BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT1G31730.1
Length=3454
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg922237 jgi|Araly1|922237|scaffold_103518.1 4857 0.0
> Ahg922237 jgi|Araly1|922237|scaffold_103518.1
Length=2965
Score = 4857 bits (2630), Expect = 0.0
Identities = 2862/2974 (96%), Gaps = 15/2974 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 246 TGAGTGAGTGAGAGAGGAAGATGGAGCAGCTAAAGACAATTGGAAGAGAGCTAGCGATGG 305
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGAGAGAGTGAGAGAAGAAGATGGAGCAGCTAAAGACAATTGGAAGAGAGCTAGCGATGG 60
Query 306 GATCACAAGGAGGATTTGGTCAGTCGAAAGAGTTTCTCGATCTGGTCAAATCAATCGGAG 365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GATCACAAGGAGGATTTGGTCAGTCGAAAGAGTTTCTCGATCTGGTCAAATCAATCGGAG 120
Query 366 AAGCACGATCTAAAGCTGAAGAAGATCGGATCGTTCT-AAGCGAGGTCGATATACTAAAA 424
||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 121 AAGCACGATCTAAAGCTGAGGAAGATCGGATCGT-CTTAAGCGAGATCGATATACTAAAA 179
Query 425 CGAAGATTATTAGAGCCAGATATTCCCAAGAGGAAGATGAAAGAGTACATTATACGACTC 484
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CGAAGATTGTTAGAGCCAGATATTCCCAAGAGGAAGATGAAAGAGTACATTATACGACTC 239
Query 485 GTTTACATTGAGATGCTAGGCCACGACGCTTCTTTTGGTTACATTTACGCCGTGAAGATG 544
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 240 GTTTACATAGAGATGCTAGGCCACGACGCTTCTTTTGGTTACATTCACGCCGTGAAGATG 299
Query 545 ACTCACGACGATAATCTTCTTCTCAAGCGTACTGGTTACTTAGCAGTGACGTTGTTTCTC 604
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 300 ACTCACGACGATAATCTTCTTCTCAAGCGTACTGGTTACTTAGCTGTGACGTTGTTTCTC 359
Query 605 AACGAAGATCATGATCTTATTATCCTTATTGTTAACACGATTCAGAAAGATCTTAGATCC 664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 360 AACGAAGATCATGATCTTATTATCCTTATTGTTAACACGATTCAGAAAGATCTCAGATCC 419
Query 665 GATAACTACCTCGTCGTTTGCGCCGCGCTTAATGCGATTTGTAGGTTGATTAATGAGGAG 724
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 420 GATAACTACCTCGTTGTTTGCGCGGCGCTTAATGCGATTTGTAGGTTGATTAATGAAGAG 479
Query 725 ACGATTCCGGCGGTTTTGCCTCAGGTTGTTGAGTTGCTTAATCATCAAAAGGAAGCTGTG 784
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ACGATTCCGGCGGTTTTGCCTCAGGTTGTTGAGTTGCTTAATCATCAAAAGGAAGCTGTC 539
Query 785 AGGAAGAAAGCTATTATGGCTTTGCATAGATTTCATCGCAAATCTCCTTCTTCTGTTTCG 844
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 540 AGGAAGAAAGCTATTATGGCTTTACATAGATTTCATCGCAAGTCTCCTTCTTCGGTTTCG 599
Query 845 CATTTGGTTTCTAATTTCAGAAAGAGGTTATGTGATAATGATCCTGGTGTTATGGGAGCG 904
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 600 CATTTGATTACTAATTTCAGAAAGAGGTTATGTGATAATGATCCTGGAGTTATGGGTGCG 659
Query 905 ACTCTATGTCCGTTGTTTGATCTTATAAGTGAAGATGTTAACTCCTACAAGGATTTGGTT 964
|| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ACGCTTTGTCCGTTGTTTGATCTCATAAGTGAAGATGTTAACTCCTACAAGGATTTGGTT 719
Query 965 AGCAGTTTCGTTAGCATTCTCAAACAGGTCACTGAGAGAAGATTGCCTAAGAGTTATGAT 1024
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 AGCAGTTTCGTTAGCATTCTCAAACAGGTTACTGAGAGAAGATTGCCTAAGAGTTATGAT 779
Query 1025 TATCATCAAATGCCTGCACCTTTTATCCAGATCAAATTGCTGAAGATAATGGCTTTGTTG 1084
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 780 TACCATCAAATGCCTGCACCTTTTATACAGATCAAGTTGCTGAAGATAATGGCTTTGCTG 839
Query 1085 GGTAGTGGTGATAAGAATGCGAGTGATATCATGTCTATGGTGCTTGGAGATTTGTTCAGA 1144
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 GGTAGTGGTGATAAGAATGCGAGTGAAATTATGTCTATGGTGCTTGGAGATTTGTTCAGA 899
Query 1145 AAGTGTGATTCTTCTACCAATATAGGGAATGCGATCCTTTATGAGTGTATTCGCTGTATT 1204
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 900 AAGTGTGATTCCTCTACCAATATAGGGAATGCGATCCTTTATGAGTGTATTCGATGTATT 959
Query 1205 TCTTGTATACTTCCGAATCCCAAGCTTTTAGAAGCTGCTGCTGATGCTATCTCCAAGTTT 1264
|||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TCTTGTATACTTCCAAATCCCAAGCTGTTGGAAGCTGCTGCTGATGCTATCTCCAAGTTT 1019
Query 1265 TTGAAGAGTGATAGTCACAATCTGAAGTACATGGGTATTGATGGTCTTGGTCGATTGATA 1324
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1020 TTGAAGAGTGATAGTCACAATCTGAAGTACATGGGCATTGATGGTCTTGGTCGTTTGATA 1079
Query 1325 AAAATAAGCCCAGACATTGCTGAGCAGCACCAACTTGCTGTGATAGATTGTTTGGAGGAT 1384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 AAAATAAGCCCAGACATTGCTGAGCAGCACCAACTTGCTGTGATAGATTGTTTGGAGGAT 1139
Query 1385 CCAGATGATACACTAAAGAGGAAGACTTTTGAATTGTTGTACAAAATGACCAAGTCGTCT 1444
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CCGGATGATACACTAAAGAGGAAGACATTTGAATTGTTGTACAAAATGACCAAGTCGTCT 1199
Query 1445 AATGTAGAAGTGATTGTCGACCGAATGATTGATTACATGATTAGTATCAACGACAATCAT 1504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1200 AATGTAGAAGTGATTGTCGACCGAATGATTGATTACATGATTAGTATCAATGATAATCAT 1259
Query 1505 TACAAAACTGAGATAGCATCTCGTTGTGTTGAGTTGGCCGAACAATTTGCTCCAAGCAAT 1564
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TACAAAACTGAGATAGCATCTCGTTGTGTTGAATTGGCCGAACAATTTGCTCCAAGCAAT 1319
Query 1565 CAATGGTTCATCCAGATCATGAATAAAGTCTTCGAGCATGCAGGAGATCTGGTAAATATT 1624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 CAATGGTTCATCCAGATCATGAATAAAGTCTTCGAGCATGCAGGAGATCTGGTAAATATT 1379
Query 1625 AAAGTGGCACATAATCTGATGCGTTTGATTGCTGAAGGATTTGGAGAGGACGATGATGAT 1684
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 AAGGTGGCACATAATCTGATGCGTTTGATTGCTGAAGGATTTGGAGAGGACGATGATGAT 1439
Query 1685 GCAGACAGCAAGCTCAGATTATCAGCTGTGGAATCGTACTTGCAGCTTATTAGCGAACCA 1744
