BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT1G31230.1 Length=2988 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg473611 jgi|Araly1|473611|fgenesh2_kg.1__3565__AT1G31230.1 4846 0.0 > Ahg473611 jgi|Araly1|473611|fgenesh2_kg.1__3565__AT1G31230.1 Length=2970 Score = 4846 bits (2624), Expect = 0.0 Identities = 2869/2986 (96%), Gaps = 22/2986 (1%) Strand=Plus/Plus Query 4 AAAATTTACTGAAATTGCCACTGTTTTCGATTTTGTTGGTTCTCCGATCTCAG-TGGTGT 62 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 1 AAAATTTACTGAAATTGCCACTGTTTTCGAGTTTGTTGGTTCTCCGATCTC-GCCGGTGT 59 Query 63 CTTCTTCTCCGGTAGATAATTCTCGTGTTGAAAATCTCCGGTAGTGTTTGACTGAGTTAC 122 ||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||| |||||| ||| Sbjct 60 CTTCTTCTCCGGTGGAT-A--------TTGAAAACCTCCGGTAGTGTTTTACTGAGCTAC 110 Query 123 GAATATGCCGGTGGTTTCTCTGGCTAAGGTTGTTAC-TTCTCCGGCGGTGGCCGGAGATT 181 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||| Sbjct 111 GAATATGCCGGTGGTTTCTCTGGCTAAGGTTGCTACTTTC-CCGGCGGTGGCTGGAGATT 169 Query 182 TAGCGGTTCGTGTTCCGTTCATTTATGGGAAACGACTAGTGTCGAATCGTGTTTCTTTCG 241 || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| Sbjct 170 TAACGGTTCGTGTTCCGTTCGTTTATGGGAAACGACTCGTGACGAATCGTGTTTCTTTCG 229 Query 242 GGAAATTGAGGCGCCGGAGTTGTATAGGTCAATGCGTAAGAAGCGAATTGCAAAGTCCTC 301 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 230 GGAAATTGAGGCGCCGGAGTTGTATAGGTCATTGCGTAAGAAGCGAATTGCAGAGTCCTC 289 Query 302 GTG-TCTTAGGTTCCGTCACAGATTTAGCGTTGGATAATTCTGTGGAGAATGGTCATCTT 360 ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 290 GTGTTC-TAGGTTCGGTCACAGATTTAGCGTTGGATAATTCTGTGGAGAATGGTCATCTT 348 Query 361 CCCAAAGGAGATTCATGGGCTGTACACAAATTTGGAGGAACTTGTGTGGGAAATTCTGAG 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 349 CCCAAAGGAGATTCATGGGCTGTACACAAATTTGGAGGAACTTGTGTGGGAAATTCTGAG 408 Query 421 AGGATAAAGGATGTTGCTGCTGTTGTTGTTAAGGATGACTCTGAGAGGAAGTTGGTGGTT 480 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 409 AGGATAAAGGATGTTGCTGATGTTGTTGTTAAGGATGACTCTGAGAGCAAGTTGGTGGTT 468 Query 481 GTGTCAGCAATGTCGAAAGTCACTGATATGATGTATGATCTCATTCACAGAGCAGAGTCT 540 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| Sbjct 469 GTGTCAGCAATGGCGAAAGTCACTGATATGATGTATGATCTTATTCACAGAGCACAGTCT 528 Query 541 CGTGATGATTCATATCTGTCTGCTTTGAGTGGTGTTCTTGAAAAGCACCGAGCAACTGCT 600 || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 529 CGGGATGATTCATATCTGTCTGCTTTGAGCGGTGTTCTTGAAAAGCACCGAGCAACGGCT 588 Query 601 GTTGACTTGCTTGATGGAGATGAACTCTCAAGTTTCTTGGCTCGGTTAAATGATGATATA 660 ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 589 GTTGACTTGCTTGATGGAGATGAACTCGCGAGTTTCCTGGCTCGGTTAAATGATGATATA 648 Query 661 AATAATCTCAAAGCAATGCTTCGTGCCATTTACATAGCTGGTCATGCAACCGAATCTTTC 