTAGTTGTATAGATGAATCGGGTTTTCTACAATCCTCA 2223 Query 3072 GAAAACCTCGGTTCCGAGAACCCACAATCTAACACCTTTGTGAAGGTGTACAAGTCAGGG 3131 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2224 GAAAACCTCGGTTCCGAGAACCCACAATCTAACACCTTTGTGAAGGTGTACAAGTCAGGG 2283 Query 3132 TCTTTTGGAAGATCGTTAGATATATCAAAGTTTAGCAGCTACCACGAGCTGCGAAGCGAG 3191 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2284 TCTTTTGGAAGATCGTTAGATATATCAAAATTTAGCAGCTACCACGAGCTGCGAAGCGAG 2343 Query 3192 CTTGCTCGCATGTTTGGCCTCGAAGGCCAATTAGAAGACCCTGTGAGATCAGGCTGGCAG 3251 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2344 CTTGCTCGCATGTTTGGCCTTGAAGGCCAATTAGAAGACCCTGTGAGATCAGGCTGGCAG 2403 Query 3252 CTTGTATTTGTTGACCGAGAGAACGACGTTCTTCTCCTCGGCGATGACCCTTGGCCGGAG 3311 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2404 CTTGTATTTGTTGACCGAGAGAACGACGTTCTTCTCCTCGGCGATGACCCTTGGCCGGCG 2463 Query 3312 TTTGTGAGCAGCGTGTGGTGCATTAAGATACTGTCACCACAAGAAGTGCAACAAATGGGA 3371 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2464 TTTGTGAGCAGCGTGTGGTGCATTAAGATACTGTCACCACAAGAAGTGCAGCAAATGGGT 2523 Query 3372 AAAAGAGGCCTTGAGCTTCTCAACTCCGCGCCATCTTCCAACAATGTCGATAAGCTCCCG 3431 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2524 AAAAGAGGCCTTGAGCTTCTCAATTCCGCGCCATCTTCCAACAATGTCGATAAGCTCCCG 2583 Query 3432 AGCAACGGGAACTGTGACGACTTTGGGAACCGGTCAGACCCGAGGAATCTCGGTAACGGT 3491 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2584 AGCAACGGGAACTGTGATGACTTTGGGAACCGGTCAGACCCGAGGAATCTCGGTAACGGT 2643 Query 3492 ATCGCATCAGTTGGGGGTTCATTCAACTACTAGAAGTAGATGGAAACCTCCC-TTTTTAT 3550 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| Sbjct 2644 ATCGCATCAGTTGGGGGTTCGTTCAACTACTAGAAGTAGAAGGAAACC-CCCATTTTTAT 2702 Query 3551 TCAAGTTAAGTTTCAATCTTATAAATTAGTAGTGAGATCATCTTAGTTTAATTACTAGCA 3610 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2703 TCAAGTTAAGTTTCAATCTTATAAATTAGTAGTGAGATCCTCTTAGTTTAATTACTAGCA 2762 Query 3611 AAAATCTCTCTTTATTACTTAT-AAAAAAGGG-AGATTTGCCTTTGCCTTTGATGGAAAC 3668 ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| Sbjct 2763 AAA-TCTCTCTTTATTACTTATTAAAAAAGGGGAGATATGCCTTTGCCTTTG-TGGAAAC 2820 Query 3669 AAAAA-CTATATAATCCCTCTGTCGACTCGTAATACTGTAATTATAAGATCTTTTGGTCT 3727 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2821 AAAAAACTATATAATCCCTCTGTCGACTCGTAATACTGTAATTATAAGATCTTTTGGTCT 2880 Query 3728 TTTTCTTATATGAATATTTTT-ACTGAACTCT-ATATATGTCACTTTCCTTACTCATTTC 3785 ||||||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||| |||| ||||||| ||| Sbjct 2881 TTTTCTTATATGAATATTTTTTACTCAACTTTTATATATGTCATTTTCTTTACTCACTTC 2940 Query 3786 TTCAATCAATATGATAGTGAAGGGTTATTTTGGAGT 3821 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2941 TTCAATCAATATGATAGTGAAGTGTTATTTTGGAGT 2976 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 144618777400 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5