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1440 GCAGACAGCAAGCTCAGATTATCAGCTGTTGAATCGTACTTGCAGCTTATTAGCGAGCCA 1499
Query 1745 AAACTTCCATCCCTGTTTCTTCAGGTCATTTCTTGGGTTTTGGGAGAATATGGCACAGCT 1804
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1500 AAGCTTCCATCCCTGTTTCTTCAGGTCATTTCTTGGGTCTTGGGAGAATACGGCACAGCT 1559
Query 1805 GATGGGAAATATTCTGCCTCCTATATTAGTGGAAAGCTGTGCGATGTGGCAGATGCATAC 1864
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1560 GATGGGAAATATTCTGCCTCCTATATTAGTGGAAAGCTGTGCGATGTGGCAGACGCATAC 1619
Query 1865 TCAAGTGATGAAACTGTAAAGGGTTATGCTGTTTCTGCACTGATGAAGATCTACGCATTT 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCAAGTGATGAAACTGTAAAGGGTTATGCTGTTTCTGCACTGATGAAGATCTACGCATTT 1679
Query 1925 GAAATTGCATCTGGGAGAAAGGTGGATGTTTTGCCGGAGTGCCAATCTTTGATTGAAGAG 1984
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1680 GAAATTGCATCTGGGAGAAAGGTTGATGTTTTGCCAGAGTGCCAATCTTTAATCGAAGAG 1739
Query 1985 CTATTGGCTTCACATTCAACAGATCTTCAGCAACGTGCATATGAGCTTCAGGCTCTCCTT 2044
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1740 CTACTGGCTTCACATTCAACAGATCTTCAGCAACGTGCATATGAGCTACAGGCCCTCCTT 1799
Query 2045 GCTCTAGATGCCCGTGCTGTTGAGACTATACTCCCTTTAGATGCTAGTTGCGAAGACATT 2104
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1800 GCTCTAGATGCCCGTGCTGTTGAGAGTATACTCCCTTTAGATGCTAGTTGTGAAGACATC 1859
Query 2105 GAGGTTGACAAGGATCTTTCATTTCTCAATGGCTATATCCAACAAGCTATCGAGAGTGGA 2164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 GAGGTTGACAAGGATCTTTCATTTCTCAATGGCTATATCCAACAAGCTATCGAGAGTGGA 1919
Query 2165 GCACAACCTTATATTTCTGAGAGAGAGCGCTCGGGCATGTTTGAAACAACCGATTACCAT 2224
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 GCACAACCTTATATATCTGAGAGAGAGCGCTCGGGGATGTTTGAAACAACCGATTACCAT 1979
Query 2225 CCCCAAGATCATCACGAAGTTCCAACTCATGCTCTTCGATTCGAAGCCTATGAACTTCCA 2284
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 CCCCAAGATCATCACGAAGTTCCATCTCATGCTCTTCGATTCGAAGCCTATGAACTTCCA 2039
Query 2285 AAGCCATCAGTGCCACCACAAGCTTCAAACGAGCTTGTTCCAGTACCCGAGCCTTCTTAT 2344
|||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 AAGCCATCAGGGCCACCACAAGCTTCGAACGAGCTTGTTCCAGTACCCGAGCCTTCTTAT 2099
Query 2345 TATAGCGAGTCACACCAGCCAATTTCAACATCTTTGGTTTCTGAACGAGAGTCATCAGAA 2404
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TATAGCGAGTCACACCAGCCAGTTTCAACATCTTTGGTTTCTGAACGAGAGTCATCAGAA 2159
Query 2405 ATTAAGCTGCGACTCGATGGAGTTAAGCAAAAATGGGGTAGACCGAGCTATCAATCGACC 2464
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 ATTAAGCTGCGACTCGATGGAGTTAAGCAAAAGTGGGGTAGACCGAGCTATCAATCGACC 2219
Query 2465 ACAGCAGCTTCTTCTACTACTCCA-CAAGCAGCAAACGGTATCTCTACACACTCAGATGC 2523
||| |||||||||||||||||| | ||||||| | || | |||||||||| |||||