720 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 649 AACAATCTCAAAGCAATGCTTCGTGCCATTTACATAGCTGGTCATGCAACCGAATCTTTC 708 Query 721 TCAGACTTCGTTGTTGGCCACGGAGAGTTGTGGTCTGCTCAGATGTTAGCTGCTGTTGTG 780 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 709 TCAGACTTTGTTGTTGGCCACGGAGAGTTGTGGTCTGCTCAGATGTTAGCTGCTGTTGTG 768 Query 781 AGAAAGAGCGGATTGGACTGCACTTGGATGGATGCAAGGGATGTGCTTGTTGTTATTCCA 840 |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 769 AGAAAGAGTGGATTGGACTGCACATGGATGGATGCAAGGGATGTGCTTGTTGTTAGTCCA 828 Query 841 ACGAGCTCTAATCAAGTTGACCCTGACTTTGTGGAATCAGAAAAAAGACTGGAAAAATGG 900 || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 829 ACAAGCTCTAATCAAGTCGACCCTGACTTTGTGGAATCAGAAAAGAGACTGGAAAAATGG 888 Query 901 TTTACTCAGAACTCGGCAAAGATTATTATAGCAACTGGTTTCATAGCCAGTACACCACAG 960 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 889 TTTACTCAGAACTCGGCAAAGATTATTATAGCAACTGGCTTCATAGCCAGTACACCACAG 948 Query 961 AACATTCCAACGACTCTTAAAAGGGATGGGAGTGACTTCTCTGCAGCTATAATGAGTGCT 1020 ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 949 AACATTCCAACGACTCTCAAGAGGGATGGGAGTGACTTCTCTGCAGCTATAATGGGTGCT 1008 Query 1021 CTGTTTAGATCTCACCAACTCACAATCTGGACAGATGTTGATGGTGTGTACAGTGCAGAT 1080 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1009 CTGTTTAGATCTCACCAACTCACAATCTGGACAGATGTTGATGGTGTGTACAGTGCAGAT 1068 Query 1081 CCCAGGAAAGTTAGTGAAGCTGTTGTGCTGAAGACTCTTTCTTATCAAGAGGCTTGGGAA 1140 || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1069 CCAAGGAAAGTTAGTGAAGCTGTTGTACTGAAGACTCTTTCTTACCAAGAGGCTTGGGAA 1128 Query 1141 ATGTCTTACTTTGGGGCAAACGTTTTACATCCTCGGACCATTATTCCAGTGATGAAATAT 1200 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1129 ATGTCTTACTTTGGGGCAAACGTTTTACATCCTCGGACCATTATTCCAGTGATGAAATAT 1188 Query 1201 GACATTCCAATTGTAATAAGGAATATTTTCAACCTCTCTGCCCCTGGAACAATGATATGC 1260 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1189 GACATCCCAATTGTAATAAGGAATATTTTCAACCTCTCTGCCCCTGGAACAATGATATGT 1248 Query 1261 CGGCAGATTGATGATGAAGATGGAT-TCAAATTAGACGCTCCTGTGAAAGGATTTGCGAC 1319 ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1249 CGGCAGATTGAAGATGAAGATGGATAT-AAATTAGACGCTCCTGTCAAAGGGTTTGCGAC 1307 Query 1320 GATTGACAATTTGGCTCTTGTCAATGTAGAAGGAACTGGAATGGCTGGTGTTCCTGGTAC 1379 ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1308 GATTGACAATTTGGCTCTTGTAAATGTGGAAGGAACTGGAATGGCTGGTGTTCCTGGTAC 1367 Query 1380 TGCCAGTGCCATTTTTTCTGCTGTCAAGGAAGTTGGAGCCAATGTGATTATGATATCGCA 1439 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || Sbjct 1368 TGCCAGTGCCATTTTTTCTGCTGTCAAGGAAGTTGGAGCTAATGTTATTATGATCTCACA 1427 Query 1440 GGCTAGTAGCGAGCATTCTGTGTGCTTTGCTGTACCTGAGAAGGAAGTGAAAGCTGTTTC 1499 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1428 GGCTAGTAGCGAGCATTCTGTGTGCTTTGCTGTACCAGAGAAGGAAGTGAAAGCTGTTTC 1487 Query 1500 TGAAGCATTGAACTCAAGATTTCGTCAAGCTTTGGCTGGTGGCCGCCTTTCCCAGATTGA 1559 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1488 TGAAGCATTGAACTCACGATTTCGTCAAGCTTTGGCTGGTGGCCGCCTTTCCCAGATTGA 1547 Query 1560 AATCATCCCTAATTGTAGCATATTAGCAGCAGTTGGCCAGAAAATGGCGAGCACTCCTGG 1619 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1548 AATCATCCCTAATTGTAGCATATTAGCAGCAGTTGGCCAGAAAATGGCGAGCACTCCTGG 1607 Query 1620 TGTTTCTGCCACtttttttAATGCATTAGCAAAGGCCAATATCAACATCCGTGCTATAGC 1679 |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1608 TGTTTCTGCCACTTTTTTCAATGCGTTAGCAAAGGCCAATATCAACATCCGTGCTATAGC 1667 Query 1680 CCAAGGTTGCTCCGAGTTCAATATTACAGTAGTCGTCAAGCGTGAAGACTGCATCAGGGC 1739 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1668 TCAAGGTTGCTCCGAGTTCAATATTACAGTAGTCGTCAAGCGTGAAGATTGCATTAGGGC 1727 Query 1740 ATTAAGAGCTGTGCACTCAAGATTTTACCTTTCGAGAACCACTTTGGCAGTGGGAATCAT 1799 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1728 ATTAAGAGCTGTGCACTCAAGATTTTACCTTTCGAGAACCACTTTGGCAGTGGGAATTAT 1787 Query 1800 AGGACCGGGATTAATTGGTGGAACCTTACTTGATCAGATTAGAGATCAGGCGGCAGTGCT 1859 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1788 AGGACCGGGATTAATTGGTGGAACCTTACTTGATCAGATTAGAGATCAGGCGGCAGTGCT 1847 Query 1860 CAAAGAAGAATTTAAAATTGACTTGCGTGTTATAGGGATCACGGGCTCAAGTAAAATGTT 1919 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1848 CAAAGAAGAATATAAAATTGACTTGCGTGTTATAGGGATCACAGGCTCAAGTAAAATGTT 1907 Query 1920 GATGAGTGAATCGGGGATTGACTTATCAAGATGGAGAGAGCTTATGAAAGAAGAGGGAGA 1979 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| Sbjct 1908 GATGAGTGAATCGGGGATTGACTTATCAAGATGGAGAAAACTTATGAAAGAAGAAGGAGA 1967 Query 1980 AAAAGCTGACATGGAGAAGTTCACCCAATATGTGAAGGGAAATCATTTCATCCCAAACTC 2039 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1968 AAAAGCTAACATGGAGAAGTTCACCCAATATGTGAAGGGAAATCATTTCATTCCAAACTC 2027 Query 2040 TGTTATGGTTGATTGTACAGCCGATGCTGACATCGCTAGCTGTTACTACGACTGGTTGCT 2099 |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2028 TGTTATGGTTGATTGTACGGCCGATGCTGATATCGCTAGCTGTTACTACGACTGGTTGCT 2087 Query 2100 ACGAGGAATTCATGTGGTCACTCCGAACAAAAAGGCTAACTCTGGACCACTTGATCAGTA 2159 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2088 ACGAGGAATTCATGTGGTCACTCCGAACAAAAAGGCCAACTCTGGACCACTTGATCAGTA 2147 Query 2160 TCTAAAGATCAGAGATCTTCAACGAAAATCGTACACACATTACTTTTATGAAGCCACCGT 2219 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 2148 TCTAAAGATCAGAGATCTTCAAAGAAAATCGTACACACATTACTTTTATGAAGCAACCGT 2207 Query 2220 TGGAGCTGGTCTTCCAATTATTAGCACCTTACGTGGTCTCCTCGAAACAGGGGATAAAAT 2279 