Sbjct 2220 ACATCAGCTTCTTCTACTACTC-AGCAAGCAG-----G-TACCCCTACACACTCGGATGC 2272
Query 2524 AGGAGTTGGTTCATCTAGCTCAAAGCCTCGAAGCAGTTACGAACCAAAGAAACCCGAAAT 2583
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 AGGAGTTGGTTCATCTAGCTCAAAGCCTCGAAGCAGCTATGAACCAAAGAAACCCGAAAT 2332
Query 2584 CGATCCCGAGAAACAGAGACTCGCTGCATCCTTGTTTGGTGGATCATCATCAAGAACTGA 2643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2333 CGATCCCGAGAAACAGAGACTCGCTGCATCCTTGTTTGGTGGATCGTCATCAAGAACTGA 2392
Query 2644 CAAAAGGTCTTCTTCTGGTGGTCACAAGCCGGCGAAAGGAACTGCTAACAAAACC-GCAA 2702
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||
Sbjct 2393 TAAAAAGTCATCTTCTGGTGGTCACAAGCCGGCGAAAGGAACTGTTAACAAA-CCTGCAG 2451
Query 2703 CCGTACCCAAGGAAAATCAAACCCCTGTTCAACCGCCACCGGACTTGCTCGACTTCGGTG 2762
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2452 CCGTCCCCAAGGAAAATCAAACCCCTGTTCAACCGCCACCGGACTTGCTCGACTTAGGCG 2511
Query 2763 AGCCAACTGCCACAACCGCTACAGCAATGGATCCTTTTAAAGAATTGGAAGGTCTTATGG 2822
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2512 AGCCAACTGCCACAACCGTTACAGCAATGGATCCATTTAAAGAGTTGGAAGGTCTTATGG 2571
Query 2823 ATTCTTCGAGCCAAGACGGTGGTTCATCCGATGTGATGGGACTATACTCAGATGCAGCAC 2882
|||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2572 ATTCTTCGAGTCAAGATGGGGGTTCATCCGATGTAATGGGACTATACTCAGATGCAGCAC 2631
Query 2883 CTGTGACAACAACCACAAGTGTTGACTCTCTCTTATCCGAACTGTCTGATAGCTCCAAAG 2942
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2632 CTGTGACCACAACCACAAGTGTTGACTCTCTCTTATCCGAACTGTCTGATAGCTCCAAAG 2691
Query 2943 GAAACTCACGCACGTACCAACCTCAAACCTCCAAAGGACCAAACACAAAGGAAGCTCTTG 3002
||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2692 GAAACCCACGCACGTACCAATCTCAAACCTCAAAAGGACCTAACACAAAGGAAGCTCTCG 2751
Query 3003 AGAAAGACGCTCTTGTTAGACAAATGGGTGTGAATCCAACAAGTCAGAACCCTACACTGT 3062
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2752 AGAAAGATGCTCTTGTTAGACAAATGGGTGTGAACCCAACAAGTCAGAACCCTACACTGT 2811
Query 3063 TCAAAGATCTCCTCGGCTAGACGAACCATTCTCCGACCAAACCAATCCATTCATCGACTC 3122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2812 TCAAAGATCTCCTCGGCTAGACGAACCATTCTCCGACCAAACCAATCCATTCAGCGACTC 2871
Query 3123 Acatcatcatcatcatcat--T-CCATATTTGGTAATGTGCTGTGGGGTTTGGGAATTAA 3179
||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2872 ACATCATCATCATCATCATCATTCCATATTTGGTAATGTGCTGTGGGGTTTGGGAATTAA 2931
Query 3180 TATGTTTCCAATTCAAGAACAGCTTTTTGTTGTA 3213
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2932 TATGTTTCCAATTCAAGAACAGCTTTTTGTTGTA 2965
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130423302671
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5