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2208 TGGAGCTGGTCTTCCAATTATCAGCACCTTACGTGGTCTCCTCGAAACAGGGGATAAAAT 2267 Query 2280 ACTGCGAATTGAGGGAATTTTCAGTGGTACTTTAAGTTACCTCTTCAACAACTTTGTCGG 2339 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2268 ACTGCGAATTGAGGGAATTTTCAGTGGTACTTTAAGTTACCTCTTCAACAACTTTGTCGG 2327 Query 2340 CACCAGAAGCTTCAGTGAAGTTGTAGCAGAAGCAAAGCAAGCAGGTTTCACAGAACCAGA 2399 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2328 CACCAGAAGCTTCAGTGAAGTTGTAGCAGAAGCAAAGCAAGCAGGTTTCACAGAACCAGA 2387 Query 2400 TCCACGAGATGATCTATCTGGAACAGATGTTGCCAGAAAAGTAACAATCCTTGCCAGAGA 2459 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2388 TCCACGAGATGATCTATCTGGAACAGATGTTGCTAGAAAAGTAACAATCCTTGCCAGAGA 2447 Query 2460 ATCAGGCTTAAAATTGGATCTTGAGGGCCTTCCAGTCCAGAATCTTGTGCCAAAGCCGT- 2518 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2448 ATCAGGCTTGAAATTGGATCTTGAGGGCCTTCCAGTCCAGAATCTTGTGCCAAAGCC-TC 2506 Query 2519 TACAAGCTTGTGCATCAGCAGAAGAGTTCATGGAGAAGCTTCCTCAGTTTGATGAAGAAT 2578 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2507 TACAAGCTTGTGCATCAGCAGAAGAGTTTATGGAGAAGCTACCTCAGTTTGATGAAGAAT 2566 Query 2579 TATCCAAACAAAGAGAAGAGGCTGAAGCAGCAGGAGAAGTCTTGAGATACGTAGGAGTTG 2638 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2567 TATCCAAACAAAGAGAAGAGGCTGAAGCGGCAGGAGAAGTCTTGAGATACGTAGGAGTTG 2626 Query 2639 TAGATGCAGTAGAGAAAAAGGGAACAGTCGAGTTGAAACGGTACAAAAAAGATCATCCGT 2698 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2627 TAGACGCAGTAGAGAAAAAGGGAACAGTCGAGTTGAAACGGTACAAAAAAGATCATCCGT 2686 Query 2699 TTGCTCAGCTATCGGGTGCTGATAACATCATCGCTTTCACAACCAAACGGTACAAAGAAC 2758 |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2687 TTGCTCAGCTCTCGGGCGCTGATAACATCATCGCTTTCACAACCAAACGGTACAAAGATC 2746 Query 2759 AGCCTCTGATTGTTCGTGGACCTGGTGCTGGTGCTCAAGTCACAGCCGGTGGAATCTTCA 2818 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2747 AGCCTCTAATTGTTCGTGGACCTGGTGCTGGTGCTCAAGTTACAGCCGGTGGAATCTTCA 2806 Query 2819 GTGACATTCTTCGCCTTGCTTTCTATCTCGGGGCTCCGTCTTAAAGCACACTCTACATGC 2878 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 2807 GTGACATTCTTCGCCTTGCATTCTATCTCGGGGCTCCGTCTTAAGGCACAATCTACATGC 2866 Query 2879 TAGCATATGTATTTTGGATTTCAGAGATTTTGATTTCT-ATAGATGATACCAAACTTCAA 2937 ||| || |||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||| ||| Sbjct 2867 TAG-ATCTGTAATTTGGATTCCAGAGATTTTGATT-CTTATAGATGAAACCAAACGTCAT 2924 Query 2938 GGTAATAAAACATTCTAGGAAAAAATTGAATAAAGACTGTTGGTAT 2983 |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2925 GGTAATAAAACACTCTAGGAAAAAATTGAATAAAGGCTGTTGGTAT 2970 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 112823305690 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5